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世界不同地理来源粳稻品种的遗传相似性研究 总被引：13，自引：3，他引：10
【目的】探讨不同国家（或地区和组织）间粳稻选育品种的遗传相似性和遗传差异,旨在为世界各地的粳稻品种能够有效利用于水稻育种提供科学依据。【方法】利用34对SSR引物对不同地理来源包括20个国家（或地区和组织）的313份粳稻选育品种进行遗传相似性和聚类分析。【结果】共检测到198个等位基因,平均每对SSR引物检测到的等位基因数为5.8235个。RM320、RM531、RM1、RM21和RM336的等位基因数较多,分别为16、13、12、10和10个;RM320、RM336、RM286、RM531和RM21的遗传多样性指数较高,分别为2.3668、2.0041、1.9684、1.9508和1.7203。各国家（或地区和组织）粳稻选育品种的遗传相似系数变异范围为0.279～0.918,平均值为0.653。纬度和地理位置相近的国家间粳稻品种的遗传相似系数较大,基本聚为同一个类群,而纬度差异较大,地理位置较远的国家间粳稻品种的遗传相似系数较小,聚为不同类群。 【结论】粳稻品种的遗传相似性与纬度和地理位置有着密切的联系。 相似文献
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中国不同省份粳稻选育品种的遗传相似性 总被引：3，自引：2，他引：3
【目的】探讨中国不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性和遗传差异,为粳稻育种提供参考依据。【方法】利用34对SSR引物对12个省139份粳稻选育品种进行遗传相似性和聚类分析。【结果】共检测到198个等位基因,平均每对SSR引物检测到的等位基因数为5.3235个。RM320、RM531、RM1、RM286和RM336的等位基因数较多,分别为15、12、11、9和9个;RM320、RM336、RM286和RM531的遗传多样性指数较高,分别为2.3324、2.0292、1.8996和1.7820。12个省份间粳稻选育品种的遗传相似性系数范围为0.321～0.914,平均0.686。东北三省、宁夏、云南等纬度相近或生态气候环境相似的省份间粳稻选育品种的遗传相似性较高,而贵州、江苏与其它省份间纬度或生态气候差异较大,其粳稻选育品种的遗传相似性较低。【结论】RM320、RM531、RM1、RM286和RM336等标记适合利用于粳稻选育品种的遗传多样性检测。不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性与其亲本的遗传基础有密切相关的同时,与品种选育时所处的纬度和生态气候环境也有一定的相关性。 相似文献
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SHU Ai-ping ZHANG Yuan-yuan CAO Gui-lan LU Qin ZHANG San-yuan HAN Long-zhi 《中国农业科学(英文版)》2010,9(8):1093-1100
To provide a genetic basis for japonica rice breeding, the genetic similarity and cluster of 139 accessions of improved japonica rice varieties from 12 provinces and cities of China were analyzed using 34 SSR markers. Totally 198 alleles were detected among these improved japonica rice varieties with the average number of alleles per pair of primers was 5.3235. RM320, RM531, RM1, RM286, and RM336 showed more alleles, which were 15, 12, 11, 9, and 9, respectively. RM320, RM336, RM286 and RM531 showed higher genetic diversity indexes; which were 2.3324, 2.0292, 1.8996, and 1.7820, respectively. The range of genetic similar index among improved japonica rice varieties from different provinces was from 0.321 to 0.914, with the average of 0.686. There was a high genetic similarity among improved japonica rice varieties from Heilongjiang, Jilin, Liaoning, Ningxia, and Yunnan, which were located in similar latitude or similar ecological environment, while there was a low genetic similarity between improved japonica rice varieties from Guizhou and Jiangsu, and other provinces which were located in more different latitudes and ecological environments. The markers of RM320, RM531, RM1, RM286, and RM336 fit to be used in analysis of genetic diversity for improved japonica rice variety. The genetic similarity among improved japonica rice varieties from different provinces was closely associated with genetic basis of parents, and was also correlated with latitude and ecological environment where the varieties were bred. 相似文献
4.
利用SSR标记对24份太湖地区杂交粳稻品种初步建立了DNA指纹图谱和进行遗传相似性分析.结果表明:24对引物在研究材料中共检测到105个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为4.38个.筛选出5对核心引物(RM336、RM72、RM1195、RM19和RM267)建立了24份材料的DNA指纹图谱.24份材料之间的相似系数变化范围为0.69～0.99,相似系数比较大,表明供试材料的遗传基础多样性相对狭窄.在遗传相似系数0.71水平处可以将24份材料分为3个类群. 相似文献
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贵州地方水稻品种“禾”的SSR指纹图谱构建 总被引：5，自引：0，他引：5
利用SSR标记对24份"禾"品种进行遗传多样性分析,初步建立了其DNA指纹图谱。从145对SSR引物中筛选出21对多态性引物组合,对所有供试材料进行分析,共检测出73个等位基因,平均为3.4762;平均PIC指数为0.4084,范围在0.1175(RM147)~0.6810(RM336)。应用6对引物(RM20A、RM161、RM253、RM280、RM336和RM495)的组合获得了每个品种的SSR特征带,可以将所有供试材料区分开来,从而建立24份"禾"品种的SSR指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.652处,可将所有材料分为5类,聚类结果表明品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。 相似文献
6.
水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。 相似文献
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利用SSR标记揭示中国粳稻地方品种遗传多样性 总被引：5，自引：0，他引：5
【目的】通过中国粳稻地方品种的遗传多样性分析,阐明各省份粳稻地方品种的遗传结构及其亲缘关系,为中国粳稻杂交育种的亲本选配提供科学依据。【方法】利用43对SSR多态性标记,对原产于中国17个省（市、自治区）的187份粳稻地方品种进行等位基因多样性、遗传结构和聚类分析。【结果】共检测到等位基因351个,每个位点等位基因变幅为2-21,平均每个位点等位基因数为8.2;基因多样性指数变异范围为0.117-0.908,平均为0.550;多态信息含量（PIC）变异范围为0.114-0.902,平均为0.523。在RM72、RM241、RM219、RM412和RM232等位点所检测到的遗传多样性参数值较大。西南、华南、华中粳稻地方品种的遗传多样性明显高于华北和东北地区;云南省粳稻地方品种遗传多样性最丰富,天津和吉林的粳稻地方品种的遗传多样性相对较低。基于Nei’s遗传距离的系统聚类把供试材料分为8个小类群,南方粳稻地方品种主要聚类于第ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ和ⅴ等5个小类群,北方粳稻地方品种主要聚类于第ⅵ、ⅶ和ⅷ等3个小类群。基于模型的群体结构分析,供试材料被分为11个亚群,有144份材料被分到相应的11个亚群,其余43份材料被分到混合亚群。【结论】南方稻区粳稻地方品种的遗传多样性明显高于北方稻区,其中西南稻区的粳稻地方品种遗传多样性最为丰富,而云南是粳稻地方品种遗传多样性最丰富的省份。北方与南方粳稻地方品种间存在较大的遗传差异,粳稻地方品种间亲缘关系与地域性存在一定的相关性,这种相关性在北方粳稻地方品种中更为突出。RM72、RM241、RM219、RM412和RM232适合应用于粳稻地方品种的遗传多样性检测。 相似文献
8.
中国不同省份籼稻地方品种的指纹图谱分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】通过对中国不同省份籼稻地方品种的SSR标记多样性分析,为中国籼稻地方品种的指纹图谱构建及其有效保护和利用提供理论依据。【方法】利用78对SSR引物,对中国14个省280份籼稻地方品种进行指纹图谱检测,分析不同省份籼稻地方品种间SSR标记遗传多样性差异、等位基因组成及其出现频率等。【结果】共检测到330个等位基因,每对引物等位基因数为2—12个,平均等位基因数为4.141个。RM336、RM334、RM264、RM297、RM204、RM248、RM444的等位基因数和有效等位基因数较多,分别在6和3以上,且遗传多样性指数较高,在1.4以上。78对SSR引物各等位基因的出现频率变异在0.18%—99.56%,RM338的A等位基因出现频率最高,RM131的E等位基因和RM276的F等位基因出现频率最低。RM338、RM308、RM484、RM29等44对SSR引物的某个等位基因在单个或多个省份籼稻地方品种中出现频率为100%。RM336、RM334、RM264、RM204、RM297、RM248、RM263、RM276、RM444、RM21、RM246和RM258等12对引物在多数省份中均表现为较高的遗传多样性。【结论】上述12对SSR引物适用于中国籼稻地方品种的指纹图谱构建。 相似文献
9.
【目的】通过对中国旱稻地方品种的遗传多样性检测,分析不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性和遗传差异,为旱稻地方品种在水稻遗传育种中的有效利用提供理论依据。【方法】利用39对SSR引物对来自中国17个省份或地区的158份旱稻地方品种以及20份巴西旱稻种质进行SSR标记多态性、遗传相似性和聚类分析。【结果】在中国旱稻地方品种中共检测到等位基因308个,每对引物等位基因数变异在2—21个,平均等位基因数为7.8974个,其中RM72、RM241、RM232和RM412的等位基因数较多,分别为21、17、16和15个。Nei’s基因多样性指数变异在0.0435—0.8989,平均基因多样性指数为0.6153,其中RM232、RM72和RM241的基因多样性指数较高,分别为0.8989、0.8914和0.8883。籼型旱稻地方品种的平均等位基因数和平均基因多样性指数分别为6.4359和0.6227,而粳型旱稻地方品种分别为6.9744和0.5087。籼型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.4007—0.8959,平均为0.7168,而粳型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.5803—0.9581,平均为0.7643。【结论】籼型旱稻地方品种的基因多样性显著高于粳型旱稻地方品种;各省份或地区间粳型旱稻地方品种的遗传一致性高于籼型旱稻地方品种;各省份或地区粳型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置密切相关,而籼型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置未见相关。 相似文献
10.
香稻品种遗传多样性研究 总被引：9，自引：0，他引：9
利用SSR分子标记分析78份外引香稻品种、18份在广西种植的香稻品种以及24份具有代表性的非香的广西地方栽培稻种质资源的遗传多样性,检测到100条多态性片段,每个引物可检测到3~14个多态性片段,平均为6.25个。聚类结果表明:利用16个SSR标记可以明显地把香稻与非香稻品种聚类为2大类;在78份外引香稻种质中,在遗传距离分别为0.64和0.56处,43份和14份各自聚为一类,占73.1%,18份与广西种植的香稻品种聚类,占23.1%,3份与非香的栽培稻品种聚为一类,占3.8%。不同类组香稻的Nei’s遗传距离估算表明,传统的南亚香稻的遗传多样性显著大于改良的南亚香稻,改良的南亚香稻的多样性又显著大于广西当前种植的香稻种质和广西代表性的非香稻种质。 相似文献
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陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。 相似文献
12.
JIANG Shu-kun HUANG Cheng ZHANG Xi-juan WANG Jia-yu CHEN Wen-fu XU Zheng-jin 《中国农业科学(英文版)》2010,9(12):1697-1704
To select highly informative microsatellite markers （SSRs） and establish a useful genetic SSR framework for rice genotyping, 15 rice （Oryza sativa L.） cultivars including six indica varieties and nine japonica varieties were used to analyze the polymorphism information content （PIC） value of 489 SSR markers. A total of 1 296 alleles were detected by 405 polymorphic markers with an average of 3.2 per locus. The PIC value of each chromosome was ranged from 0.4039 （chromosome 2） to 0.5840 （chromosome 11）. Among the two rice subspecies, indica （0.3685-0.4952） gave a higher PIC value than japonica （0.1326-0.3164） and displayed a higher genetic diversity. Genetic diversity of indica was high on chromosome 12 （0.4952） and low on chromosome 8 （0.3685）, while that for japonica was high on chromosome 11 （0.3164） and low on chromosome 2 （0.1326）. A SSR framework including 141 highly informative markers for genotyping was selected from 199 SSR markers （PIC〉0.50）. Ninety-three SSR markers distributed on 12 chromosomes were found to be related to indica-japonica differentiation. Of these 93 pairs of SSR primers, 17 pairs were considered as core primers （all the japonica varieties have the same specific alleles, while the indica varieties have another specific alleles）, 48 pairs as the second classic primers （all the japonica or indica varieties have the same specific alleles, while the indica or japanica varieties have two or more other specific alleles ） and 28 pairs as the third classic primers （all the japonica and indica varieties have two or more alleles, but the specific alleles are different between japonica and indica）. Thirty-two SSR markers were selected to be highly informative and useful for genetic diversity analysis of japonica varieties. This work provides a lot of useful information of SSR markers for rice breeding programs, especially for genotyping, diversity analysis and genetic mapping. 相似文献
13.
普通野生稻遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择、改变目前遗传基础狭窄的状况,试验选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的20份普通野生稻进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物均具有多态性,多态性位点百分率为100%;这些多态性引物在20份材料中共扩增出220条多态性带,平均每对SSR引物可检测到3～11个等位基因,平均每个位点7.3条。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,在Nei遗传距离为1.3处可将20份材料分为3个类群,即2个国外群体和1个国内群体;同一生态型的稻种基本聚为一类,个别不同生态型的稻种由于品种间的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。说明SSR是一种进行遗传多样性研究切实有效的方法;育种亲本的选择不能仅仅依据生态型。 相似文献
14.
云南地方水稻品种遗传多样性分析及其保护意义 总被引：19，自引：0，他引：19
为了研究云南地方水稻品种遗传多样性水平。对采自云南17个村落的82份品种以及代表籼粳不同类型的3份标准样的遗传背景进行SSR分析。19对引物共检测出83条多态带(分子量变异范围是100～500bp)。根据L71K；MA法用遗传相似系数进行聚类分析。结果表明，这85份水稻品种遗传相似系数在0．152～0．900之间存在显著的遗传变异。这些品种的遗传多样性并非均匀的按地理位置分布，而是在相似系数为0．152的水平上明显分为2个不同类群：籼稻类群和粳稻类群。从不同村落采集的叫同一名称的品种的遗传背景并不相近。研究表明，保护云南地方水稻品种十分必要，但是需要制定合适的策略，确保有效保护活动。另外选择合适的SSR引物是区分籼粳类型的理想手段。 相似文献
15.
《农业科学学报》2016,(6)
Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars. 相似文献
16.
35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析 总被引：15，自引：1，他引：15
用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系. 相似文献
17.
18.
黑龙江省水稻品种SSR标记遗传多样性分析 总被引：8，自引：1，他引：7
选用分布于水稻12条染色体上的52对SSR引物,对黑龙江省近几年育成品种(系)和过去主栽品种以及日本引进品种共54份材料进行遗传多样性分析。结果表明,供试品种的20项表型性状均有显著或极显著的遗传差异,其中黏滞峰消减值变异系数最大,整米粒率与下降黏度值次之,糙米率和糊化开始温度变异系数最小;在52对SSR引物中45对引物有多态性,共扩增出160个等位位点,平均3.6个,香农指数变幅为0.040～0.702,平均为0.285;高多态性SSR位点主要发生在染色体2、5、7、11上,低多态性SSR位点主要发生在染色体6、8、10、12上;供试品种的遗传相似系数变幅为0.667～0.963之间,平均值为0.786,且83.4%的供试品种其遗传相似系数在0.740～0.840之间,亲缘关系较近;通过UPGMA聚类,供试品种被分为3大类,绝大多数供试品种都聚在同一类。 相似文献
19.
用SSR标记比较亚洲栽培稻与普通野生稻的遗传多样性 总被引：50，自引：4，他引：50
用 30对SSR引物比较了 5 2份不同生态型的栽培稻和 34份不同省 (区 )的普通野生稻 (简称CWR)的遗传多样性 ,发现在 2 84条多态性带中 ,有栽培稻特异带 15条 (5 .2 % ) ,普通野生稻特异带 117条 (41.2 % ) ,栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为 0 .6 7和 0 .9,每一位点在栽培稻中的等位基因平均为 5 .3,而在野生稻中平均为 9.6 ,栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的 6 2 % ;野生稻材料间的平均遗传距离为 0 .80 11,远大于栽培稻品种之间的 0 .6 6 0 3,说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外 ,籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离 ,表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明 ,SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开 ,又能较好地进行籼粳稻的分类。 相似文献
20.
从分子水平探讨山东省大豆种质资源遗传多样性,为山东大豆今后的大豆育种和遗传改良奠定基础;对山东省36份不同年代材料进行SSR标记,计算遗传相似系数,并对供试品种进行UPGMA聚类分析;20对SSR引物共扩增出138个等位变异,平均每对引物扩增出6．9个等位变异。遗传相似系数的变化范围为0．66-0．97,总体平均值为0．78;相似系数大,品种间遗传差异较小。利用SSR标记的数据结果,对供试品种进行聚类分析,东解1号单独聚为一类,其他品种聚成2个类群,聚类结果表明其多样性与地理来源及系谱关系相关联,但从年代上并没有很好的划分。对山东大豆的多样性分析也有必要采取多种方法对其进行综合有效的鉴定。 相似文献