共查询到20条相似文献，搜索用时 125 毫秒
1.
葡萄果粒形状简化基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点,本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序,平均测序深度为8.13×,共开发466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记,进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤,共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道,除基于一般线性模型的SNP rs26137624外,其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记,且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域,对关联区域进行功能基因挖掘,共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。 相似文献
2.
【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位及遗传育种提供参考。【方法】对香水柠檬×白花柠檬群体子代的叶、花和果等15个表型性状进行观测描述,并结合SSR和SCoT标记,通过遗传多样性参数、相关性分析和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析等方法进行遗传多样性分析。【结果】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状遗传变异丰富,变异系数为9.76%~45.37%,其中单果质量变异系数最大;叶形指数、果形指数、单果质量等13个性状在杂种后代中符合数量性状遗传特点,各性状中均存在一定比例超亲个体;嫩叶色和花色性状分离广泛;叶、花和果实之间存在多对性状呈极显著或显著相关。20对SSR标记扩增出57个等位基因位点,多态性为100%;11个SCoT标记共检测到49个等位基因位点,多态性位点35个,占71.43%。基于SSR和SCoT标记得到的基因多样性指数均值分别为0.460 9和0.158 3,这2个标记在杂种群体间的Nei’s遗传距离均值分别为0.247 7和0.176 2;聚类结果显示,在遗传距离小于0.1时,2个标记均表现出较少杂种后代与亲本聚为一组,单株间变异丰富;Mantel检验显示,SSR和SCoT标记在杂种群体的遗传距离相关性不显著(r=0.302 1,p=1.000)。【结论】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状分离广泛,杂种群体内存在一定的基因重组,遗传多样性丰富。 相似文献
3.
菠菜雌雄同株性状的全基因组关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《园艺学报》2019,(8)
菠菜为典型的雌雄异株植物,少数植株表现为雌雄同株。为了挖掘控制菠菜雌雄同株的基因位点,对82份菠菜高代自交系的性型进行调查分析,同时进行测序深度为10×的重测序。重测序共获得了3 420 496个SNP,过滤后得到1 621 970个多态性高的SNP位点。利用高质量的SNP对菠菜雌雄同株的性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。利用压缩混合线性模型(compress mixed linear model,cMLM)在菠菜4号染色体上检测到1个强关联区域。基于强关联信号SNP位点LD值(31.2kb)的大小,将控制菠菜雌雄同株的基因X~m定位在64.6kb的区间内。该范围内存在3个基因:Spo24600、Spo24601和Spo24602。该研究在关联区域内开发了KASP标记,可以有效用于菠菜雌雄同株的鉴定。 相似文献
4.
二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。 相似文献
5.
【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 相似文献
6.
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是基于下一代测序(next generation sequencing, NGS)发展起来的第三代分子标记，单个核苷酸的变异导致核酸序列出现多态性，具有遗传稳定性好、密度高和二等位基因型等特点，容易实现高通量和自动化检测。竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,KASP)是一种基于SNP的无凝胶荧光聚合酶链式反应基因分型技术，已广泛应用于动植物遗传育种研究中。该研究从KASP技术在作物基因定位研究中的试验群体选择及具体应用策略2个方面，阐述了该技术在作物产量、品质和抗性等重要性状相关基因精细定位中的研究进展，并总结了其优缺点，提出了优化作物KASP分型技术体系和建立功能基因多态性位点KASP数据库等建议，进一步推广其应用，旨在为作物性状遗传调控研究提供参考依据，加快作物从传统的经验育种到精准育种转化。 相似文献
7.
为了建立起葡萄 SNP 标记分析的一般方法和探索 EST-SNP 标记在葡萄中的应用,对前期开发的葡萄 EST-SNP 位点进行了筛选,设计了 28 对 CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences,酶切扩增多态性序列）标记引物和 22 对 TSP（Temperature-switch PCR,温度转变 PCR）标记引物,并在 31份葡萄材料中进行了分析,其中 20 对 CAPS 引物和 10 对 TSP 引物电泳条带较清晰,多态性较好。基因分型统计显示：所有的 SNP 位点均含有 2 个等位基因,平均多态性信息含量（PIC）为 0.336,平均Shannon’s 信息指数为 0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且结果可靠。本方法简便、成本低,可作为 SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性分析等。 相似文献
8.
以3个甜瓜品种"BM7"、"伽师瓜"和"Y8"为试材,选取甜瓜基因组的3个DNA区域进行SSR位点的分布规律分析,进一步通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检验甜瓜基因组SSR位点的多态性,以期初步揭示甜瓜基因组中SSR位点的分布规律及其多态性,进而为甜瓜及其它物种开展相关研究提供参考。试验表明:甜瓜基因组中平均每1.9kb就有一个SSR位点,富含A和T的重复基序出现的频率远高于富含C和G的重复基序的频率,没有发现全部由C、G构成的重复基序;二、三、四碱基重复基序的SSR位点占绝大多数(83.3%),五、六碱基重复基序的SSR位点分布较少(16.7%)。二、三、四、五、六核苷酸重复基序SSR位点平均长度依次为21、15、14、16、20bp。设计的82对SSR引物中81对扩增出产物,多态比例最高为48.1%。试验表明,甜瓜基因组中SSR分布具有一定规律,并且可以利用SSR分子标记开展相关研究;试验同时对更好地开展SSR和ISSR分子标记的相关研究奠定了理论基础和依据。 相似文献
9.
为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用，对前期开
发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选，设计了28 对CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences，酶切
扩增多态性序列）标记引物和22 对TSP（Temperature-switch PCR，温度转变PCR）标记引物，并在31
份葡萄材料中进行了分析，其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰，多态性较好。基
因分型统计显示：所有的SNP 位点均含有2 个等位基因，平均多态性信息含量（PIC）为0.336，平均
Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且
结果可靠。本方法简便、成本低，可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性
分析等。 相似文献
10.
基于SLAF-seq技术开发芋肉纤维颜色性状的分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国蔬菜》2021,(6)
紫色的芋肉纤维因其潜在的保健功能而深受市场欢迎,被认为是重要的品质性状。本试验以芋肉纤维紫色的荔浦芋为母本,以芋肉纤维黄色的乐平野芋为父本构建F_2分离群体,利用特异长度扩增片段测序(specific length amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术结合集群分离分析法(bulked segregant analysis,BSA),开发与芋肉纤维颜色连锁的分子标记。结果表明:通过SLAF-seq技术共获得有效reads为37.65 Mb,开发出293?363个高质量的SLAF标签,获得SNP位点57?710个。利用SNP-index进行关联区域内2个亲本之间的SNP分析,获得了27个与芋肉纤维颜色性状紧密关联的SNP位点。设计特异引物进行等位特异性PCR(allele specific PCR,AS-PCR)验证SNP位点的多态性,其中Marker44764能对芋肉纤维颜色进行有效的基因分型。本试验建立了一套快捷简便的芋的基因分型方法,可用来对材料进行苗期的分子标记辅助选择,进而提高芋育种效率。 相似文献
11.
在观赏桃育种过程中获得了1 份特殊材料‘PCM-1’,花为粉-白杂色,叶片为紫红-绿杂色,嫩茎表面有紫红色条带或细点,幼果表面有不规则红色斑块或细点。从杂色性状的形态学特性、无性繁殖表现和有性遗传规律对其进行了初步探索,并进行了其亲本和无性系的SSR 鉴定。连续6 年观察发现‘PCM-1’的杂色性状稳定;徒手切片观察到杂色均出现在表层的第一层细胞。嫁接繁殖表明杂色性状稳定（97.4%）,但无性系中也能分离出较低比例的纯色株系（2.6%）;花、果、叶、嫩茎4 个部位的杂色具有同步性。以‘PCM-1’为母本,与花色纯白、叶色纯绿的父本杂交,后代中能够出现12.2% ~ 24.7%的杂色单株。通过SSR 鉴定发现‘PCM-1’的母本为‘红粉佳人’;经324 个SSR 标记鉴定,‘PCM-1’（杂色）、‘PCM-1R’（纯红）和‘PCM-1G’（纯绿）3 个无性系间未发现等位基因差异。 相似文献
12.
桃野生种和地方品种种质资源亲缘关系的AFLP分析 总被引：5，自引：1，他引：4
利用AFLP技术对94份野生桃种质资源进行了DNA多态性分析,从64对E+2/M+3引物组合中筛选出9对引物用于扩增基因组DNA,共获得清晰可辨的236个标记,其中多态性标记为141个,多态性检出率为59.9%。UPGMA聚类结果显示,在遗传距离约为0.3267时,普通桃、陕甘山桃、光核桃3个种被聚为一类,与这3个种相近的为新疆桃,其次为甘肃桃,最远为山桃(白花山桃、红花山桃)。在遗传距离0.2178处,五月鲜扁干、白黏胡桃和珲春桃3份材料各自聚为一类。在遗传距离约0.1997处,普通桃又可明显分为4个组:组I包括原产于南方和西北地区的地方品种,且大部分南方蟠桃主要聚在此类;组II仅有油桃(甘肃酒泉)一个野生材料;组III包括野生毛桃和大部分原产于北方的地方品种,北方硬肉桃主要聚在这一类;组IV由白碧桃和白花山碧桃2个观赏桃品种组成。 相似文献
13.
Lili Guo Dalong Guo Wei Zhao 《The Journal of Horticultural Science and Biotechnology》2018,93(4):416-424
Tree peony (Paeonia suffruticosa Andr.), considered by many to be the national flower of China, is famous for its ornamental, medicinal and culinary attributes. In this study, a total of 8,663 Simple Sequence Repeats (SSRs) were detected by means of a microsatellite search of unigene sequences identified from the de novo assembly of sequence data from different genotypes of tree peony from the Zhongyuan group. Among 100 randomly selected SSR markers, 25 were successfully amplified and showed polymorphism in 31 tree peony accessions. The number of polymorphic alleles ranged from 3 to 11 for each locus and the polymorphism information content value (PIC) ranged from 0.58 to 0.85, with a mean of 0.73, indicating a high level of discriminative capability. To analyse the genetic diversity, a phylogenetic tree was constructed, which demonstrated that tree peonies of similar flower colour were clustered together. The large number of tree peony SSR markers identified in this study will be valuable in studies in genetic diversity and linkage map construction, in gene localisation and cloning and in molecular-marker-assisted breeding in tree peony. 相似文献
14.
一个与桃成熟期QTL连锁的SSR标记 总被引：1，自引：0，他引：1
以大久保桃自交后代为研究材料,对果实成熟期QTL进行了SSR标记。通过集群分离分析法（BSA）对分布于桃基因组上的165对SSR引物进行筛选,确认第4连锁群上的‘BPPCT015’标记与果实成熟期QTL有连锁关系。该标记在果实发育期 < 75 d和果实发育期 > 120 d的单株中所扩增出的带型与其表现型的符合度分别达到90%和92%,在88个不同成熟期的品种资源中的符合度分别为82%和84%。在桃育种实践中‘BPPCT015’标记可用于对成熟期的预先选择。 相似文献
15.
牡丹栽培品种的RAPD分析 总被引：26，自引：3，他引：23
对7 种花色系的35 个牡丹栽培品种进行RAPD 分析, 34 个随机引物共扩增出418 个位点, 其中337 个(80. 62 %) 多态位点表明受试品种间丰富的遗传多态性。同一花色的不同品种间和不同花色系间都存在较大的遗传多态性, 不同花色系间多态性位点频率大小依次排序为蓝色系> 黄色系> 深红色系> 黑色系> 白色系> 绿色系> 红色系; 利用UPGMA 软件进行聚类分析, 35 个品种被分为5 个遗传聚类组, 除红色系外, 其它6 种花色与遗传聚类组的划分无必然相关性。 相似文献
16.
17.
18.
19.
桃及其近缘种花芽分化特性的比较 总被引：3，自引：0，他引：3
以甘肃桃(甘肃桃1号)(Prunuskansuensis)、新疆桃(喀什2号)(P.ferganensis)、普通桃(青丝)(P.persica)为试材,研究了他们的花芽分化特性。结果表明,甘肃桃、新疆桃和普通桃花芽分化顺序一致,都是按花芽分化始期、萼片原基、花瓣原基、雄蕊原基、雌蕊原基这个顺序分化的,但花芽分化各阶段所持续的时间各不相同。甘肃桃、新疆桃和普通桃花芽分化始期不同。甘肃桃花芽分化始期较早,在6月上、中旬已经开始分化,而新疆桃、普通桃则在6月下旬到7月上旬才开始分化。甘肃桃与新疆桃、普通桃雌配子体发育存在差异,甘肃桃形成胚珠原基后越冬,而新疆桃、普通桃则以子房阶段越冬,春季才形成胚珠原基。 相似文献
20.
23个石榴基因型遗传多样性的SRAP分析 总被引：13，自引：1，他引：12
以23个石榴基因型为试材,利用7对SRAP引物进行PCR扩增,共扩增出1380个条带,其中多态性条带662个,多态率为48%。应用DPS分析软件构建UPGMA聚类图,23个基因型遗传距离在0.0769～0.4131。在遗传距离0.33处,可将石榴基因型分为A、B、C、D和E5个类群。4种单瓣白花基因型都聚类在A组;B组都是单瓣红花、味甜的鲜食品种;C组中鲜食品种果皮都不着色;4种不同花色或叶型的单瓣、赏食兼用基因型则聚在D组;观赏型墨石榴与其它基因型显著不同,单独聚为一类(E组)。引物对组合ME4/EM4-800bp缺失条带是青皮石榴的特异缺失标记,ME4/EM4-480bp缺失条带是峄城红和河阴软籽石榴的特异缺失标记,ME2/EM3-120bp缺失条带是峄城红、白皮酸和大青皮的特异缺失标记。研究结果表明,石榴基因型有着丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于石榴基因型的遗传分析。 相似文献