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1.
‘京红久’忍冬(Lonicera×heckrottii’Gold Flame’)是一种极具观赏价值的优良藤本,被誉为“最帅的攀援植物”。本研究利用前期测定的‘京红久’忍冬叶绿体基因组序列结果,应用生物信息学软件对其微卫星的分布特征进行了全面分析。结果发现：‘京红久’忍冬叶绿体基因组共有168个微卫星位点,相对丰度和相对密度分别为1 080.82 loci/Mb和10 280.69 loci/Mb,主要分布于大单拷贝区(large single copy regions, LSC)。在微卫星的碱基组成中,以单碱基微卫星为主(占总数的63.10%),其次是三碱基微卫星(占总数的29.17%),二碱基微卫星的数量最少(占总数的2.98%),未检测到五碱基重复序列和六碱基重复序列。同时,以A/T重复为主,占单碱基微卫星的61.90%。在微卫星重复次数中,单碱基微卫星位点序列的重复次数集中在8～17之间,三碱基微卫星的重复次数分布在4～5之间。相关性分析结果表明,微卫星重复序列的数量与长度、相对丰度和相对密度呈极显著正相关。不同物种的叶绿体基因组微卫星重复类型相差较大。本研究结果为‘京红久’忍冬... 相似文献
2.
为了明确重要植物病原真菌黑白轮枝菌基因组中的徽卫星(SSR)分布情况,利用软件SciRoKo从已测序的VaMsl02菌株基因组(32.8 Mb)中,成功搜索得到4224个SSR.结果显示,三碱基重复徽卫星的数量最多,为1481个,占SSR总数的35.1％;其次是二碱基、六碱基、四碱基和五碱基;单碱基重复的微卫星数量最少,为308个,仅占总数的7.3％.不同重复单元的徽卫星在黑白轮枝菌基因组中的分布是非随机的,具有明显的偏好性.单碱基、二碱基、四碱基和五碱基偏爱出现于非编码区,尤其是基因间区.三碱基和六碱基重复微卫星较为集中分布在外显子区,并且重复次数变化丰富,推断黑白轮枝菌编码区的SSR可能会通过调节自身的重复次数来适应新环境. 相似文献
3.
本研究旨在了解美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星分布规律。采用生物信息学方法对国际濒危物种美丽硬仆骨舌鱼全基因组范围内的微卫星数量及分布规律进行了分析。结果显示,1~6个微卫星重复类型的微卫星序列354239个,总长度为6139487 bp。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT。25条染色体中,6号染色体所含微卫星数目最多（28662个）,22号染色体所含微卫星数目最少（6929个）,微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈线性相关(r=0.999)。22号染色体微卫星出现频率最高（576.35个/Mb）,3号染色体微卫星出现的频率最低（469.65个/Mb）,结果显示,微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度并不相关。为进一步通过微卫星分子标记开展美丽硬仆骨舌鱼亲缘关系鉴定、遗传多样性分析、微卫星标记在硬仆骨舌鱼科的通用性分析奠定了基础。 相似文献
4.
暴马丁香具有很高的观赏价值和药用价值。为研究暴马丁香叶绿体微卫星特征,本研究在暴马丁香叶绿体全基因组序列(156 141 bp)的基础上,采用MISA v1.0软件,分析其叶绿体全基因组序列,共识别出231个微卫星位点(平均每676 bp出现一个)。其中,叶绿体微卫星主要集中于大单拷贝区(94.52%),主要由A、T构成。重复序列中主要以单碱基重复序列为主,占重复序列总数的66.97%。微卫星长度集中在8～19 bp,占96.79%,有7个叶绿体微卫星长度大于20 bp,说明暴马丁香叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有多态性的潜能。实验结果为暴马丁香的物种鉴定和系统发育研究提供理论基础。 相似文献
5.
提取TMGMV完整基因组的统计特征,并且对它进行聚类分析.在TMGMV完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后二个碱基所构成的三碱基组,排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,我们得到6个三碱基组,它们的概率有明显地差异。结论:6个三碱基组（AAG;AGA;TGA;GAC;GAG;GTT）的出现概率与TMGMV基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的TMGMV完整基因组,按其遗传变异结果,形成2个大类。 相似文献
6.
微卫星(simple sequence repeats, SSRs)广泛分布于生物基因组的编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本研究利用生物信息学方法搜索和统计了狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中SSRs总数量分别为21800个和27431个,占其转录组长度的比例分别为0.118%和0.152%。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs平均丰度(185.25 vs191.22个/Mb)和密度(3 437.47 vs 3 523.07 bp/Mb)基本一致。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs丰富度具有明显的分布模式。在狗牙根匍匐茎和根状茎转录组SSRs序列中,单碱基SSRs重复拷贝数变异最大,其次是二碱基SSRs重复拷贝数,从三碱基SSRs开始,重复拷贝数明显下降。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中单碱基至六碱基各重复类型优势SSRs序列基本一致。 相似文献
7.
茶树花转录组微卫星分布特征 总被引：9，自引：0，他引：9
中国农业科学院茶叶研究所 《作物学报》2014,40(1):80-85
利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含SSR的序列10 290条,共12 582个SSR,平均2.41 kb出现一个SSR。在茶树花的转录组中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99%)。在49 586条注释成功的茶树花Unigene中,共发现10 490个SSR位点,其中位于编码区的1917个,其出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而非编码区为3.072 SSR/1000 bp。在基因编码区中出现频率最高的是三碱基微卫星(1140,59.5%),其次是六碱基微卫星(524,27.3%)。茶树花转录组所含微卫星以重复长度小于20 bp的序列最多,大于20 bp的仅为25.2%。茶树花转录组中,含微卫星基因的平均表达水平显著低于不含微卫星基因,其中含复杂微卫星基因的平均基因表达水平最低。 相似文献
8.
比较分析了同一四倍体小麦Langdon与5个不同粗山羊草在合成六倍体小麦前后A、B、D染色体组不同染色体上的微卫星变异, 旨在通过分析异源多倍化引起的微卫星位点和序列变异以期探讨异源多倍体的进化机制。在所检测的位于A、B染色体组上各125个特异微卫星(G-SSR)标记中,分别有5个(4.0%)和6个(4.8%)位点发生变异;而在76个A/B染色体组上的表达序列标签微卫星(EST-SSR)标记中,只有2个(2.6%)发生了变异,比A、B染色体组G-SSR变异频率小,说明功能基因区的变异小于重复序列非编码区。在D染色体组上的103个G-SSR标记中,3个位点(2.9%)发生了序列变化。对表现差异的微卫星位点序列分析发现,人工合成小麦中多倍化引起的微卫星序列变异主要表现为简单序列重复单元次数的增加或减少;发生消除的微卫星序列比普通的微卫星序列更易发生不同类型的序列改变。微卫星序列在异源多倍化过程中对新物种基因组的形成可能起到重要的调节作用。 相似文献
9.
《分子植物育种》2017,(9)
为进一步研究桉树微卫星跨种的相似性及长度多态性,从基因组DNA遗传变异的角度探讨各个桉树种间的遗传多态性程度,本研究选用2个扩增结果稳定,微卫星完整的SSR位点进行PCR产物直接测序,从DNA序列的层次上对39种桉树进行遗传多样性分析和微卫星多态性分析。从SSR位点的层次上进行遗传多样性分析发现,2个SSR位点Nei's遗传多样性指数Hs平均为0.576,期望杂合度He平均为0.736,多态信息含量PIC平均为0.694,位点e SSR-GR124遗传多样性较高,位点g SSR-CA013序列相对更为保守。基于微卫星序列和侧翼保守序列的比对分析,微卫星重复次数的变化可能与属内各亚属间的分类相关性较大,微卫星序列的碱基替换可能与属间分类的相关性更大。由2个位点的综合序列进行相似性比较和系统发育树分析发现,位点e SSR-GR124和位点g SSR-CA013能够作为伞房属和桉属属间分类鉴定的依据。 相似文献
10.
《分子植物育种》2015,(1)
在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56 218条编码区序列中,检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列,其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多,分别为2 358和1 075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸GAA重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类,其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。 相似文献
11.
应用纳米磁珠实时荧光PCR检测非洲木薯花叶病毒 总被引：1，自引：1，他引：0
建立非洲木薯花叶病毒(African cassava mosaic virus, ACMV)灵敏快速的纳米磁珠实时荧光PCR检测技术,防止其传入中国。采用TaqMan探针结合纳米磁珠(magnetic nanoparticles, MNPs)技术,以外壳蛋白基因为目标基因,通过特异性及灵敏度试验建立MNP荧光PCR检测方法。成功建立了非洲木薯花叶病毒(ACMV)的MNP荧光PCR检测方法;该方法检测阈值约为13 pg DNA,比普通PCR及ELISA方法灵敏度高25倍;该方法具有良好的特异性,能够有效区分双生病毒属的ACMV、棉花曲叶病毒(CLCuV)、番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)及番茄严重曲叶病毒(ToSLCV)。MNP荧光PCR方法能够快速灵敏的检测茎叶样品中的ACMV,无需任何PCR后处理,交叉污染风险小,适于口岸检验检疫。 相似文献
12.
Sponge gourd is a popular vegetable grown throughout India. Tomato leaf curl New Delhi virus, the causal virus of tomato leaf curl disease, has recently been reported to be associated with sponge gourd, causing up
to 100% crop loss under epidemic conditions. We have collected 30 genotypically diverse genotypes of sponge gourd from different
parts of India, screened these for resistance under natural epiphytotic conditions, and then confirmed the results through
challenge inoculation with a purified strain of the virus under insect-proof greenhouse conditions. The minimum vulnerability
index was recorded in genotype DSG-6 (3.33), followed by DSG 7 (6.0) under the challenge (whitefly-populated) inoculation
conditions. Two susceptible genotypes (‘Pusa Sneha’ and NSG-1-11), both possessing desirable fruit characters, were crossed
with the two most promising resistant lines (DSG-6 and DSG-7) and the disease reaction of segregating and backcross generations
studied through challenge inoculation with a purified strain of virus under insect-proof greenhouse conditions. A chi-square
(χ2) test of frequency distribution based on the vulnerability index of the F2 progenies of the two resistant × susceptible crosses revealed monogenic dominant Mendelian ratio 3(R):1(S) to be the best
fit in all crosses. This monogenic dominant model was further confirmed by the 1(R):1(S) ratio found to be best fit for the
test cross with the susceptible parent. These results reveal that resistance to Tomato leaf curl New Delhi virus associated with yellow mosaic disease of sponge gourd is controlled by a single dominant gene in the genetic background of
the resistant parents (DSG-6 and DSG-7) and that these two lines can be effectively utilized for the development of high-yielding
and yellow mosaic disease-resistant varieties/hybrids of sponge gourd. This is the first conclusive identification of a resistant
source and the inheritance of resistance against Tomato leaf curl New Delhi virus in sponge gourd. 相似文献
13.
番茄黄化曲叶病毒研究进展 总被引：4，自引：0，他引：4
番茄黄化曲叶病毒（Tomato Yellow Leaf Curl Virus, TYLCV）是世界范围内流行的一种毁灭性的病毒病,已成为世界番茄生产的限制性因素。近年来TYLCV在中国呈现逐年加重,自南向北迅速蔓延的趋势,已对中国番茄种植业造成极其严重的损失。本文对TYLCV的特点、诊断方法及其防治措施进行了综述。 相似文献
14.
应用纳米磁珠荧光PCR检测棉花曲叶病毒 总被引：1，自引：1，他引：0
为了提供快速灵敏检测棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl virus, CLCuV)的技术以防止其传播扩散,本研究根据CLCuV外壳蛋白基因（Coat protein, CP）保守序列设计了引物和TaqMan探针,并结合纳米磁珠(Magnetic nanoparticles, MNPs)建立了该病毒的MNP实时荧光PCR (Real-time PCR)检测方法。该方法检测阈值约为525 fg·μL-1 DNA。通过对CLCuV、非洲木薯花叶病毒、烟草线条病毒、黄瓜花叶病毒及番茄斑萎病毒的检测表明,该方法具有良好的特异性;同时该方法无需任何PCR后处理,交叉污染风险小。本方法可用于CLCuV的快速检测。 相似文献
15.
基于数字图像的番茄黄化曲叶病毒病色彩分析研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为实现番茄黄化曲叶病毒病的快速无损监测,利用计算机图像处理技术对番茄叶片图像进行研究。在3种颜色系统中比较9种颜色参数,发现其中5种色彩参数存在显著差异,通过进一步的分布统计研究,发现了各参数的最优区分区间。其中G、Y、Cb 3个值对感病叶片的区分率均达到70%以上,最优区分点分别在135、121和110,可以作为TYLCVD的特征参数应用于识别模型为后续研究识别模型提供重要的参数依据。试验结果表明,基于色彩分析法对番茄黄化曲叶病毒病进行识别是可行的。 相似文献
16.
棉花曲叶病是棉花上一种毁灭性的病害,其主要病原木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl Multan virus,CLCu Mu V)已入侵我国广东、广西、海南、福建、云南和江苏等地,明确其可能的适生区域对该病毒病的科学监测和综合防控意义重大。本研究以棉花曲叶病的分布数据为基础,综合考虑其传播介体烟粉虱、中间寄主朱槿、寄主棉花的分布区域,利用Maxent模型对棉花曲叶病在中国的潜在适生区进行预测。结果表明,长江流域棉区、黄河流域棉区的大部分区域都属于棉花曲叶病的适生区,而西北内陆棉区的适生程度较低,大部分为低度适生区;其中,高度适生区主要集中在长江流域棉区的湖南、江西、浙江、安徽、江苏、湖北,此区域也适宜朱槿的种植。因此,华南地区已流行危害的木尔坦棉花曲叶病毒向北入侵到我国棉花主产区的风险极高,其中长江流域棉区将是该病害发生及防控的重点区域。 相似文献
17.
【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。 相似文献
18.
本研究采用多重PCR方法对与抗番茄黄化曲叶病毒病（tomato yellow leafcurl virus,TYLCV）的Ty-2和Ty-3基因紧密连锁的共显性SCAR标记进行扩增筛选,不同基因型（Ty-2/Ty-2,Ty-2/ty-2,ty-2/ty-2,ty-3/ty-3）的材料扩增出不同长度的特异片段,建立了一种快速检测抗TYLCV基因的技术。利用该技术对22份番茄材料进行检测,同时利用普通PCR对上述材料进行检测,两者结果完全吻合。最后用田间自然发病的方法在大田对这些材料抗性进行验证,符合率达86.4%。 相似文献
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Evaluation of tomato entries with different combinations of resistance genes to tomato yellow leaf curl disease in Tunisia 
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下载免费PDF全文 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is one of the most widespread begomoviruses transmitted by the whitefly Bemisia tabaci that cause tomato yellow leaf curl virus diseases (TYLCDs). TYLCD losses can be especially severe in open‐field tomato (Solanum lycopersicum L.) crops. TYLCV is particularly well known and widespread in the Mediterranean (Med) countries where TYLCD control is mostly based on insecticidal control of B. tabaci populations. Unfortunately, Tunisian B. tabaci populations include Middle East‐Asia Minor I and the Med species that have developed resistance to many classes of insecticides. Therefore, TYLCD‐resistant cultivars are essential for sustainable disease management. Six TYLCD resistance genes (Ty) have been introgressed from wild species into cultivated tomato and are available for breeding. Information on the Ty genes or gene combinations is useful for breeding resistant cultivars. To this end, 14 tomato lines carrying different Ty gene combinations and two susceptible tomato entries were evaluated for TYLCD incidence and severity in two field trials during late season in Tunisia. Entries with Ty‐1/Ty‐3 + Ty‐2 offered the highest levels of resistance in Tunisia. 相似文献
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甘薯曲叶病毒的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
甘薯曲叶病是限制世界甘薯生产的主要病毒病害之一,已在美国、西班牙、巴西、中国、日本、韩国和南非等国甘薯产区广泛发生。甘薯曲叶病毒(sweet potato leaf curl virus,SPLCV)是引起该病害的主要病原之一,属双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)的单组分病毒,其基因组仅含有DNA-A组分,由昆虫介体烟粉虱持久性传播,也可通过嫁接传播。在中国,自2006年首次在辽宁大连的甘薯上分离鉴定到SPLCV以来,目前已在福建、浙江、江苏和云南等多个地区发现SPLCV引起的病害,受侵染寄主植物包括甘薯、裂叶牵牛和圆叶牵牛。基于国内外的文献报道,对SPLCV的发生、分布、分子特征和流行病学等方面进行了较全面的综述,同时指出存在问题并加以讨论。鉴于SPLCV对全球甘薯生产的威胁日益加剧,本研究可为监控甘薯曲叶病害提供理论依据。 相似文献