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利用ITS1和ITS4通用引物扩增香蕉枯萎病菌核酸片段鉴定其生理小种 总被引：8，自引：2，他引：6
利用真菌核糖体rDNA区通用引物ITS1和ITS4,扩增采集自香蕉的13株镰刀菌包括18S rDNA部分序列、ITS1-5.8S-ITS2全部序列和28S rDNA部分序列的片段,通过BLAST序列比对分析,确定13株菌为尖孢镰刀菌[Fusarium oxysporum]。采用最大简约法,以层出镰刀菌[F.proliferatum(EU151490)]和茄病镰刀菌[F.solani(GQ376116)]为外群,将13株菌的序列与BLAST检索获得的尖镰孢古巴专化型(F.oxysporum f.sp.Cubense)相应序列构建了系统发育树。系统发育分析结果显示,13株菌与NCBI登录的4个尖镰孢古巴专化型菌株一起被分成3个亚群,亚群聚类结果与回接鉴定结果及文献报道的生理小种结果完全一致。 相似文献
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为建立人参的快速鉴定体系,确定常用的植物DNA条形码是否适用于人参鉴定,并探讨ITS序列与FTIR技术联用的可行性。通过分析吉林产20种植物的ITS序列,对人参、西洋参等植物提取基因组DNA、PCR扩增并进行双向测序,对其进行聚类分析,并结合FTIR技术,基于峰形、峰高、峰强等不同年限人参进行分析。ITS序列不仅能够将同种人参分类成簇,同时也可形成不同分支且支持率均在70%以上。人参皂苷的特征吸收峰为1740 cm^(-1)、1518 cm^(-1)、1450 cm^(-1),人参及其近缘种红外光谱的“指纹区”能够反映该药材化学成分的专有特征。因此基于ITS序列与FTIR技术联用可以对人参进行快速分析鉴定。 相似文献
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为明确广西贺州市栀子根结线虫病病原种类,采集根部有明显根结的栀子根系进行根结线虫分离鉴定,通过观察根结线虫2龄幼虫、雌成虫、会阴花纹特征对其进行形态学鉴定,并利用核糖体ITS区和28S rDNA D2D3区序列比对和系统发育树分析方法对其进行分子生物学鉴定。结果表明,该病原线虫2龄幼虫和雌成虫形态特征及形态测量值与象耳豆根结线虫（Meloidogyne enterolobii Yang & Eisenback, 1983）相似;该病原线虫核糖体ITS区与NCBI数据库中象耳豆根结线虫相应序列的相似度为100%,28S rDNA D2D3区与NCBI数据库中象耳豆根结线虫相应序列的相似度为99%以上;该病原线虫核糖体ITS序列以99%的支持率与象耳豆根结线虫聚为同一分支。综合形态学和分子生物学鉴定结果将广西贺州市栀子根结线虫病病原种类鉴定为象耳豆根结线虫,栀子（Gardenia jasminoides Eills）是该线虫的新寄主纪录。 相似文献
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海南普通野生稻不同居群rDNA ITS区序列的比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以转bar基因粳稻(O.astiva ssp.japonica)YOO3为外类群,采用PAUP4.0等软件,对海南7个主要普通野生稻(O.rufipogon)核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(ITS)全序列信息进行比较分析.结果表明,ITS全长为586～589 bp,其中ITS1为193～195 bp,共有20个变异位点数,G/C含量为72.02%～74.74%;ITS2为229～231 bp,共有12个变异位点数,G/C含量为75.55%～76.08%:离栽培稻越近的类群G/C含量越高.所有材料5.8S rDNA序列完全一致,全长164 bp,G/C占97 bp,含量为59.15%.各类群间ITS序列信息较丰富,且显示ITS1比ITS2进化速度要快.利用ITS差异信息序列进行聚类分析为鉴别不同居群的普通野生稻提供了分子依据. 相似文献
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选用枇杷野生近缘种‘栎叶枇杷’和栽培种‘早钟6号’、‘香妃’,对其叶绿体基因组trnH-psbA基因间隔区进行PCR克隆与测序,利用生物信息学方法分析其序列特征,并构建苹果亚科内19个属的系统发育树。结果表明:trnH-psbA序列长323~392 bp(GenBank登录号:KF022254、KF022255、KF022256),G+C含量30.10%~33.13%,共有1个核苷酸替换(substitution)和2个插入/缺失(indel);基于trnH-psbA DNA条形码序列的分子系统进化分析结果表明,苹果亚科内形成2个大的分支,枇杷属与石斑木属的亲缘关系最近(平均遗传距离为0.055)。此结果表明叶绿体基因trnH-psbA序列可有效地进行枇杷属内物种鉴别及属间分类,是枇杷属植物DNA条形码研究的标准基因之一。 相似文献
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1株广谱抗真菌芽孢杆菌TR21的鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
利用API50CH鉴定系统、16S rDNA、gyrA和gyrB基因序列分析法,对1株分离自石斛兰叶片的广谱抗真菌芽孢杆菌TR21进行生化和分子鉴定。通过API50CH系统测试,TR21菌株与枯草芽孢杆菌相似性为90.3%,被鉴定为枯草芽孢杆菌。利用16SrDNA序列分析发现TR21菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、B.subtilis subsp.subtilis、B.subtilis subsp.spizizenii和B.velezensis的相应核苷酸序列具有很高的同源性,其序列相似性皆为99%,而基于gyrA和gyrB基因序列构建的系统发育树显示,该菌株与枯草芽孢杆菌的相似性分别为96%和91%。结合16SrDNA、gyrA和gyrB基因序列分析,也确定该菌为枯草芽孢杆菌。比较API鉴定和基于不同基因的鉴定发现,分子鉴定更加快速、灵敏。 相似文献
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橡胶树多主棒孢菌rDNA–ITS区的分子鉴定及检测 总被引：1，自引：0，他引：1
以来自国内外的18个多主棒孢病菌[Corynespora cassiicola(Ber.&Curt.)]菌株为研究材料,提取其基因组DNA进行rDNA-ITS区序列扩增,并进行了5.8S rDNA及其两侧ITS序列分析.序列分析结果表明,种内各菌株间ITS序列同源性高达99.9%以上,部分菌株间出现个别碱基的差异.根据ITS区序列设计的一对特异引物(CorP1/CorP2)可以在供试的多主棒孢病菌中扩增出1条约277 bp的特异谱带,其余18个参试菌株和橡胶树叶片组织未能扩增出该特异谱带,检测灵敏度可达浓度为0.1 pg的目标DNA. 相似文献
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一株抗MRSA红树林真菌的分离和鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
红树林是重要的海洋生态系统,从海南文昌红树林保护区的红树林样品中进行真菌选择性分离,对其发酵液进行抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)活性筛选,并对活性较好的菌株进行鉴定。利用琼脂孔阱扩散法进行抗MRSA活性菌株筛选,通过培养特征、形态特征、ITS rDNA序列分析等方法对筛选得到的菌株进行鉴定。结果表明,从红树林中分离共得到608株真菌,活性筛选得到7株真菌,其中菌株092008具有较强的抗MRSA活性,通过各种指标鉴定菌株092008为黄曲霉(Aspergillus flavus)。 相似文献
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腐烂茎线虫rDNA-ITS序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用一对通用引物rDNA1/rDNA2扩增6个腐烂茎线虫供试群体的rDNA-ITS区域,获得序列长度不等的片段.Des-1、Des-2和Des-3群体扩增片断长度均为1 130 bp.而Des-5、Des-6和Des-7群体的扩增片段长度均为942 bp,与以上群体相比,在ITS区具有一个188 bp的缺失片段.序列比对后确定缺失片段位于ITS1区,而且该片段含有多个可重复小片段,这可能是造成碱基缺失的原因.根据遗传进化分析可将供试线虫分为两个大的群体. 相似文献
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同时利用CDDP(conserved DNA-derived polymorphism)与ITS(internal transcribed spacer)两种分子标记方法,对江西省17个油茶品种进行遗传多样性分析,旨在为当地油茶品种鉴定和利用提供理论依据.筛选出的17条CDDP引物共扩增出条带204条,其中170条带呈... 相似文献
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2011年,从广西龙胜梯田的水稻根系和稻田土壤中分离到一种孢囊线虫。该线虫形态特征与已报道的旱稻孢囊线虫(Heterodera elachista)相符,其rDNA-ITS序列与GenBank中旱稻孢囊线虫的rDNA-ITS序列相似性为97.7%~99.3%。rDNA-ITS分子发育树表明该线虫与旱稻孢囊线虫以100%的置信度及较小的遗传距离形成一个单系,据此将该线虫鉴定为旱稻孢囊线虫。进一步对本研究获得的10条旱稻孢囊线虫rDNA-ITS区序列及Tanha Maafi等报道的1条旱稻孢囊线虫rDNA-ITS序列(AF498391)的酶切位点进行分析,结果发现AluⅠ、AvaⅠ、MvaⅠ和RsaⅠ4个内切酶的酶切位点在11条序列中完全一致,而Bsh1236Ⅰ、BsuRⅠ和CfoⅠ3种酶的酶切位点存在变异,其中Bsh1236Ⅰ和BsuRⅠ有2种变异型,CfoⅠ则有3种变异型,表明旱稻孢囊线虫的rDNA-ITS序列存在DNA异质性。 相似文献
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甲羟戊酸焦磷酸脱羧酶（Mevalonate diphosphate decarboxylase,MVD）是三萜皂苷生物合成途径中的关键酶, 为研究其在洋常春藤中的基因功能,通过 RT-PCR 和 RACE 技术从洋常春藤叶片中克隆获得 HhMVD 基因的 cDNA 全 长序列,并通过 RT-qPCR 技术分析其表达规律。结果表明：RACE 克隆获得的 HhMVD 基因 cDNA 序列全长 1 799 bp, 包含一个完整开放阅读框（ORF）1 263 bp、5′非编码区（5′UTR）192 bp、3′非编码区（3′UTR）344 bp;该基因编码 420 个氨基酸,分子质量 46.6 ku,理论等电点为 6.57,不含跨膜区,属于非分泌型蛋白;HhMVD 蛋白具有 GHMP 激 酶 N 端结构域,属于甲羟戊酸激酶系列,与刺五加、人参、三七等同科植物亲缘关系较近。RT-qPCR 结果表明,洋常 春藤中 HhMVD 基因的时空表达相对稳定,但与常春藤皂苷含量差异变化之间存在一定的负相关性。洋常春藤 HhMVD 基因的成功克隆及表达分析研究,为深入探讨其基因功能、阐明其在常春藤皂苷生物合成途径中的作用提供理论依据。 相似文献
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东北玉米苗枯病病原镰孢菌rDNA ITS鉴定 总被引：3，自引：2，他引：1
从东北地区采集引起玉米苗枯病的镰孢菌种群的菌株,选取12株形态及培养性状不同的菌株,采用rDNA ITS序列分析技术对供试菌株进行种类鉴定。结果表明,引起玉米苗枯病的主要致病镰孢菌有7个种,分别是拟轮生镰孢菌(Fusarium verticilliodes)、禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)、半裸镰孢菌(Fusarium semitectum)、尖孢镰孢菌(Fusarium oxysporum)、亚粘团镰孢菌(Fusarium subgiutinans)、层出镰孢菌(Fusarium proliferatum)及尚未确定种类的F11菌株。F11菌株与Genbank中的镰孢菌株FVS3(DQ885388)的同源性达到99.8%,该菌株与其他测试菌株ITS序列差异显著,可能是一个新的种类。 相似文献
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地稔根际根腐线虫的形态和分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
2013—2016 年,广东和广西植物线虫种类调查期间,从地稔（Melastoma dodecandnun)根部和根际土壤中分离到一种根腐线虫。经形态学观察、rDNA （LSU D2D3 和 ITS） 序列分析和系统发育分析,将其鉴定为最短尾短体线虫（Pratylenchus brachyurus）。最短尾短体线虫是全球最重要的 11 种根腐线虫之一。地稔是最短尾短体线虫的新寄主。地稔根际线虫类群调查与鉴定,可为地稔线虫病害的发生与控制提供数据基础。 相似文献
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The nuclear rDNA regions of the two internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and 5.8S rRNA gene from 52 field isolates ofSpongospora subterranea f.sp.subterranea obtained from the British Isles and North America were polymerase chain reaction-amplified, sequenced, and assessed for genetic variation. Two genetically distinct groups (I and II) were identified based on the ITS sequence diversity among the isolates, representing 34.6% and 65.4% of the isolates, respectively. British Isles isolates occurred in groups I and II, whereas North American isolates belonged only to group II. The British Isles groups ofS. subterranea were associated with particular potato cultivars. The full-length small-subunit rRNA gene ofS. subterranea was sequenced and analyzed by both neighbor-joining and parsimony methods to clarify the taxonomic position of this pathogen. The results of phylogenetic analysis showed thatS. subterranea grouped together with other species of plasmodiphorids, and this group clustered with the phylum Cercozoa, an assemblage of filose and reticulose amoebae and phylogenetically related zooflagellates. The recognition of the existence of different genetic groups withinS. subterranea will be important for the design of plant-breeding programs and in testing for plant resistance. 相似文献