共查询到20条相似文献，搜索用时 953 毫秒
1.
《果树学报》2020,(7)
【目的】筛选新疆野苹果响应NaCl胁迫相关基因。【方法】以新疆野苹果组培苗为试验材料,对150 mmol·L~(-)处理48 h后的新疆野苹果幼苗叶片及根系进行转录组测序。【结果】与对照相比,NaCl处理48 h时,新疆野苹果幼苗叶片中差异表达基因为3 364个,其中1 745个DEGs在盐胁迫响应中上调表达,1 619个DEGs下调表达;根系中差异表达基因为3 808个,其中1 057个DEGs在盐胁迫响应中上调表达,2 751个DEGs下调表达。新疆野苹果叶片和根系中所共有的差异基因有2 095个得到注释,这些基因共涉及44个Pathway,富集最显著的Pathway主要有糖酵解/糖异生、磷酸戊糖途径、果糖和甘露糖代谢、丙酮酸代谢等。【结论】通过转录组测序和qRT-PCR验证发现,新疆野苹果受到NaCl胁迫后,在糖酵解过程中TPI、FBPase、pckA、PPDK等基因表达量发生明显变化,说明糖酵解途径在新疆野苹果应答NaCl胁迫过程中起着一定的作用。 相似文献
2.
延胡索(Corydalis yanhusuo)干燥块茎为传统中药,异喹啉生物碱类化合物是其主要的活性成分。采用Illumina高通量测序技术对延胡索块茎、根茎和叶片组织进行转录组测序,鉴定异喹啉生物碱生物合成的相关酶基因,并分析3种组织间的差异表达基因。在块茎vs.根茎、块茎vs.叶、根茎vs.叶比对中分别鉴别到6 161、8852和5 772个差异表达基因。差异表达基因的KEGG富集分析表明,核糖体、淀粉和蔗糖代谢途径,苯丙素生物合成途径,植物激素信号转导途径以及异喹啉生物碱生物合成途径是主要的富集途径。其中47个转录本与延胡索异喹啉生物碱生物合成相关,其在块茎中的表达量最高,根茎次之,叶中的表达量最低。 相似文献
3.
枇杷果实DHN基因克隆及其在低温胁迫下的表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以白沙枇杷（Eriobotrya japonica Lindl.）‘宁海白’幼果为试材,通过RT-PCR与RACE扩增,获得两个具有脱水素基因典型结构域特征的cDNA序列。其中DHN1（GenBank登录号：FJ472835）全长639 bp,编码188个氨基酸,属于Y2SK3类型;DHN2（GenBank登录号：FJ472836）全长858 bp,编码273个氨基酸,属于SK3类型。用低温胁迫处理枇杷幼果,–3 ℃处理24 h后电导率明显升高,表明细胞膜开始受到破坏,–6 ℃处理24 h后电导率显著高于–3 ℃处理。半定量RT-PCR和Western-blotting分析结果表明这两个DHN基因在低温胁迫下的枇杷幼果中都上调表达,表明其与枇杷抗低温胁迫有一定关系。 相似文献
4.
《果树学报》2021,(2)
【目的】探究矮壮素处理后'夏黑'葡萄二季果成花的主要生物学过程和重要基因,为促进二季果成花提供理论依据。【方法】以矮壮素处理后'夏黑'葡萄二季果第5～6节位冬芽为试验材料,采用转录组测序技术筛选差异表达基因(DEGs),并对其进行分析。【结果】与对照相比,矮壮素处理后-3 DAF、4 DAF、11 DAF冬芽样品中差异基因数分别为395、557和97个。其中-3 DAF、4 DAF、11 DAF冬芽样品中分别有52、21、39个DEGs上调表达,343、536、58个DEGs下调表达,共有879个DEGs得到注释,富集最显著的Pathway主要有苯丙素和类黄酮生物合成、激素信号转导等。【结论】通过转录组测序和qRT-PCR验证,发现矮壮素处理'夏黑'葡萄后,二季果成花关键节位冬芽内苯丙素生物合成途径中的POD47和PODN1、类黄酮生物合成途径中的STS6、生长素信号转导通路中的IAA26、赤霉素信号转导通路中的GARP6和GA3OX1等基因的表达量发生明显变化,说明矮壮素促进成花的功能可能通过改变树体内激素的含量及比值、次级代谢产物的合成和代谢来实现。 相似文献
5.
以生长在黑暗、白光、蓝光下的金耳（Naematelia aurantialba）子实体为材料，利用转录组分析光照对金耳子实体转色的影响。差异表达基因分析结果表明：白光诱导的转色子实体与黑暗处理的未转色子实体相比，差异表达基因总数为1 797个（1 308个上调，489个下调）；蓝光诱导的转色子实体与黑暗处理的未转色子实体相比，差异表达基因总数为1 617个（1 056个上调，561个下调）；蓝光诱导的转色子实体和白光诱导的转色子实体相比，差异表达基因总数为152个（74个上调，78个下调）。GO功能富集分析表明：与黑暗处理未转色子实体相比，蓝光或白光诱导的转色子实体中大部分差异表达基因上调，且主要富集在翻译、肽类代谢、核糖体结构成分、结构分子活性等过程；蓝光和白光诱导的子实体中，差异表达基因主要富集在呼吸调控、跨膜运输及膜组分等相关过程。KEGG代谢途径富集分析表明：参与核糖体、氨基酸生物合成及2-氧羧酸代谢等途径的相关基因在子实体转色过程中大部分上调表达。根据KEGG代谢途径富集分析，筛选到9条与类胡萝卜素生物合成、核黄素代谢等相关的色素代谢途径及差异表达基因。从蓝光和黑暗比较组中的... 相似文献
6.
沈才琦孙磊张颖姜建福刘崇怀樊秀彩 《果树学报》2022,(5):730-742
【目的】通过转录组测序筛选葡萄由胶孢炭疽菌侵染引起的差异表达基因,以进一步分析葡萄抗炭疽病分子机制。【方法】用胶孢炭疽菌侵染不同抗性葡萄的叶片,以清水处理叶片为对照,设置0、24、48、72 h 4个时期取样。采用RNA-seq分析两者间的差异表达基因,挑选出抗病候选基因,并利用qRT-PCR进行验证。【结果】共对42个样品进行转录组测序,每个样品平均数据量为6.65 Gb。KEGG富集分析中差异表达基因主要集中在植物与病原体互作、类黄酮生物合成和MAPK信号途径;转录因子家族分析从MYB、AP2-EREBP、bHLH、NAC和WRKY家族中筛选出12个在抗病株系中高表达的差异表达基因;WGCNA得到抗病相关模块MEdarkgreen。综合各项分析,挑选出9个差异表达基因进行q RT-PCR验证,其中8个基因的表达趋势同转录组测序结果一致。【结论】获得了葡萄响应胶孢炭疽菌侵染的差异表达基因,显著富集在植物与病原体相互作用、类黄酮生物合成和MAPK信号途径等3个通路,并筛选出8个抗病候选基因,包括MLO蛋白,WRKY、ERF转录因子等。 相似文献
7.
为揭示茄子反向温敏核雄性不育(rTGMS)发生与糖类代谢的关系,以茄子rTGMS系‘05ms’及温度不敏感系‘S63’为试材,对不育期和可育期的叶片及花蕾的可溶性糖含量进行比较,结果表明,‘05ms’在不育和可育时期叶片和花蕾中的可溶性糖含量均显著低于‘S63’;进一步对‘05ms’花蕾进行转录组测序及对其糖类代谢相关途径进行分析,发现差异表达基因主要富集在3个通路:淀粉和蔗糖代谢、糖酵解/糖异生和氨基糖和核苷酸糖代谢,其中淀粉和蔗糖代谢通路的差异基因最多且大部分在低温条件表达下调,主要影响了葡萄糖和半乳糖醛酸的合成。此结果初步揭示了茄子反向温敏雄性不育系中糖类代谢响应温度变化的特点,为茄子雄性不育杂交育种提供理论依据。 相似文献
8.
【目的】了解早钟6号枇杷果实采前遇到高温天气出现皱缩现象的分子机制，为培育抗皱缩枇杷品种奠定理论基础。【方法】以易皱缩的早钟6号枇杷果实和抗皱缩的思贺大果枇杷果实为材料，对早钟6号枇杷采前不同皱缩程度的果实（正常果ZZS1、轻度皱缩果ZZS2和皱缩果ZZS3）进行生理生化指标分析，并对思贺大果枇杷和早钟6号枇杷果实进行转录组测序，分析早钟6号枇杷不同程度皱缩果实之间以及与思贺大果枇杷之间的差异基因表达情况，筛选与枇杷果实皱缩相关的基因。【结果】早钟6号枇杷皱缩果（ZZS2、ZZS3）与正常果（ZZS1）相比，丙二醛和脯氨酸含量、超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化物酶（POD）活性均显著升高。对转录组测序结果分析发现，可能与枇杷果实采前皱缩相关的基因主要参与植物激素信号转导途径、苯丙烷生物合成途径、淀粉和蔗糖代谢途径、油菜素内脂生物合成和信号转导等代谢途径。参与苯丙烷生物合成的12个基因中，有9个与木质素合成相关，在DG vs ZZS1比较中均上调表达；参与植物激素信号转导途径的13个基因中，有6个（2个GH3和4个SAUR）参与生长素信号转导；2个基因（EVM0023097和EVM003... 相似文献
9.
《园艺学报》2021,(5)
为研究湖北海棠[Malus hupehensis(Pamp)Rehd.]响应白粉病菌胁迫过程中相关基因的表达及分子机制,取同一时期爆发白粉病的‘青砧1号’、‘青砧1号’/湖北海棠嫁接苗的接穗部分和湖北海棠等3份材料的叶片,使用BGISEQ-500测序技术对其进行转录组测序分析。结果表明:青砧1号、青砧1号/湖北海棠和湖北海棠对白粉病的抗性依次增加;GO富集显示代谢过程和催化活性相关的GO term在青砧1号、青砧1号/湖北海棠和湖北海棠中被显著富集;KEGG分析显示亚油酸代谢、植物病原体相互作用、磷酸肌醇代谢、油菜素类固醇生物合成和磷脂酰肌醇信号系统等5条代谢途径在‘青砧1号’/湖北海棠和湖北海棠中均显著富集,碳代谢途径只在抗性强的湖北海棠中显著富集。与白粉病抗性相关基因家族表达分析显示,WRKY70、WRKY33、NPR3和WRKY40等转录因子基因在青砧1号/湖北海棠和湖北海棠中较青砧1号显著上调表达。实时荧光定量PCR结果证实了转录组测序结果的准确性。 相似文献
10.
【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样本间的差异表达基因并进行生物学功能预测。【结果】通过Trinity软件拼接得到76 814条Unigene,筛选出了609个差异表达基因,利用Gene Ontology和KEGG数据库对差异表达基因注释,发现差异表达基因显著富集在植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、苯丙氨酸代谢、ABC转运子合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等途径中。【结论】筛出了纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因显著富集的主要代谢途径,为今后系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下了良好基础。 相似文献
11.
分别以自花授粉30 min、异花授粉30 min和未授粉处理的甘蓝柱头进行Illumina HiSeq2000高通量转录组测序,分析自交不亲和性甘蓝自花授粉、异花授粉柱头与未授粉柱头中基因表达的差异。转录组测序共获得1.6 × 108对原始序列读取片段,总碱基数为2.38 × 1010 bp,与未授粉对照相比,自花、异花授粉后差异表达的基因分别有2 900个和2 328个,共有的差异表达基因1 904个。在差异表达基因背景和全部基因背景下,自花授粉较大比例的差异基因是细胞杀伤、胞外基质部分和核酸结合转录因子活性;异花授粉较大比例的差异基因是信号传递、胞外区域部分、结构分子活性和营养库活性。GO功能的显著性富集分析表明,自花授粉处理后特有的40个极显著的富集条目主要涉及糖跨膜转运活性、微管结合和钙调素依赖性蛋白激酶活性等。异花授粉特有的53个极显著的富集条目主要涉及法尼酸O–甲基转移酶的活性、微管负向运动和生长素跨膜运输等。自花授粉处理后特异差异表达的996个基因主要涉及钙离子结合、细胞骨架相关、茉莉酸和水杨酸代谢等生物过程,异花授粉处理后特异差异表达的424个基因主要涉及物质跨膜转运及脂质代谢。 相似文献
12.
芦笋两性花与雄花中发生可变剪接基因的差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《园艺学报》2019,(8)
可变剪接在植物生长发育过程中起着非常重要的作用,它能使同一个mRNA前体生成多种不同的异构体和产生蛋白质多样性。利用RNA-seq测序技术分析芦笋两性花蕾与雄花蕾性别分化前期、中期、后期的可变剪接,从中发掘与两性花及雄花形成密切相关的特有可变剪接。研究结果显示,在所有试验材料中基因可变剪接均以3′端可变剪切位点(3S)和外显子跳跃(ES)类型为主。GO分析表明,两性花与雄花在3个时期均发生可变剪接的基因主要富集于代谢过程、生物合成以及物质结合相关GO条目中。通过GO和KEGG分析发现,两性花特有的可变剪接基因主要富集到代谢途径、核糖体蛋白等含氮化合物的生物合成代谢、过氧化物酶体、氧化磷酸化途径等,其中含氮化合物的生物合成代谢过程和过氧化物酶等抗氧化活性可能与两性花雌蕊的发育相关。雄花蕾特有的可变剪接基因主要富集到代谢途径、次生代谢产物的生物合成和脂肪酸生物合成等脂质代谢过程,其中脂肪酸生物合成等脂质代谢过程可能与雄花中雌蕊发育有关。 相似文献
13.
《园艺学报》2019,(12)
利用外源GA_3打破'金乡'大蒜气生鳞茎休眠,采用高通量测序技术对休眠气生鳞茎和GA_3处理气生鳞茎进行转录组测序,分析筛选响应外源GA_3的差异表达基因,探究差异表达基因与GA_3解除气生鳞茎休眠的关系。结果表明:外源GA_3可有效打破气生鳞茎休眠;通过转录组测序得到上调差异基因4 588个,下调差异基因55 857个;28 107个差异表达基因在KEGG中获得注释,其中在代谢途径中获得注释的差异基因最多,其次为遗传信息处理途径。差异表达基因较多的富集于植物激素信号转导途径且富集结果显著;筛选出参与GA、ABA、ZR信号转导的显著差异表达基因GAI、SLR1、PP2C等,其表达情况与气生鳞茎内源激素含量的变化情况一致,推测外源GA_3可通过抑制GA信号途径负调控因子DELLA基因的表达,激活赤霉素的生物合成及信号转导过程,使气生鳞茎休眠解除,同时PYL的表达量显著降低,从而使得脱落酸含量相对降低,有利于休眠解除;qRT-PCR验证结果显示测序结果和实际结果一致。 相似文献
14.
《北方园艺》2020,(9)
WRKY超基因家族能广泛地参与植物的多种生理过程及胁迫反应。该研究以甘蓝型油菜为试验材料,根据转录组测序获得的EST序列设计引物,采用RT-PCR及RACE技术克隆甘蓝型油菜WRKY转录因子基因cDNA全长序列,以期为研究该基因的功能提供参考依据。结果表明:BnaWRKY75-like基因编码序列长444 bp,推导的氨基酸序列编码147个氨基酸残基,在67～124区域含有一个典型的WRKY结构域,其中包含有"WRKYGQK"核心序列,与Brassica rapaWRKY75基因的编码序列相似性为99.77%,氨基酸序列一致。半定量RT-PCR分析表明,低温处理油菜后,BnaWRKY75-like基因的表达增强,表达峰值出现在处理3 h时,其可能在油菜低温胁迫响应中发挥作用。 相似文献
15.
为探讨人工培育冬虫夏草（Ophiocordyceps sinensis）颜色较野生冬虫夏草更黑的原因，以人工培养冬虫夏草僵虫和野生冬虫夏草僵虫为材料，利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序，通过DESeq筛选获得890个差异表达基因，其中上调表达基因479个，下调表达基因411个。GO富集分析结果显示：在生物过程中，差异表达基因主要富集于细胞过程、代谢过程、单一生物过程、生物调节、生物过程调节、响应刺激等二级单元；在细胞组成中，差异表达基因主要富集于细胞、细胞器、膜、大分子复合物等二级单元；在分子功能中，差异表达基因主要富集于结合、催化活性、运输活性等二级单元。KEGG通路富集分析结果显示，差异表达基因主要富集于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、翻译、糖代谢、脂代谢、转运和分解代谢等途径。筛选到49个与活性氧代谢、酚氧化酶类、氧化还原酶类、过氧化物酶类、黑化反应相关的差异表达基因，其中tyr1可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键酶基因。 相似文献
16.
外源山梨醇对桃苗叶片基因表达网络的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究外源山梨醇对桃叶片基因表达网络的影响。【方法】采用100 mg·L~(-1)山梨醇溶液喷施桃幼苗,以清水喷施为对照。转录组测序,分析山梨醇处理样品中成熟叶(喷施山梨醇)和幼叶中(未喷施山梨醇)相关基因表达的变化。【结果】转录组测序表明,成熟叶(喷施山梨醇)中差异表达的基因数多于幼叶(未喷施山梨醇)。成熟叶中与胁迫相关的基因表达上调,次级代谢物代谢通路发生变化。幼叶中碳水化合物代谢相关基因表达发生改变。一些与环境应激相关的基因在成熟叶和幼叶中表达均上调,与离子平衡、细胞内脂质代谢相关的一些基因表达均下调。【结论】山梨醇喷施后,成熟叶中胁迫响应机制启动,影响次级产物代谢。当相关信号传递到幼叶后,碳水化合物代谢平衡发生相应变化,响应相关刺激。基本明确了桃对高浓度外源山梨醇溶液喷施的响应过程及涉及的代谢通路。 相似文献
17.
继代培养7代羊肚菌（Morchellaesculenta）菌丝体，计算不同代数的菌丝生长速度，再分别收集第一代（M 1）和第六代（M 6）菌丝体，通过转录组测序，GO功能注释和富集与KEGG通路富集，得到关键差异基因，最后选取7个与退化相关的关键差异基因cel1、lac2、cah、png1、zpr1、did2和Hsp31，采用荧光定量PCR测定基因相对表达量，以验证转录组分析结果的可靠性。结果表明：当继代培养至第7代时，羊肚菌菌丝不能生长；M 6与M 1相比，共得到575个关键差异基因，其中表达上调198个，表达下调377个；GO富集表明，关键差异基因主要富集在活性氮代谢过程、硝酸盐代谢过程、硝酸盐同化和从头合成次黄嘌呤核苷酸的生物过程；KEGG通路富集表明，关键差异基因主要富集在磷酸戊糖途径、泛酸和乙酰辅酶A生物合成、硒化合物代谢、生物素代谢和精氨酸生物合成通路；7个关键差异基因的相对表达量与转录组测序分析结果一致。 相似文献
18.
以福建野生茶群体中的秃房和茸房种质为试验材料，对其花苞期和开放期花器官进行转录组测序分析，以期探明两种不同类型种质花器官在分子层面的差异。结果表明，两者之间的差异表达基因为2 086～4 733个，这些差异基因主要涉及植物与病原体的相互作用、类黄酮生物合成和谷胱甘肽代谢等途径。通过加权基因共表达网络（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）方法鉴定到18个共表达基因模块，筛选出3个与茶树花器性状相关性最高的模块。通过计算模块内基因的连通性，挖掘网络中的核心基因并进行功能注释。研究结果表明秃房和茸房茶树花器官主要在应对胁迫和次生代谢产物的合成方面存在差异；秃房种质没有子房表皮茸毛，易受病原体入侵和逆境胁迫，通过调控GST（谷胱甘肽–S–转移酶）来提高自身应对胁迫的能力；CsLTP（脂质转运蛋白基因）可能是调控茶树子房茸毛发育起始的关键基因。 相似文献
19.
辣椒胞质雄性不育系与保持系蕾期基因表达差异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用cDNA-AFLP差显技术比较分析了辣椒细胞质雄性不育系及其保持系蕾期基因的表达差异, 获得了19条阳性差异转录片段, 其中在不育系花蕾中特异表达的有4条, 在保持系花蕾中特异表达的有15条。通过对19条差异片段进行序列同源性分析与功能分类, 结果表明: 在不育系花蕾中特异表达的其中3条与番茄和烟草线粒体、核糖体代谢相关基因有很高的相似性; 在保持系花蕾中特异表达的12条能找到与其相似性较高的序列, 这些差异片段代表的基因涉及转录调控、防卫和胁迫反应、电子传递和能量途径、DNA或RNA代谢、蛋白质代谢、转运通道、未知或假定蛋白等。推测辣椒细胞质雄性不育的发生可能受到多种代谢途径的共同调控。 相似文献