斜纹夜蛾核多角体病毒（SpltNPV）碱性核酸外切酶基因的序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

李镇  龙綮新  贺雄雷  郑姬  王殉章  庞义 《农业生物技术学报》2001,9(3):233-237

斜纹夜蛾核多角体病毒碱性核酸外切酶基因（alk-exo)定位于基因组的XbaI-I片段上，克隆并测序确定了alk-exo全序列：SpltNPV碱性核酸久切酶基因的完整的读码框为1227个核苷酸。编码一长为408个氨基酸的蛋白质。在距起始密码子ATG上游－37位、－80位各有一个启动子基序TATA框，在－28位有杆状病毒晚期基因的启动子基序TAAG，在ORF终止区有加尾信号poly(A)序列AATAAA。根据核苷酸序列推导的蛋白质的分子量为47kD，等电点为8．9，在296－312位氨基酸存在有一预期跨膜区，其中心位于304位的丙氨酸（GFYYSFGALVCVFCMK）。SpltNPV的alk-exo氨基酸序列与其它8种杆状病毒的alk-exo同源性在37％－43％之间，且与疱疹病毒的alk-exo基因有一定的同源性，通过对8种杆状病毒和疱疹病毒的alk-exo序列比较发现了5个保守区。  相似文献   

齿肋赤藓乙醛脱氢酶基因ALDH21的克隆与表达分析     

杨红兰  张道远  刘燕  马瑞  张元明 《广西农业生物科学》2010,(1):24-30

本文采用RT-PCR方法,从齿肋赤藓（Syntrichia caninervis）总RNA中获得ALDH21基因cDNA序列,连接到pMD19-T载体上并转化E.coli DH5α,阳性克隆经PCR鉴定后测序,将测序结果与GenBank中山墙藓（Tortula ruralis）和小立碗藓（Physcomitrella patens）相关基因序列进行同源性比对。结果表明,实验成功克隆了S.caninervis的ALDH21基因的cDNA序列（GenBank登录号：GQ245973）,为一个完整的ORF,其长度为1452bp。该序列与T.ruralis和P.patens的cDNA序列同源性分别为98%和78%,推导的氨基酸同源性分别为97%和87%。生物信息学分析表明该蛋白质分子量为52.98kD,等电点pI为5.96,编码483个氨基酸,具备ALDH21蛋白家族特征;半定量RT-PCR结果表明：ALDH21在干旱胁迫状态时的表达量显著高于水合状态,说明ALDH21基因可能参与干旱胁迫应答。本文为进一步研究齿肋赤藓ALDH21基因的抗旱机理提供理论依据。  相似文献   

甘蔗宿根矮化病病原菌致病因子pglA基因的序列分析与原核表达     

梁永检  宋修鹏  颜梅新  王泽平  黄冬梅  黎海涛  韦振飞  张小秋 《农业研究与应用》2023,(5):1-7

多聚半乳糖醛酸内切酶（endo-PG）是植物与微生物互作中极其重要的细胞壁降解酶,是病原菌定殖寄主与产生致病性的必需因子,革兰氏阴性菌Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx)是甘蔗宿根矮化病的致病菌,pglA是Lxx的关键致病因子。为了揭示pglA基因的功能,本研究采用重叠延伸PCR的方法获得了pglA基因的开放阅读框（ORF）,ORF长1491 bp的,编码496个氨基酸,序列保守结构域包含Gly＿hydro＿28 (Polygalacturonase)与Rho超家族,与Lxx CTCB07、Lxc DSM46306归为一类,相似性达100%。氨基酸序列分析显示,pglA蛋白属于疏水性蛋白,包含信号肽和跨膜区。在大肠杆菌中表达纯化获得pglA蛋白,以包涵体的形式存在于菌体中。研究结果为进一步进行Lxx的致病机制研究奠定了基础。  相似文献   

猪圆环病毒Ⅱ型SC株ORF3基因克隆及其编码蛋白的生物信息学分析     

华丽  朱玲  史小红  梅淼  陈晓秋 《广西农业生物科学》2010,(5)

本研究根据GenBank登录的猪圆环病毒基因组序列(DQ180392.1)来设计引物,用PCR法扩增出PCV-2四川株(PCV-2SC)ORF3基因,并克隆到PMD19-T载体进行测序,同时利用在线生物信息学软件及数据库对ORF3基因及其编码蛋白进行生物信息学分析。研究结果表明,成功构建了命名为P-S-PCV-2SCORF3的重组质粒;测序结果得知PCV-2SCORF3基因全长315bp,共编码104个氨基酸;BLAST比对发现该基因与GenBank中国内外参考毒株核苷酸同源性在98%~100%之间。利用在线生物信息学软件对PCV-2SCORF3编码蛋白结构特征进行分析,发现该蛋白含有12个潜在的磷酸化位点,ORF3成熟蛋白有4个主要的抗原位点;亚细胞定位分析结果表明,编码蛋白主要存在于线粒体中和细胞核中并各占43.5%和34.8%,这证实了PCV-2SCORF3编码蛋白属于胞质蛋白,抗原区位集中于胞膜,有向胞核移动的趋势,功能强大,可能与细胞凋亡有关。疏水性分析发现,该编码蛋白具有一定的疏水性,与该蛋白的表面抗原决定族和膜蛋白中穿越膜的肽片段及该蛋白的高级结构的形成有关,预示其高疏水性区又与膜蛋白的跨膜区有...  相似文献   

大肠杆菌海藻糖磷酸合酶基因的克隆   总被引：1，自引：0，他引：1  

王自章  张树珍  李杨瑞 《广西农业生物科学》2002,21(2):98-100

根据报道的大肠杆菌（Escherichia coli)海藻糖－6－磷酸合酶基因（otsA)，设计引物，通过PCR技术从大肠杆菌XLI菌株的总DNA中扩增到一个1．4kb片段。经克隆、测序分析，该片段长1425bp并含一完整的开放读框（ORF）。在核苷酸水平上，该ORF与已报道的otsA基因具有99．86％的同源性。在氨基酸水平上，其推断性的编码产物蛋白与OtsA具有100％一致性。  相似文献   

豇豆叶绿体基因组密码子使用偏好性分析     

仇学文  李丹  甘玉迪  杨有新  程柳洋  徐梦怡  吴才君 《核农学报》2023,(6):1118-1131

为了探究豇豆（Vigna unguiculata）叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究从NCBI下载完整的豇豆叶绿体基因组序列,并对其进行结构分析。利用CodonW和CUSP对筛选获得的50条可编码蛋白序列（CDS）进行分析,获得GC1、GC2、GC3、RSCU、CAI、CBI、Fop、ENc、RFSC等重要参数,并进行中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图以及对应分析、最优密码子分析和其他物种对比分析。结果发现,豇豆叶绿体基因密码子更偏向以A或U(T)结尾,G和C在密码子各位置中的占比较低,平均值为36.31%;有效密码子数（ENc）的平均值为44.903,密码子偏好性较弱;GC1与GC2、GC3间均有相关性,表明碱基突变对密码子选择也有影响。从中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图结果可以看出,豇豆叶绿体密码子使用偏好性同时受到了碱基突变与自然选择的影响。本研究最终筛选出20个最优密码子,并将豇豆叶绿体基因组密码子使用频率与其他物种进行比较,发现豇豆与番茄在密码子使用频率上存在较高的相似度。本研究结果为提高豇豆叶绿体外源基因的表达效率提供了参考依据。  相似文献   

对虾白斑综合征病毒基因组片段的测序、亚克隆与表达     

朱建中  陆承平 《农业生物技术学报》2002,10(4):356-358

取对虾（Penaeid shrimp)白斑综合征病毒（WSSV）基因组DNA随机文库中1个约8kb的克隆片段进行测序，DNA序列用DNAstar软件进行分析，共发现43个100bp以上阅读框（ORF），其中1条链31个，互补链12个，用BLAST软件将43个ORF及其推导的氨基酸序列分别与GenBank中核酸蛋白数据序列进行相似性比较，结果无显著同源性。从白斑综合征病毒基因组的测序片段中，发现一个810bp阅读框，其编码氨基酸序列与海栖热袍菌（Thermotoga maritima) 外膜蛋白有24％的同源性，设计一对引物，扩增出该阅读框，用T载体克隆并按正确阅读框连接到E.coli表达载体pGEX-6p－1上。重组菌经IPTG诱导后，菌体SDS－PAGE显示有1条大小为56kD的融合表达蛋白产生。  相似文献   

草鱼cyclin G1基因的克隆、鉴定及适应性进化分析     

王海舟  胡成钰 《广西农业生物科学》2011,30(3):296-302

本研究从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝肾cDNA文库中克隆到草鱼cyclin G1基因。测序结果表明,草鱼cyclin G1全长cDNA为2118bp,使用ORF finder推译其开放阅读框为第256bp～第1155bp,编码299个aa,SMART在线软件预测其中N端第57个aa～第143个aa为细胞周期蛋白盒。同源性比对分析显示cyclin G1在鱼类中同源性极高,其中草鱼cyclin G1与斑马鱼的同源性为90%。通过PAML软件的密码子替换模型进行适应性进化分析,结果表明cyclin G1编码蛋白的26A、171A和225K氨基酸位点受到正选择作用。本研究为进一步了解草鱼cyclin G1结构功能与分子演化打下基础。  相似文献   

猪圆环病毒2型(PCV2)河南分离株进化分析及ORF2基因的表达     

陈陆  杨霞  王江辉  常洪涛  董加才  刘矿  刘红英  王川庆 《农业生物技术学报》2009,17(4)

根据GenBank中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus2,PCV2)的核苷酸序列设计2对引物,使用扩增全基因的引物对来源于河南省焦作、开封和滑县的3株PCV 2型JZ株、KF株和HX株的ORF2基因进行扩增,扩增片段克隆到pMD18 T上,获得重组质粒pMD18-T-ORF2,并对其进行测序,测序结果登录在GenBank上,登录号分别为EF028202、EF064149和EF467928.序列分析表明,PCV2河南分离株ORF2基因与其它PCV2 ORF2基因核苷酸序列同源性为92.4%～99.6%,氨基酸序列同源性为90.6%～97.9%,进化分析表明,河南分离株处于同一分支,与欧洲株亲缘关系较近.应用另一对引物从重组质粒pMD18-T-ORF2中PCR扩增出587 bp不包含核定位信号序列的ORF2基因,克隆到表达载体pET-32a,成功构建了重组质粒pET-32a-ORF2,经IPTG诱导表达了ORF2基因编码的结构蛋白,经SDS-PAGE和Western blotting检测,表达的重组蛋白分子量约为40 kD,可被PCV2阳性血清识别,说明PCV2 ORF2基因得到成功表达.  相似文献   

草鱼过氧化氢酶全长cDNA的克隆、序列同源分析与组织表达     

郑清梅  韩春艳  温茹淑  钟艳梅  姚琼凤  侯雨文 《广西农业生物科学》2011,30(5):529-538

过氧化氢酶（catalase,CAT）是生物体内抗氧化防御系统的关键酶之一,在清除过氧化氢而避免机体产生氧化应激的过程中起重要作用。本研究从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝胰脏中克隆了CAT完整编码序列（complete coding sequence,CDS）。该CAT序列（GenBank登陆号：FJ560431）全长2263bp,包括完全开放阅读框（ORF）1575bp、5＇非编码区（UTR）118bp和3＇UTR570bp。其ORF编码525个氨基酸残基,理论分子量为59.59kD,等电点为7.02。在草鱼CAT cDNA的终止密码子附近,其3＇UTR具有长且完整的AC重复序列,与斑马鱼、鲢鱼及啮齿类动物CAT的3＇UTR AC重复序列相似。序列比较表明,草鱼CAT的核苷酸及推测氨基酸序列与其它多种物种的一致性均较高,其一致性分别为93.4%～43.0%和98.1%～63.3%。同时,草鱼CAT cDNA的推测氨基酸序列具有与其它动物高度保守的特征性基序,包括亚铁血红素结合信号序列＂RLFSYPDTH＂、酶活性中心序列＂FDRERIPERVVHAKGA＂及3个催化位点残基His74、Asn147和Tyr357。此外,草鱼CAT还具有保守的亚铁血红素结合口袋与NADPH结合位点。根据草鱼CAT基因的上述特征,推测其属于CAT基因家族中的单功能或典型CAT基因亚群。采用实时荧光定量PCR（Q-PCR）检测草鱼CAT的组织表达特征。结果显示,草鱼CATmRNA在所检测的11种组织器官中均有表达,其中在肝中表达水平量较高,在红肌、白肌和脂肪中表达量较低。本研究结果将有助于进一步探讨鱼类CAT基因的结构与功能,并为研究其抗氧化分子机理奠定基础。  相似文献