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患病与健康虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)体腔液菌群的PCR-DGGE分析比较 总被引：2，自引：1，他引：1
分析比较患病与健康虾夷马粪海胆体腔液菌群的PCR-DGGE指纹图谱.并通过切胶、克隆测序等步骤分析患病虾夷马粪海胆体腔液中的特异菌群.结果显示,健康海胆体腔液中菌群的PCR-DGGE指纹图谱具7个条带,其中有5个与患病海胆相同,2个为不同条带,表明健康海胆体腔液中至少含7种细菌,其中2种以上细菌随机体环境变化而消亡;患... 相似文献
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[目的]建立患兔流行性腹胀病家兔肠道细菌的DNA指纹图谱,并分析其肠道菌群结构特征的整体差异。[方法]提取流行性腹胀病兔及健康兔肠道内容物细菌总DNA,应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增技术(ERIC-PCR)建立肠道菌群的DNA指纹图谱,并分析其整体差异。[结果]病兔大肠样本DNA条带明显少于健康兔对照,而小肠样本在二者间无明显差异,说明病兔与健康兔大肠肠道菌群存在整体差异。病兔大肠样本DNA在约350 bp处出现1条主带,同时伴有若干较弱的带,而健康兔对照大肠样本DNA条带均无明显规律。病兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(2.03±0.49),健康兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(3.30±0.31),差异极显著(P0.01)。[结论]兔流行性腹胀病发病兔大肠中肠道菌群结构多样性降低,可能存在单一或几种特定的肠道优势菌群。 相似文献
3.
采用RT-PCR、PCR-SSCP等分子生物学技术和关联分析等方法对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP51基因的cDNA序列进行了克隆和单核苷酸多态性分析.结果表明:虾夷马粪海胆的CYP51基因包括一个1491 bp的开放阅读框,编码496个氨基酸;其开放阅读框的第161个核苷酸处存在1个单核苷酸多态性,即核苷酸发生了A→G突变.关联分析结果表明,该单核苷酸多态性与虾夷马粪海胆的体质量、性腺质量之间存在显著相关性(P＜0.05).本研究中首次克隆了虾夷马粪海胆CYP51基因的cDNA序列并进行了SNPs分析,研究结果可为虾夷马粪海胆的分子标记辅助育种提供参考. 相似文献
4.
采用同源克隆和半定量RT-PCR方法,对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius NLR家族基因片段进行了克隆和组织表达特征分析。将紫球海胆S. purpuratus的9组NLR家族聚类的编码区序列进行比对后,根据保守区域设计引物扩增虾夷马粪海胆中相应的基因,通过测序获得了9组不同NLR聚类基因片段,每组各10个测序结果,通过基因序列及氨基酸序列比对分析,发现存在长度及序列结果上的差异,这说明每组NLR家族聚类都存在多个家族成员。同时选取虾夷马粪海胆的不同组织提取RNA,反转录后使用同样的引物进行半定量RT-PCR分析,结果表明, NLR基因在虾夷马粪海胆的管足、肠、围口膜、体腔细胞、性腺中存在高效表达,且在围口膜及性腺中表达量最高,表明NLR基因在虾夷马粪海胆中普遍表达,并存在表达差异。研究表明, NLR基因在海胆免疫过程中起着重要作用。 相似文献
5.
将采自青岛市沿海潮间带的双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis(体质量为4～5 g)置于无菌海水中暂养24 h后,分别从5条双齿围沙蚕消化道中提取微生物基因组总DNA,应用细菌16S rDNA通用引物341f/534r进行细菌16S rDNA基因V3高变异区的PCR扩增,再将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),从而获得样品消化道共栖微生物群落特征的DNA指纹图谱。通过对指纹图谱半定量分析发现,采集的双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性丰富,优势条带明显,不同个体间既存在共同的微生物种属,也有各自特异的种属。其中存在一条共同的优势条带,但优势条带含量存在个体间差异。分别对DGGE指纹图谱中公共条带序列进行测序比对,结果表明,产丙酸菌属Propionigenium分别为5个样品中的优势菌群,假交替单胞菌属Pseudoalteromonas广泛分布于双齿围沙蚕消化道中。研究表明,基于16S rDNA的PCRDGGE图谱技术是分析双齿围沙蚕及其他海洋沉积食性无脊椎动物消化道微生物菌群结构较为有效的手段。 相似文献
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为更全面地分析虾夷马粪海胆F3代的生长与性腺品质,研究测量了虾夷马粪海胆F3代群体12个家系82枚海胆的体尺性状和性腺主要营养成分,其中体尺性状包括壳性状（壳高、壳径、壳湿重、壳干重）,口器性状（口器高、口器宽、口器重）,体重和性腺湿重;营养成分性状包括性腺中的总脂肪含量、总蛋白含量和4种高不饱和脂肪酸含量(C20:4、C20:5、C22:5 、C22:6)。计算了F3代虾夷马粪海胆不同性别体尺性状、营养成分的均值、标准差和变异系数,并对数量性状间的相关关系进行了分析。结果显示：虾夷马粪海胆F3代群体各性状中,雌性群体各性状指标略优于雄性群体,但不同性别间均无显著性差异(P>0.05)。F3代虾夷马粪海胆各体尺性状之间均存在极显著的相关性(P<0.01),其中壳径与体重之间相关性最大(0.878),而口器性状与体重的相关性相对较小。营养成分方面,C20:4(AA)和C20:5(EPA)之间相关性极为显著(P<0.01);C22:5和C22:6(DHA) 之间显著相关(P<0.05),即同碳原子数的不饱和脂肪酸的含量相关显著。营养成分性状与壳高、壳径和体重的相关性均不显著(P>0.05),且多为负相关,在选择育种时应分别考虑。研究结果为虾夷马粪海胆选育潜力评估和下一步选种提供依据,为富含高不饱和脂肪酸虾夷马粪海胆培育奠定理论基础。 相似文献
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海胆性腺中脂肪酸含量丰富,β-胡萝卜素含量高,是一种营养价值较高的食物来源,不同种、不同群体间、不同性别海胆性腺中二者的组成与含量存在差异。对我国北方海区4种经济海胆(虾夷马粪海胆、光棘球海胆、马粪海胆和海刺猬)以及大连黑石礁、旅顺、獐子岛3个群体的光棘球海胆性腺中的脂肪酸组成及β-胡萝卜素含量进行了测量和分析。结果显示:不同种海胆、同种海胆的不同群体及不同性别海胆性腺中脂肪酸、β-胡萝卜组成与含量均存在差异。不同种海胆间,光棘球海胆性腺中脂肪酸种类最多为31种,虾夷马粪海胆性腺中种类最少为24种;不同群体的光棘球海胆间,黑石礁群体性腺中脂肪酸种类最多为29种,旅顺群体最少为26种。雄性、雌性马粪海胆性腺中β-胡萝卜素含量均显著高于其他3种雌性海胆(P<0.01)。3个群体的光棘球海胆性腺中,黑石礁群体雄性性腺β-胡萝卜素含量显著低于其他2个群体(P<0.05);獐子岛群体雌性性腺中β-胡萝卜素高于其他2个群体,差异极显著(P<0.01)。上述结果为进一步开展海胆杂交及海胆优良品种的选育奠定了基础。 相似文献
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虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)体腔液的酚氧化酶活性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
分别测定虾夷马粪海胆血浆和体腔细胞溶解上清液(CLS)中的酚氧化酶(PO)活性以及不同刺激物对其酚氧化酶原系统(proPO)的激活效果,并初步分析了患病虾夷马粪海胆体腔液中酚氧化酶活性的变化。结果显示：虾夷马粪海胆体腔液的PO主要分布于血浆中,且个体差异较大,血浆中PO活性为48.28±6.69 U,CLS中PO活性为2.24±1.81 U;proPO存在于体腔细胞中,含量较少,其被1 mg/mL Trypsin及100 mmol/L MgCl2激活后,PO活性分别提高2.24 U和7.86 U,LPS、SDS、CaCl2和甲醇等对酚氧化酶原无明显激活效果;虾夷马粪海胆感染细菌后体腔液的酚氧化酶活性为12.90±2.03 U,相较于健康海胆（30.63 ±2.21 U）显著降低（P＜0.05）,而在100 mmol/L MgCl2作用下酚氧化酶活性提高4.19±1.96 U,相较于健康海胆（2.76±1.15 U）明显升高（P＜0.05）。研究结果为虾夷马粪海胆及其他棘皮动物的免疫防御机制的深入研究提供了基础。 相似文献
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为了明确性腺性状和分子标记之间的关系,在海胆选育工作中提高性腺性状,利用微卫星标记对海胆各生长性状及性腺颜色进行相关分析。选用28个虾夷马粪海胆多态性微卫星分子标记对虾夷马粪海胆自交F1代家系群体的进行了检测分析,结果表明:共检测到80个等位基因,平均等位基因数为2.857 1个;平均有效等位基因数为0.827 0个; 观测杂合度平均值0.515 0,期望杂合度平均值为0.530 4;平均多态信息含量（PIC）为0.402 6,卡方检验显示其中有9个位点发生了偏离(P<0.01)。采用一般线性模型(GLM)进行连锁显著性检验,发现与壳高、体重和体积显著相关（P<0.05）的微卫星标记各1个,分别为TS131、TS38和TS105;与海胆颜色L*值（暗-亮）显著和极显著相关的微卫星标记分别为4个 (TS38、TS85、TS105、TS108)和1个(TS41);与海胆颜色a*值（绿-红）显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS101 TS41);与海胆颜色b*值（蓝-黄）显著相关的微卫星标记3个(TS41、TS114和TS128);与海胆口器重显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS114和TS46)。该研究结果可以为虾夷马粪海胆的相关性状进一步QTL定位提供参考数据,并为虾夷马粪海胆的养殖和选育提供理论指导。 相似文献
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采用分子生物学方法成功克隆了虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP17基因。该基因的cDNA全长为1 570 bp,其中开放阅读框1 482 bp,编码493个氨基酸;CYP17蛋白的相对分子质量约为55 540,等电点为8.068,信号肽断裂位点位于第18和第19个氨基酸残基之间;虾夷马粪海胆的CYP17氨基酸序列与紫球海胆S.purpuratus的同源性为97%,与光棘球海胆S.nudus的同源性为96%。用RT-PCR技术对CYP17基因在虾夷马粪海胆生殖腺不同发育时期的表达差异进行了分析。结果表明:在虾夷马粪海胆3个家系的雄性个体生殖腺中,CYP17基因在1-3家系的表达量最高,依次为10-3家系、6-2家系,而在雌性个体生殖腺中,CYP17基因在10-3家系的表达量最高,依次为1-3家系、6-2家系;在4-1家系海胆3个不同发育时期,CYP17基因在雄海胆性腺中的表达量随着日龄的增加而增加,而雌海胆性腺在发育第430天到第447天时表达量略有增加,发育到第512天时表达量明显增加。本研究表明,CYP17基因在海胆雌、雄个体生殖腺中转录水平上的表达差异明显,雄性的表达量明显高于雌性。 相似文献
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[目的]构建不同周龄健康家兔及腹泻家兔肠道微生物的ERIC-PCR指纹图谱,分析二者肠道菌群结构的多样性及其差异性,为优化家兔饲养和疾病防治打下基础.[方法]收集l~8周龄健康家兔与腹泻家兔粪便样本,分离肠道微生物并提取其基因组DNA,PCR扩增其16S rDNA与ERIC,构建ERIC-PCR指纹图谱,对不同同龄健康家兔及腹泻家兔肠道菌群结构进行分析.[结果]肠道微生物迅速在1周龄仔兔肠道中定植且总量达最高值,其后不断减少,5周龄后总量趋于稳定,且l周龄仔兔与5周龄后(断奶后)家兔的肠道微生物总量间均存在显著差异(P<0.05).随着周龄的增加,肠道微生物ERIC条带特征发生明显变化,各周龄出现了不同的特征性ERIC条带.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物ERIC条带明显减少,条带特征存在明显差异,菌群多样性低于健康家兔.[结论]随着周龄的增加,健康家兔的肠道微生物菌群结构和多样性发生明显变化.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物菌群结构明显改变,多样性明显降低,且出现健康家兔中未出现过的优势菌群,进一步证明肠道微生物菌群结构与家兔生长发育和腹泻存在关联性. 相似文献
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采用高分辨率熔解曲线分析技术（HRM）对虾夷马粪海胆溶菌酶基因进行突变扫描,筛选出26个SNP候选位点。其中,碱基置换类型位点16个,占位点总数的61.54%;碱基插入或缺失的位点6个,缺失的碱基数为1~4个不等,占位点总数的23.08%;碱基置换类型模糊以及三态位点4个,占位点总数的1538%。SNP在虾夷马粪海胆溶菌酶基因的cDNA中的分布频率约为2.85%,位于编码区的位点有18个,其中2个为错义突变。应用小扩增子基因分型法对5个SNP位点在2个不同地域群体的60个样本中进行分型分析,结果显示：5个SNP位点均含有2个等位基因,次等位基因频率分布范围为0.150 0~0.500 0,位点SILyz-7、SILyz-15和SILyz-20在两个群体间的次等位基因频率相差较大。研究结果表明,HRM是一种高效便捷的SNP分析方法,所筛选出的SNP标记可用于虾夷马粪海胆遗传育种的研究。 相似文献
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强壮弧菌Vibrio fortis是虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius的一种致病菌.为建立强壮弧菌的PCR检测方法,根据强壮弧菌gyrB基因的高度变异区序列设计引物,筛选出特异性强的3对引物VF-6、VF-7及VF-8,分别对强壮弧菌S0907及20株参比菌株进行PCR扩增,结果显示,3对引物均对强壮弧菌扩增出与预期大小一致的目的基因片段且参考菌株无扩增条带.以不同稀释度的菌悬液制备的DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低细菌浓度分别为4.1×104、4.1×103、4.1 ×102cfu/mL;对不同稀释度的细菌DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低DNA含量分别为1.4、0.14、0.014 pg/μL.试验结果表明:3对引物的特异性均较好,但灵敏度存在差异,其中以VF-8为引物的PCR检测方法最佳;使用以VF-8为引物的PCR检测方法对实验室养殖海胆及其生境样品进行初步检测,健康海胆、养殖海水及投喂的海带均为阴性,而自然海域海水中带有一定量的强壮弧菌. 相似文献
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黑嘴病及生殖对虾夷马粪海胆五种生理生化指标的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
对虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius) 患“黑嘴病”及生殖后体腔液中5种生理生化指标进行了检测,结果表明病理情况下的虾夷马粪海胆过氧化氢含量和丙二醛含量明显高于对照组,而过氧化氢酶活性、超氧化物歧化酶活性和总抗氧化能力明显低于对照组,其中,过氧化氢含量、总抗氧化能力和超氧化物歧化酶活性差异显著（P<0.05）,丙二醛含量、过氧化氢酶活性差异极显著（P<0.01）。生殖后除过氧化氢含量外其他4种生理生化指标均降低,其中总抗氧化能力和丙二醛含量差异显著（P<0.05）,过氧化氢酶和超氧化物歧化酶活性差异极显著（P<0.01）。研究表明以海胆体腔液中丙二醛含量和过氧化氢酶活性作为海胆黑嘴病发生的监测指标是可行的。 相似文献
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以自然海水为基础溶液,用二甲亚砜、乙二醇、甘油分别配制不同体积分数的抗冻保护剂溶液,用以激活虾夷马粪海胆精子并且观察其精子活力、受精率及其形态学上的改变。结果表明,经4%~18%的抗冻保护剂处理过的样本精子皆可被激活,并具有受精能力,若抗冻保护剂浓度达到18%以上,则精子全部失活。经4%乙二醇处理过的样本精子活力为最高,平均可达到76.44%(P≤0.05),但在各浓度梯度的样本中均以二甲亚砜处理过的样本受精率最高。这3种抗冻保护剂均对虾夷马粪海胆精子有毒害作用,并且对其精子的活力和受精率有一定的影响。 相似文献
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以活品虾夷扇贝为研究对象,研究了采用金属氧化物传感器电子鼻检测虾夷扇贝在常温干露条件下挥发性气味特征与其存活状态的相关性,从而建立了差状态电子鼻指纹图谱。主成分分析能够将A～I批虾夷扇贝进行分类,同一批样品能够很好地聚集在一起,不同批次样品根据其样品的气味品质进行聚类,最后3批样品在散点图中分布非常集中,根据其存活率,将最后3批作为差状态模板建立指纹图谱。通过将未知待测样品T、N与差状态指纹图谱的相似性分析,结果发现它们和差状态指纹图谱与D、E样品之间的标准欧式距离和相关系数指数都比较接近,这与待测样品T、N的存活状态是一致的,表明通过建立活品虾夷扇贝差状态指纹图谱能够对未知待测样品的品质进行判别和评价。 相似文献
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不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。 相似文献
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【目的】分析腹泻仔猪周围环境菌群变化规律,为仔猪腹泻的诊断和治疗提供支持。【方法】采集健康对照和腹泻仔猪粪便、口腔以及产床和母猪乳头等样品,采用ERIC-PCR技术分析其菌群结构特征,并对粪便样品中的细菌进行分离和鉴定。【结果】对照组4类样品细菌ERIC-PCR指纹图谱十分相似,腹泻组各类样品之间电泳条带差异较大,出现了异常亮度的电泳条带,与对照组优势条带位置不同,其中口腔和母猪乳头部位电泳条带数显著低于对照组(P0.05),菌群多样性指数降低,优势度指数升高。从粪便样品中分离出2株可疑菌株b1和b2,细菌染色和生化试验初步证明分离株b1和b2分别符合大肠杆菌和奇异变形杆菌的特征;利用ERIC-PCR技术分析分离株b1和b2的指纹图谱,发现分离优势细菌的ERIC-PCR指纹图谱包含于粪便样品的ERIC-PCR图谱中,证明样品的ERIC-PCR指纹图谱能够反映出优势菌群的特征;测序结果显示,分离株b1与大肠杆菌基因组同源性为99%,分离株b2与奇异变形杆菌基因组同源性为98%。【结论】腹泻仔猪周围环境菌群发生明显变化,ERIC-PCR技术可以快速、准确地监测和诊断菌群结构的变化,有助于细菌性仔猪腹泻的诊断和治疗。 相似文献
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为探讨蒙古羊瘤胃液相和固相细菌的多样性,采用变性梯度凝胶电泳技术结合聚合酶链式反应(PCRDGGE)及条带的克隆测序,比较瘤胃液相和固相细菌的差异,同时采用聚类分析和主成分分析(PCA)方法分析瘤胃液相和固相细菌的多样性。结果表明:1)瘤胃液相和固相样品均含有物种丰富的细菌菌群,但液相比固相具有更高的平均条带数,分别为30条和24条;2)瘤胃液相样品比固相样品具有更高的多样性指数、均匀度和丰富度,其数值分别为3.45、0.90和30.20及3.23、0.84和24.62;3)同一动物个体瘤胃液相样品和固相样品聚类在一起,相似性系数均高达0.81;4)共性条带测序结果表明瘤胃的优势细菌主要是Uncultured rumen bacterium和Uncultured Bacteroidetes bacterium,而特异性条带主要是Alcaligenes sp.。不同动物个体的瘤胃液相和固相均含有丰富的细菌菌群,且物种丰富度均较高;同一动物个体的液相与固相相比具有更高的细菌多样性。 相似文献