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针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离心纯化,以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT-PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280bp关键片断,经回收克隆到pMD18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。核苷酸和氨基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1%～100%,氨基酸同源性为85.5%～100%;系统发育进化树分析显示,其中JL-12、HLJ-3为弱毒株,与疫苗株V4同属于基因Ⅰ型;其余17株均为强毒株,其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疫的流行是由3种不同基因型的NDV毒珠(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发,但以基因Ⅶ型为主,这与我国其他地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致。 相似文献
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6株水产动物源气单胞菌安徽分离株的毒力基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据气单胞菌主要黏附素基因（ahal）、溶血素基因（hly）和细胞兴奋性肠毒素基因（alt）完整开放阅读框（0RF）设计3对特异性引物，对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示，安徽分离株aim、hly和alt基因的ORF大小分别为1056--1068bp、1482bp和1104N1107bp，各编码351-355、493和367-368个氨基酸。序列分析显示：（1）属于alt^＋aim^＋hly^＋毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高，分别为98.8％-99．3％和97％-97．6％，且与国内参考株mh／Trionyx sinensis／Guangzhou（Guangdong）／AF276639的同源性高达98．5％-99％和96.8％-97．6％。而alt^＋ahal^＋hly^-HA6安徽分离株与国外参考株Ah／Fish／Barcelona（Spain）／AF183931间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性较高，分别为95.8％和97．2％。（2）不同表型种气单胞菌安徽分离株之间及其与国内外其他分离株之间的hly核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均较高，分别介于88．4％-100％之间和90.8％-98．7％之间。（3）5个安徽分离株（RA16、CA1、HA6、HA7和GA1）之间及其与惟一参考株之间的alt核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性分别高达93．5％-99．9％和80．2％-98．3％，但与BA17分离株间的核苷酸序列同源性（81．6％-81．7％）和推测的氨基酸序列同源性（77．5％-84．9％）均较低。这些结果表明，气单胞菌ahal和alt基因在不同毒力基因型间存在一定差异性，hly基因在不同表型种间存在较高保守性，该基因可作为研制气单胞菌基因工程亚单位疫苗的候选成分。 相似文献
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罗非鱼海豚链球菌16srRNA基因的序列测定和系统进化分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从分子水平上对～株来源于发病罗非鱼的链球菌进行分类学鉴定，本研究利用原核生物16srRNA基因通用引物对该菌株进行了16srRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kbp目的片段，测序得到一条长度为1447bp核苷酸序列。核苷酸同源性分析表明，该序列与NCBI公布的海豚链球菌（Streptococcus iniae，s．iniae）SCCF5L菌株16srRNA基因核苷酸序列同源性最高（99．496），暂称为中国广西株（S．iniae-CGX）。同时，亲源关系较近的S．iniae、S．difficile和S，agalaciate代表菌株构建的系统发育进化树显示，该菌株与S．iniae代表菌株组成同一进化分支，与s．agalaciate代表菌株组成的另一进化分支距离较近（95．596），而与S．difficile代表菌株组成的进化分支距离较远（92．3％）。本研究证实，从发病罗非鱼脑组织分离得到的致病性链球菌为海豚链球菌。 相似文献
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硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽（Verasper variegatus）和条斑星鲽（V．moseri）线粒体基因组的全部基因序列,并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列,用蛙、鸡、牛做外群,采用NJ和MP法,重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率,估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明,从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析,这些基因的系统发育信息大致分为好（16S rRNA、ND2、ND4、12S rRNA、ND6、ND5）、中（Cytb、COII、COIII、ND1、COI）和差（ND3、ND4L、ATP6、ATP8）3个组。在目阶元,当用核苷酸序列分析时,12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好,COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等,而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时,ND4和ND5最好,ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等,ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元,当用核苷酸序列时,12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好;用氨基酸序列时,Cytb和ND2最好。在属阶元,所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息,而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。 相似文献
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设计合成两对覆盖PCV2基因组奎长的引物，对PCV2分离株S2、P11、L进行全基因测序。将所测序列与GenBank上已公布的PCV2毒株序列进行同泺性比较，并绘制系统发育进化树。结果显示。所测毒株与其它地城的24株PCV2分离株的基因组序列同源性很高。3个分离株之问的奎基因核苷酸同源性在95.4％-99.3％。序列分析表明欧洲分离株和美洲分离株分别构成PCV2的两个夫的分支：欧洲系和美洲系。S2、P11属于欧洲系，L属于美洲系。 相似文献
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用PCR技术克隆耳鲍（Haliolis asinina）、羊鲍（H．ovina）和多变鲍（H．varia）的线粒体16S rRNA基因的片段，并将PCR产物直接进行测序，得到长度530bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍（H．diversicolor diversicolor）、九孔鲍（H．diversicolor supertexte）、大鲍（H．gigantea）、盘鲍（H．discus discus）、皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明，不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高，同源性范围为87．36％～90．77％，这说明鲍的这段基因片段在遗传过程中比较保守。序列的A＋T含量约为56．68％，G＋C含量约为43．32％。8种鲍序列的主要核苷酸变异位点集中在1-25bp、240-290bp和320～370bp3个区域。在序列的变异碱基巾，碱基的转换大大多于碱基的颠换，转换与颠换之比达到2．33：1，遗传距离的范围为0．002-0．128。用UPGMA法和NJ法绘制出8种鲍的系统发育树。结论认为，大鲍、皱纹盘鲍和盘鲍之间的遗传差异水平为亚种间的差异水平，台湾产的九孔鲍与大陆沿岸产的杂色鲍之间的差异仅仅是种群间的差异。 相似文献
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采用RT-PCR方法,对来自重庆合川、长寿、綦江、大足、开县等5个区县的5个猪场的PRRS病料进行了ORF7基因的扩增,并克隆、测序和序列比对。结果发现,这5株与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性为98.5%,其推导的氨基酸序列同源性为92.6%;与已发表的ORF7序列CQ0703、JX0602、HB0602比对,核苷酸同源性为99.6%,其推导的氨基酸同源性为98.0%;与疫苗株RespPRRSMLV核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为94.3%,与欧洲型代表株LV株ORF7基因序列差异较大,核苷酸同源性仅有56.6%,而且推导的氨基酸数比LV株少5个,二者同源性仅为58.1%。结果表明5个区县流行的PRRSV与VR-2332和RespPRRSMLV亲缘关系很近,均为美洲型毒株。 相似文献
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虎纹蛙病毒主要衣壳蛋白基因的克隆及其序列 总被引：5，自引：0，他引：5
从新分离感染虎纹蛙的病毒培养细胞中提取病毒DNA作模板，用分别对应于蛙病毒－3型（FV3）主要衣壳蛋白（Major Capsid Protein,MCP）基因读码框两侧的寡核苷酸片段作引物进行PCR扩增，得到预期大小基因片段，进一步将此基因片段插入到pGEM-T载体中，进行全长片段的序列测定和分析。结果表明，编码虎纹蛙病毒的MCP基因的读码框核苷酸数为1392bp，编码463个氨基酸；基因的核苷酸序列与其他脊椎动物虹彩病毒的MCP基因序列比较结果显示，该病毒与蛙病毒属的FV3的同源性（98％)明显高于囊肿病毒属的FLDV－1（52％），并且与虹彩病毒科其他成员的MCP基因序列均有所不同，说明该病毒株是虹彩病毒科蛙病毒属的新成员。 相似文献
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采用RT—PCR和RACE法，从黄鳝(Monopterus albus Zuieuw)肝脏中分离和克隆黄鳝β-肌动蛋白(actin)基因。该基因cDNA全长l765bp[不包括poly(A)]，5’端非翻译区12bp，3’端非翻译区有625bp[不包含poly(A)]，阅读框(Open reading frame，ORF)1128bp，翻译成375个氨基酸，蛋白质分子量41．77kD。将所得序列与各科鱼、蛙、鸡、牛、鼠、人等的β-肌动蛋白基因序列同源性分析显示，核苷酸序列具有68％～95％的相似性，氨基酸序列具有97％～100％相似性，显示该基因在生物进化过程中的保守；系统发育分析表明黄鳝β-肌动蛋白基因与罗非鱼的亲缘关系最近。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份疑似样本采用RT-PCR检测技术和生物信息学软件进行了ORF5基因和Nsp2基因序列比对和遗传变异分析。结果显示：252份样本中阳性样品为39份,阳性率为15.6%。对39份阳性样品克隆测序获得10条Nsp2基因阳性样品序列和5条ORF5基因阳性品序列;5株PRRSV ORF5基因毒株与GenBank中26株PRRSV参考毒株的ORF5基因之间的核苷酸序列同源性为79.7%～99.7%,10株PRRSV毒株Nsp2基因的核苷酸序列同源性为38.2%～92.2%,其中5株ORF5基因的GP5-5、GP5-7、GP5-10毒株为PRRSV-2型谱系1的毒株,99L、100L毒株为PRRSV-2型谱系5的毒株,分别与代表株NADC30和VR-2332亲缘关系最近;10株PRRSV毒株Nsp2基因均为PRRSV-2... 相似文献
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大黄鱼mtDNA ND5和Cytb基因的克隆与序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
2004年4月，将采自浙江省象山港海区网箱养殖的大黄鱼样本，提取总DNA，通过设计特异性引物对大黄鱼线粒体DNA（mtDNA）的辅酶5（ND5）和细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后直接测序。得到ND5的序列1839 bp和Cytb基因序列382 bp。应用primer premier5和MEGA3软件包所作的系统发育分析表明：依据大黄鱼ND5序列所作的进化树总体支持传统的分类地位，大黄鱼更接近塘鳢鱼科。而基于Cytb基因所作的分析表明，黑鳃梅童鱼是大黄鱼在石首鱼科中是遗传距离最小的。 相似文献
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目的 研究广东佛山地区鸭圆环病毒(DuCV)流行毒株的遗传变异情况。方法 采用常规PCR方法，对采自广东佛山的3份阳性鸭组织样品中扩增Rep基因部分片段和Cap基因，进行核苷酸序列测序，并将Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列与30株参考序列进行同源性比较和遗传变化分析。结果 3份阳性样品分别扩增出相应的基因片段；Rep基因部分片段、Cap基因推导的氨基酸序列进化树和同源性分析显示，3株DuCV流行株与台湾株(AY3947213)在同一进化支，均属于DuCV-2型，与同分支的参考毒株相似性分别为97.2%～100%和96.9%～100%,2个基因型中Rep基因同源性高于Cap基因；氨基酸序列的变异分析表明，与中国台湾株(AY3947213)相比较，Rep部分氨基酸和Cap氨基酸分别发生相同位置的氨基酸置换和单独突变，Cap氨基酸突变位点多于Rep氨基酸。结论 研究测得的3株DuCV流行株均属于DuCV-2型，在广东地区有一定范围的流行，且CAP蛋白的变异程度高于REP蛋白，为鸭圆环病毒感染的监控和诊断提供了依据。 相似文献
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不同倍性团头鲂群体的线粒体DNA 分析 总被引：2，自引：0，他引：2
测定了来自5个不同倍性团头鲂（Megalobrama amblycephala）群体（4n-F1、正交3n、反交3n、异源3n、二倍体2n）57个个体的线粒体DNA控制区、细胞色素b基因、16S rRNA基因和COⅡ基因序列,通过对这4段基因序列的联合分析,研究了5个不同倍性团头鲂群体的遗传变异。这4个基因片段的长度分别为：控制区937bp,细胞色素b基因1140bp,16S rRNA基因片段564bp,COⅡ基因片段642bp。将4个基因片段合并为1条总长度为3283bp的片段：在这条3283bp片段中,T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为27．18％、25．45％、30．71％、16．66％。57个个体中确定了55种单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,五群体的单倍型多样度在0．9848-1．0000之间,显示不同倍性团头鲂群体内单倍型类型丰富。5个群体内各序列平均核苷酸差异数（目在8．000-24．273之间,核苷酸多样性指数（π）在0．2483％～0．7866％之间：群体间遗传距离范围为0．0039～0．0106,显示不同倍性团头鲂群体遗传多态性丰富。核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）和核苷酸序列间平均遗传距离在5个群体间的变化趋势一致,由大到小依次为反交3n、异源3n、正交3n、同源4n-F1、二倍体2n。而且,反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）以及核苷酸序列间平均遗传距离均显著大于2n群体（P〈0．05）。结果表明,反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的遗传多样性水平显著高于2n群体。[中国水产科学,2008,15（2）：222-229] 相似文献
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二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序，在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断，长度为1140bp，A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％），A＋T〉C＋G，与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似，该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡；第2位核苷酸中T的使用率较高，为33．4％，G的使用率较低，为17．1％；密码子第3位A的使用率高，为34．2％，而G的使用率较低，仅为7．9％；由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列，在氨基酸序列中Leu占11．％，远高于其他氨基酸。 相似文献
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鳜传染性脾肾坏死病毒核糖核酸酶Ⅲ基因结构及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
测定了鳜传染性脾肾坏病毒（ISKNV）核糖核酸酶Ⅲ（RNaseⅢ）基因的核苷酸全序列。该基因完整读码框为771bp,GC含量为52.53%，编码一个长为256个氨基酸、分子量为28.9kD的推定蛋白。其上下游序列各有一个TATA box，终止子下游有一段回文序列。与其它物种相比，ISKNV与虹彩病毒（包括LCDV－1和CIV）的核糖核酸酶Ⅲ基因的氨基酸序列同源性较高，与酵母、线虫等物种的相应基因的同源性较低。 相似文献