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1.
参考大鼠Krt71基因序列,用PCR方法对SD大鼠Krt71基因DNA和cDNA序列进行克隆,获得SD大鼠Krt71基因的8 206bp的DNA序列(GenBank登录号:KF311105)和1 575bp的cDNA序列(GenBank登录号:KF303589),编码524个氨基酸。SD大鼠与国外报道的BN大鼠、小家鼠、家猫、家绵羊、家牛、苏门答腊猩猩和人等7个物种的Krt71基因cDNA序列的同源性分别为99.9%,95.2%,88.5%,87.5%,88.0%,88.1%,88.1%;其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为100.0%,98.9%,92.5%,91.5%,91.3%,91.5%,92.1%。这一结果表明Krt71基因在进化过程中具有较高的保守性,但不同物种之间也具有功能上的特异性。通过比较SD大鼠Krt71基因与GenBank数据库中发布的Krt71基因的序列,本试验发现了6个SNP位点,这些位点位于该基因的内含子序列,没有改变氨基酸的性质,这一研究结果为Krt71基因的SNPs数据库提供了新的内容。 相似文献
2.
参考大鼠EGFR基因序列,用RT-PCR方法对SD大鼠EGFR基因cDNA序列进行克隆,获得了SD大鼠EGFR基因的全长4127bp的cDNA序列（GenBank登录号HM801042）,其中CDS长度为3627bp,编码1209个氨基酸。SD大鼠与国外报道的大鼠、小鼠、牛、猴、人等5个物种的EGFR基因cDNA序列的同源性分别为99．5％、92．9％、78．4％、83．4％、80．2％,其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为99．6％、95．9％、86．6％、89．0％、90．5％。这一结果表明了EGFR基N在进化过程中具有较高的保守性。通过比较SD大鼠EGFR基因与GenBank数据库中发布的EGFR基因的cDNA序列,本试验发现了10个SNP位点,其中5个没有改变氨基酸残基的性质,这一研究结果为EGFR基因的SNPs数据库提供了新的信息。 相似文献
3.
试验参考了SD大鼠转化生长因子α（transforming growth factor alpha, TGFα）基因序列,用PCR方法对SD大鼠TGFα基因cDNA序列进行了克隆,获得了SD大鼠TGFα基因的970 bp的cDNA序列,提交GenBank,登录号：KF366251,其中CDS长度为483 bp,共编码了160个氨基酸。SD大鼠与BN大鼠、小家鼠、黄牛、野猪、猕猴、黑猩猩、人、原鸡、鹌鹑和斑马鱼的TGFα基因编码序列的同源性分别为98.6%、95.0%、85.5%、85.3%、85.5%、86.3%、86.3%、73.2%、73.2%和56.8%,其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为98.8%、96.9%、90.6%、90.6%、91.2%、91.9%、91.9%、72.6%、72.6%和38.8%。这一结果表明了TGFα基因在进化过程中具有一定的保守性,但不同物种之间也具有功能上的特异性。通过比较SD大鼠与BN大鼠的TGFα基因编码序列,发现了7个SNPs位点,这一结果为TGFα基因的SNPs数据库提供了新的信息。 相似文献
4.
通过RT-PCR和RACE方法克隆了山羊Hspb10基因cDNA序列并进行了序列分析。结果表明:山羊Hspb10 cDNA全长1 056 bp,编码区全长780 bp,共编码259个氨基酸,提交至GenBank数据库中,收录号为JX067553。用Clustal W方法比对不同物种氨基酸序列同源性,山羊Hspb10与牛的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.4%和96.5%;编码氨基酸序列BLAST比对结果也表明,哺乳动物Hspb10氨基酸序列极为保守,与禽类差异较大。获得山羊Hspb10 cDNA序列,可以为分子水平上研究山羊Hspb10的生物学功能奠定基础。 相似文献
5.
根据GenBank中公布的普通牛Hepcidin基因序列(登录号为XM-589792.3)设计1对特异性引物.采用RT-PCR技术从牦牛肝脏组织总RNA中扩增出Hepcidin基因的编码序列并进行测序分析,同时构建Hepcidin蛋白物种进化树.结果显示,经克隆获得牦牛Hepcidin基因322 bp的cDNA序列(GenBank登录号为EU863791),含289 bp的开放阅读框,编码82个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽;预测Hepcidin蛋白分子质量和等电点分别为8.88 ku和9.24;与已知普通牛Hep-cidin序列的同源性达99%,不同物种Hepcidin蛋白具有高度的保守性,Hepcidin蛋白物种进化树符合物种进化规律.本研究为Hepcidin基因cDNA全长克隆及基因功能研究奠定了重要基础. 相似文献
6.
为了加快我国内羊产业发展,提高肉用绵羊的繁殖力,试验以蒙古羊为研究对象,以FSHβ基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,采用RT-PCR技术对蒙古羊FSHβ基因的部分序列进行了克隆与序列分析.结果表明:克隆得到的蒙古羊FSHβ基因全长870 bp,其编码区为250 bp,共编码83个氨基酸,3'非编码区620 bp;采用DNASTAR软件分析得到FSHβ基因序列中的A、T、G、C比例分别为27.36%、21.61%、24.94%、26.09%,G+C含量(51.03%)高于A+T的含量(48.97%);通过与GenBank中其他物种的FSHβ基因cDNA序列进行同源性比较发现,蒙古羊FSHβ基因cDNA序列与牛、山羊、猪和人的同源性分别为95%、98%、92%和75%;由进化树可以看出蒙古羊与牛的亲缘关系最近,与鸡最远. 相似文献
7.
根据GenBank中公布的普通牛Hepcidin基因序列(登录号为XM-589792.3)设计1对特异性引物。采用RT-PCR技术从牦牛肝脏组织总RNA中扩增出Hepcidin基因的编码序列并进行测序分析,同时构建Hepcidin蛋白物种进化树。结果显示,经克隆获得牦牛Hepcidin基因322 bp的cDNA序列（GenBank登录号为EU863791）,含289 bp的开放阅读框,编码82个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽;预测Hepcidin蛋白分子质量和等电点分别为8.88 ku 和 9.24;与已知普通牛Hepcidin序列的同源性达 99%,不同物种Hepcidin蛋白具有高度的保守性,Hepcidin蛋白物种进化树符合物种进化规律。本研究为Hepcidin基因cDNA 全长克隆及基因功能研究奠定了重要基础。 相似文献
8.
本试验采用简并引物反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏糖异生途径关键酶———C型和M型磷酸烯醇式丙酮酸羧基酶(PEPCK-C和PEPCK-M)、果糖-1,6-二磷酸酶(FBPase)和葡萄糖-6-磷酸酶(G6Pase)基因cDNA全长序列。结果显示:西伯利亚鲟PEPCK-C基因(GenBank登录号JQ995143)cDNA全长2 598 bp,开放阅读框1 869 bp,编码622个氨基酸,预测其分子质量为69.62 ku,与其他物种的相似性为77.3%～80.5%;PEPCK-M基因(GenBank登录号JQ995142)cDNA全长3 277 bp,开放阅读框1 935 bp,编码644个氨基酸,预测其分子质量为71.11 ku,与其他物种的相似性为64.6%～78.3%;FBPase基因(GenBank登录号JF834908)cDNA全长1 372 bp,开放阅读框1 017 bp,编码338个氨基酸,预测其分子质量为36.60 ku,与其他物种的相似性为73.4%～88.7%;G6Pase基因(GenBank登录号JF834907)cDNA全长2 625 bp,开放阅读框1 080 bp,编码359个氨基酸,预测其分子质量为40.62 ku,与其他物种的相似性为67.2%～72.7%。西伯利亚鲟糖异生途径关键酶基因全长cDNA序列的获得将为进一步研究其糖异生调控机理,比较其与典型肉食性鱼类和哺乳动物的异同奠定基础。 相似文献
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猪CTSD全长cDNA的克隆和表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长（GenBank登录号为DQ018727）,猪CTSD基因cDNA全长2032 bp包括93 bp 5′UTR区、706 bp 3′UTR区和1 233bp ORF,编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊CTSD编码区同源性分别为87.9%、78.2%、86.6%和85.0%,其氨基酸序列与人、鼠、牛、羊氨基酸序列同源性分别为86.6%、80.1%、86.0%和84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪CTSD氨基酸序列存在至少7个疏水性区域,信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在NCBI进行Blast P搜索结果显示猪CTSD氨基酸结构中含有Asn（Asparagine,天门冬酰胺）结构域,与天冬氨酸蛋白酶3D结构同源性高达99.7%,具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织RNA池为模板,以1026 bp部分cDNA序列作为杂交探针进行Northern杂交,得到一条2000 bp左右特异条带,从而验证了RACE产物为全长cDNA并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪CTSD基因在体内不同组织内表达的特点,采用半定量RT-PCR对CTSD基因在猪10个组织中的表达进行研究,结果表明在10个组织中均有表达,且表达量与-βactin内参接近。 相似文献
10.
采用RT-PCR方法对银黑狐内皮素受体B基困（EDNRB）进行了克隆,序列分析表明所克隆的cDNA序列全长为1 636bp,包含整个开放阅读框1 332bp,编码443个氨基酸残基。银黑狐EDNRB基因编码序列与GenBank数据库中的犬、猪、人、牛、兔和小鼠的EDNRB基因核酸序列高度同源,同源性分别为99.0%,90.7%,89.5%,89.1%,86.9%和82.8%。银黑狐EDNRB基因编码氨基酸序列中包含1个信号肽序列和7个跨膜区域,跨膜区氨基酸序列在不同物种中高度保守。EDNRB基因组织表达谱分析表明该基因在银黑狐肺、脑和肝脏组织中表达量较高,而在肌肉、脾和心脏中表达量较低,在胃组织中没检测到该基因的表达。本研究结果为下一步探讨ED-NRB基因核酸序列多态性与银黑狐不同毛色表型的相关性奠定了基础。 相似文献
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根据GenBank已收录的牛(Bos taurus)、人(Homo sapiens)和小鼠(Mus musculus)等物种Ets-1基因序列的同源保守区域,设计特异性引物,采用RT-PCR和RACE技术,分离并克隆了西农萨能奶山羊(Capra hircus)Ets-1基因的cDNA序列。该序列全长2 263 bp(GenBank登录号HQ589338),包括5’UTR 331 bp,CDS 1 326bp和3’UTR 606 bp,编码441个氨基酸组成的蛋白质。核苷酸序列分析发现,山羊编码序列与牛、猪、人、小鼠等的相应序列同源性分别为98%、94%、92%和90%,3’UTR相应序列为96%、83%、81%和77%,5’UTR相应序列为98%、85%、82%和71%。氨基酸序列分析发现,山羊与牛、猪、人和小鼠的Ets-1的相似性较高,均在95%以上。蛋白质结构分析发现,其蛋白质分子量为50 340.8 D,等电点为5.08,具有典型的螺旋-转角-螺旋结构域,不存在跨膜结构,并且整个序列不含信号肽。 相似文献
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Weber ER Helps CR Foster AP Perry AC Gruffydd-Jones TJ Hall L Harbour DA Duffus WP 《Veterinary immunology and immunopathology》2000,76(3-4):299-308
A feline splenic cDNA library was screened with a (32)P-labelled cDNA probe encoding the canine IgE epsilon heavy chain subunit. A cDNA sequence of 1614 nucleotides encoding the complete feline IgE heavy chain, as well as a portion of a variable region, was identified. A search of the GenBank database revealed an identity of 82% at the nucleotide level and 76% at the amino acid level between the feline epsilon heavy chain sequence and the canine homologue. In a separate study, feline genomic DNA, isolated from whole feline embryo cells, was subjected to PCR amplification using primers based on known partial genomic DNA sequences for the feline C epsilon gene. Following removal of an intron from the 683 bp PCR product, the coding sequence yielded an ORF of 506 bp. The DNA sequence of this PCR clone differed by a single nucleotide from the cDNA clone. This difference is silent, and therefore the proteins encoded by the two sequences are identical over the regions cloned and sequenced. Phylogenetic analysis of the constant regions of nine immunoglobulin epsilon genes revealed that the feline cDNA is most similar to the canine homologue. 相似文献
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Toribio RE Kohn CW Chew DJ Capen CC Rosol TJ 《American journal of veterinary research》2002,63(2):194-197
OBJECTIVES: To clone and sequence the cDNA for feline preproparathyroid hormone (preproPTH) and to compare that sequence with other known parathyroid hormone (PTH) sequences. SAMPLE POPULATION: Parathyroid glands from 1 healthy cat. PROCEDURES: A cDNA library was constructed in lambda phage from feline parathyroid gland mRNA and screened with a radiolabeled canine PTH probe. Positive clones were sequenced, and nucleic acid and deduced amino acid sequences were analyzed and compared with known preproPTH and PTH sequences. RESULTS: Screening of approximately 2 X 10(5) recombinant plaques revealed 3 that hybridized with the canine PTH probe; 2 clones comprised the complete sequence for feline preproPTH. Feline preproPTH cDNA consisted of a 63-base pair (bp) 5'-untranslated region (UTR), a 348-bp coding region, and a 326-bp 3'-UTR. The coding region encoded a 115-amino acid peptide. Mature feline PTH consisted of 84 amino acids. Amino acid sequence analysis revealed that feline PTH was > 83% identical to canine, bovine, swine, equine, human, and macaque PTH and 69, 71, and 44% identical to mouse, rat, and chicken PTH, respectively. Within the region responsible for hormonal activity (amino acids 1 to 34), feline PTH was > 79% identical to other mammalian PTH sequences and 64% identical to the chicken sequence. CONCLUSIONS AND CLINICAL RELEVANCE: The amino acid sequence of PTH is conserved among mammalian species. Knowledge of the cDNA sequence for feline PTH may be useful to investigate disturbances of calcium metabolism and alterations in PTH expression in cats. 相似文献
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禽呼肠孤病毒C-98分离株L1基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
参考禽呼肠孤病毒S1133株（GenBank）L1基因序列设计3对特异性引物,采用RT-PCR方法对禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的L1基因进行了克隆和序列测定。结果表明：获得的C-98 L1基因全长3959 bp,其中包括21 bp的5’非编码区和56 bp的3’非编码区,阅读框位于5’端第22位核苷酸与3’端第3903位核苷酸之间。将C-98株与国内外禽呼肠孤病毒群和哺乳动物呼肠孤病毒群的不同分离株进行序列比较,结果显示：C-98与台湾地区分离株919和美国分离株1733、2408、S1133亲缘关系最近,其核苷酸同源性分别为99.8%、99.7%、99.7%、99.4%;与哺乳动物呼肠孤病毒L3基因核苷酸及其编码的氨基酸同源性较低,为43%～45%。 相似文献
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野桑蚕钠离子通道蛋白基因Bmmpara的克隆与选择性剪接 总被引：1，自引：0，他引：1
昆虫的钠离子通道蛋白是许多神经毒性药物的作用靶标。根据家蚕钠离子通道蛋白基因(GenBank登录号:EU688970)序列设计引物,分段RT-PCR克隆了野桑蚕钠离子通道蛋白基因Bmmpara(GenBank登录号:EU688972)。序列分析表明,Bmmpara基因的cDNA长5553bp,编码1851个氨基酸,与家蚕基因组序列比对,存在34个外显子,其中第2、22、27外显子存在选择性剪接。根据Bmmpara序列和家蚕基因组序列设计引物,采用PCR方法克隆到3段野桑蚕基因组序列,长度分别为1632、536和3220bp。进一步将Bmmpara编码氨基酸序列与野桑蚕基因组比对,发现有a(ENDLGRTKKKK)、b(GL-KAALCGRCVSS)、c(SLINFVAALCGAGGIQAFKTMRTLRALRPLRAMSRMQGMRV)3个选择性微外元,可能存在6种选择性剪接,构成野桑蚕钠离子通道蛋白不同亚型。 相似文献
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试验采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从鸡脾淋巴细胞中扩增出鸡的α干扰素(ChIFN-α)基因,将包括ChIFN-α编码区的cDNA片段克隆到pMD 18-T载体中,并对该片段进行序列测定,序列分析表明克隆的ChIFN-α基因的开放阅读框(ORF)为582bp,与GenBank内已发表的ChIFN-α序列进行对比,同源性高达98.6%～99.8%。进一步分析各国家和地区上传至GenBank的ChIFN-α基因发现,ORF和编码的氨基酸长度一致,未见地域变化特征。 相似文献
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LI Yuan-ji YANG Ming-hua LIU Fang ZHU Fang-fang HE Shao-yu KUANG Hai-ou LI Ya-hui 《中国畜牧兽医》2017,44(3):619-627
The purpose of this study was to clone the full-length cDNA of tree shrew's Tssk6 gene, to elucidate its tissue expression profiles and fundamental bioinformatical characteristics. In the present study, the full-length cDNA of tree shrew's Tssk6 gene was cloned with specific primers on the basis of predicted mRNA sequence of tree shrew's Tssk6 gene in GenBank, the mRNA expression of Tssk6 gene in various tree shrew's tissues was investigated via Real-time PCR. In addition, the bioinformatics on nucleotide sequence of CDS region of Tssk6 cDNA in tree shrew as well as putative protein structure had been analyzed. The results showed that:The CDS region of tree shrew's Tssk6 cDNA contained 822 bp encoding 273 amino acids; Tssk6 gene specifically expressed in tree shrew's testis; Based on the molecular phylogenetic tree constructed with CDS of Tssk6 cDNA among tree shrew and other eight mammalian species, it was inferred that tree shrew was genetically close to primates like human, chimpanzee and rhesus monkey, while it was genetically far to rodents like mouse, rat and golden hamster. This study would lay a foundation for the further study of Tssk6 gene function in tree shrew. 相似文献