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农林院校生物信息学课程教学方法改革探析 总被引：1，自引：1，他引：0
随着大量农作物、农业动物和微生物基因组的测序完成,为农业基础和应用研究中提供海量的数据和信息资源。因此,生物信息学已成为农林院校生物学和农林相关专业的一门重要课程,特别是近年来网络和专业数据库的发展,为生物信息学教学和研究提供了有利条件。从网络环境下对生物信息学课程教学模式和教学方法的改革进行研究,提出了"三结合"的教学模式,启发式、互动式和探究式的教学方法、计算机开放式考核方法及网络教学资源库建设的改革措施,有助于提高学生的学习能力、动手能力和创新意识,可为网络环境下的《生物信息学》及其他课程所借鉴。 相似文献
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从基因表达综合数据库下载GSE83514数据集,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与牛口蹄疫病毒感染的相关模块及枢纽基因,并对整个模块内的基因进行GO功能注释和KEGG通路分析。结果显示,通过构建WGCNA共表达网络,确定与牛口蹄疫病毒感染显著负相关的Darkred模块和显著正相关的Green模块为枢纽模块,它们的枢纽基因分别为MFSD4和RHOH。这两个模块基因共富集到20个生物学过程及14条KEGG信号通路,并且两个模块同时富集到DNA复制通路。本研究为探究牛口蹄疫病毒感染通路变化提供了生物信息学依据,筛选的枢纽基因MFSD4和RHOH有望成为抑制牛口蹄疫病毒感染的治疗靶标。 相似文献
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【目的】研究系统生物学中大型布尔网络的结构型模块分解以及相关的动态演化问题。【方法】引入了一种适应于大尺度调控网络的模块划分方法,探讨了与模块划分相关的网络动态特性。【结果】在模块划分方面,证明了模块之间存在着偏序关系。在与模块划分相关的网络动态特性研究方面,提出了投影状态空间的概念,给出了局部投影空间和整个系统状态空间在稳定状态方面的关联性。【结论】通过对系统生物学中大型布尔网络进行合理模块分解,得到了从局部稳态特性推导总体稳态特性的基本结论,有效化简了对这类大型网络研究的复杂度。 相似文献
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为探究覆膜措施对津市藠头产量及根际土壤细菌群落多样性、结构、生态功能、物种之间网络互作的影响,本研究采集了未覆膜、覆普通地膜、覆蓝色地膜3个处理下的藠头根际土壤,利用高通量测序技术和生物信息学的相关方法进行研究。结果表明：覆膜措施提高了藠头产量,其中未覆膜处理产量为29 766.7 kg·hm-2,普通地膜处理产量为31 466.7 kg·hm-2,增产5.7%,蓝色地膜处理产量为39 966.7 kg·hm-2,增产34.3%。覆膜处理显著改变了细菌群落结构,并显著降低了细菌群落多样性。此外,藠头根际土壤细菌群落对不同地膜处理的响应不同,在门和属水平上均存在一定差异。网络分析结果表明,未覆膜处理具有124个模块,普通地膜和蓝色地膜处理的根际细菌分子生态网络分别具有77个和80个模块。覆膜措施使藠头根际细菌分子生态网络的模块数降低,这可能会导致细菌群落生态功能多样性降低。覆膜措施还导致根际细菌关键物种改变。基于功能预测,相较于未覆膜处理,覆盖蓝色地膜显著提高了尿素分解功能(P<0.05),而普通地膜处理相对于蓝色地... 相似文献
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以Web of Science网络数据库中2007年的生物信息学文献为源文献,对高频被引论文进行同被引聚类分析,同时应用多维标度技术获得同被引论文的二维散点图,〖XD〗结合生物信息学和情报学知识总结该领域的学科结构和研究热点。
相似文献8.
甜菜害虫专家系统的建立 总被引：4，自引：0，他引：4
在总结甜菜害虫知识和专家经验的基础上,建立了基于网络的甜菜害虫咨询专家系统.该系统由害虫管理模块、预测预报模块、防治决策分析模块、解释文本数据库4部分构成,是对甜菜害虫进行识别、查询、防治和用药指导的较为完整的体系,初步实现了甜菜害虫的网络诊断和查询功能,可为人们提供系统的科学防治措施和综合治理甜菜害虫的专家决策体系. 相似文献
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《山东农业大学学报(自然科学版)》2019,(6)
4G网络是当前使用最为普遍的远程通信技术,将4G网络应用到农田灌溉远程监控系统,能够较好地支撑系统数据传输。本文设计开发了一种基于4G网络的农田灌溉远程监控系统,分为现场数据采集端、服务器端、客户端,其中现场数据采集端由摄像头、传感器、数据采集模块组成;服务器端由管理模块、储存模块、通讯模块组成;客户端由数据解码模块、信息分析模块、远程视频查看模块组成。系统开发分别采用了ARM微处理器平台以及JAVA、JAVAEE、ObjC、C等语言。根据测试结果,本系统的相关功能和性能良好,有较大的载荷能力。 相似文献
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为进一步阐述仔猪腹泻发生的分子机制,应用生物信息学方法构建了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱,并对其中的基因进行基因功能聚类分析。首先,选择物种为猪,通过STRING 数据库分析发现与MUC13相关联的有 10种蛋白（MUC4,MUC20,LRCH3,FLJ33471,ACK,ZDHHC19,CTPCT,APOD,Msp,CD71）;其次,根据筛选到的蛋白,构建了仔猪腹泻调控网络,并从中找到了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络,该网络包括MUC13,MUC4,MUC1,MUC2,MUC3,TFF3,NOD1,TNFSF10,FGFR1,CDH2等10个基因;最后,采用DAVID数据库对图谱中的这10个基因进行基因功能注释分析,发现富集相关程度较高的一些基因聚类条目有上皮生长因子（EGF）序列、SEA模块、跨膜结构域、胞质尾区等,因此推测MUC13基因结构的特异性决定了其在仔猪腹泻发展过程中具有特定的功能。文章建立的MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络具有一定的真实性,可以用来描述仔猪腹泻症发生发展过程中分子的相互作用。 相似文献
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苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】 随着高通量测序技术的发展和完善,海量的转录组测序数据随之涌现,基因网络的方法也越来越多被用于研究中;细毛羊毛囊发育受多个基因及lncRNA共同调控,单独研究某一分子并不足以发现其调控机制,本研究旨在构建毛囊发育相关lncRNA和mRNA的共表达网络,挖掘细毛羊毛囊发育的潜在候选基因。【方法】 以苏博美利奴羊胎龄65 d（D65）、85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）的胎儿以及出生后7 d（A7）、30 d（A30）的羔羊肩胛部皮肤组织,每个时期有3个生物学重复,共18个样本,进行转录组测序以获得6个不同发育时期的lncRNA与mRNA表达谱数据,筛选出相邻时期的差异表达lncRNA与mRNA,运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具进行GO（gene ontology）和 KEGG pathway富集分析以找到与毛囊发育相关的模块,最后从目标模块筛选高连通度的lncRNA与mRNA使用Cytoscape软件进行网络可视化。【结果】 从表达谱数据中筛选得到9 070个差异表达的lncRNA与mRNA,运用WGCNA方法得到11个模块,使用DAVID富集分析发现honeydew1、paleturquoise、skyblue2模块中的基因富集在皮肤发育、毛囊发育、毛囊形态发生、Wnt信号通路负调控、细胞粘附等生物过程,以及Wnt信号通路、TGF-β信号通路、Hedgehog信号通路、紧密连接、MAPK信号通路、ECM-受体相互作用等毛囊发育相关的信号通路,并筛选这3个模块中连通度高的lncRNA和mRNA构建了子网络,得到包括TGFB2、CTSB、SFN、SPINT1、FAM83G、GSDMA、MPZL3、VIM、CRABP1在内的毛囊发育相关基因,预测出ENSOART00000029117、TCONS_00489976、TCONS_00376759等24个lncRNA的可能靶基因。【结论】 首次运用WGCNA方法构建了苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA的共表达网络,鉴别出3个毛囊发育相关的共表达模块,发现多个与毛囊发育相关的潜在候选基因,并预测出24个lncRNA可能的靶基因。 相似文献
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农业院校生物信息学教学改革与探索 总被引：1，自引：0，他引：1
生物信息学是一门应用广泛的新兴学科。针对农业院校生物信息学课程开设时间不长、学生缺乏生物信息学相关基础知识等特点,通过丰富教学内容、改革教学方法、强化实验教学,以期提高其教学效果和质量。 相似文献
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小麦质量等级检测过程中，容重是一项非常重要的指标。人工检测和传统图像处理方法在小麦质量等级检测方面存在设备昂贵、识别效率低等问题，需要进一步改进。采用自制3种等级小麦籽粒样品作为小麦容重数据集，针对小麦籽粒目标小、边缘分割不清晰等特点对U-Net网络进行改进。在主干网络上，采用残差堆叠模块来减少特征损失，在网络桥接部分嵌入CBAM注意力机制模块来加强对特征的进一步提取，在解码器部分嵌入自注意力机制模块，还原细节信息。结果表明，改进网络模型CBSA＿U-Net的平均交并比（MIoU）为81.5%，比U-Net模型提升了1.8百分点，相较于PSPNet、DeepLabv3+模型分别提升了4.2、3.3百分点。 相似文献
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【目的】发掘和识别猪肉质性状相关的基因共表达模块和关键基因。【方法】采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、基因互作关系网络以及中心性方法,对来自NCBI基因表达数据库的大蒲莲猪和长白猪各8头个体的背最长肌基因表达数据集GSE119368进行关键基因共表达模块和基因挖掘,以3头撒坝猪和3头大白猪为素材对肉质性状部分关键基因进行qPCR验证。【结果】共鉴定出蓝色和红色2个与猪肉质性状显著相关的基因共表达模块(r值分别为0.89和0.91,P值分别为5E-6和7E-7);蓝色模块基因主要与快慢肌纤维转换及细胞外基质等相关,其中的10个基因COL3A1、COL5A1、COL1A2、COL14A1、CRTAP、COL5A3、LEPREL1、DEPTOR、COL4A2和COL6A2为肉质性状关键基因;红色模块基因主要与骨骼肌细胞及脂肪细胞分化等有关,其中的11个基因FBXL4、RNF115、FBXO40、ASB4、ASB15、UBE2L6、RNF41、ASB5、HERC5、SOCS1和ASB11为肉质性状... 相似文献
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刘慧 《新农村(黑龙江)》2010,(6):195-195
【教材分析】
本课是《新标准英语》一年级起点第十一册,第七——九模块的整合复习课,这3个模块主要介绍的都是以实义动词引导一般现在时来描述日常的生活和习惯性的行为。第七模块主要介绍的是以实义动词引导的一般现在时的一般情况,而第八模块是在第七模块的基础上引入了频度副词ofen一词,第九模块进一步引入了wantto这一词组。本节课综合这三个模块的知识特点,重新整合提炼,达到知识的综合复习和运用的目的。 相似文献
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基于知识的共享和服务已经成为研究者关注的热点,而知识融合(尤其是隐式知识发现)逐渐成为基于知识的共享和服务中知识处理和优化的核心部分。提出了基于农业本体和融合规则的知识融合框架,主要包括:研究基于农业本体的知识抽取、清理和标注方法,知识体聚类模块;基于本体的融合规则构建以及规则选择、评估模块;面向用户需求的知识融合模块。最后,给出了一个面向农业领域的知识融合实例证明该框架对农业知识服务具有重要的意义。 相似文献
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《金陵科技学院学报》2021,(3)
针对现有卷积神经网络结构不能充分挖掘高低级语义特征的缺点,提出一种联合自学习的属性金字塔模块(JSLAPM),其由多维自学习模块(MSLM)和特征金字塔模块(FPM)构成,可应用到任意主干网络结构中。MSLM通过学习空间维度以及通道维度上的特征矩阵重要性来调整特征矩阵,而FPM通过融合不同深度的特征矩阵来增强特征属性的表达能力。此外,结合通道分离提取模块(CSEM),提出了一种特征金字塔注意力网络(FPANet)。实验结果表明,所提出的网络模型可将VGGNet和ResNet的主干网络精度分别提升了近3%。 相似文献
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基于知识的共享和服务已经成为研究者关注的热点,而知识融合(尤其是隐式知识发现)逐渐成为基于知识的共享和服务中知识处理和优化的核心部分。提出了基于农业本体和融合规则的知识融合框架,主要包括研究基于农业本体的知识抽取、清理和标注方法,知识体聚类模块;基于本体的融合规则构建以及规则选择、评估模块;面向用户需求的知识融合模块。最后,给出了一个面向农业领域的知识融合实例证明该框架对农业知识服务具有重要的意义。 相似文献