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1.
《动物医学进展》2020,(7)
对临床分离鉴定的3株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆及序列分析,对丰富我国PEDV的遗传衍化特征具有重要意义。S基因序列分析发现,JX18毒株与CV777亲缘关系较近,核苷酸同源性为99.71%,氨基酸同源性95.7%,属于G1-b进化分支。JX18毒株与CV777经典毒株S蛋白氨基酸序列相比较,不存在氨基酸的插入或缺失,在中和表位区及已鉴定抗原表位区仅有一处氨基酸突变。SD18、JingTai18与PEDV CV777亲缘关系较远,核苷酸同源性分别为93.64%和92.64%,S蛋白氨基酸序列同源性分别为93%和93.5%。SD18和JingTai18位于G2-b进化分支。SD18与JingTai18株与CV777经典毒株相比,S蛋白氨基酸序列中存在插入缺失及多位点的氨基酸突变。研究结果为进一步了解我国PEDV流行及变异情况提供了数据支持。 相似文献
2.
《中国兽医杂志》2016,(1)
从新疆佃坝地区某猪场疑似流行性腹泻病毒(PEDV)感染的仔猪中采集肛拭子样品,将其接种到Vero细胞中,连续传代培养,并逐日观察细胞病变(CPE),分离得到一株PEDV病毒,命名为新疆佃坝2株(XJ-DB2)。将分离的XJ-DB2株进行ORF3基因序列分析比对和遗传进化分析,结果表明,XJ-DB2株为PEDV强毒株。其ORF3基因和我国分离的强毒株CHS株、CHGS株,韩国分离的强毒株处在同一个分支上,而目前广泛使用的疫苗毒株CV777、韩国分离的弱毒株、我国分离的弱毒株CHJS07则处在相对独立的分支上。XJ-DB2与CHS基因的核苷酸同源性最高为99.0%,与韩国分离的强毒株S-DR13同源性为98.8%,而与疫苗株CV777核苷酸同源性为97.3%。 相似文献
3.
《畜牧与兽医》2015,(3):34-38
为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。 相似文献
4.
《养殖与饲料．饲料世界》2020,(3)
猪流行性腹泻在我国的发病率和死亡率居高不下,给养猪业造成了重大损失。为进一步了解我国猪流行性腹泻流行毒株的遗传变异规律,试验对河南、江西、福建、辽宁、浙江、湖北6个省份的19个PEDV地方流行株的S基因进行了RT-PCR扩增,并对其进行了序列比对和遗传演化分析,旨在为疫病的防治和疫苗株的选择提供参考和依据。试验设计了3对引物,对采集自6个省份13个疑似PEDV发病猪场的19份仔猪小肠及其内容物样品进行了RT-PCR扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其S基因全序列。它们的S基因全长由4 158~4 161 nt组成,其中仅JX1、JX2毒株的长度为4 158 nt,其余毒株的长度均为4 161 nt。通过与GenBank中已发表的国内外毒株CV777、DR13等61株PEDV S基因序列进行比对发现,19个毒株与经典株CV777的同源性为93.8%~94.1%,其彼此之间的同源性为97.7%~100%。基因推导的氨基酸序列分析表明,试验所获得的19株流行毒株中,仅JX1和JX2两个毒株由1 386 aa构成,而其他毒株均由1 387 aa组成,19个毒株S蛋白氨基酸与经典株CV777的同源性为92.8%~93.4%,其彼此之间的同源性为97.7%~99.9%,且均存在点突变、氨基酸插入和缺失现象。S基因进化树分析表明,PEDV毒株被分成了2个大群,试验获得的19个毒株均处于G1群中,但与我国其他分离株处于G1大群中的不同分支中,且与处在G2群中的经典株CV777、韩国弱毒株DR13和日本弱毒株83P-5等毒株的亲缘关系较远。说明PEDV S基因一直处于变异进化过程中。 相似文献
5.
《畜牧与兽医》2017,(10):74-80
为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。 相似文献
6.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
7.
《中国兽医学报》2017,(12):2294-2299
本研究对分离的1株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆和测序,并进行生物信息学分析。通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失,推测为PEDV野毒株。S基因分析结果表明,该毒株(以GD/JMEP表示)与经典的CV777毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性为93.2%,存在多个氨基酸的缺失、插入或者突变;与近几年广东流行的PEDV毒株处于同一个群,亲缘关系较近;相比于经典传统毒株,GD/JMEP株在S基因的几个位点存在核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,在S基因的406位点存在新的突变。通过氨基酸序列比对分析,GD/JMEP株发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验检测的GD/JMEP株为目前广东PEDV流行毒株。 相似文献
8.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
9.
猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。 相似文献
10.
猪流行性腹泻病毒流行毒株S基因的遗传变异和B细胞线性抗原表位分析 总被引：2，自引：0，他引：2
《动物医学进展》2015,(8)
为了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异规律,应用连续RT-PCR方法扩增分离的4株PEDV流行毒株的S基因,并对S基因进行测序、同源进化和B细胞抗原表位分析。结果显示,4个流行毒株S基因长4 161(4 158)个碱基,在59-62位(GENQ)和140(N)位的插入突变和163-164位(NI)缺失突变,属于与CV777、DR13和KPEDV-9等参考疫苗毒株不同的进化分支G2群,与参考疫苗毒株之间的氨基酸同源性为92.4%~93.3%;B细胞线性抗原表位分析显示,流行毒株52-62、360-365、752-781位抗原表位显著高于疫苗毒株,提示可能与流行毒株的致病性、受体结合能力和侵染性等相关。 相似文献
11.
《中国兽医学报》2017,(8):1457-1462
为了解辽宁猪流行性腹泻病毒(PEDV)来源及变异特性,经PCR诊断,细胞分离,细胞病变观察、RT-PCR以及S基因序列鉴定,成功分离1株PEDV毒株(LN-2015-1)。S基因序列分析显示,与CV777毒株相比,除点突变外,分离株还出现最长9bp的插入,6bp的缺失和13bp连续突变。氨基酸也存在最长3aa插入和2aa缺失,同时存在4处连续3个及以上的氨基酸突变,抗原表位分析表明在5个表位区共发生16个氨基酸的突变。同源性分析显示与HB-HA2015毒株的同源关系最近,序列相似性为99.2%,与2010年以来国内外代表变异毒株同源性较高,达到98.5%~98.8%,而与2010年以前的传统同源性较低,在93.2%~95.6%之间;进化树分析显示该毒株与近年来国内外流行的变异毒株属于同一群,并且与HB-HA2015形成一小的分支,而与传统毒株进化距离较远。 相似文献
12.
为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
13.
《中国兽医学报》2016,(9):1484-1488
2010年以来,猪流行性腹泻肆虐我国的养猪业,给养猪业造成了严重的经济损失。为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本试验对2014—2015年在7个省份分离的9株PEDV毒株的S基因进行克隆和测序,并将其分别与疫苗株、中国2010年前经典毒株、中国2010—2013年出现的毒株及韩国、美国近年来毒株进行S基因序列比对、分析。结果发现:9株PEDV S基因核苷酸同源性为98.4%~99.5%;与疫苗株和中国2010年前经典毒株相比核苷酸同源性为93.4%~96.2%;与中国、韩国、美国近年来暴发的毒株相比核苷酸同源性为97.4%~99.2%。遗传进化树显示:我国常用的疫苗毒株CV777处于G1组,这9株毒株S基因均位于G2组,说明我国当前流行毒株与疫苗株和早期经典毒株的亲缘性相去较远。序列比对表明现阶段PEDV S基因已发生较大变异,存在高度相似的缺失,插入和变异,且在中和表位区域存在多处变异,可能降低常规疫苗的免疫保护作用。 相似文献
14.
《中国兽医杂志》2019,(5)
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,从石河子的3个地区已确诊PED猪场采集病料,分别获得了3株PEDV S基因序列和ORF3基因序列,将其进行序列比对及遗传进化分析。根据3株S基因序列分析表明,XJ-SHZ148、XJ-SHZ146株与韩国QIAP1401株(KX793713)序列相似性最高,达到97.4%和98.7%;XJ-SW株与广东GD-03 2012株(KP870115)序列相似性最高,达到98.5%。3个分离株与PEDV疫苗株AF353511(CV777)性序列相似性分别为94.5%、94.2%和94.1%。系统进化分析表明,XJ-SHZ148、XJ-SHZ146与韩国的KPV1406(KM108353))、QIAP1401(KX793713))同为一群。XJ-SW株与广东GD/03/2012((KP870115))、GD/2011株(KP870115)同为一群;3株PEDV ORF3基因序列与疫苗株(CV777)序列比对多个位点存在突变,序列相似性较低。 相似文献
15.
为了研究猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的变异情况,试验采用分离病毒时添加胰蛋白酶的方法,从病死仔猪肠组织中成功分离鉴定出1株PEDV变异毒株,命名为CH/JLDH/2016,应用纳米巢式PCR法鉴定分离株,电镜负染观察,并对该分离株S基因序列特征和遗传进化关系进行分析。结果表明:经纳米巢式PCR扩增得到目的条带;在透射电子显微镜下可观察到完整的病毒粒子,具有冠状病毒典型结构;与现有疫苗株CV777相比,分离株S基因存在16处碱基的插入、10处碱基的缺失并伴有大量碱基突变,其推导的氨基酸序列存在5个氨基酸的插入和3个氨基酸的缺失;该分离株与疫苗株CV777处于不同分支,亲缘关系较远,而与近几年分离得到的PEDV变异毒株亲缘关系较近。说明PEDV呈现进化和变异趋势。 相似文献
16.
浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
17.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
18.
《中国兽医学报》2020,(6)
为分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的遗传变异情况,设计并合成能够扩增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法对2017年1月至2018年5月河南省11个地区规模猪场的178份病料进行检测、克隆和测序,并在氨基酸水平上将本研究分离株的S基因与国内外流行毒株的S基因进行比对分析。结果显示,河南省11个地区的178份样品,PEDV阳性样品113份,阳性率63.5%(113/178)。选取29株PEDV代表株进行氨基酸序列比较,结果显示,29株分离株与经典株CV777同源性为88.4%～90.3%,与经典株CV777相比,29株代表株在S1区域存在碱基的插入、缺失和变异现象;基于S基因的遗传进化分析表明,本研究的29株分离株均属于G2群,而以CV777为代表的经典株属于G1群。通过与经典株CV777的S蛋白进行抗原表位比对分析,在5～190 aa存在较大差异。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省猪流行性腹泻(PED)的诊断和防控提供参考依据。 相似文献
19.
《中国兽医杂志》2020,(1)
本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%～100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%～99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%～98.1%、97.7%～98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株M_NIAH100541_08、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。 相似文献
20.
为了解云南省与贵州省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因变异情况,试验采用PCR技术、分子克隆及序列分析方法对云南省昆明市某规模化养猪场发生腹泻的6头病猪的粪便病料样本进行了研究。结果表明:1株PEDV ORF3基因均含有964个碱基,编码320个氨基酸;ORF3基因均无碱基缺失或插入,存在部分碱基变异;与GenBank中登录的部分PEDV核苷酸序列的同源性为95.1%~99.9%,推导氨基酸序列的同源性为94.2%~98.7%;与经典毒株CV777及贵州毒株GZZY、GZMR、GZZAI1亲缘关系较近,与贵州(GZTW3、GZRRH)毒株亲缘关系较远。说明云南省与贵州省主要流行的毒株同源性较高且存在一定相关性。 相似文献