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1.
调控小麦苗期性状基因的染色体定位 总被引：1，自引：0，他引：1
为了进一步定位调控小麦苗期性状的基因,以中国春-埃及红染色体代换系为试验材料,采用盆栽方法对调控小麦苗期性状的基因进行染色体定位。结果表明:埃及红1A和5D染色体上携带正向调控分蘖数(TN)的基因,1B、4B、1D染色体上携带正向调控地上部干质量(SDW)的基因,7B和5D染色体上携带正向调控最长根长(MRL)的基因,1A和2A染色体上携带负向调控MRL的基因,1B染色体上携带正向调控根系干质量(RDW)、总干质量(TDW)的基因,2A和3B染色体上携带负向调控TDW的基因。1B染色体上检测到的调控RDW的位点、2A和5D染色体上检测到的调控MRL的位点、2A染色体上检测到的调控TDW的位点均是新发现的基因位点。 相似文献
2.
根据GeneBank数据库中大豆类铁结合蛋白序列设计引物,通过反转录方法从豫豆8号中克隆到cDNA片段,测序结果表明,该基因cDNA全长752 bp,编码250氨基酸.利用DNAMAN软件进行序列比对分析发现,该cDNA的氨基酸序列与大豆(M64337.1)铁结合蛋白同源性高达98%以上.运用生物信息学软件及相关网站对其功能位点、结构功能域分析,结果显示,该基因具有1个FER-RITIN-LIKE功能域、2个铁结合蛋白基因家族铁结合区域的信号序列、6个磷酸化位点等重要功能位点. 相似文献
3.
拟南芥非特异性磷脂酶C2的磷脂酰胆碱特异性磷脂酶C活性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
在拟南芥中有6个非特异性磷脂酶C(NPC1~NPC6)。GUS染色显示NPC2在根中主要是在根尖分生区和伸长区表达,在成熟区主要是在维管组织中表达;在叶中,NPC2主要在发育的叶片中表达,随着叶片成熟进程,NPC2基因的表达量逐渐降低。npc2-1突变体的PC-PLC活性比野生型降低47.7%,互补的植物能不同程度地恢复突变体的PC-PLC酶活性。这说明NPC2具有PC-PLC酶活性。NPC2基因在侧根形成位点的表达虽然与IAA诱导的侧根形成紧密相关,但外源IAA处理野生型和突变体之间的侧根密度、主根长度和侧根总长无明显区别。 相似文献
4.
《福建农业学报》2021,(8)
【目的】生长调节因子互作因子(GRF-interacting factor,GIF)是植物体内一类转录共激活因子,在植物生长发育和逆境胁迫中起重要作用。通过系统分析谷子GIF基因家族的组成、各成员的结构以及进化关系,为GIF基因调节机制研究提供参考。【方法】利用谷子基因组数据库,采用生物信息学的方法,鉴定谷子GIF基因家族的基因结构、染色体定位,编码蛋白相似性、二级结构、跨膜区和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有3个GIF基因,均含有4个外显子,分布于第3、8和9号染色体上。编码SiGIF1蛋白和SiGIF2蛋白相似性最高,为72.04%,SiGIF1蛋白和SiGIF3蛋白相似性最低,为37.08%。二级结构分析显示,谷子GIF蛋白无规则卷曲占比最高(41.56%～56.60%),其次为α-螺旋(34.43%～35.50%),再次为β-转角(5.19%～11.69%),β-折叠最低(3.23%～11.26%)。TMHMM跨膜区进行分析显示,谷子GIF蛋白均不含有跨膜区。MEME保守基序分析显示,谷子GIF蛋白均含有保守的SSXT (PF05030)结构域。磷酸化位点预测分析表明谷子GIF蛋白均含有潜在磷酸化位点。【结论】谷子GIF基因家族的基因结构、磷酸化位点预测等生物信息学分析结果将为揭示谷子GIF基因家族在谷子生长发育过程中的功能提供重要的线索。 相似文献
5.
使用SDS-PAGE方法结合分子标记技术,分析了59个有代表性的河南省小麦主栽品种(系)及部分稳定遗传的诱变后代材料的HMW-GS组成及其等位变异。参试材料中共有12种HMW-GS亚基类型,Glu-A1位点上有3种,其中1亚基为主要类型(占57.63%);Glu-B1位点上共有4种类型,以7+9为主要亚基类型(占67.80%);Glu-D1位点上有5种亚基组合,其中2+12为主要类型(占52.54%)。59份小麦材料的亚基组合类型共有19种,其中组合为Null、2+12、7+9的样品11份(占18.64%),比例最高;在参试材料中,仅有4个材料检测出优质亚基组合类型(1,7+8,5+10);此外,从SDS-PAGE电泳图谱上发现有16个材料含有与1Dx5非常近似的亚基(以1Dx5*表示),使用引物Dx*对上述材料进行扩增,均可获得约476 bp的电泳条带,其序列信息与HMW-Dtx2基因、HMWDtx5基因相同,与1Dx5'基因编码区相同,与1Dx5基因99%相似。 相似文献
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【目的】本文系统分析了谷子e IF5A基因家族在谷子中如何发挥作用。【方法】利用谷子基因组数据库,运用生物信息学方法,鉴定谷子e IF5A基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有4个e IF5A基因,均含有4个内显子,分布于谷子的3条染色体上。MEME保守基序分析显示,谷子e IF5A蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明谷子e IF5A蛋白均含有大量潜在磷酸化位点。【结论】以上结果将为今后揭示谷子e IF5A蛋白功能提供重要的线索。 相似文献
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稻米外观品质是稻米品质的一个重要方面.是消费者选择的重要依据之一,在一定程度上影响稻米市场价格.采用一个日本优质粳稻品种越光(轮回亲本)和一个印度的籼稻品种Kasalath杂交产生的回交重组自交系(backcross recombinant inbred lines,BILs)对7个控制稻米外观品质主要性状(粒长、粒宽、粒厚、粒长宽比、垩白粒率、垩白大小和垩白度)数量性状基因位点(quantitative trait locus,QTL)进行定位分析.共检测到影响7个性状的22个QTLs,分布在8条染色体上,贡献率为5.65%～29.20%.其中在第5染色体上的R2232分子标记附近区域检测到影响4个性状的QTLs;在第3染色体上C1448和第6染色体G200分子标记附近区域分别检测到同时影响3个性状的QTLs,表明了这3个染色体区域对控制稻米外观品质性状中的有着重要作用.研究检测到的QTLs及其两侧的分子标记可以用于改良稻米外观品质的分子辅助育种. 相似文献
8.
目的比较放疗后复发鼻咽癌（NPC）与初诊NPC中染色体微卫星不稳定（MSI）和杂合性缺失（LOH）发生情况。方法选择1p、3p、3q、4q、9q、11q、13q、14q的12个微卫星多态性位点,显微切割分离22例初诊和18例放疗后复发NPC组织和正常组织,提取DNA,经PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色,进行MSI及LOH分析研究。结果（1）8个位点发生了LOH：复发癌与初诊癌相比,LOH发生率在D1S2697位点为28.6%比20.0%,在D13S133位点为30.0%比20.0%,在D9S1682位点为7.7%比9.1%;D5S433和D14S65位点只在复发癌中发生LOH,分别为33.3%和6.7%;D13S263、D4S350、D14S258位点只在初诊癌发生LOH,分别为20.0%、33.3%、16.6%。（2）11个位点发生了MSI：4个位点在复发癌和初诊癌中都发生MSI,4个位点只在复发癌中发生MSI,3个位点只在初诊癌中发生MSI。结论 D1S2697、D13S133、D5S433位点可能含有与放疗后复发NPC相关的肿瘤抑制基因,放疗后复发NPC中MSI发生率呈增高趋势,提示部分放疗后复发NPC与原发癌可能属不同细胞克隆起源。 相似文献
9.
《山西农业大学学报(自然科学版)》2015,(5)
探讨玉米丝黑穗病菌(Sporisorium reilianum)基因组序列中SSR位点的分布与组成特点,为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的Genomic-SSR标记奠定基础。从NCBI公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列,利用SSRIT在线软件对第4、5、6、7条染色体进行SSR位点的搜索,并且利用Primer 3.0软件设计Genomic-SSR引物。结果表明:在玉米丝黑穗病菌基因组序列的第4、5、6、7条染色体中,共搜索到317个SSR位点,平均每条染色体出现79个SSR位点,其总长度为6.89kb,占这四条染色体基因组总长的0.21%,大约每10.3kb中就有一个大于18bp的SSR序列。其中,主要的重复类型是三核苷酸重复单元,占全部SSR的53.94%(171个),其次为二核苷酸重复单元,占全部SSR的16.09%(51个)。数量最少的是六碱基重复单元,为17个(5.36%)。出现频率最高的的重复基序为(GCA/TGC)n(13.25%),其次是(AGC/GCT)n和(CAG/CTG)n,出现频率分别为8.52%、8.20%。并在此基础上,利用Primer3.0在线软件设计了40对SSR引物。玉米丝黑穗病菌基因组序列中SSR位点丰富,具有发掘玉米丝黑穗病菌SSR标记的潜力。 相似文献
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早老蛋白-1基因突变与Alzheimer病 总被引：1，自引：0，他引：1
Alzheimer病 (AD)的病因非常复杂 ,目前发现与AD相关的基因有 5种 :2 1号染色体上的淀粉样蛋白前体 (APP)基因、1 9号染色体上的ApoE基因、1 4号染色体上的早老蛋白 1 (ps 1 )基因和 1号染色体上的早老蛋白 2 (ps 2 )基因及 1 2号染色体上的α2 巨球蛋白 (α2 MG)基因。在早发型AD(EOAD)家系发现app、ps 1和ps 2基因的突变 ,呈线性常染色体遗传模式 ,此3个基因的突变分别占 2 %～ 3%、70 %～ 80 %和 2 0 %。ps 1基因已成为AD研究的热点。但迄今为止 ,ps 1基因的功能尚未明了。近年来更多的研究发现多数早发型家族性AD(FAD)与p… 相似文献
11.
【目的】分析广州地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus,FPLV)的自然重组、跨宿主传播以及流行变异情况。【方法】采集疑似感染猫泛白细胞减少症病毒的猫粪便样品进行细胞分离,并对阳性病料提取基因组DNA,PCR扩增获得病毒的全基因组序列,并与Gen Bank中相关的参考毒株序列进行遗传进化分析,同时对VP2基因与NS1基因的主要氨基酸位点进行差异分析。【结果】成功获得2株猫泛白细胞减少症病毒及其全基因组序列。遗传进化分析显示,广州地区分离的猫泛白细胞减少症病毒FPLV-GZ01、FPLV-GZ02与我国其他分离毒株FPLV-XJ01、FPLV-HRB属同一分支,提示FPLV-GZ01、FPLV-GZ02由FPLV-XJ1进化而来;NS1基因系统进化树显示,FPLV存在与CPV-447重组的可能。主要氨基酸位点分析显示,FPLV在VP2基因中的主要氨基酸位点上的遗传变异比CPV保守;在NS1基因上发现FPLV-GZ01、FPLV-GZ02分别存在不同程度的氨基酸位点突变。【结论】广州地区分离的猫泛白细胞减少症病毒仍在不断地重组进化。 相似文献
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为了系统分析兰花真核翻译起始因子5A(Eukaryotic translation initiation factor 5A,eIF5A)基因家族在兰花中如何发挥作用,利用兰花基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定兰花eIF5A基因家族的基因结构、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化分析。结果表明,兰花eIF5A基因家族含有eIF5A1和eIF5A2两个基因,分别含有5个和6个外显子。MEME保守基序分析显示,兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白均含有大量的潜在磷酸化位点。以上结果将为今后揭示兰花eIF5A1和eIF5A2蛋白的功能提供重要的线索。 相似文献
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玉米Dof转录因子家族的全基因组鉴定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】全基因组水平鉴定并解析玉米Dof（DNA binding with one finger）基因家族。【方法】基于玉米V3基因组数据鉴定玉米Dof基因家族,并从基因的结构、系统发育关系、染色体的位置分布、玉米不同组织和不同生理发育阶段基因的表达谱以及在充足氮（sufficient nitrogen,SN）和低氮（limiting nitrogen,LN）条件下V3期叶组织基因的差异表达5个方面分析玉米Dof基因家族。【结果】玉米参考基因组中存在46个Dof结构域基因,命名为ZmV3Dof1-ZmV3Dof46。通过系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为8个亚类（Subgroup）S1-S8,每个亚类有3-8个Dof基因。通过分析该家族染色体分布,发现玉米10条染色体,除Chr.9外,均有Dof基因的分布,其中,在Chr.1上分布最为密集,有12个ZmV3Dofs;在Chr.5和Chr.3上分布次之,分别为8和7个ZmV3Dofs;在其他染色体上则分布较少,此外,Dofs在Chr.1的底部、Chr.5的顶部和底部分布密度相对较高。表达谱分析结果表明,Dof基因家族成员在不同组织及不同发育阶段均有差异表达,预示不同Dof基因功能的多样性以及在植物发育过程中扮演着不同角色,且同一亚类Dof基因表达模式存在一定程度的相似性。此外,玉米Dof基因家族对氮响应较为敏感,充足氮（SN）和低氮（LN）条件下,V3期叶组织基因的RNAseq表达结果显示35个Dof基因在2种氮处理下表达量存在差异,其中13个基因表达量差异较大。值得注意的是21个Dof基因在低氮处理下表达量上调,其中8个基因只在低氮条件下表达。【结论】基于最新版基因组数据鉴定玉米在自交系B73基因组中存在46个Dof基因,Dof基因家族成员参与玉米不同生理发育过程中,部分基因可能在氮代谢调控中发挥积极作用。 相似文献
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【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。 相似文献
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【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。 相似文献
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为获得绵羊肺炎支原体贵州株P113基因生物信息学特征,应用DNAStar、Mega 5.0、Protparam、Protscale、IEBD等工具对其(GZ-QX1株)P113蛋白特性、结构和功能进行预测分析。结果显示,绵羊肺炎支原体GZ-QX1株P113基因序列大小为3 240bp,编码1 079个氨基酸,与绵羊肺炎支原体Y98标准株、四川SC01株、猪肺炎支原体P97、丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊亚种的核苷酸序列同源性分别为99.9%、81.9%、60.4%、3.9%和5.2%。P113蛋白是分子质量约119ku的碱性蛋白,具有较多优势抗原表位;蛋白结构分析显示,P113蛋白无跨膜结构,有9个N糖基化位点,59个丝氨酸、16个苏氨酸的磷酸化位点,14种保守的特异性蛋白质激酶的结合位点;蛋白功能分析认为,P113可能是某信号传导通路的信号分子,也是一种具有良好抗原性的结构蛋白。 相似文献
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Dof转录因子在植物的生长发育和非生物胁迫响应中起重要的调控作用。利用RT-PCR技术从大豆中克隆了一个功能未知的Dof转录因子基因GmDof1.5,该基因位于大豆基因组15号染色体上,ORF全长540 bp,编码含有179个氨基酸的蛋白质,相对分子质量为20.15 ku,等电点为9.82。蛋白序列预测发现,GmDof1.5蛋白含有一个典型Zf-Dof结合域,且含有大量磷酸化位点。蛋白系统进化分析表明,大豆GmDof1.5与豆科植物鸡血藤SsDof4的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果显示,ABA、干旱、高盐、高温和低温胁迫均可不同程度地诱导GmDof1.5的表达,且GmDof1.5对高温胁迫的响应最为显著。 相似文献
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通过生物信息学的方法对玉米木质形成素类阿拉伯半乳糖蛋白(xylogen-like arabinogalactan proteins,XYLPs)基因家族的表达模式和蛋白结构进行了分析。ZmXYLPs基因家族成员在染色体上的分布具有一定的偏好性。基因复制事件不仅在基因家族成员数量的扩张和进化中发挥重要作用,同时还可能引起基因表达部位的扩张。根据ZmXYLPs蛋白结构特点,可将其分为两大类。其中仅ZmXYLP10/13/14蛋白存在N连接的糖修饰位点,其余ZmXYLPs蛋白均为O连接糖修饰位点。结果显示,玉米ZmXYLPs的生物学功能可能与其糖基侧链有关,并且其作用并不局限于维管组织发生过程,可能也参与生殖发育过程。 相似文献
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自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。结果发现:Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且在第12染色体上分布最多,多达10个,暗示该染色体可能对大豆的水分利用效率起着重要作用,基因所含内含子数为1～8个。序列提取所用的2个脚本程序可以从http://www.zlhyd.com/sxbi/soybean_strict.rar下载。 相似文献
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玉米大斑病菌MAPK超家族的全基因组鉴定及途径模型建立 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌（Setosphaeria turcica）的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功能奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库,通过基于隐马尔科夫模型的HMMER 3.0软件搜索基因组,鉴定并获得MAPK超家族成员序列、基因组定位信息;采用MEGA 5.0软件进行系统进化分析;通过GSDS工具进行基因结构分析;利用ClustalX、MEME工具分析MAPK蛋白激酶区的保守性及保守位点。【结果】在玉米大斑病菌基因组中发现了4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。系统进化分析将MAPK分为Kss1/Fus3、Slt2、Hog1及Ime2 4类;MAPKK分为Pbs2、Ste7及Mkk1 3类;MAPKKK分为Ste11、Bck1及Ssk2 3类。基因组定位及基因结构分析表明,MAPK超家族散布在基因组中,且MAPK基因的结构最为复杂多样,MAPKK次之,MAPKKK结构最简单。多重序列比对与保守位点分析表明,玉米大斑病菌MAPK超家族的激酶结构域均高度保守,其中MAPK具有保守的“-TxY-”磷酸化位点,MAPKK含有保守的“-SD[V/I]WS-”磷酸化位点,MAPKKK含有“-G[S/T][V/P][F/M][W/Y]M[A/S]PEV-”特异性保守位点。【结论】全基因组分析表明,玉米大斑病菌中包括4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。通过系统进化、基因结构及多重序列比对和保守位点分析,在玉米大斑病菌中构建了Fus3/Kss1-homolog、Slt2-homolog、Hog1-homolog和Ime2-homolog 4条MAPK级联途径,其中Ime2 homolog为一条新发现的MAPK级联途径。该信息为深入解析植物病原真菌MAPK超家族的功能奠定了基础。 相似文献