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《西南农业学报》2021,(3)
【目的】对怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯抗TMV蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到抗TMV蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白基因cDNA总长度为4335 bp, G+C含量为38.22%;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白由1444个氨基酸组成,分子量165 229.13 Da,等电点5.78,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(43.77%)、β-片层(12.47%)、无规则卷曲(43.77%)构成;高山马铃薯抗TMV蛋白主要存在细胞核中;怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白在进化上与马铃薯、番茄和野生种潘那利番茄的亲缘关系较近,尤其是与Solanum tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X1(类TMV抗性蛋白N亚型X1)和S.tuberosum(马铃薯)TMV resistance protein N-like isoform X2(类TMV抗性蛋白N亚型X2)在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯抗TMV蛋白具有典型抗TMV蛋白的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该蛋白生物学功能具有重要意义。 相似文献
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《福建农业学报》2021,(2)
【目的】蔗糖合酶是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用。分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,以期揭示该酶生物学功能。【方法】通过怀玉山高山马铃薯(Solanum tuberosum L. cv. Huaiyushan,缩写S. tuberosum L. cv. Huaiyushan)试管苗转录组数据库筛选到蔗糖合酶基因的核心片段(PGSC0003DMG400002895,SuSy 4),利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因cDNA总长度为2 418 bp,G+C含量为45.08%;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶由805个氨基酸组成,分子量92 471.33 Da,等电点5.87,为亲水性蛋白;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的二级结构包括α-螺旋(45.84%)、β-片层(15.16%)、无规则卷曲(39.01%),C端和N端含β-片层和α-螺旋,而无规则卷曲、延伸链、β-片层和α-螺旋则散布于整个蛋白质中;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶的三级结构为四聚体;怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶主要存在细胞质、线粒体和叶绿体中;怀玉山高山马铃薯与番茄(Solanum lycopersicum)、潘那利番茄(Solanum pennellii)、智利番茄(Solanum chilense)、马铃薯(Solanum tuberosum)、辣椒(Capsicum annuum)、风铃辣椒(Capsicum baccatum)等6种植物在一个大分支下,这说明怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因在进化上与这6种植物的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯的进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯蔗糖合酶基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 相似文献
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《西南农业学报》2021,(6)
【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因cDNA总长度为423 bp, G+C含量为52.25%;怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白由140个氨基酸组成,分子量14 534.01Da,等电点7.07,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(21.43%)、β-片层(24.29%)、无规则卷曲(54.29%)构成;三级结构为单聚体,主要存在细胞核中。怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白在进化上与马铃薯(Solanum ltuberosum)和副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯(S.ltuberosum)TAS14-like在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因具有典型脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。 相似文献
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《浙江农业学报》2017,(10)
对怀玉山高山马铃薯茎尖再生苗6种病毒(马铃薯卷叶病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯X病毒、马铃薯S病毒、马铃薯M病毒和马铃薯A病毒)进行了DAS-ELISA检测与分析,并比较不同茎尖脱毒方法的效率,旨在确定怀玉山高山马铃薯的病毒种类,并筛选出怀玉山高山马铃薯脱毒苗。结果表明,怀玉山高山马铃薯感染的病毒包括马铃薯卷叶病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯X病毒、马铃薯S病毒、马铃薯M病毒和马铃薯A病毒6种。"单纯的茎尖培养"以及"茎尖培养→热处理→茎尖培养"只能脱除部分病毒,而"茎尖培养→热处理→茎尖培养→热处理→茎尖培养"可脱除全部6种病毒。本试验成功获得了脱毒效果较好的编号为5-1-2和6-4-1以及脱毒效果最好的编号为5-3-2和6-2-2的怀玉山高山马铃薯茎尖再生脱毒苗。本试验结果为怀玉山高山马铃薯脱毒苗的工业化生产及其主粮化背景下高山马铃薯的产业化发展提供了技术支撑和理论依据。 相似文献
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【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var. cormosus ‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性,为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造,探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序,并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155 296 bp,为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85 737、18 373、25 593 bp,总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%,共注释出133个基因,包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点,36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿... 相似文献
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核心种质如何创新和有效利用是目前植物遗传资源研究的主要内容,为此,以云南地方稻(Oryza
sativa L.)种资源核心种质519份和497个F1杂交组合为研究材料,研究了籼(Indica)、粳(Japonica)2个亚种间、5个稻作生态区和16个行政地区的遗传多样性和遗传分化分布趁势.研究结果表明,云南稻种资源遗传多样性大,稻区间遗传多样性差异不明显,地区间遗传多样性差异较明显,遗传多样性中心在滇西南(西双版纳、思茅、临沧、德宏),遗传多样性的形成与生态环境息息相关,粳稻表型遗传多样性大于籼稻.核心种质中籼稻与滇屯502的杂种一代总的遗传多样性和遗传分化均增加;粳稻与合系35的杂种一代总的遗传多样性降低,但亲本与F1的遗传多样性的差异不显著,遗传分化增加.应加强对遗传多样性中心的遗传资源进行深入研究,以便使这些宝贵资源在遗传改良中发挥其应有的作用. 相似文献
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[目的]研究椰子种质资源的遗传多样性,为椰子育种材料的选择及遗传改良提供理论依据.[方法]从100对SSR引物中筛选出多态性引物,并利用其分析26份椰子种质材料的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei's基因多样性指数(H)、Shannon多态性信息指数(I)、多态信息含量(PIC)、多态性百分率(P)及遗传距离,并基于遗传距离对其进行聚类分析,以明确该椰子种质资源的遗传多样性及亲缘关系.[结果]筛选出的31对多态性SSR引物可扩增105个等位基因,平均每对引物扩增3.4个,各引物P为30.77%~84.62%,平均为63.28%;PIC为0.1596~0.8015,平均为0.4958.26份椰子种质材料中,马哇、小黄椰和越南红椰子的I、H和P均最高,分别为0.5501、0.3711和38.71%,云南-海74的I、H和P最低,分别0.2095、0.1583和19.35%.云南34021与云南34007的遗传距离最小,为0.206,三亚红椰-3与云南34024的遗传距离最大,为1.513.聚类分析结果表明,当遗传距离为0.670时,26份椰子种质被分为两大类,其中马哇和越南高种归为一类,剩余24份椰子种质归为另一类;当遗传距离为0.550时,26份椰子种质被分为四大类,即红矮、越南马可波罗、马哇和越南高种分别自成一类,其余22份归为一类.[结论]26份椰子种质的遗传多态性丰富,物种间亲缘关系较远,可为椰子遗传育种提供亲本材料. 相似文献
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采用聚丙烯酰胺凝胶不连续垂直板电泳系统,对30份云南野生和逸生苜蓿材料多酚氧化酶（PPO）和超氧化物歧化酶（SOD）进行了检测。结果表明：供试材料PPO检测分离出10条酶带,SOD 为6条酶带,二者多态位点百分数均为100%。对酶谱进行谱形分析表明,除1,3,4号3份二倍体材料外,其他材料均具有多条相同的共有谱带,但也存在明显差异;采用类平均法(UPGMA)进行聚类分析,表明30份供试材料亲缘关系的远近与地理分布呈一定的相关性。试验结果可以作为研究云南苜蓿资源遗传关系的基础。 相似文献
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基于SSR标记的粒用高粱资源遗传多样性及群体结构 总被引：3，自引：0，他引：3
为粒用高粱资源的科学利用和新品种选育提供参考,利用SSR分子标记对156份全国籽粒高粱进行全基因组基因分型。结果表明:33个SSR分子标记的扫描共获得186条多态性DNA条带。多态指数(PIC,polymorphism information content)值为0.01~0.73,平均值为0.45。材料间遗传相似系数GS(Genetic Similarity)变异范围为0.15~0.9,平均值为0.53。NJ(Neighbor Joining)聚类分析和主坐标分析(PCOA,Principal-Coordinates Analysis)将156份高粱资源划分为3个类群:类群I为来源于贵州、四川和云南的56份南方高粱;类群Ⅱ包含的48份全部是北方高粱,来源于辽宁、内蒙古、山西、北京和河北等地;类群Ⅲ包含52个南方和北方的高粱,来源于黑龙江、吉林、陕西、山东、湖北和云南等地。 相似文献
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马铃薯种质资源表型性状的遗传多样性分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为了解引进马铃薯种质资源的遗传多样性,为山西马铃薯新品种选育的亲本选配提供参考。田间采集种质资源的11个质量性状和10个数量性状,进行Shannon-Wiener指数、相关性、主成分与聚类分析。质量性状的多样性指数为0.42~1.52,其中薯形、皮色、肉色、株型的多样性指数较高;数量性状中,产量、株高、生育期、单株块茎数的遗传多样性指数较高,均≥2.0。相关分析结果显示,产量与出苗率、商品薯率、单株块茎数、株高、生育期和单薯质量呈极显著正相关。主成分分析确定了单薯质量、生育期、比重、株高4个主成分因子,累计贡献率达83.997%。聚类分析将种质资源分为中早熟低产型、中早熟高产型、中晚熟高产型、中晚熟低产型4大种质群。引进资源具有丰富的遗传多样性,第Ⅱ类种质群可作为早熟高产育种的优异资源,第Ⅲ类种质群可作为多目标性状育种的亲本材料加以利用。 相似文献
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为进一步评价“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物和26对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9~36条DNA条带和2~23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2~0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。 相似文献
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[目的]从形态标记水平了解广西地方甘薯种质资源的遗传关系,消除同名异物和同物异名的现象,为甘薯种质资源的有效开发和利用提供理论依据.[方法]依据“甘薯种质资源描述规范和数据标准”,选择33项性状指标作为形态鉴定参数,对收集的136个地方甘薯种质资源进行性状测量及鉴定,利用DPS软件对数据进行聚类分析.[结果]136份广西地方甘薯种质资源可被分为4类:第Ⅰ类包括7份材料,第Ⅱ类包括2份材料,第Ⅲ类包括60份材料,第Ⅳ类包括67份材料,其中包括24对同物异名和3对同名异物的材料.[结论]广西地方甘薯种质资源间存在较大的遗传差异;选择与甘薯特征特性密切相关的形态标记作为鉴定参数对甘薯种质资源进行初步的分类鉴定和筛选是可行的. 相似文献
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梨种质资源对黑斑病的抗性评价 总被引：3，自引：0，他引：3
对梨属(Pyrus Linn)5个种368份资源通过抗梨黑斑病的田间自然鉴定和初选出的35份综合性状优良的抗性资源进行人工接种鉴定,结果表明:杜梨(P.betulaefolia Bge.)的抗性最强,西洋梨(P.communis L.)的抗性最弱;不同品种对黑斑病的抗性差异很大。砂梨按照地方品种群划分,其抗性由强到弱的排序为广东梨、福建梨、湖南梨、广西梨、浙江梨、贵州梨、四川梨、云南梨、湖北梨、日本梨、江西梨。筛选出8份抗性资源,1份高抗资源。 相似文献
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为了解浙江省马铃薯地方种质资源特征特性,鉴定并筛选出优异种质,2019—2020年对浙江省第三次全国农作物种质资源普查与收集行动中征集的95份马铃薯种质资源的13个质量性状和6个数量性状进行了调查和分析。结果表明,浙江省马铃薯地方种质资源的表型遗传多样性比较丰富。质量性状的Shannon-Wiener多样性指数为0.380~1.686,其中,病毒病的多样性指数最高,说明收集的种质资源存在不同程度的病毒性退化;食味的多样性指数最低,食味优的种质有88份,占资源数的92.63%。10个形态性状的多样性指数平均值为1.079,其中薯形、肉色和花冠色3个性状的遗传多样性最为丰富。6个数量性状的多样性指数均高,平均值为2.84,块茎产量、主茎数尤为突出。块茎干物质含量在18.1%~25.8%,其中干物质含量 ≥ 20%的种质有73份,占资源数的76.84%。95份种质资源按照块茎形态特征可归类为小马铃薯种质62份、中大马铃薯种质21份和彩色马铃薯12份。小马铃薯种质黄皮黄肉,干物质含量较高,蒸煮食味优。根据种质的表型特异性,筛选出优异种质9份,可用于生产开发和育种利用。 相似文献