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苹果锚蛋白基因ANK家族生物信息学鉴定分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用生物信息学方法对苹果ANK基因家族成员及分类鉴定,同时对其染色体定位、系统进化关系及芯片表达特性进行了分析。苹果MdANK家族包含351个基因,根据蛋白结构域差异分为16个类别,ANK-M类型最为庞大,有143个ANK蛋白;苹果的17条染色体均有ANK家族基因分布,其中第2条染色体上分布最多,有36个ANK基因。MdANK编码的蛋白在72 ~ 2 429个氨基酸范围内,等电点在4.30 ~ 11.13之间。芯片分析发现,在苹果果实成熟时期及砧木接穗互作过程中,多数MdANK基因的表达都有不同程度变化。 相似文献
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苹果WRKY转录因子家族基因生物信息学分析 总被引：5，自引：0，他引：5
利用生物信息学方法对苹果MdWRKY转录因子家族成员、基因分类、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了预测,并分析基因在果实成熟期和砧穗互作中的表达差异。苹果MdWRKY家族包含116个基因,分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ,其中GroupⅡ又可细分为GroupⅡa、GroupⅡb、GroupⅡc、GroupⅡd和GroupⅡe亚类;苹果的17条染色体均有WRKY转录因子分布,其中第1条染色体上的分布最多,有12个WRKY基因分布。MdWRKY编码的蛋白在118 ~ 965个氨基酸范围内,等电点位于4.81 ~ 10.16之间。Microarray分析发现,在苹果果实成熟时期和砧木接穗互作过程中,多数MdWRKY基因的表达都有不同程度的变化。 相似文献
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以LysM(PF01476)和Pkinase(PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,在全基因组范围比对分析了苹果(Malus×domestica Borkh.)LysM-RLK家族的成员,对其家族成员的理化性质、进化关系、染色体分布、基因结构等进行了分析;基于已公布的转录组学数据,分析了LysM-RLK基因在苹果组织、发育过程和生物胁迫中的表达情况。通过分析,共获得12个苹果LysM-RLK基因,其氨基酸序列大小介于553~1 053,分子量介于62.65~119.04 kD,等电点介于5.11~7.45,主要位于质膜;根据进化分析将其分为3个亚组,亚组内各成员的外显子—内含子结构呈现较为相似的特征。基因表达数据显示,苹果的4个LysM-RLK基因表达存在较大的组织特异性,7个基因在苹果腐烂病和再植病发病过程中为差异表达。 相似文献
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通过生物信息学分析,从‘金冠’苹果基因组鉴定得到了11个细胞分裂素响应因子（CRF）基因。根据基因在染色体上的位置,将其依次命名为MdCRF1 ~ MdCRF11,并对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析。MdCRF编码的蛋白在137 ~ 435 aa之间,等电点在4.26 ~ 9.68之间。基因结构分析发现,MdCRF1有2个外显子1个内含子,MdCRF11有3个外显子2个内含子,其余基因都只含有外显子,没有内含子;保守基序列分析发现,MdCRF蛋白的保守基序数量在5 ~ 9。通过系统进化分析将家族成员分为G1、G2和G3共3个亚组,每个亚组内成员数量相对均匀。组织特异性表达分析发现11个基因在不同杂交种苹果和不同器官中的表达量存在明显差异。以苹果砧木‘T337’为材料,qPCR验证了MdCRF家族基因大部分在根、茎、愈伤组织中高表达,同时也响应生根处理表达量发生显著下调。对11个MdCRF蛋白之间的网络调控关系进行了研究,分析预测了相关基因间的潜在联系。结合分析可知,其中MdCRF8、MdCRF10和MdCRF11可能参与调控苹果砧木不定根发育。 相似文献
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利用NCBI和甘蓝基因组数据库筛选获得了76个结球甘蓝CML家族基因,其随机分布在甘蓝的9条染色体上,染色体上最多的有12个基因,最少有1个基因。分析发现该基因家族编码蛋白氨基酸残基长度在109 ~ 365个之间,分子量大多在20 kD左右,为小分子蛋白,且均含有2 ~ 4个保守的EF-hand结构域。甘蓝的76个CML基因依据与拟南芥的CML家族的进化关系及序列相似性分为Ⅰ~ Ⅷ个亚家族,每个亚家族基因有较高的同源性,进化关系较近。经亚细胞预测分析发现大部分蛋白在质膜和胞外表达,少量在质膜、细胞核内和叶绿体等部位表达。数字表达谱分析发现在76个基因中,有25个基因在自花和异花授粉后差异表达,其中BoCML12、BoCML42、BoCML44、BoCML45、BoCML60、BoCML70、BoCML71 和BoCML74等8个基因在自花和异花授粉后表达趋势有较大差异,表明这8个基因以不同的方式参与调控甘蓝自花和异花授粉后的反应过程,有可能与甘蓝的自交不亲和性相关。 相似文献
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以RCC1（PF00415）、TNFR_c6（PF00020）和Pkinase（PF00069）保守域全蛋白序列为种子序列,在苹果全基因组范围比对分析了CRINKLY4（CR4）家族成员,对其理化性质、进化关系、染色体分布等进行了分析;基于qPCR分析了CR4基因在苹果腐烂病发生和低温胁迫过程中的表达情况。通过分析,共获得8个苹果CR4基因,其氨基酸序列大小介于668 ~ 1 690,分子量介于71.73 ~ 187.61 kD,等电点介于5.69 ~ 8.66,主要位于质膜;根据进化分析将其分为两个亚组。PCR表达分析结果表明,CR4基因在苹果不同组织和品种间存在不同的表达模式。分别有8个和6个CR4基因在苹果花芽感受低温和接种腐烂病菌后至少在1个时间点发生差异表达。其中,MD03G1068800在花芽感受低温后上调达25倍以上,而MD00G1166500和MD01G1153100在腐烂病发生后上调达150倍以上,以上3个CR4基因可作为后续功能研究的候选基因。 相似文献
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为了全面了解胡萝卜基因组中类甜蛋白家族基因结构和蛋白功能,利用胡萝卜基因组数据库,通过生物信息学方法对筛选的32个胡萝卜类甜蛋白家族成员进行鉴定、聚类及结构功能分析。结果表明:胡萝卜类甜蛋白家族基因分布在8条染色体上,该家族蛋白保守性较强。系统发育分析显示,胡萝卜类甜蛋白家族属于10个进化组,其中进化组5中的基因主要来自1号染色体,该组成员具有抑菌潜力,值得深入研究。 相似文献
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为了解全基因组水平上绿豆类甜蛋白家族基本生物学特征,通过生物信息学手段,鉴定绿豆类甜蛋白家族成员,并对基因和蛋白结构及染色体定位进行了分析,为进一步克隆绿豆类甜蛋白基因以及探讨其抗真菌活性奠定基础。结果表明:共鉴定出34个绿豆类甜蛋白家族成员,基因主要有4种结构类型,分布在除4号和9号染色体外的其余9条染色体中。该家族蛋白功能主要构成细胞结构组分和参与细胞生物学进程。系统发育分析显示,绿豆类甜蛋白家族归属10个聚类组,其中成员较多的聚类组6和聚类组7中的基因主要来自11号染色体,其中7个基因簇中的基因存在紧密连锁现象,属于旁系同源基因,可能发生了染色体内复制。密码子使用性分析显示,绿豆TLP家族基因偏好A或T作为第三位密码子,但密码子使用总体偏性不强,多数属于低表达基因,多数基因进化受碱基突变和正向选择压力的双重影响。 相似文献
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以模式植物拟南芥的β–微管蛋白为参考依据,通过电子克隆的方法,从西洋梨基因组中克隆了9个β–微管蛋白基因,并根据苹果和梨基因组间的保守性及共线性原理,实现了这些基因的染色体定位。序列分析显示,这组基因均含有3个外显子和两个内含子。起源于全基因组复制事件而形成的成对染色体上的基因不仅在外显子和内含子长度上具有较高的保守性,而且编码的氨基酸残基也有更高的序列相似性。对9个β–微管蛋白基因在矮生梨与普通梨杂种群体中的荧光定量表达分析表明,有7个基因在茎尖组织中表达,其中定位于chr16上的转录本号为PCP044487.1的基因在矮生型和普通型梨茎尖中的转录水平出现极显著差异,推测该基因可能与梨矮生性状形成的分子调控有重要关系。 相似文献
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以六妹羊肚菌(Morchella sextelata)GZCC0287菌株为试材,采用单因素试验、Plackett-Burman试验、最陡爬坡试验、响应面法,研究了碳源、氮源、无机盐、CMC-Na对六妹羊肚菌丝生物量及菌丝球浓度的影响,以期为羊肚菌液体菌种生产、栽培种、工业化生产提供参考依据。结果表明:红糖、酵母粉、KH2PO4、MgCl2·6H2O为最佳碳源、氮源和无机盐,最佳培养基配方为红糖50.49g·L-1、酵母粉10g·L-1、KH2PO41g·L-1、MgCl2·6H2O 2.37g·L-1、CMC-Na 10.11g·L-1,菌丝生物量达到(5.21±0.45)g,菌丝球浓度达到(2567±127)个·mL-1,以1000个·mL-1浓度接种栽培种,发菌快,长势好,满袋时间10~15d。 相似文献
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以‘黄金梨’缺铁黄化植株与正常植株为试材,于生长期黄化植株叶面喷施50、100、200和400 mg·L-1 GA3溶液,测定叶片中Fe、GA3、GA4、IAA和JA含量,对叶绿体进行了电镜显微结构观察,并运用荧光定量PCR技术分析了Fe代谢与GA信号转导相关基因的表达量。结果表明,外源GA3处理后9 d,黄化叶均有不同程度复绿,叶脉复绿明显,叶身部分复绿,其中400 mg·L-1 GA3处理后12 d黄化叶复绿最明显。处理后9和12 d缺铁黄化叶片Fe含量显著高于清水处理对照。外源GA3能诱导黄化叶片内FER1、FER2、FER3、FRO2、IRT1和FD1的表达,其中12 d各处理FER2和IRT1基因的表达量分别是对照10倍和40倍以上,说明外源GA3促进了叶片内铁的贮藏、还原与转运相关基因的表达。外源GA3处理显著提高了叶片中内源GA3和GA4含量,迅速诱导GID11和GID13基因的表达,其中50 mg·L-1 GA3处理,GID11表达量在3 d是对照的76.45倍。400 mg·L-1 GA3处理后12 d的叶片类囊体基粒片层较黄化叶片清晰,断裂片层少。试验结果初步揭示了GA3诱导‘黄金梨’黄化叶复绿的机理。 相似文献
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外源钙对低温胁迫下苹果花器官生理指标的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
以二十年生苹果品种"红富士"为试材,采用人工气候室模拟低温冻害的方法,研究不同外源钙不同浓度对苹果花器官丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)活性、过氧化物酶(POD)活性及过氧化氢酶(CAT)活性的影响,并用隶属函数法进行抗寒性综合评价。结果表明:低温胁迫下不同外源钙各浓度处理MDA含量较对照降低了10.7%~53.6%,且均呈极显著差异;不同外源钙除28 mmol·L-1 CaCO3处理外各浓度处理均提高了SOD活性,除14 mmol·L-1Ca(NO3)2处理外均与对照呈极显著差异;不同外源钙各浓度处理均提高了POD活性,除14、28 mmol·L-1Ca(NO3)2处理外均与对照呈极显著差异;不同外源钙各浓度处理CAT活性较对照提高了8.7%~22.7%,且均与对照呈极显著差异。综上所述,丙二醛含量、过氧化氢酶活性、过氧化物酶活性和超氧化物歧化酶活性4个生理指标可作为苹果抗寒性的鉴定指标。通过隶属函数值分析表明21 mmol·L-1CaCl2处理后的苹果花器官抗寒性效果最佳。 相似文献
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以‘凤丹’牡丹的幼胚为材料,从取样时期、切割接种方式、基本培养基和植物生长调节剂选择等方面进行再生体系优化。结果表明:授粉后60 d为‘凤丹’牡丹幼胚诱导愈伤的最佳取材时期;完全破碎切割成幼胚薄片比完整胚、1/2胚和1/4胚更容易获得高质量的愈伤组织,且褐化率较低;MS基本培养基添加0.162μmol·L-1 H2O2可提高幼胚愈伤组织诱导率,但会增加褐化率,而在WPM基本培养基中添加不同浓度的H2O2,对愈伤诱导率和褐化率的影响不大;WPM基本培养基比MS更适于‘凤丹’牡丹幼胚再生;WPM+2.5 mg·L-1 2,4-D+0.1 mg·L-1 6-BA是诱导愈伤的最佳植物生长调节剂组合,诱导率可达93.33%;不定芽和不定根诱导的最佳组合分别为WPM+30 g·L-1蔗糖+3 g·L-1植物凝胶+0.5 mg·L-1 6-BA+0.5 mg·L-1 相似文献
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AIM: To investigate the effect of sodium ferulate on expression of apoptosis-related genes, BCl-2 and bax, in rat lens epithelial cells (LEC) injured by oxidation.METHODS: Eyes of SD rats were divided randomly into four groups: control group, hydrogen peroxide group (H2O2), pirenoxine sodium group (PS) and sodium ferulate group (SF). Eyes were excised and lenses were separated under operating microscope and sterilized condition. Lenses were incubated in CO2 incubator for 24 h with 300μmol·L-1H2O2 and with or rithout 5 mmol·L-1SF. The expression of BCl-2 and Bax protein of LEC were measured and compared by tearing the LEC anterior capsule via immunohistochemical analysis.RESULTS: (1) There were BCl-2 and Bax expression in normal lenses of SD rates, BCl-2 expression was stronger than Bax. (2) BCl-2 expression decreased and Bax expression increased markedly (P<0.01),BCl-2/Bax reduced in H2O2 group. (3) There were up regulation of BCl-2 expression and down-regulation down of Bax expression, and BCl-2/Bax increased in SF group compared with H2O2 group (P<0.01). (4) The above changes were similar between PS group and SF group, but much stronger in SF group than that in PS group (P<0.01).CONCLUSION: These results show that SF regulates expression of apoptosis-related genes, BCl-2 and bax, which may be the molecular mechanism of LEC apoptosis inhibition by SF. 相似文献
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以2年生富士/八棱海棠嫁接苗为试验材料,用5个供镍水平(Ni SO_4·6H_2O)的Hoagland营养液进行砂培,1个月后叶面喷施~(15)N标记的尿素,20 d后测定叶片的镍含量、谷氨酰胺合成酶(GS)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性和植株~(15)N–尿素的分配、吸收及利用状况。结果表明:随着施镍量的增加,苹果叶片的镍含量相应增加。低供镍(每株0.5、1.0和2.0 mg NiSO_4·6H_2O)条件下,叶片的GS和SOD活性均不同程度地高于对照(0 mg NiSO_4·6H_2O),其中以单株施镍量1.0 mg NiSO_4·6H_2O处理效果最佳,但是高供镍(10 mg NiSO_4·6H_2O)处理的苹果叶片GS和SOD活性明显低于对照。低供镍(每株0.5、1.0和2.0 mg Ni SO_4·6H_2O)处理的植株~(15)N–尿素利用率均明显高于对照处理,以单株1.0 mg NiSO_4·6H_2O处理的利用率最高,为48.74%,是对照的1.71倍;单株10 mg NiSO_4·6H_2O处理的苹果植株~(15)N–尿素利用率则比对照降低38.26%。此外,镍还会影响苹果植株的~(15)N分配率,单株1.0 mg NiSO_4·6H_2O处理的植株根部~(~(15))N分配率最高,其次是叶片和茎部,其他处理的植株均以叶片部位~(15)N分配率最高。综上所述,适量供镍可以使苹果叶片GS和SOD活性增强,延缓叶片衰老,提高植株对尿素的吸收利用水平,而镍水平过高则影响苹果植株对尿素的吸收和分配。 相似文献
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AIM:Metallothioneins (MTs) are cysteine-rich metal-binding proteins that exert cytoprotection during metal exposure and oxidative stress. The present study was designed to investigate whether MT can directly protect NTPase on nuclear envelope from damage induced by hydroxyl radical.METHODS:Isolated hepatic nuclei from rat liver were exposed to Fe2+/H2O2 with or without MT, and the NTPase activity on nuclei was assayed using ATP and GTP as substrate, respectively.RESULTS:Incubation of rat hepatic nuclei with the Fe2+/H2O2 (in μmol·L-1/μmol·L-1 : 0.1/0.5, 0.5/2.5, 1/5, 5/25) resulted in a concentration-dependent decrease in nuclear NTPase activities (P＜0.01). Incubation of hepatic nuclei with different concentrations of MT (10-9-10-4mol·L-1)and Fe2+/H2O2 (1 μmol·L-1/5 μmol·L-1) for 10 min, nuclear NTPase activities were increased in a MT concentration-dependent fashion as compared with that of incubation with Fe2+/H2O2(1 μmol·L-1/5 μmol·L-1) alone. When MT was at 10-4 mol·L-1, TNPase activities reversed to (102±10) nmol·mg-1 protein·min-1(for ATP as substrated) and (131±12) μmol·g-1 protein·min-1(for GTP as substrate), which had no significant defferences from that of the controls (112±8 and 142±10 μmol·g-1 protein·min-1, respectively) (P＞0.05). In addition, incubation of hepatic nuclei with only MT had no effect on nuclear NTPase activity. CONCLUSION:These data demonstrate that hydroxyl radical generated from Fe2+/H2O2 might attack nuclear NTPase. MT antagonistically reduces toxicity of Fe2+/H2O2 system to the NTPase. 相似文献
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利用苹果基因组筛选K~+转运蛋白基因,分析其系统发育关系,通过q RT-PCR检测它们在平邑甜茶各器官组织和不同发育阶段果实的表达特征。结果表明,在苹果中存在65个K~+转运蛋白基因,包括CHX家族(33个)、HAK家族(24个)、HKT家族(1个)和KEA家族(7个),它们与拟南芥K~+转运蛋白基因高度同源,其基因结构相对保守,并且不均匀地分布在13条染色体上。定量表达分析发现,K~+转运蛋白基因具有不同的表达模式,其中在根中高度表达的32个,在叶片中高度表达的12个,在茎尖中高度表达的11个,在果实中高度表达的19个。研究结果为揭示苹果K~+转运蛋白基因的功能提供了基础资料。 相似文献
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以大白菜品种"金冠"为试材,采用在根肿病菌胁迫下大白菜根部灌施不同浓度(50~250μmol·L-1)茉莉酸甲酯(MeJA)的处理方法,研究MeJA对幼苗生长状况、防御酶、渗透调节物质及相关防御基因表达的影响,以期为外源MeJA防治大白菜根肿病提供参考依据。结果表明:外源MeJA浓度为100μmol·L-1及以上可显著降低根肿病病情指数且根肿病的病情指数与浓度呈负相关;当MeJA浓度为100μmol·L-1时,显著降低了丙二醛(MDA)含量与渗透调节物质。当MeJA浓度大于150μmol·L-1时,抑制白菜幼苗的生长。外源MeJA提高了白菜叶片中叶绿素含量和抗氧化酶活性,诱导PR-1、PR-3病程相关蛋白基因上调表达,从而提高大白菜幼苗对根肿病的抗性。综上所述,在根部灌施100μmol·L-1MeJA时,大白菜幼苗对根肿病的综合抗性效果最佳。 相似文献