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用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记 总被引：5，自引：0，他引：5
应用Dynal磁珠-生物素标记的微卫星探针(CT)15与亚麻基因组DNA酶切片段杂交,捕获300~1 500 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的小片段插入文库。利用接头引物和根据微卫星核心序列设计的引物VRV(CT)15使用PCR方法直接对文库筛选,从422个转化子中获得了104个阳性克隆,对其进行测序分析,获得了97个微卫星序列,微卫星序列的富集效率达到22.99%,PCR扩增筛选效率93.27%。对97个微卫星序列进行比对分析,其中51个重复序列的两端序列高度相似,据其设计的特异引物对阳性克隆进行2次筛选,能淘汰相似度高的同类序列,提高筛选亚麻微卫星标记的效率。 相似文献
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利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星 总被引：1，自引：0，他引：1
为揭示波纹巴非蛤种质遗传特性、开发种质库,利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了其基因组微卫星标记的分离与筛选研究。基因组DNA经限制性内切酶Mse I 酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15或(AAG)7探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15或(AAG)7和载体引物进行PCR筛选,测序得到含有微卫星DNA的序列,根据序列设计和合成微卫星引物,进行引物适用性分析,并分析了湛江群体的遗传结构。结果表明,8对微卫星引物在湛江群体共检测到108个等位基因,每个位点等位基因数为5~19,期望杂合度为0.666~0.926,观测杂合度为0.400~0.882,4个位点(Pun4,Pun5,Pun6,Pun7)显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.00625);PIC介于0.62~0.92,所有位点均属于高度多态位点(PIC>0.5)。说明FIASCO技术适合于波纹巴非蛤微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的8个微卫星位点能用于波纹巴非蛤遗传多样性分析及野生群体与养殖群体的群体结构分析。 相似文献
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植物SSR引物开发策略简述 总被引：7，自引：0，他引：7
SSR是一种优秀的分子遗传标记,已经广泛应用到遗传多样性检测、遗传种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与标记辅助育种等多个领域.但SSR标记应用的前提是根据物种已知DNA序列设计特异引物,才能进行PCR扩增.对于大多数物种而言,目前获得的基因组DNA及表达的cDNA序列还非常有限或者根本没有.由此人们不断的设计出各种方法以开发出尽可能多的SSR引物,本文简要地介绍了基于序列数据设计和发展SSR引物的方法,这对于全基因组序列已经测序的或者已经拥有丰富DNA数据的物种是非常快捷的策略.对于那些遗传背景复杂或知之甚少或基因组数据有限的物种,本文也系统的介绍了传统的文库法、富集法等开发SSR引物的策略.进一步的本文结合本实验室的研究经验,对FIASCO磁珠富集法和ISS-抑制PCR法进行了比较. 相似文献
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采用Dynal磁珠富集法构建了香椿微卫星富集文库,通过测序结果对文库的特性进行了分析。实验使用改良CTAB法提取香椿基因组DNA,用(AC)8、(AG)8和(ATG)123种带有生物素标记的探针与香椿基因组DNA的酶切片段进行杂交,将磁珠捕获的含有微卫星序列的DNA片段插入p MD 18-T载体,并转入感受态细胞Trans 5α构建克隆,经筛选后得到含356个克隆的香椿基因组微卫星富集文库。从富集文库中挑选插入片段长度为400~800 bp的128个克隆进行测序,其中含有SSR的序列77条,得率达60.16%,其中完美型占82.69%,非完美型8.65%,混合型8.65%。上述结果为SSR位点的进一步开发奠定了基础。 相似文献
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通过磁珠富集法筛选扁吻鱼的微卫星分子标记。利用限制性内切酶Sau3AI对扁吻鱼的基因组DNA进行酶切,并选取片段大小在250～750 bp间的片段,利用PCR技术进行全基因组扩增,采用生物素标记的(CA)8探针对微卫星片段进行富集。富集后的片段与T载体连接后利用DH5α大肠杆菌进行转化,然后以Sau3AI为引物对菌落进行PCR扩增,扩增后选片段大小符合条件的菌落挑取至测序板,进行测序。结果表明:PCR筛选共获得563个阳性克隆,其中测序192个阳性克隆后发现有53个微卫星序列;序列分析表明,完美型占67.92%,非完美型为22.64%;混合性标记占9.43%。根据测序结果设计微卫星引物24对,经PCR扩增筛选,琼脂糖凝胶电泳结果显示,其中22对引物可扩增出清晰的条带,其中具有多态性的13对。利用13对多态性引物对扁吻鱼野生群体进行扩增,PCR扩增结果显示,等位基因数为3～6,多态信息含量(PIC)为0.625 3,12个位点处于高度多态水平(PIC>0.5)。 相似文献
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ISSR分子标记及其在植物研究中的应用 总被引：2，自引：0，他引：2
ISSR(inter simple sequence repeat)分子标记是一种以微卫星序列为引物,进行多位点PCR扩增的技术.ISSR技术简易、快捷,同时兼备AFLP(扩增酶切片段多态性)、SSR(简单序列重复)和RAPD(DNA随机扩增多态性)等分子标记方法的优点.引物设计无需预知基因组序列,只要是目标区域的长度在可扩增范围内,就能扩增出微卫星重复序列间的DNA片段.ISSR标记以其高多态性,已被广泛应用于种质收集、品种鉴定、遗传多样性、系截系、遗传作图、基因定位、标记辅助选择、预测基因组SSR基序的丰度以及SSR引物开发等研究.本文对ISSR技术及其在植物研究中的应用进行全面的概述. 相似文献
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甜叶菊微卫星富集文库的构建与多态性标记的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
甜叶菊是我国一种重要特种经济作物, 其分子标记相关遗传背景研究甚少。本研究基于生物素与链霉亲和素的强亲和性原理, 用链霉亲和素顺磁颗粒捕捉人工合成的标记有生物素的寡核苷酸探针(AG)15, 间接筛选出含有甜叶菊基因组微卫星序列的DNA酶切片段, 将筛选得到的片段连接到pUC-T载体中, 构建甜叶菊微卫星序列的富集文库。挑取354个克隆进行菌落PCR检验, 从中筛选出158个阳性克隆进行测序。结果表明, 134个(84.81%)克隆中含有微卫星序列, 其中完美型85个(63.43%)、非完美型15个(11.19%)、复合型34个(25.38%)。根据微卫星序列共设计出71对微卫星引物, 其中62对能扩增出稳定的条带。利用24个甜叶菊品系对这62对引物的遗传多样性的分析表明, 有16个位点表现出多态性, 等位基因数为2~8个, 平均每个位点扩增得到4.5个等位基因, 多态性信息含量在0.3163~0.7595之间, 观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)的范围分别为0.2174~0.9167与0.3555~0.8076。通过聚类分析, 将甜叶菊分为大小叶两大类。本研究开发出的微卫星标记可为甜叶菊的分子遗传育种提供有效的遗传标记。 相似文献
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首先提取苦瓜的基因组DNA,然后根据Genbank中已公开发表的MAP30序列,设计一对特异引物MAP301,MAP302,并增添特异定位于内质网的小肽Kozak序列。采用PCR技术,从苦瓜的基因组DNA中扩增出一分子量为800bp左右的片段,回收克隆测序,结果表明,克隆获得片段与已公开发表的MAP30序列同源性达100%,将阳性克隆进行酶切,获得的目标片段与用同样酶切所获得的植物表达载体pEV1和pEV2大片段连接,酶切鉴定重组子构建成特异表达于果实的载体。 相似文献
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利用新开发的SSR标记分析花生栽培种的多态性 总被引：1，自引：1，他引：0
采用12份花生栽培种材料,对通过建库、筛库、杂交富集的策略开发设计出来123对SSR引物进行评估,并基于品种间简单匹配系数进行聚类分析。研究表明有44对SSR引物能产生多态性片段,总共获得176条带,其中107条（60.8%）为多态性带。平均每对引物产生4条带,2.43条为多态性带,多态性条带的比率为11.1%~100%,PIC值为0.245~0.886,平均为0.677;根据聚类结果显示,在简单匹配系数值为0.85处,根据SSR带型12个花生品种可分成3个品种群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）。研究结果表明,新开发的44对SSR引物在分析花生栽培种DNA多态性方面非常有用。 相似文献
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评价广东省肇庆地区地方柑橘品种与其它部分柑橘属和近缘属植物的亲缘关系,为其分类和育种提供理论依据。从34对柑橘SSR引物中筛选到13对多态性较好的SSR引物,对8份肇庆地方柑橘品种和22份柑橘属、枳属、酒饼簕属植物材料进行PCR扩增,并采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,用遗传相似性和聚类分析等方法分析检测结果。13对引物共扩增出83条谱带,多态检出率为100%,通过聚类分析能够有效的区分柑橘属、枳属和酒饼簕属,以及柑橘属内的种、品种甚至品系。结果表明SSR分子标记技术能够用于肇庆柑橘种质资源分类地位研究,并且供试的肇庆地方柑橘品种亲缘关系较近。 相似文献
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白蜡属SSR-PCR反应体系优化及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究建立了适合白蜡SSR-PCR反应的最佳体系,并利用该体系从50对白蜡引物中筛选出了3对条带清晰、多态性好的引物,用于白蜡SSR标记的进一步研究。该研究采用L16(45正交设计和单因素试验对影响白蜡SSR-PCR的Taq聚合酶用量、Mg2+浓度、DNA模板浓度、dNTP浓度和引物浓度等5个因素在4水平上进行筛选。优化后的白蜡SSR反应体系为：Mg2+ (25 mmol/L) 0.8μL、引物(10μmol/L) 0.2μL、DNTP (10 mmol/L) 0.3μL、Taq酶(5 U/μL) 0.05μL、DNA模板(5~10 ng/μL) 2.00μL、10×PCR缓冲液1.0μL,ddH2O 5.45μL,总体积10.0μL。该结果为今后利用SSR-PCR标记技术研究分析白蜡奠定了基础。 相似文献
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Characterization of dinucleotide and trinucleotide EST-derived microsatellites in the wheat genome 总被引：6，自引：0，他引：6
Over the past decade microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) have attracted a considerable amount of attention from
researchers. The aim of the present paper was to analyse expressed sequence tag-derived SSR (EST-SSR) marker variability in
wheat and to investigate the relationships between the number and type of repeat units and the level of microsatellite polymorphism.
Two hundred and forty-one new EST-SSR markers available in a public database () were characterized in eight durum wheat cultivars (Svevo, Ciccio, Primadur, Duilio, Meridiano, Claudio, Latino, Messapia),
two accessions of Triticum turgidum var. dicoccoides (MG4343, MG29896), one accession of T. turgidum var. dicoccum (MG5323) and in the common wheat cv. Chinese Spring. Of these, 201 primer pairs (83.4%) amplified PCR products successfully,
while the remaining 40 (16.6%) failed to amplify any product. Of the EST-SSRs analysed, 45.2% of the primer pairs amplified
one or two PCR products. Multiple discrete PCR products were observed among both di- and trinucleotide EST-SSR markers (31.2
and 40.5%, respectively). Markers based on dinucleotide microsatellites were more polymorphic than those based on trinucleotide
SSRs in the 12 wheat genotypes tested (68.9 and 52.7%, respectively). An average of 2.5 alleles for dinucleotide and 2.0 alleles
for trinucleotide SSRs was observed. The data reported in the present work indicate the presence of a significant relationship
between motif sequence types and polymorphism. The primer set based on the AG repeat motif showed the lowest percentage of
polymorphism (55.0%), while the primer set based on the AC repeat motif showed t he highest percentage (85.0%). Among trinucleotide
SSRs, the AGG microsatellite markers showed the highest percentage of polymorphism (70.0%), and the ACG motif the lowest value
(25.0%). The characterization of these new EST-SSR markers and the results of our studyon the effect of repeat number and
type of motifs could have important applications in the genetic analysis of agronomically important traits, quantitative trait
locus discovery and marker-assisted selection. 相似文献
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SSR分子标记在棉花遗传育种中的应用及进展 总被引：5，自引：1，他引：4
SSR（Simple Sequence Repeat）是在PCR（Polymerase Chain Reaction）基础上发展起来的一种新的分子标记技术,具有高度多态、共显性、保守性、且仅需少量的DNA、操作简便、重复性好、稳定可靠等优点,在动物、植物、微生物等研究领域中得到了广泛应用。简述了SSR分子标记技术在棉花上的DNA提取方法、引物开发、PCR反应体系、扩增后检测方法优化上的进展及其在棉花遗传育种中的遗传图谱的构建、遗传多样性的鉴定、功能基因和QTLs的定位、标记辅助育种和品种、杂种、突变体、亲缘关系的鉴定及种子纯度的检测方面的应用情况,从而为相关工作者在这方面的研究提供参考。 相似文献
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为了建立遗传群体构建的分子标记检测体系,利用SSR分子标记技术构建了从DNA提取、引物多态性筛选、亲本和子代植株的PCR扩增、扩增产物的电泳检测等4 步检测体系,实验中仅用1 对位于大麦7H染色体上的引物HvWaxy4 就对7 个F1子代植株进行了鉴定,通过鉴定判断出其中3 个植株为F1子代,4 个单株为自花授粉产生的子代。表明SSR标记技术在验证遗传群体构建过程中F1杂交植株真伪的可行性,该方法适用于自花授粉作物的遗传群体构建过程中F1植株的真伪检测。 相似文献
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36个马铃薯品种的SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为明确36个马铃薯品种在DNA分子水平上的遗传差异,利用SSR分子标记技术对其多态性进行了分析。试验从90对SSR引物中筛选出适宜于36个马铃薯品种基因组DNA扩增的引物10对,PCR扩增获得301个SSR条带,多态性条带百分率为71.1%。引物STACCA3和SSR111扩增的SSR指纹图谱差异明显,可作为36个马铃薯品种间鉴别的分子依据。36个马铃薯品种间的遗传距离(GD)变幅为0.33～0.85,平均为0.54,其中,大于GD平均值的品种有20个,占供试品种的55.56%。以GD值0.57为基准,将36个马铃薯品种划分成7类,从DNA分子水平揭示出各供试品种间的亲缘关系。 相似文献
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桔小实蝇5个地理种群的SSR遗传多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
桔小实蝇Bactrocera(Bactrocera)dorsalis(Hendel)是一种为害多种水果、瓜类、茄类蔬菜的检疫性害虫,食性杂、寄主范围广,直接威胁水果和蔬菜的安全生产。运用改进的CTAB法提取单头实蝇的基因组DNA,形态鉴定及特异性引物BD1/BD2PCR鉴定桔小实蝇,用7对微卫星标记(SSR)引物对采自中国福建、海南、广东、云南和四川5省的桔小实蝇种群间的遗传关系进行初步分析,DPS聚类分析结果显示,福建桔小实蝇与其他几个地区的桔小实蝇的差异性较大,达到0.86,另外4省之间遗传距离较近。 相似文献