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为分析家禽屠宰场存在的水体、地面和与鸡肉接触的屠宰器械表面的菌群结构及其耐药基因携带状况,在浙江省某大型屠宰场的挂禽间、宰杀沥血间、浸烫间、脱毛间、净膛间区域取存在水体,用无菌纱布擦拭各区域的地面和器械表面采集微生物,采用基于16S rRNA基因V3-V4的Illumina 高通量测序方法分析其菌群结构多样性,并用PCR对细菌的9大类24种耐药基因进行检测分析。结果表明,屠宰场不同区域水体、地面和屠宰器械表面微生物均以变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)为主,其相对丰度分别为27.55%~88.99%、3.45%~59.78%和4.35%~31.78%;优势菌属为不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、栖热菌属(Thermus)、假单胞菌属(Pseudomonas)和希瓦氏菌属(Shewanella),约占总类群46%。共检测到21种耐药基因分布在这些样品中,其中sulⅠ、sulⅡ和qnrS的检出率为100%,blaTEM、tetB和aadA1的检出率为94.4%,floR和mecC的检出率为88.9%。由此反映出屠宰场不同区域的水体、地面和屠宰器械表面存在一些条件性致病菌和腐败菌,且携带的耐药基因种类较多。 相似文献
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《浙江农业学报》2017,(12)
为研究白芨内生菌的多样性,从新鲜白芨根中提取内生真菌的DNA,构建ITS r DNA文库,进行高通量测序和多项信息分析。结果显示,白芨内生真菌主要属于担子菌门(83.4%)和子囊菌门(14.3%),另外2.3%无法鉴定;担子菌门、子囊菌门、接合菌门的菌根优势度指数分别为0.834 1、0.142 6、0.000 3,无法鉴定的真菌菌根优势度指数为0.022 9。纲、目的分类水平上,伞菌纲蜡壳菌目占83.4%,盘菌纲盘菌目占11.4%,锤舌菌纲柔膜菌目占2.1%,无法鉴定的占2.3%。科分类水平上,内生真菌主要属于Serendipitacea(83.4%)和盘菌科(11.4%)。属的分类水平上,梨形孢属(Piriformospora)占83.4%。Shannon index、Chao1、Observed species和Simpson 4种曲线分析结果显示,白芨菌根内生真菌的多样性呈均匀分布。 相似文献
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《甘肃农业大学学报》2019,(5)
【目的】利用ITS rDNA高通量测序,研究不同饲养方式对滩羊瘤胃真菌菌群的影响.【方法】试验采用随机区组设计,将体况相近的24只4月龄滩羊随机分为两组,每组12只,分别采用放牧和舍饲的饲养方式.于9月龄屠宰取样,运用ITS rDNA技术研究瘤胃真菌菌群的变化.【结果】放牧组滩羊瘤胃真菌物种多样性高于舍饲组,舍饲组滩羊瘤胃真菌物种丰度的均匀度高于放牧组.在门水平上,壹菌门为舍饲组特异性菌门.与放牧组相比,舍饲组新丽鞭毛菌门的丰度显著降低(P0.05),未注释菌门和担子菌门的丰度有提高的趋势(P0.075),子囊菌门的丰度提高75.10%,但差异不显著.在属水平上,与放牧组相比,舍饲组未注释属丰度极显著提高(P0.01),梨霉属的丰度显著降低(P0.05),节担菌属和新丽鞭毛菌属的丰度显著提高(P0.05),广义酿酒酵母菌属丰度提高47.20%,但差异不显著.【结论】舍饲降低了滩羊瘤胃真菌的多样性,提高了真菌物种丰度的均匀度;优势菌比例发生变化,对纤维素、半纤维素降解菌和葡萄糖降解菌的影响明显. 相似文献
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【目的】挖掘古油松根际优势的细菌与真菌群落,为筛选油松根际优势的微生物提供理论依据。【方法】采集北京市西山公园内不同树龄的油松根际土壤样品,利用宏扩增子技术对真菌菌群(ITS)和细菌菌群(16S rRNA)的组成和分布进行分析。【结果】油松根际的优势细菌门为变形菌门、酸杆菌门、放线菌门以及绿湾菌门;优势真菌门为子囊菌门、担子菌门以及被孢菌门。古油松与壮龄油松根际共同的优势细菌属：包括假单胞菌属、肠杆菌属、Vicinamibacteraceae属、Dongia属和嗜铜菌属。古油松根际中其他优势菌属分别为科萨克氏菌属、气单胞菌属和Rokubacteriales属;在壮龄油松根际中其他优势菌属分别为克雷伯菌属、贪噬菌属、鞘氨醇单胞菌属。古油松与壮龄油松共有的根际优势真菌属分别为Lophiostoma属、被孢霉属、镰刀菌属、Solicoccozyma属、Ilyonectria属。古油松根际中其他优势真菌属分别为绒毛菌属、Geopora属、马鞍菌属、Inocybe属和柱孢菌属;在壮龄油松根际中其他优势真菌属分别为蜡质菌属、Tassonia属、周刺座霉属、Plectosphaerella属和块菌属... 相似文献
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为了解烤后健康烟叶和霉烂烟叶真菌群落多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对烤后健康与霉烂烟叶样品上真菌群落的ITS1-ITS2区域PCR扩增片段进行测序并分析。健康烟叶组(MJ)和霉烂烟叶组(MB)2类样品真菌主要为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、接合菌门(Zygomycota)等6个门25纲58目187科260个属的394个真菌分类单元(OTUs)。在属水平上,健康烟叶组(MJ)优势真菌为链格孢属(Alternaria),其次为曲霉属(Aspergillus)、新凸轮孢菌属(Neocamarosporium)、赤霉属(Gibberella)、支顶孢属(Acremonium);霉烂烟叶组(MB)优势真菌为曲霉属(Aspergillus),其次为青霉属(Penicillium)和根霉属(Rhizopus)。Alpha指数表明,健康烟叶组(MJ)真菌群落丰富度与多样性均高于霉烂烟叶组(MB)。71.06%的OTUs归属于8个功能类群,其中腐生菌是主要功能类群,研究结果揭示了烤后健康烟叶和霉烂烟叶真菌群落结构,为制定相应的防治方案提供参考依据。 相似文献
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毛乌素沙漠生物土壤结皮真菌群落多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
真菌参与生物土壤结皮(biological soil crusts,BSCs)的形成,在荒漠化土壤植被恢复中起着举足轻重的作用。本文通过构建真菌18S rDNA文库,分析了毛乌素沙漠BSCs真菌群落组成特征。结果表明:毛乌素沙地BSC s中真菌组成分为两大类群,子囊菌门和担子菌门,子囊菌门占了全部真菌总数的58%,担子菌门占全部真菌的42%。子囊菌门分别有Boeremia、Phaeosphaeria、Trematosphaeria、Dendryphion、Paraconiothyrium、Cryomyces、Davidiellaceae、Fu-sarium、Chaetomium、Coniosporium属。担子菌门的有Cryptococcus、Laetisaria、Rhizoctonia、Malassezia 4个属。本研究对BSCs的形成、发展理论研究以及应用于植被恢复的实践具有一定意义。 相似文献
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为烟草白粉病的科学防治提供理论依据,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采自同一烟株上发病烟叶和健康烟叶DNA的ITS区进行测序,分析各样品的真菌群落结构与多样性。结果表明:白粉病烟株健康烟叶真菌群落丰富度及多样性均高于发病烟叶;2种样本的优势菌门均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota);发病烟叶优势菌属及其相对丰富度为高氏白粉菌属(Golovinomyces)99.22%,曲霉属(Aspergillus)0.33%和链格孢属(Alternaria)0.33%;健康烟叶的优势菌属及其相对丰富度为高氏白粉菌属(Golovinomyces)91.86%、曲霉属(Aspergillus)0.34%和链格孢属(Alternaria)0.31%。在白粉病烟株上发病烟叶和健康烟叶均存在大量的高氏白粉菌属。 相似文献
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利用Illumina MiSeq测序技术,对健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内真菌ITS区的rRNA进行扩增和高通量测序,分析不同部位样品真菌群落结构与多样性。结果表明,健康组共鉴定出14个门、40个纲、99个目、211个科、377个属、561个种;患根腐病组共鉴定出14个门、39个纲、98个目、238个科、385个属、570个种。患根腐病草莓根际土壤真菌群落丰富度、多样性和均匀度高于健康草莓,非根际土壤及根内真菌群落丰富度、多样性和均匀度均低于健康草莓。健康与患根腐病草莓根际与非根际土壤样品的优势菌门均为子囊菌门（Ascomycota）、被孢霉门（Mortierellomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,根内样品的优势菌门均为子囊菌门和担子菌门;患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内样品的子囊菌门和担子菌门相对丰度均高于健康草莓,被孢霉菌门相对丰度均低于健康草莓。患根腐病草莓根际和非根际土壤的优势属均为帽状菌属（Pilidium）和被孢霉属（Mortierella）,健康草莓根际和非根际土壤的优势属均为玛利亚霉菌属（Mariannaea）和被孢霉属。患根腐病草莓根际土壤被孢霉属相对丰度比健康草莓增加2.26%,而非根际土壤被孢霉属比健康草莓减少1.63%。健康和患根腐病草莓根内样品优势属均为帽状菌属和玛利亚霉菌属,患根腐病草莓根内玛利亚霉菌属比健株减少7.53%。健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内真菌群落组成差异明显,说明草莓根腐病的发生与田间土壤及根内真菌群落结构改变密切相关。 相似文献
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阿特拉津胁迫对谷子种植区土壤真菌群落的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
《山东农业科学》2021,(8)
本试验以山西阳曲县谷子种植区土壤为研究对象,运用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析真菌多样性及群落组成变化情况。由α多样性指数可知,阿特拉津喷洒浓度越高,土壤真菌丰度和多样性越低;在黄土高原谷子种植区,土壤真菌主要门类为子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota);在优势菌群中,子囊菌门相对丰度可高达61.9%;从门、纲、属不同水平上进行分析,除未分类真菌外,高浓度和低浓度阿特拉津污染土壤样品中的优势真菌种类基本相同。综上,在一定范围内,阿特拉津可导致土壤中真菌的丰富度和群落多样性降低,但不会改变土壤中优势真菌种类。 相似文献
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以石漠化地区生态桑林根际土壤微生物为研究对象,对微生物群落多样性进行了16s、ITs测序分析以及土壤微生物测序热图分析.结果表明:石漠化地区原核微生物中优势物种为变形菌门、放线菌门和异常球菌-栖热菌门等细菌;优势真核微生物为子囊菌门、接合菌门和担子菌门真菌.热图分析表明,其中:(1)有益微生物包括变性菌门的硫杆菌属、紫色杆菌属和假单胞菌属细菌,异常球菌-栖热菌门的特吕珀菌属细菌以及接合菌门的被孢霉属真菌;(2)与植物病变、腐化有关的真菌种类为子囊菌;(3)Setomelanomma属真菌的功能尚不明确. 相似文献
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以不同地区及连作土壤为研究对象,利用Illumina MiSeq平台进行高通量测序,分析不同土壤细菌和真菌物种多样性及群落组成,并结合土壤营养指标,探讨羊肚菌菌丝与土壤细菌和真菌群落结构关系。结果表明,栽培地中土壤细菌多样性高于真菌,正常生长羊肚菌可提高土壤碱解氮含量和降低土壤真菌多样性。门水平下,细菌优势菌为放线菌门、变形菌门、绿弯菌门,真菌为子囊菌门、担子菌门、被孢霉门;属水平下,细菌优势属为节杆菌属、鞘脂单胞菌属,连作土壤中真菌优势属为被孢霉属、头束霉属、青霉属;正常生长土壤为被孢霉属、羊肚菌属、头束霉属。土壤全磷与节杆菌属、被孢霉属、头束霉属呈负相关,与镰刀菌属呈正相关,全钾与头束霉属呈正相关,各理化因子与羊肚菌属无明显相关性。 相似文献
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为云南双柏县鄂嘉镇大型真菌的合理开发利用及进一步研究提供参考,通过实地踏查结合查阅相关文献对双柏鄂嘉镇大型真菌进行鉴定,并研究其多样性。结果表明:该地区共有大型真菌39种,隶属于2门4纲9目21科25属,其中,子囊菌仅1科1属1种,担子菌18科24属38种;≥4种的优势科有3个,占总科数的14.29%;≥3种的优势属4个,占总属数的16.00%;按生态类型可为木生真菌、土生真菌和外生菌根真菌3类,木生真菌11种,占总数28.21%,土生真菌4种,占总数10.26%,外生菌根真菌24种,占总数61.54%;按利用价值分为食用、药用及毒菌3类,食用菌18种,药用菌12种,毒菌7种,其中食药兼用菌7种,未知种9种。该区域具有丰富的大型真菌资源,具有重要的开发应用前景。 相似文献
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【目的】菌草酒是采用菌草为原料酿造的白酒,了解菌草酒不同发酵时期的真菌群落演变规律和优势真菌群落,为建立菌草酒微生物信息数据库、探究菌草酒的发酵机理、提升菌草酒的品质提供理论基础和科学依据。【方法】采用 Illumina MiSeq 高通量测序技术对菌草酒酿造过程中不同发酵时期的酒醅样本进行测序分析,揭示菌草酒发酵过程中真菌群落的分布和演替规律。【结果】在菌草酒发酵过程中,真菌群落的分布在不同发酵时期不断调整和平衡,共注释到 8 个门、22 个纲、50 个目、110 个科、243 个属。在门水平上分析,优势真菌门包括子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和接合菌门（Zygomycota）,平均相对丰度分别为 92.32%、4.88%和 1.34%,其中子囊菌门是整个发酵过程中的核心优势菌门。在属水平上分析,优势真菌属包括未分类属、酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、青霉属（Penicillium）、木耳属（Auricularia）、被孢霉属（Mortierella）和镰刀菌属（Fusarium）,平均相对丰度分别为 45.53%、35.11%、2.72%、2.06%、1.60%、1.25% 和 1.00%,其中未分类属和酵母属在发酵过程中发挥重要作用。主成分分析（Principal component analysis,PCA）结果显示,发酵前和发酵后样本真菌群落的遗传距离均较远。【结论】菌草酒酿造过程不同发酵时期的酒醅中真菌群落的组成和多样性存在较大差异,而发酵前和发酵后的群落结构差异最为显著。 相似文献
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通过对云南省景东徐家坝大型真菌进行采集、鉴定,并对其多样性、优势科、属进行分析。结果表明,该地区大型真菌涉及子囊菌门、担子菌门2门6纲13目41科88属210种,其中子囊菌有5科6属7种,担子菌有36科83属203种。占优势的科有6个,占总数的14.63%;占优势的属有9个,占总属的10.11%。按照利用价值可分为食用、药用、药食兼用菌、毒菌几类,食用菌75种,占总数的35.71%;药用菌22种,占总数的10.48%;药食兼用菌33种,占总数的15.71%;毒菌30种,占总数的14.29%;用途不明种50种,占总数的23.81%。该地区野生食、药用菌资源丰富,具有较大的开发和应用前景。 相似文献
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旨在阐明污染小麦的真菌的结构组成并分析污染小麦的真菌与麦粒中呕吐毒素(DON)浓度之间的关系。采用高效液相色谱法(HPLC)测定麦粒中的DON含量,选取DON浓度为高、中、低[DON含量分别为(2 982±1 534)、(972±251)、(42±1)μg/kg]的小麦样品各12份,抽提3组小麦微生物DNA进行真菌测序。结果表明,通过基因组DNA提取、高通量测序、生物信息学分析后,共得到820个运算分类单元(operational taxonomic unit,简称OTU)。基于不同分类水平的分析可知,其优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota),平均相对丰度分别为46.964 0%、0.722 1%;优势菌属为链格孢属(Alternaria)、附球菌属(Epicoccum),分别占16.987 9%、5.570 1%。3组小麦中的真菌物种数量有显著差异(P0.05)。由研究结果可知,小麦中存在一定的病原真菌污染,如链格孢属(Alternaria)、葡萄孢属(Botrytis),有必要对携带真菌毒素DON小麦中的真菌结构进行检测,并分析两者间的关系。 相似文献
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【目的】探索李园杂草管理对土壤真菌多样性的影响,为土壤健康管理提供参考。【方法】以贵州省安顺市紫云县自然生草、人工生草、除草剂除草李园及邻近天然槲栎次生林的土壤为研究对象,提取土壤真菌DNA,对其ITS基因进行扩增和高通量测序,分析真菌种类的构成、相对丰度、多样性、生态功能类别等。【结果】不同杂草管理李园和天然林土壤的可操作分类单元（OTU）在420～1039个,真菌种类共计14门、51纲、127目、260科、492属,天然槲栎次生林土壤的OTU数量不到李园土壤的一半。4个处理土壤均主要以担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota）为主;与天然林相比,李园土壤的担子菌门减少,子囊菌门增加,其中人工生草李园土壤的变化幅度较小、分别为36.79%和32.85%。天然林土壤的红菇属（Russula）占据绝对优势,相对丰度达54.44%。李园不同类型土壤的第一优势属为沙蜥属（Saitozyma）,相对丰度为14.54%～38.11%,其中人工生草李园优势较为明显。此外,人工生草李园土壤中梳霉门（Kickxellomycota）和球囊菌门（Glomeromycota）... 相似文献
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以东北林业大学哈尔滨城市林业示范基地8种人工纯林（胡桃楸、水曲柳、黄檗、白桦、兴安落叶松、樟子松、黑皮油松、红皮云杉）为研究对象,在对不同纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率等基本理化性质检测的基础上,进行了各样品的土壤真菌宏基因组间差异研究,结果显示：不同人工纯林的土壤酸碱度、相对含水量和电导率都存在着显著的差异,pH值的变化范围在4．597～7．393,相对含水量为4．11％～10．90％,土壤电导率为953．000～3443．333μs· cm－1,其中胡桃楸林的土壤pH值和电导率最高,兴安落叶松林相反。土壤真菌宏基因组检测发现9个样品土壤真菌宏基因组间存在明显的差异,9个样品中共检测到8个真菌门、24个纲、63个目、124个科、211个属、362个种。其中真菌门和真菌纲水平的变化最明显,主要涵盖了子囊菌门、担子菌门、壶菌门、接合菌门、球囊菌门。另外,在黑皮油松中检测到近年来新发现的子囊菌门古菌根菌纲真菌,在对照样品中检测到担子菌门柄锈菌亚门伞型束梗孢菌纲真菌,在胡桃楸和水曲柳样品中检测到球囊菌门真菌,而担子菌门黑粉菌亚门外担菌纲真菌仅在对照和红皮云杉样品中检测到。在真菌门分类水平上,胡桃楸、水曲柳、兴安落叶松、樟子松样品中以子囊菌门真菌为优势菌种;白桦、黑皮油松、红皮云杉样品以担子菌门真菌为优势菌种。在真菌纲分类水平上,主要以伞菌纲真菌为优势菌种。水曲柳土样样品中发现优势菌种为子囊菌门盘菌亚门下的粪壳菌纲真菌。 相似文献
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通过聚合酶链式反应-限制性片段长度多态(PCR-RFLP)技术构建了红壤真菌的内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)rDNAs文库,比较分析了红壤地区典型森林土和农田土真菌群落结构对铝胁迫的响应,构建了6个土壤样品的真菌ITS rDNAs文库。从这6个克隆文库中随机挑取克隆进行了PCR-RFLP指纹图谱分析,共获得77个独特的真菌操作分类单元(OperationalTaxanomicalUints,OTUs)。对77个OTUs的代表性克隆测序并利用Blast工具进行分析(相似性95%~100%)。研究结果表明森林土壤和农田土壤样品中真菌类群79.2%(61)属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota),20.8%(16)属于未分类的簇(Unclassifiedfungi),其中担子菌门真菌在两种土壤中具有明显优势。物种多样性指数(Simpson、Shannon和Chao1)分析表明,铝胁迫降低了土壤真菌种群的多样性,农田土壤中真菌的种群多样性明显高于森林土壤。而且随着铝胁迫浓度的增加,担子菌门真菌在两种土壤中丰度明显下降,子囊菌门真菌的丰度显著上升,在高铝处理浓度处理的土壤中演变为优势种群。 相似文献