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1.
为研究广西沼泽型水牛(Bubalus bubalis)核基因组的多态性,采用23对荧光标记微卫星引物,对随机抽取的60个广西本地水牛样本进行了PCR检测。结果表明,23对引物中,有19对可以获得特异性产物且存在多态,平均有效等位基因数为4.0189,基因座ILSTS086含有13个等位基因;各微卫星基因座的平均杂合度变化范围为0.1852~0.4722,ILSTS019基因座平均杂合度最高(0.4722),而ILSTS017平均杂合度最低(0.1852);群体基因平均多态信息含量(PIC)为0.6639,19个标记中有18个PIC大于0.5,属高度多态位点。 相似文献
2.
用PCR-SSCP技术研究了波尔山羊和徐淮山羊2个群体共147个个体GHRH和抑制素βA基因座位的单核苷酸多态性(SNPs)，并检测了2个基因座位的的多态性分布，计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、和固定指数(F)。结果显示，2个山羊群体的2个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。 相似文献
3.
山羊生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
用PCR-SSCP和测序技术研究了波尔山羊(Capra hircus)和徐淮白山羊(C.hircus)2个群体共147个个体生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因座位的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),结果表明,GHRH基因在第4411处(按GenBank登录号AF242855)丢失了一个碱基G,在2个山羊群体检测到3种基因型(AA、AB和BB);NHβA基因在第995处(按GenBank登录号U16239)丢失了一个碱基T,在2个山羊群体检测到2种基因型(AA和AB),没有检测到BB型个体。这2个位点的突变属首次在山羊中发现,并且均以A等位基因为优势等位基因。同时,计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,在2个山羊群体中,2个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡。 相似文献
4.
为研究明光小耳猪、滇南小耳猪、巴马香猪遗传多样性以及命名,本研究利用猪白细胞抗原复合物(SLA)区域内18个微卫星,探讨了3品种小型猪和云南野猪(Sus scrofa silvianus)的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)等遗传参数;且从单倍型分型、聚类分析以及主成分分析进一步研究了其亲缘关系。结果表明,云南野猪多态性最高(PIC=0.694),巴马香猪最低(PIC=0.585),3品种小型猪均具有丰富的遗传多样性。在检测群体中SLAⅠ、Ⅱ区域分别有12种和14种单倍型,其中明光小耳猪、滇南小耳猪和云南野猪共享4个单倍型H1、H3、H4和H03,巴马香猪仅与明光小耳猪共享单倍型H2。通过系统聚类和主成分分析发现,明光小耳猪、滇南小耳猪与云南野猪亲缘关系较近,巴马香猪与之关系较远。研究结果提示,明光小耳猪和滇南小耳猪具有相似的遗传背景,明光小耳猪可能是滇南小耳猪的一个品系,这为解决同种异名问题提供了分子证明。 相似文献
5.
高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片的出现和基因分型技术平台的发展使在猪上开展全基因组关联分析(GWAS)研究成为现实。本研究以大白猪(Sus scrofa)×民猪(S.scrofa)F2设计资源群体为研究对象,采用Illumina公司猪SNP60K分型芯片技术,开展胴体瘦肉量(LMW)GWAS研究,寻找与瘦肉量相关的遗传变异。所有F2代个体在达到(240±7)d日龄时进行屠宰测定。对分型后的355头F2个体,采用基于混合模型及回归的快速全基因组关联及基因组控制法(GRAMMAR-GC)方法进行GWAS分析,结果获得14个在染色体水平与瘦肉量性状显著关联的SNP位点(P<9.63e-06,SSC1;P<2.37e-05,SSC2;P<1.56e-05,SSC14)。其中2个SNP位点ALGA0010777和ALGA0010788分别位于1号染色体上285030256和285276856bp处;10个SNP位点都位于猪2号染色体末端,可能与已发现的瘦肉量基因突变位点IGF2-intron3-G3072A紧密连锁;2个SNP位点ASGA0065444和ASGA0065455位于14号染色体上99627980和100078535bp处。本研究为猪的瘦肉量性状提供了显著关联SNP位点,预测了新的候选基因。初步阐释了中外猪种瘦肉量性状巨大差异的分子机制,为进一步开展分子育种工作提供了基础研究资料。 相似文献
6.
本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。 相似文献
7.
华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)作为优质的地方鲤鱼品种禾花鲤在广东省粤北地区有着悠久的稻田养殖历史。为了解人工养殖和选育对华南鲤群体的遗传多样性和遗传结构的影响,为华南鲤的种质资源保存和育种利用等提供依据,本研究采用16对微卫星引物对华南鲤第5代选育群体(F5)和2个地方品种(乳源群体,乐昌群体)的遗传多样性进行了比较分析。结果显示,在3个群体中,16对微卫星引物均表现为多态性,共扩增得到119个等位基因,每个微卫星座位检测到的等位基因数为3~10个,平均每对引物7.44个。3个群体的平均期望杂合度(He)分别为0.636 0、0.698 9和0.775 1,Shannon多样性指数(I)分别为1.206 3、1.402 0和1.612 2,平均多态信息含量(PIC)分别为0.570 1、0.645 8和0.720 7,表明3个群体都具有较高的遗传多态性(PIC0.5000),但地方品种的遗传多样性水平高于选育品种。3个群体各个微卫星位点上的遗传分化指数(Fst)值介于0.044 0~0.246 8,平均值为0.102 8,表明群体间的遗传变异水平中等。群体间遗传分化指数(Fst)配对比较结果显示,选育群体F5与乐昌群体的遗传分化指数值最大(0.182),乳源群体和乐昌群体2个地方群体间则最小(0.058)。实验结果表明,人工选育加快了华南鲤选育品种与地方品种的遗传分化,也导致了选育品种遗传多样性下降,但选育品种遗传多样性水平依然较高,还具有进一步选育的潜力。本研究结果为下一步制定华南鲤新品种选育计划提供基础遗传数据。 相似文献
8.
致病疫霉(Phytophthora infestans)引起的马铃薯晚疫病是影响马铃薯生产的第一大真菌病害.通过致病疫霉基因组开发微卫星标记,旨为致病疫霉群体遗传结构研究提供更系统、有效的标记.利用软件SciRoKo和ClustalX对致病疫霉基因组中微卫星序列长度≥25 bp的适合标记开发的位点及两端序列进行筛选.然后在这些位点的两端序列上设计专一性PCR扩增引物,选择9株致病疫霉菌对引物的专一性和微卫星的多态性进行检测.最后利用40株不同年份和地理来源的致病疫霉菌株对可行性微卫星标记进行等位基因数的确定及其多态性评估,然后选取部分标记对40株致病疫霉群体进行遗传多样性分析.共获得了33个具多态性的微卫星标记,占开发总数的28.7％,其多态信息含量(PIC)值都在0.164～0.614之间,其中PIC≥0.5的标记有7个,0.25 ＜PIC＜0.5的标记有25个,PIC≤0.25的有1个.发现致病疫霉微卫星基因型与其交配型及地理来源有一定相关性,与甲霜灵敏感性不相关.本研究开发出一批具有多态性微卫星标记,为致病疫霉群体遗传学研究机理提供更多多态性高,稳定性强的分子标记. 相似文献
9.
在QTL定位的基础上选取猪解偶联蛋白3(UCP3)作为控制脂肪沉积性状和肉质性状的候选基因。对猪UCP3基因的部分编码区进行了测序，在395 bp处发现了1个cSNP位点。该cSNP位点发生G→A突变，并导致相应编码氨基酸由甘氨酸→精氨酸的改变。该位点可以被限制性内切酶SmaⅠ识别。利用PCR-RFLP方法，对186头大白×梅山F2资源家系进行UCP3片段SmaⅠ位点分析，发现AA、AB和BB三种基因型，其中A等位基因频率0.56，B 0.44。经统计分析发现，在该F2群体中，UCP3 SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。UCP3 SmaⅠ位点主要表现为加性效应，基因型AA降低膘厚，提高系水力和降低失水率，但同时也降低肌内脂肪含量。 相似文献
10.
为研究猪促甲状腺激素口基因(TSH-β)的多态分布情况及与生长肉质性状的关联性,本研究对TSH-β基因全序列进行再测序,发现3个单核苷酸突变座位:位于5'非转录区多态座位A-175G、位于编码区非同义突变座位G+52A,以及位于内含子的突变座位G+570A.采用PCR-RFLP和四引物ARMS-PCR方法对皮特兰、长白、杜洛克、约克夏、金华猪、岔路黑猪和嘉兴黑猪七个纯种猪群以及金皮资源家系F2代群体共计548头个体进行多态分型,并在F2代群体中分析了TSH-β多态座位与生长和肉质性状的关联性.结果表明,猪TSH-β基因具有较高的遗传多样性(Shannon多样性指数总体均值为0.48),且存在相当程度的品种间遗传分化(Fst=0.5389).其中,座位A-175G在4个国外品种和岔路黑猪中的优势等位基因为A,而在金华猪和嘉兴黑猪中的优势等位基因为G,关联分析显示AA型个体在胴体长、日增重、后腿重和后腿肌肉重方面显著高于GG型个体(P<0.05):座位G+52A的多态性主要存在于金华猪中,而在其他猪种中表现为低杂合度或完全纯合于等位基因G,且与肌内脂肪含量有显著关联;座位G+570A的多态性仅存在于我国的嘉兴黑猪和金华猪中,其他猪种表现为完全纯合于等位基因G,关联分析结果表明GG型个体在胴体长和后腿肌肉重方面显著高于AA型个体.研究结果提示,TSH-β基因可考虑为猪4号染色体相关QTL的功能候选基因. 相似文献
11.
鲤鱼三、四核苷酸重复微卫星座位的筛选及特征分析* 总被引：5，自引：0，他引：5
采用磁珠富集法结合放射性同位素杂交法分离出鲤鱼(Cyprinus carpio)三、四核苷酸重复的微卫星阳性克隆1248个。对其中的384个克隆进行测序分析,共得到微卫星序列325个,其中完美型244个（75.08%）,非完美型59个（18.15%）,混合型22个（6.77%）。依据得到的微卫星序列,用Primer 3软件在线设计并合成引物145对,检测结果显示71.43%（80对/112对）的引物在野生个体间表现出多态性,等位基因数在3~12之间,多态信息含量在0.2109~0.8607之间,80%的位点处于高度多态水平。对群体的遗传结构评估结果显示,四核苷酸重复的微卫星标记在黑龙江鲤野生群体表现出的多态性水平（PIC=0.7740）高于三核苷酸重复（PIC=0.5161）和双核苷酸重复（PIC=0.49）,适用于群体间遗传差异分析和遗传连锁图谱的构建。 相似文献
12.
快肌肌浆球蛋白轻链2(fast skeletal myosin light chain2,HUMMLC2B或MYLPF)是一种钙结合蛋白,参与多种生命活动.实验获得克隆猪HUMMLC2B基因(GenBank登录号:DQ533994),并采用PCR-RFLP技术,分析了HUMMLC2B基因第1内含子中的Msp Ⅰ酶切多态(T613C)在7个品种猪中的多态性分布;分析了多态性与36头长白猪、5个群体104头猪以及长白和5个群体之和的140头猪胴体性状和肉质性状间的相关,结果表明,在检测的猪群中除长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例为1:2外,其余的均为B等位基因占绝对优势,且A等位基因纯合个体只在长白猪中检测到.在不同组合的相关性分析中,基因型效应与瘦肉率、眼肌高度、眼肌面积肌内脂肪和肌内水分等差异极显著(P<0.01)或显著(P<0.05).HUMMLC2B基因在12个猪器官或组织中均表达,在心脏和骨骼肌中表达量最高. 相似文献
13.
绵羊皮肤源EST-SSR标记与羊毛性状的关联性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了筛选与绵羊(Ovis aries)毛性状基因座连锁更强的分子标记,本研究选择9个多态性丰富的绵羊皮肤源EST-SSR位点,检测了德国美利奴羊与中国美利奴羊级进杂交F2代群体的遗传多态性,并分析了标记与毛性状间的关联性.分析结果显示,所选的9个EST-SSR位点在供试群体中共检测到39个等位基因,多态性丰富,其中的6个位点基因型间存在显著差异;其中,与自然长度关联的位点有5个,与伸直长度关联的位点有4个,与纤维直径关联的位点有3个.6个EST-SSR位点基因型间存在显著差异;关联性标记对羊毛性状相关效应的F检验结果表明:33176918位点和33176988位点分别对羊毛自然长度、纤维平均直径具有显著的遗传效应(P＜0.05).研究结果提示,与羊毛性状相关的6个位点中,33176918号位点对羊毛的自然长度有较大的标记效应,该位点的CD基因型是羊毛自然长度的有利基因型;33176988号位点对羊毛的纤维直径有显著地标记效应,该位点的BC基因型是纤维直径的有利基因型.这两个位点可能与控制毛形状的基因座紧密连锁. 相似文献
14.
快肌肌浆球蛋白轻链2（fast skeletal myosin light chain 2,HUMMLC2B 或 MYLPF）是一种钙结合蛋白,参与多种生命活动。实验获得克隆猪HUMMLC2B基因（GenBank登录号：DQ533994）,并采用PCR．RFLP技术,分析了HUMMLC2B基因第1内含子中的MspⅠ酶切多态（T613C）在7个品种猪中的多态性分布;分析了多态性与36头长白猪、5个群体104头猪以及长自和5个群体之和的140头猪胴体性状和肉质性状间的相关,结果表明,在检测的猪群中除长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例为1：2外,其余的均为B等位基因占绝对优势,且A等位基因纯合个体只在长白猪中检测到。在不同组合的相关性分析中,基因型效应与瘦肉率、眼肌高度、眼肌面积肌内脂肪和肌内水分等差异极显著（P〈0．01）或显著（P〈0．05）。HUMMLC2B基因在12个猪器官或组织中均表达,在心脏和骨骼肌中表达量最高。 相似文献
15.
为了尝试利用分子育种技术高效选育实用性籼稻优质香型不育系,本实验对参试的13份水稻籼型(Oryzasativa ssp.indica)保持系进行了稻米香味性状测定,并采用香味基因(fgr)的功能分子标记1F/1R进行PCR分子检测,发现宜香B有浓烈香味,PCR扩增出Ⅰ型带(fgr/fgr),其余材料均为Ⅱ型带(Fgr/Fgr)。利用该分子标记,对Ⅱ-32B/宜香B配组的F1～3进行了1F/1R标记多态性鉴定,结果表明,分子标记具有共显性特性,表现为单基因控制模式。经过F2代分子标记辅助选择,F3代入选株系的香味特异性标记1F/1R纯合率高达96.0%。在F3选留的Ⅰ型纯合系基础上,结合株型、粒型、透明度、垩白度、糊化温度、直链淀粉等指标的田间和室内选择,选株与Ⅱ-32A成对交,并以后每世代保持约50～60对成对交规模,连续5代选株成对交,最终获得了一批性状稳定的优质香型不育系(保持系),暂定名为浙农香A(B)系列。实验还选取4份代表性不育系(保持系)作了较为全面的特性鉴定,结果表明,该4份不育系(保持系)的1F/1R均为Ⅰ型标记,香味明显,且株型良好、粒型细长、高透明度、低垩白、中等糊化温度、中等AC含量,是... 相似文献
16.
采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。 相似文献
17.
快肌肌浆球蛋白轻链2（fast skeletal myosin light chain 2,HUMMLC2B或MYLPF）是一种钙结合蛋白,参与多种生命活动,是近几年研究较多的一种肌浆球蛋白。本研究采用PCR-RFLP技术,分析了HUMMLC2B基因第1内含子中的MspⅠ酶切多态（T613C）在7个品种猪中的多态性分布及其与胴体性状和肉质性状间的相关,结果表明：在检测的猪群中除长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例为1：2外,其余的均为B等位基因占绝对优势,且A等位基因纯合个体只在长白猪中检测到。在6个群体中,基因型效应与眼肌宽度、眼肌面积 肌内脂肪和肌内水分等差异极显著（P<0.01）,与瘦肉率和皮率等性状差异显著（P<0.05）。最后对该基因在各组织中的表达情况进行了研究;该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究。 相似文献
18.
三种笛鲷的野生群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析 总被引：6，自引：0，他引：6
摘要：利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对南海海域红鳍笛鲷、星点笛鲷、紫红笛鲷3种笛鲷鱼的野生种群（HYE、XYE、ZYE）和养殖种群（HYA、XYA、ZYA）进行了遗传多样性分析。10对微卫星引物在6个群体中共检测到78个等位基因,每个位点的等位基因数目在1~8个之间。6个群体的观测杂合度(Ho)为0.2500~1.0000,平均观测杂合度为：ZYE(0.9550)> ZYA(0.8900),HYE(0.8950)> HYA(0.8400),XYE(0.8450)>XYA(0.8100) ;平均多态信息含量(PIC) 为0.3648~0.7964,各野生群体均大于养殖群体;三种笛鲷鱼的野生群体和养殖群体遗传距离HYE与HYA,XYE与XYA,ZYE与ZYA分别为0.1029,0.0371,0.0135,基因分化系数分别为0.0371,0.0211,0.0352。群体遗传结构分析结果表明：红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的遗传多样性较丰富,养殖群体的遗传多样性较野生群体均有一定程度的降低,野生群体和养殖群体分化较弱。 相似文献
19.
本文利用SPSS13.0分析软件对194尾松浦镜鲤的体重、体长和尾长值进行相关分析,并选用扩增效果好的30个微卫星标记,检测新品种松浦镜鲤繁殖群体的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）等遗传参数,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡,最后还将30个基因座的不同基因型与个体的体重、体长和尾长进行了相关分析。结果显示,体重与体长高度线性相关,差异极显著;尾长与体重、体长分别呈显著相关,差异显著。多样性指数结果表明共检测到172个等位基因,片段长度在115～432bp之间,有效等位基因数为1.14～5.32;观测杂合度为0.07～0.92,期望杂合度为0.13～0.91;多态信息含量为0.12～0.79,其中高度多态（PIC≥0.5）21个,中度多态（0.25≤PIC≤0.5）7个,表明这个群体的多样性较高,信息含量比较丰富。我们还发现有4个遗传位点：HLJ328、HLJ693、MFW29和MFW48与体长性状显著相关（P〈0.05）,其中,位点HLJ328、HLJ693和MFW48还与体重性状显著相关（P〈0.05）,未发现与尾长性状相关的位点。本文获得的这些标记具有生长特性优势,可作为松浦镜鲤分子辅助育种的参考标记。 相似文献
20.
利用复合杂交群体定位陆地棉产量性状QTL 总被引：2，自引：1，他引：1
以共同亲本渝棉1号分别与中棉所35和贝尔斯诺杂交F1代,再次杂交得到复合杂交群体.利用6 565对SSR引物对3亲本进行多态性引物筛选,获得92对多态性引物.以多态性引物检测复合杂交群体172个单株的标记基因型,共获得96个标记位点,其中4对引物产生两个位点.构建的遗传连锁图谱包括63个标记、19个连锁群,总长656.0 cM,标记问平均距离10.4 cM,覆盖棉花基因组14.8%.利用多QTL作图方法,以复合杂交群体F2株系的产量性状鉴定结果,检测到7个产量性状QTL,即1个单株铃数(BN)、2个单铃重(BW)、1个衣分(LP)、1个单株籽棉(SC)和2个单株皮棉(LC).7个QTL分布于4条D基因组染色体,其中第19染色体分布4个QTL.同时,不同亲本之间存在产量性状QTL等位基因的差异. 相似文献