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1.
为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考. 相似文献
2.
《中国畜牧杂志》2017,(10)
研究以从江香猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用混合DNA池结合直接测序技术筛选猪MEF2D基因5'UTR及第1外显子区SNPs位点;同时利用生物信息学软件分析SNPs位点对核心启动子区、Cp G岛和转录因子结合位点的影响。结果表明:在猪MEF2D基因5'UTR区共筛查到4个SNPs位点,分别为A-511G、T-453A、T-242G和T-180A;生物信息学软件预测发现T-453A和T-242G位点附近有重要转录因子结合位点消失和新位点生成,据此推测猪MEF2D基因5'UTR区的T-453A和T-242G位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。 相似文献
3.
为研究牛CSN1S2、CSN3基因启动子多态性.选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计特异性引物分别扩增2个牛种CSN1S2、CSN3基因5’调控区及第1外显子部分序列.结果表明:CSN1S2基因5’调控区存在3个SNPs位点:A-253T、A-317G、A-407G,CSN3基因5,调控区发现4个SNPs:T-79G、G-415G、T-421C、T-658G,2个牛品种在不同位点的多态性有显著差异.生物信息学软件预测CSN1S2、CSN3基因核心启动子区及转录因子结合位点,CSN1S2基因A-253T、A-317G位于预测核心启动子区.SNP位点造成CSN3基因7个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点.对于CSN1S2、CSN3基因,突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列均未发现CpG岛.研究结果为进一步确定其启动子功能奠定试验基础. 相似文献
4.
为筛选腺苷单磷酸脱氨酶1(adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)及研究其对启动子功能元件的影响,试验选择小香羊、黔北麻羊、努比山羊构建不同DNA池,直接测序结合BLAST筛选SNP位点。结果表明,AMPD1基因启动子区存在5个SNPs位点,分别为:T-614A、G-326A、G-309A、T-287C和T-165C。生物信息学软件预测得到AMPD1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNPs位点导致9个转录因子结合位点消失,而产生7个新的转录因子结合位点。AMPD1基因RNA二级结构在突变后显著改变,但未检测到CpG岛区域。 相似文献
5.
《中国畜牧杂志》2016,(11)
本研究以大白猪的基因组DNA为模板,通过混池测序鉴定PGRMC2基因启动子区的多态位点(SNPs),以分析该基因启动子区突变前后转录因子结合位点和Cp G岛的变化。运用生物信息学软件预测其核心启动子区域、转录因子结合及Cp G岛。结果表明:在220头大白猪个体中,检测到PGRMC2基因启动子区存在2个SNP位点,分别为C-1283 T和T-372 C。且这2个SNP均导致PGRMC2基因的转录因子结合发生改变。C-1283 T突变导致1个转录因子结合位点消失(即ASP-CYP21);T-372C突变导致1个转录因子结合位点消失(AP-1-DNA_polyme),9个新的转录因子结合位点产生(E1A-BS5、Trex/MEF3compo、E-box CS、Myo D-MCK-right、NFkappa E1site、NF-mu-E1CS、kappa-E2CS1、lambda5-site F、m TDT-site F等)。由此,推测SNPs可能对PGRMC2基因表达调控发挥重要作用。 相似文献
6.
为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测.结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,sNP3).关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响.最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B282个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05).双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合.H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低.初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记. 相似文献
7.
为了研究儋州鸡FSHβ基因单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR产物直接测序法,对60份儋州鸡DNA样本的FSHβ基因进行PCR扩展和双向测序,对测序结果组装后使用DNAMAN软件进行比对,人工核对后筛查SNP位点。结果表明:PCR扩增均能得到与预期相符的清晰条带;测序结果与GenBank中登录的原鸡FSHβ序列比对显示,为儋州鸡FSHβ基因的片段;SNP位点筛查显示,儋州鸡FSHβ基因中含有25个SNP位点,即C-130T、A-332C、T-439C、G-591A、C-956A、G-1 233A、G-1 386C、G-1 466A、T-1 542C、T-1 543A、C-1 703T、C-1 714T、T-1 834C、A-1 867G、A-1 960C、C-2 021T、G-2 285T、G-2 399T、T-2 528C、A-2 536G、T-2 607C、G-2 770A、A-3 229G、-665处插入AA及-2 566处缺失C,这25个SNP位点包含了5个内含子突变和20个外显子突变,其中G-591A和G-1 233A为编码区错义突变。 相似文献
8.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(3)
为了研究肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因与鸭屠宰性状的关系,试验采用基因克隆以及PCR产物直接测序的方法,将MyoG基因作为鸭屠宰性状的候选基因,首次对鸭的5个外显子进行研究,对兴义鸭的MyoG基因外显子进行多态性检测。结果表明:共发现7处单核苷酸多态性(SNPs)位点,即第1外显子SNP1(G238C)、SNP2(C397G),第3外显子SNP3(C8T),第5外显子SNP4(G23A)、SNP5(G47A)、SNP6(C74T)、SNP7(G104C)。最小二乘分析结果显示,SNP1与胸肌率有显著相关(P0.05),SNP3和SNP7与全净膛率有显著相关(P0.05),SNP7与全净膛重有显著相关(P0.05)。 相似文献
9.
DRD2基因14个多态位点与鸡产蛋性状的相关性 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究旨在分析DRD2基因与鸡产蛋性状的相关性,寻找可作为鸡产蛋性状的重要标记。在该基因上选取了14个多态位点,采用PCR-RFLP及PCR测序等方法在宁都三黄鸡母系644个个体中进行了鸡产蛋性状的关联分析。结果表明:位于该基因5′调控区的4个突变位点G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G与鸡的开产日龄显著或极显著(P0.05或P0.01)相关,位点A-16105G还与300日龄总产蛋数显著相关(P0.05);由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G这4个位点组成的单倍型块与开产日龄呈极显著相关(P=0.006 50.01)。研究结果提示:G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G这4个突变位点以及由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G组成的单倍型块可作为产蛋性状标记辅助选择的有效分子标记。 相似文献
10.
为筛选STAT1基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明：STAT1基因5&;apos;调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为：T-537G、T-508A、C+10T。生物信息学软件预测得到STAT1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致1个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点。CpG岛范围未受到突变位点影响,但STAT1基因RNA二级结构在突变后显著改变。研究结果为进一步确定STAT1启动子功能奠定试验基础。 相似文献
11.
试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin, LALBA)基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1126 bp。结果表明,LALBA基因5'调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。 相似文献
12.
本研究采用PCR-SSCP和DNA直接测序技术相结合来检测兴义鸭CYP7A1基因外显子3的SNP位点,分析其与血清生化指标的关联性。结果表明,检测到3种基因型AA、AB和BB,2个等位基因A和B,AA和A分别为优势基因型和等位基因,频率分别为0.882和0.921,序列比对发现5个SNP位点G744A、G783A、T858C、C951G和G960A,均为同义突变。关联分析显示,BB基因型个体的血清白蛋白、球蛋白和总蛋白显著高于AA基因型(P0.05),AA基因型白球比值显著高于AB型(P0.05),推测CYP7A1基因外显子3的多态可能对兴义鸭血清蛋白有一定影响,BB基因型可能是血清蛋白组成的有利基因型,等位基因B可能是有利等位基因。 相似文献
13.
钙调磷酸酶(CaN)是调节肌纤维转化的重要信号分子,PPP3CA基因编码CaN催化亚基,对畜禽肉质性能有重要影响。本实验以江口萝卜猪为研究对象,测定了112头江口萝卜猪11项主要肉质性状指标,提取背最长肌中基因组DNA,扩增了PPP3CA基因全部外显子和启动子序列并测序。结果显示:发现3个SNPs位点,分别为A-918C、G154767A和G316451A。启动子上的A-918C位点等位基因分布较均匀,生物信息学分析发现A-918C位点位于一个高评分核心启动子区附近,还会导致2个转录因子结合位点的消失和2个转录因子结合位点的产生,可能会对PPP3CA基因的表达产生影响。与肉质的关联性分析发现,A-918C位点AA和AC型个体肉色明显高于CC型个体,而剪切力反之。双倍型分析发现,H6H7(CC-GG-GA)和H7H7(CC-GG-GG)肉色显著低于其余双倍型,剪切力明显高于其余双倍型,也说明A-918C位点AA和AC型猪肉质优于CC型猪,说明了A-918C位点对肉质性能有明显影响。G154767A和G316451A位点等位基因频率差异大,等位基因分布不均匀,表明群体内变异程度较低。G154767A位点会使mRNA二级结构最小自由能降低,稳定性降低,极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。与肉质的关联性分析发现,G316451A位点GG型和GA型大理石纹评分显著高于AA型。本研究结果表明,PPP3CA基因对江口萝卜猪肉质存在明显影响,A-918C和G316451A位点可能是影响江口萝卜猪肉质的重要功能SNPs位点。 相似文献
14.
为探讨GDF5基因外显子2的SNPs以及与鸡胫骨长的关联性,以兴义矮脚鸡GDF5基因为研究对象,采用基因克隆技术得到外显子2序列,直接测序后检测SNPs,并与胫骨长进行相关性分析。结果表明,共检测到5个SNPs,前4个位点(C146A、C296T、G326A和C578G)均为两种基因型,第5位点(C704T)为三种基因型。基因型与胫骨长性状关联分析显示,C578G位点CC基因型个体胫骨长显著高于GC型个体(P0.05),其余SNPs均差异不显著(P0.05)。研究表明,GDF5基因可能是影响鸡胫骨长的主效基因或与主效基因相连锁,C578G位点有望成为胫骨长性状选择的分子遗传标记,为家禽的选育提供理论依据。 相似文献
15.
为了探讨MCEE基因作为麒麟鸡生长性状遗传标记的可能性,试验选择1日龄健康麒麟鸡126只,采用Sanger测序法对MCEE基因的3'UTR区进行单核苷酸多态性(SNP)检测,并分析对麒麟鸡生长性状的影响。结果表明:麒麟鸡MCEE基因的3'UTR区检测到2个SNP突变位点,即第8 959位碱基的G/A转换和第9 082位碱基的C/T转换,分别命名为G8959A和C9082T;MCEE基因3'UTR区G8959A位点形成GG、GA和AA 3种基因型,C9082T位点形成CC和CT 2种基因型;MCEE基因G8959A突变位点的GG型个体21日龄体重显著高于GA型个体(P0. 05),极显著高于AA型个体(P0. 01),G为优势等位基因,基因频率为0. 655,GG型为优势基因型,基因型频率为0. 429;MCEE基因C9082T突变位点的CC型个体21日龄体重显著高于CT型个体(P0. 05),C为优势等位基因,基因频率为0. 786,CC型为优势基因型,基因型频率为0. 571。说明MCEE基因3'UTR区检测到的2个SNPs位点(G8959A和C9082T)对21日龄麒麟鸡体重有显著或极显著影响(P 0. 05或P 0. 01),G8959A位点GG基因型和C9082T位点CC基因型为优势基因型,适合作为麒麟鸡生长性状的有效遗传标记。 相似文献
16.
为了解三穗鸭肌细胞增强因子(myocyte enhancer factor 2A,MEF2A)SNPs与屠宰性状的相关性,本研究以60只三穗鸭为研究对象,采用PCR-SSCP方法结合PCR产物直接测序技术对三穗鸭MEF2A基因多态性进行检测,并进行SNPs与屠宰性状各指标的相关分析。结果表明,在MEF2A基因中共发现了2个SNPs:第11外显子的g.47915G>A位点和g.47918G>A位点,g.47915G>A位点发生的G/A突变使密码子由GAA变为AAA,翻译出的氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸,g.47918G>A位点的G/A突变引起的密码子由GAT变成AAT,翻译出的氨基酸由天冬氨酸变成天冬酰胺。SNPs与屠宰性状的关联性分析表明,g.47915G>A和g.47918G>A位点影响全净膛率。这一结果揭示了MEF2A基因的多态性对三穗鸭屠体性状具有重要的影响。 相似文献
17.
为探究寡腺苷酸合成酶1（oligoadenylate synthase 1,OAS1）基因多态性与松辽黑猪繁殖性状的关联性,试验选取130头松辽黑猪母猪为研究对象,利用Sanger直接测序法测序查找OAS1基因外显子1~8的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析OAS1基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,在松辽黑猪OAS1基因外显子2、3和6上共检测到33个突变位点;其中在外显子2的110 bp处存在1个SNP位点（G110C）,存在3种基因型：GG、GC和CC;在外显子3的176 bp处存在1个SNP位点（C176T）,存在3种基因型：CC、CT和TT;在外显子6的145 bp处存在1个SNP位点（C145T）,存在3种基因型：CC、CA和AA;在166 bp处存在1个SNP位点（G166A）,存在3种基因型：GG、GA和AA;在206 bp处存在1个SNP位点（A206G）,存在3种基因型：AA、AG和GG。卡方适合性检验结果显示,松辽黑猪OAS1基因G110C突变位点符合Hardy-Weinberg平衡状态,C176T、C145A、G166A和G206A位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传参数分析结果显示,各SNPs位点遗传杂合度均位于中等水平,为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联分析结果发现,G110C位点GC基因型个体总产仔数、产活仔数和断奶仔猪数均显著高于GG基因型个体（P<0.05）;C176T位点CT基因型个体断奶仔猪数显著高于CC基因型个体（P<0.05）;C145T位点CC基因型个体总产仔数和产活仔数均显著高于AA基因型个体（P<0.05）;G166A位点GA基因型个体断奶仔猪数显著高于GG基因型个体（P<0.05）;A206G位点GG基因型个体总产仔数和产活仔数显著高于AA基因型个体（P<0.05）。结果表明,OAS1基因外显子区存在突变位点,对松辽黑猪部分繁殖性状有显著性影响。 相似文献
18.
为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。 相似文献
19.
《中国畜牧杂志》2016,(9)
为了解三穗鸭肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)SNPs与屠宰性状的相关性,本研究以60只三穗鸭为研究对象,采用PCR结合产物直接测序技术对三穗鸭MyoG基因多态性进行检测,并进行SNPs与屠宰性状各指标的相关分析。结果表明:在MyoG基因中共发现6个SNPs:g.1 131CT位点、g.2 186GA位点、g.2 204GA位点、g.2 920GA位点、g.2 962CT位点和g.2 977GC位点,SNPs与屠宰性状的关联性分析表明,g.1 131CT位点影响胸肌率,g.2204GA位点影响体重和全净膛重。挑选与单个SNP位点有显著影响的性状进行多基因聚合(互作),结果显示,不同聚合基因型对体重和全净膛重有显著影响,对胸肌率无显著影响,试验群体中CTGA型个体的体重和全净膛重均值最小,TTGA型个体的体重和全净膛重均值最大。可推测TTGA聚合基因型具有更佳的选育效果。 相似文献
20.
为研究CIS基因启动子区SNP与黄牛生长相关性状关联性,选择106头威宁黄牛作为研究对象,利用PCR-SSCP分析CIS基因启动子区SNP与不同个体生长相关性状的相关性。结果表明:A-726G位点在威宁黄牛中有不同分型,母畜群体中,该SNP位点与体直长、胸围、胸宽、腰高、坐骨端宽有显著关联(P0.05),其中对胸宽的影响达到极显著水平(P0.01),AA型个体多项性状均值均最高;在公畜群体中,A-726G位点与胸宽有显著关联,A-726G可能作为影响黄牛生长性状的重要功能性SNP,研究结果为进一步阐明CIS基因功能奠定试验基础。 相似文献