甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选     

徐刚红  姜子德  沈万宽  罗明珠  饶得花 《华中农业大学学报》2015,34(6):33-39

以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。  相似文献   

东北四省部分玉米丝黑穗病菌生理分化及RAPD分析     

宫秀杰  王俊河  钱春荣  于洋  马军韬 《勤云标准版测试》2008,(4)

应用鉴别寄主鉴定技术对吉林省、辽宁省、黑龙江省和内蒙古自治区玉米丝黑穗病菌的致病性情况进行了鉴定,共划分为4个不同的致病类型,其中黑龙江省玉米丝黑穗病菌致病性较强,发病率为29.34%,辽宁省玉米丝黑穗病菌致病性较强,发病率为18.00%,说明玉米丝黑穗病菌的致病性存在明显差异。应用RAPD技术对4个省区玉米丝黑穗病菌的生理分化进行了分析,不同菌株的相似系数在0.40～0.64之间,在0.58的相似系数水平上共划分为4个类群,其中505号和506号菌株相似性最大,相似系数达到0.64;504号和507号菌株相似性最小,相似系数达到0.40,说明丝黑穗病菌存在着丰富的生理分化现象。  相似文献   

玉米丝黑穗病菌种群遗传多样性研究   总被引：6，自引：0，他引：6  

姜钰  徐秀德  刘志恒  董怀玉  赵姝华 《沈阳农业大学学报》2007,38(4):522-526

对采自中国9省（市）不同地理来源和不同品种的玉米丝黑穗病菌[Sporisorium reilianum（Kühn）Langdon＆Fullerton]进行了遗传多样性研究。应用随机扩增多态性DNA（random ampilfied polymorphic DNA,RAPD）技术对22个不同地区菌株的DNA进行扩增,经聚类分析结果表明,可将供试菌株基本分成5组。来自不同地区相同品种上的菌株和同一地区不同品种的菌株的DNA多态性存在差异;同一组内的DNA多态性亦有差异,即玉米丝黑穗病菌具有丰富的种内遗传多态性。  相似文献   

高粱DNA的提取纯化及抗丝黑穗病基因的初步分析     

李玥莹  彭霞  倪娜  陶思源 《安徽农业科学》2008,36(5):1776-1777,1820

[目的]为快速选育抗病高粱新品种提供理论依据。[方法]采用CTAB法提取高粱基因组DNA,运用RAPD分子标记技术对高粱的抗丝黑穗病基因进行初步分析。[结果]琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,采用CTAB法提取高粱叶片DNA有较好的提取效果。通过对70个随机引物进行筛选,获得了34个具有多态性扩增谱带的RAPD引物,确定为适宜引物。34个适宜引物共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出3.1条谱带,使高粱基因组呈现出1种多态性。[结论]高粱抗丝黑穗病基因的RAPD扩增谱带集中分布在600～3 000 bp。  相似文献   

糯玉米SSR-PCR反应体系优化及多态性引物筛选     

王薪淇  姜龙  宋轶群  邢政  储航  赵仁贵 《吉林农业大学学报》2016,(4):398-404

用L25(56)正交设计建立和优化糯玉米SSR-PCR反应体系;利用370对SSR引物对糯玉米两亲本及F1进行扩增,筛选抗丝黑穗病的相关引物。结果表明:20μL糯玉米SSR-PCR最优反应体系为1.5 U DNA聚合酶,1.0 nmol/μL镁离子,80 ng模板DNA,0.1 pmol/μL引物,0.15μmol/μL d NTPs,1倍扩增缓冲液;370对SSR引物对两亲本及F1进行扩增的条带显示,有差异且条带清晰的引物为87对。确立了糯玉米SSR-PCR最优反应体系,筛选并得到了87对多态性引物。  相似文献   

基于序列特异扩增区域标记的栗疫菌巢式PCR检测技术     

《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2015,(1)

为建立栗疫菌(Cryphonectria parasitica)快速、准确的检测技术,利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)对不同来源地的栗疫菌和其他真菌分离物进行PCR扩增,筛选出栗疫菌的RAPD特异片段SCQ494。将特异RAPD片段SCQ494进行分离、回收,与载体pMD19-T载体连接,转化至大肠埃希菌进行培养,对目标片段克隆测序。根据测序结果,用Primer 5.0软件设计了序列特异扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)引物CQ1/CQ2和巢式PCR引物CR1/CR2。利用引物CQ1/CQ2通过常规PCR对不同来源地供试栗疫菌可扩增出1条约1 420bp的条带,对其他供试菌株DNA的PCR产物均无此条带,检测灵敏度为3pg/μL的基因组DNA;而以引物CQ1/CQ2为外圈引物和引物CR1/CR2为内圈引物进行的巢式PCR可从栗疫菌基因组DNA中扩增出1条大小约875bp的条带,灵敏度达到30fg/μL,是常规PCR的1000倍。验证实验表明巢式PCR可以从发病程度不同的栗树枝干和在自然感染的栗树枝条中检测出栗疫菌。  相似文献   

蛇莓RAPD与ISSR-PCR反应体系优化     

《江苏农业科学》2014,(7)

采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。  相似文献   

海南安诺兰 RAPD-PCR 反应体系的建立     

任军方  姜殿强  云勇 《贵州农业科学》2014,(11)

为海南安诺兰植物种质资源研究提供技术支持,以海南特有安诺兰种质为试验材料,采用正交试验,对影响 RAPD 分子标记的模板 DNA、dNTPs、Taq 聚合酶、Mg2＋浓度和引物浓度5个因素进行优化,建立适合于安诺兰 RAPD 标记的反应体系。结果表明：5个因素优化后在20μL 反应体积的浓度分别为模板 DNA 60 ng,dNTPs 150μmol/L,Taq 酶1．0 U,Mg2＋2．0 mmol/L,引物0．5μmol/L。  相似文献   

七彩鲑RAPD反应体系的构建及优化     

龚雪芬  苏军虎  张艳萍  娄忠玉  魏彦明 《甘肃农业大学学报》2011,46(5):12-17

以七彩鲑尾鳍为试验材料,对影响七彩鲑随机扩增多态性DNA(RAPD)扩增体系的重要参数进行了优化,建立了七彩鲑RAPD的最适反应体系.七彩鲑RAPD的最佳反应体系为:反应体系25μL,模板DNA的质量浓度4 ng/μL,Mg2+浓度2.0 mmol/L,dNTP浓度0.5mmol/L,引物浓度0.5μmol/L,Taq...  相似文献   

玉米丝黑穗病菌基因组SSR信息分析及其引物设计     

《山西农业大学学报(自然科学版)》2015,(5)

探讨玉米丝黑穗病菌(Sporisorium reilianum)基因组序列中SSR位点的分布与组成特点,为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的Genomic-SSR标记奠定基础。从NCBI公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列,利用SSRIT在线软件对第4、5、6、7条染色体进行SSR位点的搜索,并且利用Primer 3.0软件设计Genomic-SSR引物。结果表明:在玉米丝黑穗病菌基因组序列的第4、5、6、7条染色体中,共搜索到317个SSR位点,平均每条染色体出现79个SSR位点,其总长度为6.89kb,占这四条染色体基因组总长的0.21%,大约每10.3kb中就有一个大于18bp的SSR序列。其中,主要的重复类型是三核苷酸重复单元,占全部SSR的53.94%(171个),其次为二核苷酸重复单元,占全部SSR的16.09%(51个)。数量最少的是六碱基重复单元,为17个(5.36%)。出现频率最高的的重复基序为(GCA/TGC)n(13.25%),其次是(AGC/GCT)n和(CAG/CTG)n,出现频率分别为8.52%、8.20%。并在此基础上,利用Primer3.0在线软件设计了40对SSR引物。玉米丝黑穗病菌基因组序列中SSR位点丰富,具有发掘玉米丝黑穗病菌SSR标记的潜力。  相似文献