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1.
湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析 总被引：4，自引：1，他引：4
本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。 相似文献
2.
湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。 相似文献
3.
中华双腔吸虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以从中国甘肃玛曲牦牛胆管中采集的3条中华双腔吸虫作为研究对象,用引物JB3及JB4.5扩增中华双腔吸虫的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建其与其它吸虫的进化关系。将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的3个中华双腔吸虫样品pcox1序列长度一致,均为355 bp。种系发育分析表明,3个中华双腔吸虫样品位于同一分枝。本研究系首次报道中华双腔吸虫的线粒体cox1序列,从而为进一步研究中华双腔吸虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 相似文献
4.
本试验旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅱ亚基(cox2)基因部分序列(pcox2)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位Ⅳ基因(nad4)部分序列(pnad4)的遗传变异情况.利用聚合酶链式反应(PCR)扩增鸡蛔虫的pcox2and pnad4,应用clustalx1.81程序对序列进行比对,结果显示,所获得的cox2(pcox2) and nad4(pnad4)序列长度一致,为350 bp(pcox2) and 400 bp(pnad4).由于鸡蛔虫pcox2 and pnad4序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查提供了基础. 相似文献
5.
本研究旨在阐明脑多头蚴湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸( NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位4基因(nad4)部分序列(pnad4)的遗传变异情况,并用pnad1和pnad4序列重构脑多头蚴与其它带科绦虫的种群遗传关系.利用聚合酶链反应(PCR)扩增脑多头蚴的pnad1和pnad4,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析.结果显示所获得的pnad1和pnad4序列长度分别均为666和887 bp,湖南分离株与已知多头带绦虫位于同一分枝.由于脑多头蚴pnad1和pnad4序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为脑多头蚴的分子流行病学和其相关疾病的诊断奠定基础. 相似文献
6.
《中国兽医学报》2016,(8):1336-1340
为阐明不同地区猪克氏伪裸头绦虫(Pseudanoplocephala crawfordi)分离株线粒体pcox3、pnad4、pcytb基因的部分序列的遗传变异情况,本研究首先扩增和测定了河南洛阳、济源和陕西杨凌地区猪的克氏伪裸头绦虫分离株pcox3、pnad4和pcytb基因的序列,然后通过合并pcox3、pnad4和pcytb 3段序列重建了克氏伪裸头绦虫与其他绦虫的种群遗传关系。结果显示,克氏伪裸头绦虫pcox3、pnad4和pcytb扩增片段的长度分别为503,604和690bp;克氏伪裸头绦虫线粒体3段基因pcox3、pnad4和pcytb的不同地域种内序列差异分别为0.00%~1.83%,0.00%~1.52%和0.00%~1.51%;基于合并pcox3、pnad4和pcytb 3段基因重构种系发育树发现,不同地区克氏伪裸头绦虫分离株聚在一起,并形成姊妹支,而所有的克氏伪裸头绦虫分离株又形成2个小的分支;表明克氏伪裸头绦虫可能存在2个种群,并且与缩小膜壳绦虫亲缘关系最近。 相似文献
7.
山羊脑多头蚴线粒体nad1基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究旨在阐明脑多头蚴湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pnad1序列重构脑多头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增脑多头蚴的pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示,所获得的pnad1序列长度分别均为430 bp,湖南分离株与已知多头带绦虫位于同一分枝。由于脑多头蚴pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为脑多头蚴的分子流行病学和其相关疾病的诊断奠定基础。 相似文献
8.
以来源于湖南省长沙生态动物园猎豹体内的狮弓蛔虫为研究对象,利用保守引物,通过聚合酶链反应(PCR),扩增猎豹狮弓蛔虫线粒体细胞色素c氧化酶I亚基基因(cox1)部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建与其他相关蛔虫的进化关系。将获得的序列,用Clustal X 1.83程序进行比对,用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。结果显示:样品pcox1序列长度均为367 bp,种内相对保守(1.4%～6.8%),种间变异显著(9.7%～21.4%);种系发育关系指示,猫科动物狮弓蛔虫分离株位于同一分支,犬科动物狮弓蛔虫分离株位于另一分支。由于狮弓蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为狮弓蛔虫种间遗传变异研究的标记。 相似文献
9.
本研究旨在阐明鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建其与其他蛔虫的进化关系。应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1,将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法和Mega 4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1序列长度一致,均为250 bp,种内变异在0~2.5%之间。种系发育分析表明,8个鸡蛔虫分离株位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大(6.9%~15.3%),故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究鸡蛔虫的群体遗传结构奠定了基础。 相似文献
10.
青海巨型住肉孢子虫线粒体cox1基因的克隆及进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医杂志》2017,(10)
为了研究青海省巨型住肉孢子虫线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建巨型住肉孢子虫与其他住肉孢子虫的种群遗传关系。利用PCR技术扩增巨型住肉孢子虫的pcox1,将测序所获序列进行比对,并进行同源性分析和系统发育树的构建。结果显示,所获得的pcox1序列长度均为968 bp,与GenBank已公布的巨型住肉孢子虫相似度为99.1%~99.8%。系统发育树表明,所有分离株与已知巨型住肉孢子虫位于同一分支。巨型住肉孢子虫pcox1序列种内相对保守(0.2%~0.7%),种间差异较大(6.8%~20.8%),可用作种间遗传变异研究的标记。 相似文献
11.
为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。 相似文献
12.
To study the genetic variations of Ascaridia galli (A. galli) and the phylogentic relationships with other Ascaridata, fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) gene and complete sequence of NADH dehydrogenase subunit 4 (nad4) gene of 15 adult A. galli isolated from Xichang city in Sichuan province were amplified by PCR, then analyzed the sequences. NJ trees and Bayes trees based on pcox1 and pnad4 genes were reconstructed. The partial sequences of cox1 gene and complete sequence of nad4 gene were 1 152 and 1 236 bp, respectively. There were 33 and 40 variable sites in the pcox1 and nad4 gene sequences, the intraspecific sequence variations within A. galli were 0 to 2.1% for pcox1 gene, 0 to 2.3% for nad4 gene. 8 and 11 haplotypes were detected in pcox1 and nad4 genes, the global haplotype diversity were 0.733±0.124 and 0.933±0.054, the nucleotide diversities were 0.00433±0.00153 and 0.00541±0.00157, and the average genetic distances were 0.004 and 0.005, respectively. Phylogenetic trees based on pcox1 and pnad4 genes with Neighbour-Joining and Bayesian analysis method revealed that all A. galli were clustered in one clade, and they were more closely related to A. columbae than any other members of Ascaridata. These findings indicated that 15 isolates of A. galli from Xichang city kept low genetic variation, nad4 gene was more suitable and effective than cox1 gene as molecular marker for detecting genetic variation of A. galli. 相似文献
13.
本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位5基因（nad5）部分序列（pnad5）和核糖体小亚基基因（rrnS）部分序列（prrnS）的遗传变异情况,并用pnad5和prrnS序列重构猬迭宫绦虫与其他绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pnad5和prrnS,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pnad5和prrnS序列与预期（片段的）长度一致,分别为531bp和328bp。种系发育树表明,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。结果表明,由于猬迭宫绦虫pnad5和prrnS序列种内相对保守,种间差异较大,均可作为种间遗传变异研究的标记。 相似文献
14.
羊毛尾线虫线粒体nad4基因的序列变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在阐明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体NADH脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)的遗传变异情况, 并用pnad4序列构建其与其他鞭虫的进化关系。应用PCR扩增羊鞭虫虫株的pnad4,将所获得的序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。本试验扩增所获得的pnad4序列长度一致,均为827 bp,种内变异在0~1.5%之间。种系发育分析结果表明,12个羊鞭虫分离株位于同一分支。由于羊鞭虫nad4序列种内相对保守,种间差异较大(37.8%~45.6%), 故可作为种间鉴定检测研究的遗传标记, 本研究结果为进一步研究羊鞭虫的群体遗传结构奠定了基础。 相似文献