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1.
为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD分析蛋白保守结构域,Prot Param分析蛋白理化性质,TMHMM预测蛋白跨膜区,Signal P预测蛋白信号肽,Sub Loc预测蛋白亚细胞定位,SOPMA分析蛋白二级结构,DANMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA6进行系统进化分析,Prot Fun预测蛋白功能。结果表明:克隆到的Pt SFB16基因和Pt SFB17基因属于F-box基因家族,与其它多种植物的SLF/SFB基因的序列相似度为88%,推导的氨基酸序列均具有F-box蛋白典型结构;Pt SFB16基因ORF长1 146 bp,编码381个氨基酸,Pt SFB17基因ORF长1 131 bp,编码376个氨基酸;预测2个SFB蛋白均为略显亲水性、不稳定的细胞质蛋白,二级结构均以α-螺旋,延伸链和无规则卷曲为主,SFB/SLF蛋白在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,种间同源性可能大于种内同源性,SFB蛋白可能的功能主要有辅助因子生物合成、能量代谢和裂合酶。 相似文献
2.
中国白梨PbSFBB13-gamma基因的分子克隆与序列特征 总被引：1，自引：0，他引：1
以5个已知S基因型的中国白梨品种为试材,设计分别对应于梨SFBB-alpha,SFBB-beta和SFBB-gamma 基因的3对引物对这5个品种进行基因组PCR扩增.结果仅引物组合PSFBG-F/PSFBG-R从‘金花'(S_(13)S_(18)),‘金花四号'((S_(13)S_(18))和‘鹅梨'((S_(13)S_(34))中扩增出一约1 300 bp的条带,经回收、克隆、测序后,鉴定其为SFBB-gamma基因,命名为PbSFBB13-gamma(Pyrus bretschneideri SFBB13-gamma),GenBank登录号为EU081892.逆转录PCR结果表明PbSFBB13-gamma仅在花粉中特异表达;序列分析表明该基因不含内含子,编码区含1 191个核苷酸,编码396个氨基酸,预测分子质量与等电点分别为45.4 ku、4.63.PbSFBB13-gamma表现出典型的花粉SFB/SLF基因的基本结构特征,即1个F-box结构域及4个可变区;在推导氨基酸水平上,其与蔷薇科SFB/SLF基因的相似性为17.8%-97.7%.试验结果充分表明PbSFBB13-gamma应为花粉S基因的候选基因.选取蔷薇科34个SFB/SLF基因的全长氨基酸序列,构建进化树研究基因间的进化关系.结果表明,34个SFB/SLF基因形成2个亚科特异的类群,但不形成种特异的类群,其进化规律与蔷薇科S-RNase基因一致,即花粉SFB/SLF基因的形成也是在亚科形成之后、种形成之前.研究结果有助于从分子水平上揭示中国白梨的自交不亲和性机制. 相似文献
3.
7个杏李品种花粉SFB基因的克隆鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2010,(12)
以美国杏李品种为试验材料,利用Prunus的SFB基因特异性引物,对7个杏李品种进行PCR扩增,并进行克隆、测序。采用生物信息学分析方法分离鉴定了‘恐龙蛋’等7个杏李品种的花粉SFB基因。PCR结果显示,‘风味皇后’、‘味帝’、‘味王’、‘风味玫瑰’、‘味厚’、‘味馨’、‘恐龙蛋’等7个品种均扩增出一条460 bp左右的片段;对PCR产物回收克隆后测序,并通过BLAST比对和生物信息学分析表明,‘风味皇后’、‘味王’、‘风味玫瑰’、‘味厚’、‘味帝’、‘恐龙蛋’等6个品种中克隆到了一个SFBh基因;‘风味皇后’、‘味王’、‘风味玫瑰’、‘味厚’、‘味馨’等5个品种中克隆到了一个SFBe基因;‘味帝’和‘恐龙蛋’中分离克隆了SFBb基因;‘味馨’中分离克隆了一个SFB2基因;故7个杏李品种的花粉SFB基因型鉴定为:‘风味皇后’、‘味王’、‘风味玫瑰’和‘味厚’等4个品种的花粉SFB基因型相同,为SFBeSFBh;‘味帝’和‘恐龙蛋’的花粉SFB基因型相同,为SFBbSFBh;味馨’的花粉SFB基因型为SFBeSFB2。 相似文献
4.
杉木木材形成过程扩展蛋白基因的克隆与表达分析 总被引：2，自引：0，他引：2
扩展蛋白是一类细胞壁结合蛋白,在一定的pH值下无需任何激活蛋白就可诱导细胞壁的伸展。以杉木木材形成的特异表达基因文库中获得的扩展蛋白ESTs序列为基础,通过RLM-RACE技术成功克隆到3条全长扩展蛋白基因。其中ClEXPA1 cDNA全长1033 bp,包括247个氨基酸的开放阅读框(ORF)区;ClEXPA2cDNA全长1374bp,包括268个氨基酸的开放阅读框;ClEXLA1cDNA全长1023bp,包括272个氨基酸的开放阅读框。进化树重建结果表明:ClEXPA1和ClEXPA2属于α-expansin(EXPA);ClEXLA1属于γ-expansin(EXLA)。实时定量PCR显示:ClEXPA1和ClEXPA2具有较为相同的表达模式,在形成层区域表达最高,在针叶及茎尖中度表达,成熟木质部表达较低,而根和花粉中几乎不表达;ClEXLA1在形成层及针叶中均有较高的表达,在木质部及茎尖中度表达,花粉中表达较低,而根中几乎检测不到。该组扩展蛋白的成功克隆,将为系统研究扩展蛋白在木材形成过程中的表达、功能及调控机制提供基因资源。 相似文献
5.
以葡萄桐近成熟种子为材料,根据油桐转录组数据库中已知部分烯脂酰CoA还原酶(enoyl-CoA reductase,ECR)序列,利用RACE克隆技术,克隆得油桐烯脂酰CoA还原酶的全长c DNA序列,命名为VfECR,并对该基因的核苷酸序列及其相应氨基酸序列的理化性质、疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质的二、三级结构、亲缘关系进行分析。结果表明:该基因全长1 154 bp,含有一个933 bp的开放阅读框,编码310个氨基酸,属于不稳定的亲水性蛋白,含有6个明显的跨膜结构域,且与陆地棉ECR蛋白的同源性最高,亲缘关系最为接近。同时利用RT-qPCR对VfECR基因的组织特异性和种子发育过程中的表达模式进行了分析,发现油桐Vf ECR基因主要在种仁中表达,在根、茎、叶等组织中表达量较少;在种子发育过程中,近成熟(8月、9月)到成熟种子(10月)中的表达量要明显高于未成熟种子(6月、7月)。 相似文献
6.
【目的】UFO是被子植物中首个被发现的F-box蛋白,主要参与调控花分生组织特性和花器官发育。本文通过对蜡梅CpUFO基因表达特性分析及异源表达拟南芥表型分析,初步鉴定CpUFO的功能,为阐明蜡梅花发育分子调控机制提供参考。【方法】基于前期构建的蜡梅转录组数据,克隆蜡梅CpUFO基因并对其编码蛋白进行同源比对及进化树分析。根据qRT-PCR分析CpUFO基因在不同组织、器官及全年花发育各阶段中的相对表达量,比较35S::CpUFO转基因拟南芥株系及Col-0野生型表型差异,并通过qRT-PCR检测过表达拟南芥株系内源开花相关基因的表达特性,分析过表达CpUFO对拟南芥开花时间以及花器官发育的影响。【结果】获得的CpUFO基因c DNA序列为1 665 bp,编码403个氨基酸,含有保守的F-box结构域。CpUFO在外花被片中表达量相对最高,其次是内花被片,在果、茎、叶、腋芽及雌雄蕊中表达水平较低;而在全年花芽中的表达量分析结果显示,低温打破休眠后的露瓣和始花以及盛开期花芽中的表达量显著高于其他时期。与野生型拟南芥相比,35S::CpUFO转基因株系莲座叶数目减少,开花提前,且拟南芥内... 相似文献
7.
APETALA2(AP2)基因在植物生长发育过程中发挥着重要作用.利用RT-PCR和RACE方法,从毛竹中克隆到1个AP2同源基因的全长cDNA序列,命名为PeAP2.序列分析表明:PeAP2基因全长1 750 bp,其中,5′端非编码区106bp,3′端非编码区174 bp,开放阅读框1 470 bp,编码1个489 aa的蛋白,该蛋白含有2个AP2结构域,属于AP2/EREBP家族的AP2亚家族.PeAP2蛋白与来自其它单子叶植物的AP2蛋白均有着较高同源性,其中,与二穗短柄草的AP2蛋白同源性最高,达74.85％.实时定量PCR分析显示:PeAP2基因在毛竹的根、茎、叶、鞘和节5种器官中均有表达,其中,叶片中的表达丰度最高,鞘中次之,而在根、茎、节中的表达丰度接近,均较低.利用hiTAIL-PCR方法克隆获得了PeAP2上游启动子区序列1 359 bp,分析显示其含有光、激素等多种信号应答相关的作用元件. 相似文献
8.
【目的】珙桐Davidia involucrata有性生殖能力弱是限制其自然更新的主要原因。为研究珙桐种子发育的分子机制,本课题组前期完成了珙桐种子转录组分析,筛选到1个编号为c37849.graph_c0的转录本,其在正常种子中高量表达,而在发育异常的种子中表达量很低,差异表达显著,因此将其作为研究目标。【方法】使用PCR克隆该转录本的全长序列,并利用在线分析工具对其编码氨基酸的序列特征、蛋白结构和系统进化等进行生物信息学分析预测,采用qRT-PCR检测目标基因在珙桐不同组织部位以及种子不同发育阶段中的表达情况。【结果】序列分析确定目标基因为一个编码CCCH型锌指蛋白转录因子的基因,将其命名为DiZF-CCCH1,该基因开放阅读框全长为711 bp,编码236个氨基酸,无内含子,相对分子量26.74 kDa,为不稳定蛋白,其氨基酸序列含有植物特有的RR-TZF结构域,与来源于甜橙Citrus sinensis的CCCH蛋白同源性最高。基因表达模式分析显示,DiZF-CCCH1在种子发育前期的表达量最高,后期表达量降低,在其他组织中仅有微量表达,推测其可能在种子发育过程中发挥重要作用。【结论】对珙桐DiZF-CCCH1基因进行了克隆与初步生物信息学分析,发现其编码的蛋白属于RR-TZF型锌指蛋白,且DiZF-CCCH1可能是珙桐种子发育过程中的重要调控基因,为进一步探索该基因在珙桐生殖发育过程中的功能奠定基础。 相似文献
9.
为了探明AcCBF1基因沉默对‘纸皮’扁桃花器官的影响,以了解CBF转录因子在扁桃花器官发育中的功能,采用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术,以采用农杆菌侵染方法获得的含有pTRV2-AcCBF11、pTRV2-AcCBF12、pTRV2-AcCBF13片段的扁桃AcCBF1基因沉默枝条为试验材料,以常温和低温处理后的自然生长扁桃枝条为对照,观测低温处理后花器官表型指标变化,并对单花药花粉量、花粉活力以及花粉扫描电镜指标结果进行分析。结果表明:低温处理降低了对照组的单花药花粉量和花粉活力,但对花器官指标影响不显著。沉默后的AcCBF12片段和AcCBF13片段显著降低了花粉量与花粉活力,沉默花器官指标效果明显。花粉粒大小无显著变化,花粉纹饰存在一定差异。AcCBF11片段沉默效果不明显。AcCBF12片段和AcCBF13片段影响扁桃花器官表型指标的变化,如花瓣、花冠、花萼、花药、花粉形态、花粉量、花粉活力等,预测CBF转录因子可能在花器官指标发育中发挥着重要功能。 相似文献
10.
以马尾松(Pinus massoniana)不同抗虫品种为材料,通过RT-PCR和RACE技术克隆获得Pm FBP基因全长,该基因完整开放阅读框全长1284 bp,编码427个氨基酸。生物信息学分析表明,Pm FBP蛋白含有FBP基因保守的FBPase结构域。系统进化分析表明,马尾松Pm FBP与其它植物的亲缘关系相对较远,单独分为一类。表达模式研究表明,Pm FBP基因在马尾松叶和茎中表达量高,尤其是在嫩叶中表达量极高,在根中几乎没有表达;Pm FBP基因在日变化过程中,抗虫品种中的表达量明显高于对照,整个日变化中基因在抗虫品种中能够被快速提高表达量,说明Pm FBP基因在马尾松抗虫防御过程中起着关键作用。 相似文献