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相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
根据研究的实际需要,运用winSDK设计了一个可视化的BLAST接口程序,利用此程序可以构建本地核酸和蛋白序列数据库与进行本地BLAST。在此基础上建立了苏云金芽孢杆菌(Bt)cry基因的本地核酸序列数据库,并进行了本地BLAST。与先前文献中介绍的本地BLAST实现的方法相比,此方法操作简便、并可根据实际需要随意定制相关数据库;在与NCBI的BLAST进行比较后发现,本地BLAST还具有个性化、准确性强、可信度高等特点。  相似文献   

2.
JDBC是一个面向对象的应用程序接口(API),可访问各类关系数据库.JDBC也是Java核心类库的一部分,其特点是独立于具体的关系数据库.JDBC API定义了一些Java类,分别用来表示与数据库的连接、SQL语句、结果集和其他的数据库对象,使Java程序能方便地与数据库交互并处理所得的结果.使用JDBC所有的Java程序都能通过SQL语句或存储在数据库中的过程来存取数据库.  相似文献   

3.
以构建鸡基因组全序列二次数据库为例,探讨Windows操作系统下,编译Web代理程序,快速开发生物信息二次数据库的一般过程。研究通用代理程序开发本地化生物信息二次数据库的具体步骤,所涉及的关键技术以及常见问题解决。解决了海量生物信息自动下载与处理问题,经反复调试实现了示例程序鸡基因组全序列二级数据库系统的快速构建。  相似文献   

4.
数据库技术在白背飞虱测报中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
通过Foxpro程序设计语言编制的白背飞虱[Sogatella furcifera (Horvath)]测报防治系统,由田间调查虫量、灯下虫量、气象三种数据库和三个专业程序模块组成。运行程序可快捷地完成对数据资料的查询、输入和修改,其预测模块的运行,能准确测报出当年7月下旬自背飞虱(高峰期)田问虫量并附有相应的防治策略和防治方法,可作为计算机辅助决策和防治咨询。  相似文献   

5.
单英杰  刘小军  朱艳  曹卫星 《安徽农业科学》2007,35(32):10338-10339
采用面向对象的方法,在VB语言环境下开发Mapinfo数据向Supermap Objects的转换程序,从Mapinfo数据库中提取空间要素和隐藏的属性数据,经转化转入Supermap Objects数据库中,解决了转换前后逐层对应问题,做到了空间要素与空间属性完全匹配,为农业空间信息决策提供数据支持。  相似文献   

6.
利用Mapinfo7.0中文版软件和Visual Basic 6.0高级程序设计语言开发出湖南省烟区平衡施肥的地理信息系统.该系统通过Mapinfo的内置关系型数据库和Access数据库建立了主产县空间数据库、土壤属性数据库、气象数据库和烟草营养试验数据库,可进行数据的输入与输出、更新与查询、统计、养分图制作与输出等功能,且根据不同地块或区域的养分指标等影响因子给出施肥卡.  相似文献   

7.
在利用C#完成多数据库操作的基础上,分析了目前数据库管理中的主要问题,包括数据库查询、数据库插入等优化问题,利用数据接口技术和模块化程序,简化了数据库操作,提高了工作效率和稳定性。  相似文献   

8.
传统的 CGI 网络服务程序,由于其运行机制为进程(process),不能在各个 CGI 进程间共享全局变量。应用内存映射技术,给出一种 CGI 共享变量的实现方法。该方法运用到网络数据库服务系统中,可减少对数据库的读写操作次数,提高 WEB 服务系统的响应速度,并能实现 WEB 服务的某些特殊控制功能。  相似文献   

9.
关于数字电路试题库系统的设计   总被引:1,自引:0,他引:1  
数字电路试题库是一种关系型数据库,通过可视化数据管理器建立数据库结构。程序部分采用面向对象的程序设计方法和事件驱动的编程机制,具有友好的用户界面和完善的功能。  相似文献   

10.
介绍了在Linux和Unix平台下用c/c (用Socket)编写服务端程序(守护进程)(程序名称为CallServer),在Windows平台下用VC开发信息点播平台(利用ADO访问ORACLE数据库)(程序名称为SendNessage.exe).  相似文献   

11.
在Linux系统下构建基于Web的微生物信息资源平台,以BLAST和Primer3为基础功能模块,实现核酸相似性检索及引物设计。构建的微生物信息资源平台具有使用简单、保密性强、便于扩展等优点,通过与实验室微生物数据库连接整合,可对数据充分挖掘和利用,以期对微生物资源研究作出贡献。  相似文献   

12.
将一株近海温泉耐热菌ZH1的16S rDNA克隆至pUCm-T载体进行测序,测序结果在NCB I上进行BLAST分析,并构建了系统发育树,将该菌株归属为Geobacillus sp.ZH1.在65℃条件下的产酶定性实验结果表明,该菌株产脂肪酶、木聚糖酶和碱性磷酸酶.以菌株ZH1的基因组DNA为模板,使用羧酸酯酶简并引物进行PCR扩增,将目的基因克隆至pUCm-T载体后进行测序,得到了741 bp的DNA片段.BLAST分析显示,目的基因预测编码羧酸酯酶,包含246个氨基酸.  相似文献   

13.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法,以拟南芥-γ生育酚甲基转移酶cDNA序列为信息探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的日本百脉根基因组DNA序列——LjT44D21克隆。通过GENSCAN分析及序列拼接得到日本百脉根"γTMT基因的cDNA序列,GenBank的登陆号为DQ013360。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了44条日本百脉根的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长为1 077 bp,具有完整的开放阅读框架(1~1 077 bp)。推测编码蛋白为358个氨基酸,该蛋白序列与大豆、水稻、小麦、拟南芥、油菜、苜蓿和衣藻等物种的-γTMT蛋白质序列进行了同源性比较分析,具有很高的同源性。  相似文献   

14.
[目的]鉴定、分析水稻抗稻瘟病SSH-cDNA文库中的差异表达基因。[方法]以接种稻瘟菌小种E1的水稻品种吉粳88和四丰43为材料,构建SSH-cDNA文库,随机挑选138个阳性克隆测序并进行Blast比对分析。[结果]聚类后得到78条非冗余ESTs,其中18条(23.1%)未找到同源性匹配,12条(15.4%)与未知功能蛋白同源性较高;其余48条与已知功能蛋白同源性较高。[结论]该研究可为控制和防治稻瘟病提供新的理论和途径。  相似文献   

15.
根据报道的10几种真菌漆酶氨基酸序列的保守区域设计了一对简并引物,以北方梭囊孔菌总DNA为模板,通过PCR扩增到一个1 201 bp的基因片段.将片段序列在NCBI的BLAST软件上进行同源性搜寻,显示99个序列,全部为漆酶基因及其类似基因,因而认为克隆到的片段就是北方梭囊孔菌漆酶基因片段.经过与同源性最高的粗毛革孔菌(laccase lcc1)同一区段编码区序列进行ClustalW比较,其中有6个间隔区,确定为内含子区.去除内含子后,推导的氨基酸序列为286个残基.经与其他几种真菌漆酶的氨基酸序列进行ClustalW比对,同源性均在51%以上.   相似文献   

16.
气味结合蛋白(odorant-binding proteins,OBPs)和化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)在菜粉蝶(Pieris rapae)气味识别的过程中发挥着重要作用。通过本地BLAST等方法在菜粉蝶基因组中找到了推测的OBPs和CSPs蛋白序列,采用多序列比对、半胱氨酸模式序列识别、进化发育树构建等方法,鉴定出了24个PrOBPs和38个PrCSPs基因。其中,PrOBP1-PrOBP17这17个OBPs属于Classic OBPs蛋白家族,PrOBP19-PrOBP24属于Minus-C OBPs蛋白家族。鉴定出的38个PrCSPs都具有鳞翅目CSPs的半胱氨酸模式识别序列。本实验通过对菜粉蝶基因组中OBPs和CSPs基因的查找鉴定,丰富了昆虫OBPs和CSPs基因数据库,可为菜粉蝶气味识别和化学感受相关实验和应用提供参考。  相似文献   

17.
根据已报道的Hoxc9基因序列保守区设计3对引物,利用PCR技术从安哥拉山羊血液基因组DNA中扩增Hoxc9基因序列。目的片段纯化后连接到PMD19-T载体上,经鉴定得到重组质粒。测序结果通过与Gen-Bank数据库中序列比对分析,确定该序列为Hoxc9基因,核苷酸序列长3224 bp,包括1个内含子和2个外显子,cDNA序列长783 bp,编码260个氨基酸。与哺乳动物氨基酸序列的同源性非常高,达到99.2%以上,同斑马鱼和日本鳉的同源性较低。  相似文献   

18.
为了克隆地黄功能基因,根据NCBI GenBank核酸数据库中5种已知植物生长素诱导的器官膨大基因(ARGOS)碱基序列的保守区,利用CLUSTAL 2.1和DNAMAN 4.0软件设计简并引物,采用RT-PCR技术扩增出一个cDNA片段,测序表明,获得基因cDNA片段序列长度为495bp。经过NCBI数据库BLAST分析,发现它与莲花、蓖麻、烟草、苜蓿、葡萄、碧桃、灰绿藜7种植物的液泡膜质子泵焦磷酸水解酶基因同源性很高,在83%~86%,因此获得的基因是地黄液泡膜质子泵焦磷酸水解酶基因。  相似文献   

19.
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牛儿基牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%7、3%、74%。该基因与叶绿素等的生物合成有关。  相似文献   

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