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1.
玉米dbf1 基因在干旱胁迫下的编码产物与DIP1蛋白相结合,调控植物激素脱落酸（ABA）响应基因rab17 的表达,从而提高耐旱性。以B73的dbf1 基因组序列为模板,对104个玉米自交系的dbf1 基因进行测序,研究玉米dbf1 基因的序列多态性。多态性分析表明,在全长为2 118 bp的序列中共发现48个SNP和12个InDel。尽管大部分变异位点集中在非编码区,但编码区的1个InDel和3个非同义突变位点的变异可以产生氨基酸序列改变。玉米dbf1 基因的全长序列和编码区序列的变异位点可以分别将该基因划分成33和11种单倍型,并且编码7种蛋白质。在供试材料中,dbf1 基因至少经历了9次重组,中性检测表明,该基因的进化没有偏离中性选择。 相似文献
2.
《大豆科学》2015,(6)
根据已知油脂相关同源基因分析,选择两个油脂代谢相关基因,分别编码甘油二酯激酶7(diacylglycerol kinase7,DGK7)和TPR蛋白(pentatricopeptide repeat-containing protein,TPR),并根据两个基因内部及非翻译区(untranslated region,UTR)的SNP变异位置和突变类型,选取位于GmDGK7基因5'-UTR区的一个单核苷酸变异(SNP1)及位于Gm TPR基因外显子区的SNP2设计d CAPS标记。对200份育成大豆品种的SNP1和SNP2分型及其与大豆籽粒油脂相关性状的关联分析发现,GmDGK7基因的SNP1与油脂含量显著关联(P=6.21×10-5),GmTPR基因的SNP2与油脂含量、硬脂酸、油酸和亚油酸均显著关联(P值分别为4.9×10-11,1.6×10-6,3.4×10-5,4.09×10-8)。此外还筛选出14份高油脂(23%)和5份高油酸(33%)大豆种质,这些分子标记和种质资源可为改良大豆油脂性状和分子育种提供技术和材料基础。 相似文献
3.
采用实时荧光定量PCR的方法测定木薯SC124和KU50两个品种在模拟干旱胁迫下海藻糖合成酶基因（MeTPS1-3）的转录水平变化。结果显示,与正常水分组相比：干旱处理2 h后,SC124根、茎、下部成熟叶和上部幼叶MeTPS1-3基因的表达量没有明显变化;而在KU50中,根部相对表达量上升了12倍,茎、下部成熟叶和上部幼叶没有明显变化。干旱处理24 h后,SC124根部相对表达量上升约30倍、茎部有微小的上升、下部成熟叶片却有小幅下降、上部幼叶部位上升约4倍;在KU50品种中,根部上升约14倍,茎部有微小的下调,下部成熟叶和上部幼叶表达量下调。木薯遭受干旱胁迫时,根部MeTPS1-3基因上调表达最明显,由此推测其在木薯抗干旱胁迫中起重要调控作用。 相似文献
4.
为发掘小麦旗叶性状相关基因位点，以384个小麦品种（系）为材料，对2个年份获得的旗叶长、宽、面积、长宽比和55K SNP芯片分型数据进行全基因组关联分析。结果发现，共检测到60个与旗叶性状显著关联的SNP，分布于除了1D、2A、4D和6D外的17对染色体上，解释表型变异的4.11%~9.70%，平均为5.64%。与旗叶长、宽、面积、长宽比相关的位点分别有12、24、18和16个，其中10个SNP为多性状相关位点。旗叶长相关SNP中，7D染色体上的3个SNP（AX-110826147、AX-111061288和AX-111843581）与2个年份旗叶长及其平均值均显著相关，1个SNP（AX-108882010）与2018年旗叶长及2个年份平均值均显著相关，这4个SNP位于7D染色体63.48~67.45 Mb区段，SNP标记间R2的平均值为0.78（P<0.000 1），呈现较大的连锁不平衡。遗传效应分析发现，该区段存在8种单倍型，其中单倍型III和IV在2个年份的旗叶长基本一致，分别为18.30和18.20 cm，高于其他6种单倍型的旗叶长；这2种单倍型分别占供试材料的40.36%和2.08%，可能是一个新的控制旗叶长的基因位点。 相似文献
5.
GmGBP1 基因是植物开花途径中的重要基因,其启动子也受到短日照条件的强烈诱导。但是目前大豆 GmGBP1基因的启动子序列的多态性变异以及其与开花期的关系还不清楚。本试验对开花习性不同的36份大豆种质资源的GmGBP1基因的启动子序列进行了克隆测序,发掘了GmGBP1基因的启动子序列的自然等位变异,探讨了GmGBP1基因的启动子序列的自然变异与开花期的关系。研究结果表明,多态性位点SNP -796与开花期密切相关,其中SNP -796G为缩短大豆生育时期的优异等位变异。主要的3个单倍型与开花期也表现出极显著（P<0.01）的相关性,单倍型2和单倍型3为缩短大豆花期的优异单倍型。 相似文献
6.
小麦灌浆相关基因TaGIF1的克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
GIF1( grain incomplete filling 1)编码了一种质外体途径中催化蔗糖不可逆水解的细胞壁蔗糖转化酶,主要在组织生长旺盛并且需要供能的库中表达,是影响灌浆的关键基因。根据水稻 OsGIF1基因序列,同源克隆了普通小麦第2部分同源群染色体上的 TaGIF1基因,它包含7个外显子和6个内含子,与水稻OsGIF1基因结构相似。小麦 TaGIF1-2A基因含有237 bp的5′UTR、1 986 bp的ORF、262 bp的3′UTR,编码661个氨基酸。通过分析15份大小粒小麦品种的gDNA序列,在 TaGIF1-2A基因中共发现21个SNP位点,9个位于编码区,12个位于非编码区。SNP分组发现,15份大小粒小麦品种中 TaGIF1-2A基因共存在8种单倍型。氨基酸序列比对显示,共存在2个氨基酸变异位点,其余SNP位点未引起氨基酸的改变。大小粒品种中无特异SNP变异,表明该基因编码区序列高度保守。就 TaGIF1-2A启动子区而言,大粒材料元件数量和种类均多于小粒材料,而且这些元件均与籽粒发育相关,说明 TaGIF1-2A基因启动子的活跃程度与最终籽粒灌浆饱满度的形成可能存在密切联系。qRT-PCR分析表明, TaGIF1-2A在籽粒和颖壳中都有表达,在不同小麦材料中表达模式相同,说明与籽粒大小无关;而在2～6 DAA的籽粒中,表达量剧烈上调,而后急剧下调,由此推测 TaGIF1-2A可能影响籽粒灌浆,在灌浆前期与籽粒发育密切相关。亚细胞定位结果表明,TaGIF1-2A主要作用在细胞壁上。 相似文献
7.
为寻找与冬春性关系密切相关的变异,为开发冬春性品种的鉴定开发分子辅助标记提供理论依据。本研究,采用巢式和半巢式扩增法对感温性和抗寒性强弱不同的5个白菜型油菜品种的BrFLCsBrFLC基因的第4外显子至第7外显子进行了特异性扩增。除BrFLC5无扩增结果外,其余三个基因均得到扩增序列。序列比对结果发现,3个BrFLCsBrFLC在第4外显子至第7外显子均存在有不同程度的等位变异,发生的主要等位变异有SNP和Indel两种类型。BrFLC1主要变异与冬春性相关性不大,与冬春性关系密切的变异主要发生在BrFLC2和 BrFLC3上。BrFLC2中检测到1个Indel类型和5个SNP类型变异位点与冬春性有关。BrFLC3中检测到1个Indel类型和16个SNP类型变异位点与冬春性有关。
相似文献
8.
为寻找与冬春性相关的变异,以开发冬春性品种分子辅助标记,采用巢式和半巢式扩增法,对感温性和抗寒性强弱不同的5个白菜型油菜品种的Br FLC基因的第4外显子至第7外显子进行了特异性扩增。除Br FLC5无扩增结果外,其余3个基因均得到扩增。序列比对结果发现,3个Br FLC在第4外显子至第7外显子均存在有不同程度的等位变异,发生的主要等位变异有SNP和Indel两种类型。Br FLC1变异与冬春性相关性不大,与冬春性关系密切的变异主要发生在Br FLC2和Br FLC3上。Br FLC2中检测到1个Indel类型和5个SNP类型变异位点与冬春性有关。Br FLC3中检测到1个Indel类型和16个SNP类型变异位点与冬春性有关。 相似文献
9.
为了研究干旱胁迫木薯K+、Ca2+和ABA对干旱胁迫的响应及其变化规律,对2个品种的木薯SC124（高抗）和KU50（低抗）进行对照、驯化、非驯化旱害和驯化旱害等不同方式的干旱处理。研究发现2个木薯品种中,干旱胁迫对叶片K+和ABA的含量影响较大,而Ca2+含量变化较小;SC124在驯化和非驯化处理下的K+含量发生显著变化;ABA的含量在2个品种中的驯化干旱和非驯化干旱中变化显著,且变化趋势不同;干旱胁迫下,ABA、K+和Ca2+之间存在显著相关性。 相似文献
10.
AGL15是MADS(MCM1-AGAMOUS-DEFICIENS-SRF)基因家族中的一员,MADS蛋白通过与下游基因启动子的顺式作用元件特异性结合调控植物种子中贮藏物质的积累。为验证大豆中AGL15基因的功能,利用TILLING技术在EMS诱变的中品661的M_5中筛选出8个GmAGL15突变体。共检测到10个突变位点,其中6个突变位点发生在基因的编码区导致氨基酸发生改变,4个突变位点发生在基因的内含子。1个SNP导致该基因第2个外显子的第54个碱基由C变为T,并使该基因编码的第79位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸;5个SNP发生在该基因的第6个外显子的112位碱基上,使得碱基由T变为A,导致该基因编码的第568位氨基酸由亮氨酸突变为甲硫氨酸。大豆GmAGL15的突变分布频率为1/805 kb。考种发现5个非同义突变体和1个内含子突变体的蛋白质或脂肪含量与野生型ZP661相比差异显著。本研究发现的等位变异有助于阐明GmAGL15在大豆种子中的作用机制,并为大豆的遗传改良提供宝贵的种质资源。 相似文献
11.
Ming-Hsuan Chen Christine J. Bergman Shannon R.M. Pinson Robert G. Fjellstrom 《Journal of Cereal Science》2008,48(3):781-788
Associations between RVA pasting properties and three single nucleotide polymorphism (SNP) sites in the Waxy gene intron 1, exon 6, and exon 10 were determined using rice genotypes of diverse geographic origin. A total of four SNP-haplotypes (combination of SNP alleles) were identified that explained high proportions of the variation in RVA pasting properties (R2 = 0.574–0.704). A haplotype containing DNA sequence variation in exon 10 (exon 10 cytosine nucleotide) was exclusively found in high-apparent amylose content (AAC) genotypes with a higher RVA viscosity profile compared to the high AAC genotypes with a different haplotype. The exon 10 SNP explained variances in coolpaste and setback (coolpaste–hotpaste) to 0.642 and 0.499, respectively. Across three haplotypes, which contained exon 10 adenine nucleotide, AAC was correlated with peak, hotpaste, breakdown and setback (coolpaste–hotpaste) at r = −0.85, −0.75, −0.79, and 0.49, respectively. Therefore, the exon 10 SNP differentiates high AAC types with a strong RVA profile and thus can be used by molecular breeding programs focused on quality improvement. Additionally, characterizing genotypes by their functional SNPs allowed us to better understand the relationship between the Waxy gene, its chemical product (i.e., AAC) and the functionality created by the product (i.e., pasting properties). 相似文献
12.
水稻粒宽基因GS5的功能标记开发和单倍型鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
水稻粒宽是影响籽粒粒形的重要因素之一,也是一个与水稻产量和稻米品质密切相关的重要性状。在基因GS5序列分析的基础上,对该基因第2外显子的ACC/CTA和第9外显子A/C的两个变异位点分别开发了功能标记,并将其用于294份水稻微核心种质和2007-2013年江苏省审定的65份粳稻品种的基因型鉴定。研究结果表明,这两个变异位点的等位变异在水稻籽粒的粒长、粒宽和长宽比性状上存在显著或极显著的差异;其在水稻微核心种质中组成的4种单倍型在水稻籼亚种的粒宽、粒厚和长宽比性状上存在极显著的差异,在粳亚种的粒宽和长宽比性状上存在极显著的差异;而江苏省审定的粳稻品种中仅发现Hap1和Hap2两种单倍型,其分别有64个和1个代表性品种。这些研究结果为水稻产量和稻米品质育种中充分利用GS5的优异等位基因或单倍型奠定了基础。 相似文献
13.
对中国及非洲11个主栽木薯品种(KU50、NZ188、NZ199、SC5、SC6、SC8、SC124、TME7、TME12、Ebwanateraka、TMS60444)的离体培养研究结果表明,不同品种之间的体细胞胚胎发生和芽器官发生能力因基因型不同而差异显著。多数品种体细胞胚胎发生频率在60%以上,有几个可达到80%以上,如TMS60444和Ebwanateraka;而NZ199、SC124和TME2的诱导频率较低,分别只有25%、43%和36%。次生胚状体形成的子叶胚切块可诱导芽器官发生,诱导频率在15.8%～75.8%之间,其中TME7和TMS60444诱导效果最好。与TMS60444相似,KU50、SC5、SC8及Ebwana的次级体细胞胚经过多次继代诱导后,观察到脆性胚性愈伤组织的形成,但发生频率较低。对不同根癌农杆菌侵染外植体及抗生素浓度的优化结果表明,用改良型的农杆菌LBA4404进行侵染,在培养基中添加200μmol/L乙酰丁香酮,共培养温度22℃,培养4 d时,转化效果最好。共培养后,使用含有500 mg/L羧苄霉素及15 mg/L潮霉素的培养基来筛选体细胞胚胎发生是较为理想的。 相似文献
14.
15.
Waxy gene haplotypes: Associations with apparent amylose content and the effect by the environment in an international rice germplasm collection 总被引：1，自引：1，他引：0
Ming-Hsuan Chen Christine Bergman Shannon Pinson Robert Fjellstrom 《Journal of Cereal Science》2008,47(3):536-545
Apparent amylose content (AAC), the key determinant of rice end-use quality attributes, is primarily controlled by the Waxy gene which codes for granule bound starch synthase (GBSS). We examined the combination of sequence variation in the Waxy gene and environmental effects, and their associations with AAC using 171 rice accessions originating from 43 countries. The combination of two single-nucleotide-polymorphism (SNP) markers in the Waxy gene allows for the identification of three marker haplotypes in this gene. The first SNP is at the leader intron splice site (In1 SNP), and the second polymorphism is in exon 6. The haplotypes explained 86.7% of the variation in AAC and discriminated the three market classes of low, intermediate and high AAC rice from each other. The environment affected the AAC of all haplotypes. Higher air temperature during grain development associated with a decrease in AAC of low and intermediate AAC-types, but with an increase in AAC of high AAC-type. The association of AAC with several Waxy RM190 microsatellite-(CTn) alleles in combination with the In1 SNP was also examined. In conclusion, the Waxy haplotypes studied appear to be useful markers for selecting the AAC of breeding lines developed from the world's rice germplasm. 相似文献
16.
解析小麦耐旱遗传机制,发掘耐旱基因,选育耐旱品种,是减少干旱对中国粮食生产安全威胁最为经济、高效的方式。周8425B是中国黄淮麦区重要的小麦骨干亲本,农艺性状优良,其衍生品种具有较好的耐旱特性。本研究基于68份来自于河南、山东等地的周8425B衍生品种,利用50K SNP芯片对耐旱相关性状进行全基因组关联分析（genome-wide association analysis,GWAS）。结果表明,共检测到252个显著关联的SNP标记,分布于37个位点上,可解释7.9%~21.5%的表型变异。其中,16个位点与已报道的位点位置部分重叠或一致,其余21个为新的位点。周麦16、矮抗58、郑农21、淮麦28、周麦21、郑麦379、浏虎98和偃展4110共8份品种具有较好的耐旱性,且含有较多的优异等位基因,可应用于下一步遗传育种中。本研究对解析小麦耐旱遗传机制,选育耐旱品种具有参考价值。 相似文献
17.
Apparent amylose content is a key element for characterizing a rice (Oryza sativa L.) cultivar for cooking quality. However, cultivars with similar apparent amylose content can have widely varying quality attributes, including major parameters of flour paste viscosity. It has been postulated that the presence of a rice Waxy gene single nucleotide polymorphism (SNP) marker is associated with elevated Rapid Visco Analyser (RVA) properties in specific high amylose rice cultivars. A mapping population derived from a cross between two varieties, Cocodrie and Dixiebelle, having similar high apparent amylose contents, but with different paste viscosity properties and Waxy gene markers was analyzed for the genetic segregation of various pasting properties, measured with RVA instrumentation. Marker inheritance analyses revealed that the Waxy exon 10 SNP marker was associated with the proportion of soluble to insoluble apparent amylose and most RVA pasting measurements. Waxy gene markers can be used to efficiently improve the selection of rice with desirable characteristics, particularly for superior parboiling and canning quality. 相似文献
18.
《水稻科学》2017,(4)
Single nucleotide polymorphisms and restriction digestion-based haplotype variations among 160 flood prone rice varieties were analyzed with enzymes Alu I and Cac8 I to generate polymorphisms at Sub1A and Sub1C loci(conferring submergence tolerance), respectively. Haplotype associated with phenotype was used to study the haplotype variations at Sub1A and Sub1C loci and to determine their functional influence on submergence tolerance and stem elongation. Three patterns at Sub1A locus, Sub1A0(null allele), Sub1A1(does not cut) and Sub1A2(one SNP), and four patterns at Sub1C locus, Sub1C1, Sub1C2,Sub1C3 and Sub1C4, were generated. Both tolerant Sub1A1 and intolerant Sub1A2 had the same length, but the difference was presence of a restriction site in the Sub1A2, but absent at the Sub1A1. Further, two types of polymorphism were detected at the Sub1C, one included major length polymorphisms(165, 170 and 175 bp) and the other was a single restriction site at different position. Eight haplotypes(different combinations of the two loci), A1C1, A1C2, A1C4, A2C2, A2C4, A0C2, A0C3 and A0C4, were detected among 160 varieties. Haplotype A1C1 was comparatively more related to haplotypes A1C2 and A1C4, having the same Sub1A allele, and these haplotypes were found only in Bangladeshi, Sri Lankan and Indian varieties. Most tolerant varieties in A1C1 haplotype showed slow elongation, having tolerant specific Sub1A1 and Sub1C1 alleles. Further, the varieties Madabaru and Kottamali(A2C2) also showed moderate level of tolerance without Sub1A1 allele. These varieties were different with FR13 A and also suspected to carry different novel tolerant genes at other loci. These materials could be used for hybridization with Sub1varieties for pyramiding additional tolerant specific alleles into a single genotype for improving submergence tolerance in rice. 相似文献