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To study the sequences of short interspersed nuclear elements (SINEs) evolution in some allopolyploid genomes of Aegilops, 108 Au element fragments (a novel kind of plant SINE) were amplified and sequenced in 10 species of Aegilops,which were clustered into three different groups (A, B and C) based on their related genome types. The sequences of these Au element fragments were heterogonous in di-, tetra-, and hexa-ploids, and the dendrograms of Au element obtained from phylogenetic analysis were very complex in each group and could be clustered into 15, 15 and 22 families,respectively. In this study, three rules about Au elements evolution have been drawn from the results: i. Most families were composed of Au element members with different host species in three groups; ii. Family 1-6 in Group A, Family 1-6 in Group B, Family 1-4 and Family 6-13 in Group C contained only one, apparently highly degenerate Au element member (a single representative element); iii. Elements generally fell into clades that were species-specific with respect to their host species. The potential mechanisms of Au element evolution in Aegilops were discussed. 相似文献
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根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Prrus)材料中扩增该逆转座子片段.扩增产物经纯化后克隆于pMD 18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列.这些核苷酸序列长度为250～267 bp,具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,通过核苷酸聚类可将14条序列分为4个家族.对这些片段的氨基酸序列进行分析,结果显示有2个序列发生了终止密码子突变.该研究获得的梨属植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列与已报道的其他生物的相应序列有较高的一致性. 相似文献
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Investigation of Aegilopsumbellulatafor stripe rust resistance,heading date,and the contents of iron,zinc, and gluten protein 
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下载免费PDF全文 SONG Zhong-ping ZUO Yuan-yuan XIANG Qin LI Wen-jia LI Jian LIU Gang DAI Shou-fen YAN Ze-hong 《农业科学学报》2023,22(4):1258-1265
Aegilops umbellulata (UU) is a wheat wild relative that has potential use in the genetic improvement of wheat. In this study, 46 Ae. umbellulata accessions were investigated for stripe rust resistance, heading date (HD), and the contents of iron (Fe), zinc (Zn), and seed gluten proteins. Forty-two of the accessions were classified as resistant to stripe rust, while the other four accessions were classified as susceptible to stripe rust in four environments. The average HD of Ae. umbellulata was significantly longer than that of three common wheat cultivars (180.9 d vs. 137.0 d), with the exception of PI226500 (138.9 d). The Ae. umbellulata accessions also showed high variability in Fe (69.74–348.09 mg kg–1) and Zn (49.83–101.65 mg kg–1) contents. Three accessions (viz., PI542362, PI542363, and PI554399) showed relatively higher Fe (230.96–348.09 mg kg–1) and Zn (92.46–101.65 mg kg–1) contents than the others. The Fe content of Ae. umbellulata was similar to those of Ae. comosa and Ae. markgrafii but higher than those of Ae. tauschii and common wheat. Aegilops umbellulata showed a higher Zn content than Ae. tauschii, Ae. comosa, and common wheat, but a lower content than Ae. markgrafii. Furthermore, Ae. umbellulata had the highest proportion of γ-gliadin among all the species investigated (Ae. umbellulata vs. other species=mean 72.11% vs. 49.37%; range: 55.33–86.99% vs. 29.60–67.91%). These results demonstrated that Ae. umbellulata exhibits great diversity in the investigated traits, so it can provide a potential gene pool for the genetic improvement of these traits in wheat. 相似文献
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烟草属植物遗传多样性和亲缘进化关系的荧光AFLP分析 总被引：6，自引：1，他引：5
【目的】研究烟草属不同亚属以及不同类型栽培烟草的遗传相似性关系,为明确烟草野生种和栽培烟草的遗传多样性水平、研究栽培烟草起源演化提供依据。【方法】利用CEQ8000遗传分析系统,对烟草属内4种类型的5份栽培烟草以及28份烟草野生种进行荧光AFLP分析,估算其遗传相似系数,并对28份烟草野生种、5份栽培烟草及其可能的祖先种分别进行UPGMA聚类分析。【结果】利用10对AFLP引物在33份种质中共扩增到2 423个片段,2 394个具有多态性。烟草属33份种质的遗传相似系数在0.021—0.860,平均为0.269。当相似系数为0.309时,28份野生烟草按其亚属聚为3类。2个栽培烟草种的5份不同类型烟草与其对应的可能祖先种首先聚为一类。在不同类型普通烟草中扩增到的AFLP共有片段,有97.7%可以在其可能的祖先种中找到。【结论】烟草属植物具有丰富的遗传多样性。栽培烟草进化过程中,其假设的祖先亲本都有一定贡献,其中N.sylvestris对普通烟草的形成贡献最大。 相似文献
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【目的】研究壳囊孢属真菌(Cytospora spp.)的种类及在新疆的分布特征。【方法】在新疆14个地(州)共收集到2 763份病害标本,鉴定出27种壳囊孢属真菌,采集文献资料记载新疆累计记录51种壳囊孢属真菌,采用ArcGIS软件、Gephi软件及Spreensen公式不同种类壳囊孢属真菌在新疆不同地区和寄主上的分布情况及相似性。【结果】壳囊孢属真菌在新疆伊犁地区(31种)、乌鲁木齐市(27种)、塔城地区(21种)和昌吉地区(20种)分布壳囊孢种类及数量较多;在克孜勒苏柯尔克孜自治州(3种)、巴音郭楞蒙古自治州(3种)和和田地区(2种)分布较少;该菌能够寄生于21科植物中,其中蔷薇科(19种)、杨柳科(18种)、胡颓子科(8种)植物的种类及数量较多;桑科(1种)、忍冬科(1种)、无患子科(1种)等植物上较少。金黄壳囊孢菌(Cytospora chrysosperma)在全疆15个地州(市)的11科寄主均有分布;壳囊孢属真菌在海拔600~900 m处分布较为丰富,阿克苏和吐鲁番两地间的相似性系数最高。【结论】新疆现已记录51种壳囊孢属真菌,其中受金黄壳囊孢菌(C. chrysosperma)危害的植物种类最多,蔷薇科、杨柳科、胡颓子科植物上分布的壳囊孢属真菌种类较多。 相似文献
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【目的】研究烟草属不同亚属以及不同类型栽培烟草的遗传相似性关系,为明确烟草野生种和栽培烟草的遗传多样性水平、研究栽培烟草起源演化提供依据。【方法】利用CEQ8000遗传分析系统,对烟草属内4种类型的5份栽培烟草以及28份烟草野生种进行荧光AFLP分析,估算其遗传相似系数,并对28份烟草野生种、5份栽培烟草及其可能的祖先种分别进行UPGMA聚类分析。【结果】利用10对AFLP引物在33份种质中共扩增到2 423个片段,2 394个具有多态性。烟草属33份种质的遗传相似系数在0.021-0.860,平均为0.269。当相似系数为0.309时,28份野生烟草按其亚属聚为3类。2个栽培烟草种的5份不同类型烟草与其对应的可能祖先种首先聚为一类。在不同类型普通烟草中扩增到的AFLP共有片段,有97.7%可以在其可能的祖先种中找到。【结论】烟草属植物具有丰富的遗传多样性。栽培烟草进化过程中,其假设的祖先亲本都有一定贡献,其中N.sylvestris对普通烟草的形成贡献最大。 相似文献
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小兴安岭东折棱河流域植物区系特征研究 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]明确小兴安岭蔷薇科植物区系特征。[方法]研究小兴安岭东折棱河流域植物区系组成、优势科属组成以及属的地理成分。[结果]该区共有高等植物103科284属486种,裸子植物种类少,但在当地森林植被中是优势类型。东折棱河流域科的优势现象比较明显,种类集中趋向于少数科类,寡种科和区域性单种科较丰富;属的优势现象不明显,多集中于寡种属和区域性单种属。苔藓植物属的地理成分复杂,以北半球温带成分占优势,并有不少的世界分布成分;蕨类植物属的地理成分类型较少,以寒温带成分为主,并伴有世界成分和热带亚热带成分;种子植物属的地理成分类型较多,以北温带成分(48.9%)为主,各温带成分比例(81.3%)更大,说明该区系具有相对的独立性。植物生活型中草本植物占绝对优势,物种比例高达77.2%,为苔藓植物和蕨类植物。[结论]该研究结果为开发利用小兴安岭蔷薇科植物资源提供了参考。 相似文献
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【目的】CAP（Cysteine-rich secretory protein,Antigen 5 and Pathogenesis related protein 1）超家族蛋白广泛存在于真菌、细菌、动植物等物种,并且参与病原菌的致病过程。本研究旨在鉴定苹果树腐烂病致病菌——苹果黑腐皮壳菌（Valsa mali）的CAP超家族基因并明确CAP超家族基因在病菌致病方面的作用。【方法】通过BLASTP在苹果黑腐皮壳菌全基因组中检索具有CAP保守结构域的基因;利用特异性引物对鉴定到的CAP基因进行PCR扩增和凝胶电泳检测;使用生物信息学软件和在线数据库进行蛋白序列特征和系统发育分析;利用RT-qPCR分析基因在病菌侵染过程中的表达模式;使用特异性引物扩增CAP基因上、下游片段并从PDL2质粒上扩增筛选标记基因;利用Double-joint PCR构建基因敲除盒并通过PEG介导的原生质转化技术进行基因敲除和基因回补;以遗传霉素（G418）抗性为筛选标记并利用4对引物PCR检测获得基因敲除突变体;以潮霉素（HPH）抗性为筛选标记获得基因回补菌株;通过对菌株进行培养皿内生长试验明确基因对病菌营养生长的影响;通过离体苹果枝条接种试验分析该病菌CAP超家族基因的毒性功能。【结果】在苹果黑腐皮壳菌中鉴定到3个具有CAP保守结构域的基因,分别命名为VmPR1a、VmPR1b和VmPR1c。序列特征分析发现,3个CAP蛋白均包含4个保守区：N端信号肽、N端延伸区（NTE）、CAP保守功能域和C端延伸区（CTE）。系统发育分析显示,3个CAP蛋白聚于不同的进化支,VmPR1a聚于clade2进化支并与粗糙链孢霉（Neurospora crassa）CAP蛋白进化关系较近;VmPR1b聚于clade3且与镰孢菌属（Fusarium spp.）CAP蛋白的进化关系更近;VmPR1c聚于clade1,并且也与粗糙链孢霉的CAP蛋白进化关系较近。RT-qPCR分析结果显示,VmPR1a、VmPR1b和VmPR1c在病菌侵染早期（6 h和12 h）均显著上调表达。利用PEG遗传转化技术获得VmPR1a、VmPR1b和VmPR1c敲除突变体（ΔVmPR1a-7/23、ΔVmPR1b-20/31和ΔVmPR1c-26/40）;营养生长观察发现,所有敲除突变体生长表型与野生型菌株03-8均无明显差异;致病力检测发现,ΔVmPR1b-20/31致病力较野生型无明显变化,而ΔVmPR1a-7/23和ΔVmPR1c-26/40致病力较野生型显著下降。将VmPR1a和VmPR1c分别回补至ΔVmPR1a和ΔVmPR1c,回补菌株（VmPR1a/C和VmPR1c/C）致病力恢复至野生型水平。【结论】苹果黑腐皮壳菌中存在3个CAP超家族基因（VmPR1a、VmPR1b和VmPR1c）,其中VmPR1a和VmPR1c是苹果黑腐皮壳菌重要的毒性因子。 相似文献
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【目的】重复序列是真核生物基因组中重要组成部分,对物种进化、基因遗传变异、转录调控等具有重要作用。研究旨在揭示牛亚科物种重复序列特征,研究转座子和串联重复序列间的进化关系,为牛亚科物种重复序列的研究提供理论支撑。【方法】以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛以及大额牛6个牛亚科物种的基因组序列为研究对象,利用TRF和RepeatMasker软件对6个牛亚科物种基因组中的串联重复序列（tandem repeats sequence,TRs）和转座子（transposable elements,TEs）进行鉴定,并通过本地BLAST比对,分析两类重复序列间的相似性,单位点（single-locus TRs, slTRs）和多位点串联重复序列（mutiple-locus TRs, mlTRs）以及转座子内部的串联重复特征。【结果】（1）6个牛亚科物种中,重复序列在普通牛中的比例最高,为49.13%,其次为水牛46.82%、大额牛46.66%、瘤牛42.70%、野牛42.36%、牦牛42.34%;其中转座子在基因组中的比例为40.57%—45.71%,高于串联重复序列的比例（1.50%—3.42%）。（2）串联重复序列中,mlTRs的比例（76%—99%）显著高于slTRs（1%—24%）,表明mlTRs为6个牛亚科物种中串联重复序列的主要组成。（3）TE-derieved的串联重复序列分析表明,TRs中43%—84%的序列来源于转座子,其中多位点串联重复序列可高达94%。（4）TRs-related 转座子及其活性分析表明,与TRs具有相似性的转座子主要来自非长末端重复序列（non-Long Terminal Repeats, non-LTR）,包括SINE（Short Interspersed Nuclear Element, SINE）和长末端重复序列（Long Interspersed Nuclear Element, LINE）,其中SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）的数量（14 423—24 193）和相对丰度（4.06%—6.77%）最高,被认为是牛亚科物种中最年轻且最具活力的转座子。（5）转座子的串联重复特征分析表明,BovB在0—600 bp,L1_BT在1 500—2 700 bp的序列分别发生了大量的串联重复,与consensus序列的一致性分别达93%和87%以上,且两段区域均为非编码区。【结论】重复序列在牛亚科物种中具有相似的分布特征, non-LTR是牛亚科物种TRs-related TEs的重要来源,且SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）为牛亚科物种最年轻且最具活力的转座子;同时串联重复序列又可作为转座子内部结构的组成部分,表明串联重复序列与转座子在基因组的进化过程相互影响、相互作用。 相似文献
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为了提高小麦的品质,确定小麦品种的优良品质性状,进而选育出更为优质的小麦品种。本研究以35个小麦品种为试材,对蛋白质含量、降落值、湿面筋含量等8个品质性状进行相关分析和聚类分析。相关分析结果表明：降落值与蛋白质,湿面筋与蛋白质,降落值与湿面筋,稳定性与降落值,弱化度与吸水率呈极显著相关;稳定性与蛋白质,弱化度与降落值呈显著负相关。聚类分析结果表明：供试35个小麦品种在遗传距离3水平上可聚为4个大类。类群Ⅰ为‘中涡18’;‘远育17’、‘太麦2号’、‘乐麦Z0708’、‘淮师0812’和‘良源508’聚为类群Ⅱ：‘荃麦102099’、‘HS44’和‘安1211’聚为类群Ⅲ：类群Ⅳ共有26个小麦品种,其中包括保‘丰1269’、‘华成870’、‘皖科101547’、‘民得利2号’、‘龙麦一号’、‘鉴20651’、‘亳麦0610’、‘金丹6166’、‘安农1203’、‘保丰2018’、‘JM-1’、‘王家坝1110’、‘安农大0622’、‘GR123’、‘安1243’、‘绿雨9号’、‘皖麦4308’、‘阜0652’、‘皖麦52’、‘蜀鑫麦318’、‘宿11037’、‘豪麦56’、‘阜100’、‘中麦1023’、‘诺丰568’和‘奥特麦1号’。通过本次实验,为选育优质小麦品种和杂交组配提供了理论依据。 相似文献
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对安徽省琅琊山自然保护区大型真菌区系多样性进行了分析.结果表明该地区共有大型真菌107种,分属于25科56属,其中优势科为多孔菌科Polyporaceae(20种,占18.69％)、口蘑科Tricholomataceae(14种,占13.08％)、丝膜菌科Cortinariaceae(11种,占10.28％)、红菇科Russulaceae(10种,占9.35％),以上4科仅占琅琊山大型真菌总科数的16％,而种数占全部种数的51.4％;优势属有鹅膏属Amanita(8种,占7.48％)、栓菌属Trametes(7种,占6.54％)、乳菇属Lactarius(5种,占4.67％)、小皮伞属Marasmius(5种,占4.67％)、红菇属Russula(5种,占4.67％),共包括30种,占全部种数的28.04％.从属的区系地理成分上可分为:世界性分布成分(66.07％)、泛热带分布成分(19.64％)、北温带分布成分(10.71％)、东亚分布成分(1.79％).琅琊山大型真菌主要是以世界广布成分为主,其次是泛热带成分和北温带成分,这种分布状况可能与该地区的气候、地理和植被等自然条件的特征有着密切的关系.从种的组成上可划分为世界性分布种(70.09％)、温带分布种(14.95％)、热带-亚热带分布种(14.02％)及中国-日本共有种(0.93％)等4个分布类型,表现出一定的热带向温带过渡的区系特征. 相似文献
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常量矿物质元素含量是影响牧草质量的重要因素之一,本文对内蒙古阿拉善额济纳荒漠区60种牧草进行了这方面的分析研究。得出的结果是,钙含量最高的是灰毛假紫简草(8.73%),最低的是拂子茅(0.031%);磷含量最高的是蓍状亚菊(0.258%),最低的是短叶假木贼(0.096%);镁含量最高的是沙拐枣(1.67%),最低的是麻黄和灌木铁线莲,均为0.11%;硫含量最高的是花花柴(3.28%),最低的是木紫菀(0.012%)。60种牧草中,含6种以上的科有禾本科、豆科、菊科、藜科和蒺藜科,其中每个科的钙、镁、硫、磷总量均值,蒺藜科居首位(3.86%),禾本科最低(0.75%). 相似文献
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金龟子部分种类COI基因序列比较分析 总被引：3，自引：1，他引：3
对会龟总科(Scarabaeoidea)6种金龟子线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)基因部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并从GenBank中检索4个种的COI基因序列,比较其同源性并获得了长度为624bpCOI片段.10个种的COI序列分析结果表明:该基因序列共有440个变异位点,192个简约信息位点.表现出明显的A+T偏倚(63.6%).转换(TV)和颠换(TS)在科内、科间存在明显差异.科内种问TV+TS小,各科不同种与外群之问TV+TS较大;TV/TS则呈现相反的趋势.以黑蜣科(Passalidae)的具角黑艳甲(Odontotaenius disjuncttts)作为外群,采用P-distance法重建了10种金龟子邻接树(N-J)和最小进化树(ME)拓扑结构,结果表明:丽金龟属内科内、鳃金龟科内的不同种分别优先聚集,再与其他科相聚集,显示科内、属内的种间有较近的亲缘关系,说明COI基因序列可用来研究属内或科内种群的系统发育问题. 相似文献
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【目的】阐明牛体表寄生草原革蜱与牛羊布鲁氏菌病的相关性,为内蒙古地区布鲁氏菌溯源调查及防控提供基础数据。【方法】通过传统形态学及分子生物学相结合的方法,对呼伦贝尔地区采集的191只蜱虫进行种型鉴定;以牛体表采集的寄生蜱为材料,应用布鲁氏菌选择性培养基从蜱体内分离可疑细菌;将可疑细菌进行分离培养,菌落的形态学观察,以及革兰氏染色和柯氏染色镜检初步鉴定可疑细菌的种属;经PCR方法扩增布鲁氏菌的Bcsp31和Omp22基因序列,并应用MEGA 7.0软件构建系统遗传进化树;运用AMOS-PCR、单项特异性血清凝集试验、染料抑菌和噬菌体裂解试验对分离的可疑菌进行分型鉴定。【结果】该地区优势蜱种被鉴定为草原革蜱,并成功在其体内分离到4株可疑细菌;经革兰氏染色镜检发现该菌属于革兰氏阴性短杆菌,柯氏染色后菌体呈红色短杆菌,并通过PCR方法成功克隆出布鲁氏菌的Bcsp31和Omp22基因序列,经过基因序列测序及BLAST比对分析,发现与布鲁氏菌参考序列相似度均在99.0%以上。应用MEGA 7.0软件成功构建遗传进化树,分离菌株序列与布鲁氏菌属的已知序列聚类在同一分支;运用AMOS-PCR和布鲁氏菌常规分型鉴定试验,确定4株分离菌均属于羊种布鲁氏菌。【结论】成功在呼伦贝尔地区牛体表采集的草原革蜱体内分离到4株羊种布鲁氏菌,表明草原革蜱作为吸血节肢动物,可能在不同宿主之间的布病传播过程中发挥重要作用。本论文为内蒙古地区布鲁氏菌溯源调查和防控提供基础数据。 相似文献
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【目的】热激蛋白（heat shock protein,HSP）是一种在生物体内广泛存在且高度保守的蛋白质,在生物抗逆过程中发挥重要作用。当生物体遭受不利环境条件胁迫时,其迅速产生可保证生物体的正常生理活动。本研究以重大检疫害虫马铃薯甲虫（Leptinotarsa decemlineata）为研究对象,对其热激蛋白HSP70基因（Ld-hsp70）进行克隆,并对其在温度胁迫下的表达特性进行分析,明确HSP70在马铃薯甲虫温度胁迫中的作用。【方法】基于NCBI数据库检索筛选马铃薯甲虫HSP70的cDNA序列,利用RT-PCR和RACE技术对Ld-hsp70的全长cDNA进行克隆;利用DNAMAN软件对其全长序列进行拼接;采用生物信息学方法对Ld-hsp70及其编码氨基酸的序列特性进行分析;使用MEGAX软件的邻接法（neighbor-joining,NJ）构建马铃薯甲虫HSP70与其他昆虫HSP70的系统进化树;利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术对Ld-hsp70在不同温度胁迫条件下的表达模式进行分析;利用Primer 5.0软件设计试验所用的特异性引物。【结果】基于NCBI数据库获得3类马铃薯甲虫HSP70 cDNA序列,分别命名为HSP70a、HSP70b和HSP70c,经克隆、拼接获得其全长序列,分别命名为Ld-hsp70a、Ld-hsp70b和Ld-hsp70c,GenBank登录号分别为KC544268、KC544269和KC544270。序列分析表明,3个Ld-hsp70编码的氨基酸序列均包含了完整保守结构域和3段保守的HSP70家族签名序列,且在氨基酸C末端具有保守的亚细胞定位基序。Ld-hsp70a和Ld-hsp70c的氨基酸C末端具有保守基序EEVD,属于胞质型热激蛋白;Ld-hsp70b的氨基酸C末端具有保守基序KDEL,属于内质网型热激蛋白。系统进化树分析显示,Ld-hsp70a和Ld-hsp70b与其他物种的HSP70分别聚为一支,Ld-hsp70c与已报道的马铃薯甲虫HSP70聚为一支。其中,Ld-hsp70a与龟纹瓢虫（Propylaea japonica）的Pj-hsp70,Ld-hsp70b与稻水象甲（Lissorhoptrus oryzophilus）的Lo-hsp70,Ld-hsp70c与大猿叶甲（Colaphellus bowringi）的Cb-hsp70同源性最高。qRT-PCR结果表明,高、低温均能诱导马铃薯甲虫雌、雄成虫的3个Ld-hsp70的表达。不同温度胁迫处理1 h后,马铃薯甲虫雌、雄成虫体内3个Ld-hsp70的相对表达量未见显著变化;而4 h后,马铃薯甲虫雌、雄成虫Ld-hsp70a的相对表达量与对照相比分别在低温-10℃和高温44℃时显著上调至2.24和2.41倍,Ld-hsp70b和Ld-hsp70c相对表达量在胁迫4 h后与对照相比差异均不显著。另外,无论是雌虫还是雄虫,3个Ld-hsp70的相对表达量在同一温度不同的胁迫处理时间之间均无显著差异。【结论】Ld-hsp70a可以响应高、低温胁迫,可能在马铃薯甲虫抵御温度胁迫中发挥作用,而Ld-hsp70b和Ld-hsp70c对高、低温均不敏感,表明马铃薯甲虫3个Ld-hsp70在抗温度胁迫中发挥不同的作用。 相似文献