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1.
黄瓜花叶病毒山东分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析 总被引：7，自引：1，他引：7
对侵染烟草的黄瓜花叶病毒(CMV)山东分离物(SD1)的外壳蛋白(CP)基因进行克隆和序列分析。根据已报道的黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列合成两条寡聚核苷酸引物,用免疫捕捉PCR的方法对黄瓜花叶病毒的外壳蛋白基因进行了扩增。将所得的PCR产物通过T4DNA连接酶连接到pET-22b(+)载体上,并转化大肠杆菌DH5α。序列分析表明:CMV-SD1的CP基因全长657bp,编码218个氨基酸;其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组Ⅰ的分离物有极高的同源性,达92.7%~94.9%;与亚组Ⅱ的同源性仅为59.3%~59.5%;由此将CMV-SD1分离物归属于CMV亚组Ⅰ。 相似文献
2.
从江西南城甘蔗病株中获得1个甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)分离物,命名为SCMV-NCH。根据SCMV外壳蛋白(CP)基因N-端和C-端保守序列设计引物,对SCMV-NCH的CP基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,获得924个核苷酸(nt),推断编码308个氨基酸(aa)的近全长CP基因序列。与SCMV亚组SCMV、高粱花叶病毒(SrMV)、玉米矮花叶病毒(MDMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)、玉米花叶病毒(ZeMV)、白草花叶病毒(PenMV)等6种病毒代表性株系外壳蛋白氨基酸序列同源性比较结果显示,SCMV-NCH与SCMV的同源性最高(86.2%),与其他5种病毒同源性相对较低(56.4%~72.2%)。与SCMV13个分离物外壳蛋白氨基酸序列进行同源性比较并构建关系树,结果显示SCMV-NCH与我国浙江2个分离物(Yuhang和Xiaosh)具有最近的亲缘发生关系。 相似文献
3.
黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RT-PCR方法,扩增并测定了黄瓜绿斑驳花叶病毒广东分离物(CGMMV-GD-GZ,CGMMV-GD-LZ,CGMMV-GD-LF)的外壳蛋白(coat protein,CP)和运动蛋白(movement protein,MP)基因序列。结果显示,CP基因序列全长486 bp,编码161个氨基酸;MP基因全长795 bp,编码264个氨基酸。CGMMV广东分离物与其他15个CGMMV分离物之间外壳蛋白基因核苷酸的同源性在90.9%～100%之间,运动蛋白核苷酸同源性为92.7%～100%;与同属其他13种病毒基因组核苷酸序列同源性分别仅为29.5%～56.2%和38.8%～61.8%。基于外壳蛋白和运动蛋白基因序列构建系统发育树显示,CGMMV不同分离物进化为亚洲和欧洲两大群体,3种CGMMV广东分离物与韩国、日本等亚洲分离物同源性极高,可能具有共同的侵染源。 相似文献
4.
为掌握江苏省豆类作物上的病毒病种类,本研究于2018年对江苏省蚕豆作物病毒进行了调查,累计采集田间疑似病样55份,为明确其中伴随的病毒种类,我们对田间采集的疑似病样提取总RNA后进行了分子检测,结果发现,在用菜豆黄花叶病毒(Bean yellow mosaic virus,BYMV)检测引物进行RT-PCR扩增时有16份样品扩增到1条525 bp左右的条带,与目的片段大小一致,说明其中可能伴随有菜豆黄花叶病毒的感染。为进一步确定这一结果,我们针对BYMV CP基因设计了引物,以阳性样品RNA为模板进行RT-PCR,结果发现均扩增到预期大小的目的条带,对该片段回收、克隆并测定碱基序列,结果发现其CP基因碱基序列全长819 bp,编码1个由273个氨基酸组成大小约20 800的蛋白质。BLAST分析结果显示其与BYMV同源性最高(AB439731,99%),表明其属于BYMV的一个分离物。利用MEGA软件对其进行系统进化分析,结果发现这些分离物与日本的蚕豆分离物(AB439731)同源性最高,其次是澳大利亚的蚕豆分离物(HG970867)和中国青海的菜豆分离物(9-16)。这些结果表明江苏蚕豆上检测到的病毒是菜豆黄花叶病毒的一个分离物,这是该病毒在江苏侵染蚕豆的首次分子鉴定报道。 相似文献
5.
6.
在辣椒上分离到一株黄瓜花叶病毒分离物CP310，对其进行14种寄主植物生物学反应测定，发现CP310在心叶烟、克里夫兰烟等植物上表现致死症状，在番茄、烟草表现为植株明显矮化。根据已报道的黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列合成引物，采用常规RT-PCR方法对其外壳蛋白基因进行扩增并克隆，序列分析结果显示：该分离物外壳蛋白基因全长657个核苷酸，编码218个氨基酸，其核苷酸和氨基酸序列与所比较的CMV亚组I的分离物有很高的同源性，分别为91．0％～94．7％和96．0％～98．2％．与CMV亚组Ⅱ的同源性分别仅为76．6％～78．0％和76．0％～78．9％。 相似文献
7.
以紫松果菊上分离的黄瓜花叶病毒2-1-2的RNA为模板,采用RT-PCR(反转录聚合酶链式反应,下同)技术对2-1-2的外壳蛋白(coat prote in,CP)基因进行了克隆和序列测定。该CP基因全长657个碱基,编码218个氨基酸。其核苷酸序列和推导的氨基酸序列与亚组I代表株系Fny的同源性分别为94.5%和98.1%,与亚组II代表株系Q的同源性分别为77.7%和82.5%。对包括该分离物在内的20个CP序列与地域之间的关系进行了分析,结果表明CMV不同分离物的亚组类型与地域无明显关系。 相似文献
8.
从山西高粱红条病病叶中得到一种病毒分离物,命名为GL-SX.根据甘蔗花叶病毒亚组(SCMV subgroup)外壳蛋白(CP)基因C-端和复制酶(NIb)基因C-端的保守序列设计引物,对GL-SX进行免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR) 扩增,获得一条长约1.1 kb的扩增片段,扩增片段克隆后测定序列,该序列含1087个核苷酸(nt),编码362氨基酸(aa),取其中的近全长CP氨基酸序列(296 aa)与甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus, SCMV)、玉米矮花叶病毒 (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)、高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus, SrMV)和约翰逊草花叶病毒(Johnsongrass mosaic virus, JGMV) 等4种病毒的对应序列进行同源性比较,结果与SCMV的同源性最高(95.3%),而与SrMV、MDMV和JGMV等3种病毒的同源性相对较低,依次为69.3%、69.1%和55.4%.根据Potyvirus属病毒种类划分的标准,将GL-SX鉴定为SCMV.将GL-SX的近全长CP氨基酸序列与SCMV种内各分离物的对应序列进行同源性比较及构建关系树,结果显示GL-SX与SCMV-MDB具有较远缘的种内亲缘关系,而与德国的一个SCMV玉米分离物(SCVM-Hoe)及中国的两个玉米分离物(SCMV-ZJ和SCMV-BJ)具有很高的同源性. 相似文献
9.
从河北省石家庄地区田间表现典型的矮花叶症的玉米病叶中得到分离物MD-HB,按照报道的马铃薯Y病毒属CP基因前后保守区序列的比较,设计合成了一对引物,采用RT-PCR法扩增了1 2kb的全长外壳蛋白(CP)和病毒基因组的3′末端非编码区(3′-URT)的cDNA序列,将其克隆到pGEM-T载体上,并进行序列分析。结果表明,CP基因由939个碱基组成,编码313个氨基酸并含有与蚜虫密切相关的DAG(Asp-Ala-Gly)序列。Nib/CP基因交界处的蛋白酶切位点为Q/S。与侵染禾本科作物的马铃薯Y病毒属甘蔗花叶病毒亚组的4种病毒代表株系甘蔗花叶病毒(SCMV-Ger)、SCMV-MDB、玉米矮花叶病毒(MDMV-A)、高粱花叶病毒(SrMV-H)和约翰逊草花叶病毒(JGMV-O)对应的序列进行比较,结果核苷酸序列的同源性依次为94 4%、84 3%、67 5%、74 2%和60 1%,氨基酸序列的同源性依次为95 5%、87 9%、67 1%、70 3%和58 8%;另一方面,此病毒分离物与来自甘蔗的SCMV株系SCMV-A和MDMV-SC的核酸序列及氨基酸序列的同源性分别为82%、81 1%和83 1%、82 8%,说明它们具有较远的亲源关系。认为应将我国SCMV玉米分离物单独从SCMV划分出来,作为SCMV亚组的一个新病毒种而不是SCMV的一个株系。 相似文献
10.
以甘蔗花叶病毒(SCMV)福建分离物(FJ)的总RNA为模板,用RT-PCR方法扩增了含有复制酶(NIb)基因的DNA片段,将其克隆到质粒pGM-T载体上并进行了序列分析。结果表明,NIb基因由1563个碱基组成,编码521个氨基酸并含有高度保守序列GDD。NIa/NIb和NIb/CP交界处的蛋白酶切割位点分别为Q/C和Q/A。与国外报道的SCMV亚组几个株系分离物相比,NIb基因(福建分离物)的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为57.8%~86.9%和60.9%~95.2%,其中与SCMV-SA株系的核苷酸及氨基酸序列同源性则高达86.9%和95.2%。 相似文献
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12.
以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。 相似文献
13.
从广东和山东呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到2个黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的分离物.利用RT-PCR技术克隆了病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因.核苷酸序列测定表明,CMV-GDLJ和CMV-SDLJ 2个病毒分离物CP基因序列长度为657bp,编码218个氨基酸.2个病毒分离物的CP基因序列与CMV亚组Ⅰ的6个株系CP基因序列同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ的3个株系同源性均低于80%,据此将分离物CMV-GD和CMV-TA归属于CMV亚组Ⅰ. 相似文献
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马铃薯X病毒黑龙江分离物外壳蛋白基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)是重要的马铃薯病毒之一,几乎分布于全国所有马铃薯种植区域,严重影响马铃薯的产量和品质。对其建立RT-PCR分子检测体系以及对其外壳蛋白(CP)基因进行序列分析尤为重要。根据已报道的PVX的核苷酸序列设计合成1对引物,以带毒植株总RNA为模板,应用RT-PCR方法,克隆了PVX黑龙江分离物(P2)全长CP基因序列。序列分析表明:P2CP基因全长711 bp,编码237个氨基酸残基,与GenBank中17个不同分离物的CP核苷酸序列同源性为75.5%~96.3%,氨基酸序列同源性为89.4%~99.2%。依据PVXCP氨基酸序列建立系统进化树,将PVX不同分离物划分为两大类群,P2与PVX中国分离物亲缘关系较近,同属于类型Ⅱ,表现一定的地域相关性。同时,应用该RT-PCR分子检测体系进行马铃薯样品检测。 相似文献
15.
西瓜花叶病毒2号山西分离物外壳蛋白基因核苷酸序列分析 总被引：7，自引：0，他引：7
利用ＲＴ－ＰＣＲ方法，扩增获得西瓜花叶病毒２号（ＷＭＶ－２）山西分离物ＣＰ基因，并克隆到ｐＵＣ－Ｔ载体中，核苷酸序列测定结果表明，山西分离物ＣＰ基因全长为８４６个核苷酸，编码由２８１个氨基酸组成的３１．５ｋＤａ蛋白。与国外已报道的ＷＭＶ－２ＣＰ基因相比，其核苷酸序列同源性为９２．８％～９３．９％，由此推导的氨基酸序列同源性为９５．４％～９６．４％，山西分离物外壳蛋白有４个氨基酸残基明显不同于其它分 相似文献
16.
在云南富民、砚山、邱北和南涧等云南主要辣椒产区采集了28个病毒样品,选择应用RT-PCR,Msp I以及EcoR I酶切和克隆测序等分子生物学手段对其中的7种进行检测。经过RT-PCR实验确定其病原为黄瓜花叶病毒（CMV）,同时分离物的Msp I酶切图谱与CMV亚组I的酶切图谱很相似,经EcoR I酶切后也没有出现异常差异。进一步对所检测的黄瓜花叶病毒分离物的外壳蛋白基因进行克隆测序,结果表明,分离物的核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物的核苷酸序列有极高的同源性,达93%~98%; 而与亚组II株系的核苷酸序列同源性仅为77%。因此将所分离到的黄瓜花叶病毒分离物归属于黄瓜花叶病毒亚组I。 相似文献
17.
1999年秋在杭州一株表现典型黄化花叶的南瓜(Cucuribita moschata)上分离获得一株线状病毒HZ00s1.该病毒分离物在葫芦科作物(Cucuribitaceae)上引起系统症状.经寄主反应测定、病毒形态学和寄主组织病变观察, 初步确定该病毒为小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV).对ZYMV杭州分离物(HZ00s1)的外壳蛋白序列及3 端非编码区进行了克隆及序列测定,并与ZYMV Conneticut分离物、Florida分离物、California分离物以及WMV2 Tonga分离物进行了同源性分析.结果显示:HZ00s1分离物与其它3种ZYMV分离物CP基因核酸序列同源性为93%～94%,而与WMV2 Tonga分离物的同源性仅为67%,来自美国的3种ZYMV分离物之间的同源性高达95%～99%.HZ00s1分离物与其它3个ZYMV分离物CP氨基酸序列同源性在95%～98%之间.因此确定在杭州地区葫芦科作物上有ZYMV的发生. 相似文献
18.
为确定从江苏省洪泽县大棚西瓜、仪征市露地瓠瓜、东台市露地南瓜上采集到3个表现为褪绿、斑驳花叶症状的病样是否为黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染,采用电子镜观察、RT-PCR和序列测定方法对其进行鉴定。电子显微镜下可见300 nm×18 nm大小的直杆状病毒粒子。根据已报道的CGMMV外壳蛋白质(cp)基因序列合成特异性引物,对所提取病样的总RNA进行RT-PCR扩增,3个分离物的RNA模板中均可扩增到大小为500 bp左右的DNA片段,测序结果表明3个分离物的片段均含有486个核苷酸,包含完整的cp基因,编码161个氨基酸。3个分离物与已报道的7个CGMMV分离物核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为91.8%～99.8%和98.1%～100.0%,与同属的其他3个病毒(Kyuri绿斑驳花叶病毒、黄瓜果实斑驳花叶病毒和小西葫芦绿斑驳花叶病毒)cp基因核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为40.7%～54.7%和44.4%～60.2%,表明所采集的3个病样由CGMMV侵染引起。 相似文献
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20.
为了探明郑州地区感病菊花上病毒的种类及来源,采集有明显病症的菊花样品,根据已知的番茄不孕病毒(TAV)和菊花B病毒(CVB)的基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR扩增其外壳蛋白(CP)基因的方法对这2种病毒进行了检测,然后进行序列同源性及系统进化分析。结果显示,所得TAV的CP基因序列长度为481 bp,NCBI登录号为KU873003;所得3条CVB的CP基因序列长度均为547 bp,NCBI登录号分别为KU873004、KU873005、KU873006。将郑州分离物的CP基因与NCBI上已登录的其他分离物进行比对,TAV核苷酸序列同源性为91%~99%,氨基酸序列同源性为86%~100%;CVB核苷酸序列同源性为76%~99%,氨基酸序列同源性为77%~99%。系统进化分析表明,菊花TAV郑州分离物与北京分离物KP019201、黑龙江分离物KP019202、河南分离物KP019200和山西分离物KP019204的亲缘关系最近;CVB郑州分离物与印度分离物AJ812569、AJ871367的亲缘关系最近。 相似文献