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1.
利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。 相似文献
2.
利用RT-PCR和RACE技术对小菜蛾[Plutella xylostella(L.)]4龄幼虫谷氨酸门控的氯离子通道(GluCl)受体cDNA全长进行了克隆和序列分析。通过设计简并性上、下游引物扩增出小菜蛾GluCl受体α亚基基因192bp的cDNA片段,根据得到的片段序列设计3′和5′特异性引物采用RACE技术进行3′和5′末端的克隆,获得了小菜蛾GluCl受体的cDNA的完整序列,GenBank登录号为GQ221939。该基因全长2144bp,其开放阅读框(ORF)1344bp,编码447个氨基酸。相似性分析表明:它与果蝇和赤拟谷盗的相似性均为73%,与埃及伊蚊的相似性为75%,与东亚飞蝗的相似性为79%;氨基酸分析后显示它具有GluClα亚基的典型特征,表明克隆的cDNA序列是小菜蛾GluClα亚基基因的序列。 相似文献
3.
根据已报道的番茄抗细菌性斑点病基因Pto家族成员之一LescPtoF的序列特征设计一对引物,通过PCR扩增,从我国10个抗病栽培番茄品种和3个感病品种获得13个同源序列。Blast结果表明,2个来自抗病品种和2个来自感病品种的核苷酸序列均和报道的LescPtoF完全一致。其余9个核苷酸序列和LescPtoF序列相似性最低为91%,它们之间相似性最低为87%。具有完整读码框的11个核苷酸序列所编码氨基酸与LescPtoF蛋白相似性最低为84%,11个氨基酸序列之间相似性最低也为84%。研究结果表明我国栽培番茄品种LescPtoF基因同源序列的分布具有多态性。 相似文献
4.
本研究根据不同昆虫细胞色素单加氧酶P450基因CYP4基因家族保守氨基酸序列,设计简并引物,通过RT-PCR扩增出了大草蛉Chrysopa septempunctata P450基因417 bp cDNA片段,命名为CSP450。该片段编码138个氨基酸残基,与已公布的烟草天蛾Manduca sexta、赤拟谷盗Tribolium castaneum、嗜卷书虱Liposcelis bostrychophila、玉米夜蛾Laphygma exigua、家蚕Bombyx mori、不吉按蚊Anopheles funestus和红火蚁Solenopsis invicta的CYP4 P450氨基酸序列进行比对,其相似性分别为59%、59%、54%、54%、58%、54%、54%。研究表明,用1 mg/L的吡虫啉溶液对大草蛉幼虫进行诱导,实时荧光定量PCR技术检测大草蛉体内CSP450基因的转录表达呈上调趋势,推测该基因可能参与了大草蛉体内吡虫啉的分解代谢过程。 相似文献
5.
通过PCR和反向PCR,从蜡样芽孢杆菌M22中扩增到2条长度为1 322 bp和1 395 bp的基因片段(GenBank登录号为AY540749和AY468485),分别含657 bp和627 bp的开放阅读框,各自编码218个和208个氨基酸残基的功能蛋白。2个蛋白氨基酸序列同源性为46%,均不含信号肽。与其它锰超氧化物歧化酶序列同源性高,保守氨基酸残基类型及位置与其它Mn-SOD相同,可确定2个基因均为蜡样芽孢杆菌Mn-SOD基因。分别将2个基因的开放阅读框插入载体pET-22b (+)构建表达质粒pET-sodA,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导蛋白表达。SDS-PAGE显示融合蛋白相对分子质量分别为28 kD和27 kD。转入pET-sodA的SOD缺陷型大肠杆菌QC779转化子恢复在10μmol/L paraquat的LB平板上生长的能力。活性电泳显示,M22的Mn-SOD在QC779中成功表达。 相似文献
6.
来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。 相似文献
7.
绿僵菌蝗虫菌株Pr1蛋白酶基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从绿僵菌蝗虫菌株M2189克隆了昆虫表皮降解酶Pr1的基因。以特异性引物，分别进行了DNA-PCR和mRNA-RT-PCR反应，得到了预期扩增片段，回收纯化后通过pGEM-T载体转化大肠杆菌JM109，得到重组质粒，EcoR Ⅰ酶切鉴定表明目的片段已插入质粒。对重组质粒中插入的DNA片段进行了核苷酸序列测定，表明该序列全长1369bp，其中有3个内含子，分别为76、59、67bp；编码序列长度为1167bp，含有起始密码子和终止密码子，是一个完整的蛋白读码框。与菌株Mel得到的Prl编码序列（GenBank／M73795）相比，二者的核苷酸数目相同，同源性达到92．2％，编码的389个氨基酸中48个不同，占12．3％。 相似文献
8.
采用已报道杆状DNA病毒属（Badnavirus）的通用检测引物BadnaFP/BadnaRP,从7份芋样品中扩增到 Badnavirus 病毒的RT/RNase H基因保守区域,获得12个克隆序列,长度为576 bp。序列分析结果显示,来自不同样品的克隆间核苷酸和氨基酸序列相似性分别为78.8%~99.5%和81.3 %~99.5%;来自同一样品扩增产物的克隆间在序列上也存在较大差异,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为89.6%~100%和92.7%~100%。在系统进化树中,本研究所获序列与 Badnavirus病毒的亲缘关系相对较近,聚在同一簇,表明此病毒为 Badnavirus 属病毒,但与芋杆状病毒（Taro bacilliform virus,TaBV）序列相似性较低,核苷酸和氨基酸相似性分别为58.0%~62.2%和58.5%~64.1%,推测为杆状DNA病毒属的一个新种。根据所测定序列设计了用于该病毒检测的引物P197/P433,对51份芋样品检测结果表明,该引物可有效检测来源于我国芋的 Badnavirus 病毒。 相似文献
9.
烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。 相似文献
10.
蜕皮激素受体(ecdysone receptor,Ec R)是调控昆虫蜕皮、变态和生殖等过程中基因表达的重要调控因子。为研究Ec R在烟粉虱Bemisia tabaci生长发育中的作用,利用RT-PCR和RACE等技术扩增了烟粉虱MED隐种Ec R基因的c DNA全长序列,并利用实时荧光定量PCR技术检测其在烟粉虱不同发育时期相对表达量的变化。Bt Ec R c DNA序列全长2 844 bp,含有一个1 518 bp的开放阅读框,共编码505个氨基酸,预测蛋白分子量为56 k D,等电点为6.43,含有特殊结构功能域:DNA结合域(DBD_Ec R)和配体结合域(LBD_Ec R),该序列编码的蛋白质序列与其它已报道的昆虫Ec R蛋白序列具有很高的相似性,命名为Bt Ec R(Gen Bank登录号:KR534774)。Bt Ec R在MED隐种若虫、雌成虫各发育时期均有表达,若虫期在伪蛹前期达到最高值,成虫期呈现先升高后降低的趋势,且在羽化后第7天达到最高值,约为羽化第1天的23倍。研究结果为揭示Bt Ec R在烟粉虱整个生长发育过程中的作用提供了重要依据。 相似文献
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在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV)、甘薯潜隐病毒Sweet potato latent virus (SPLV)、甘薯G病毒Sweet potato virus G (SPVG)、甘薯C病毒Sweet potato virus C (SPVC)、甘薯2号病毒Sweet potato virus 2 (SPV2);长线形病毒科毛形病毒属的甘薯褪绿矮化病毒Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV);双生病毒科菜豆金色花叶病毒属的甘薯曲叶病毒Sweet potato leaf curl virus(SPLCV);玉米线条病毒属的甘薯无症状1号病毒Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV1);花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属的甘薯杆状DNA病毒B Sweet potato badnavirus B (SPBV-B)和甘薯隐症病毒Sweet potato pakakuy virus (SPPV)。 相似文献
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云南蔗区发现由植原体引起的检疫性病害甘蔗白叶病 总被引：4，自引：2，他引：2
By used of nested-PCR, the 16S rDNA sequence of phytoplasma associated with sugarcane white leaf (SCWL) in 48 suspected SCWL samples from Baoshan and Lincang of Yunnan were amplified with two primer pairs MLOX/ MLOY and P1/P2. The sequencing showed that the fragment size of 17 Baoshan suspected SCWL samples were all 210 bp and their sequences were all identical (GenBank: KC662509); the fragment size of 10 Lincang suspected SCWL samples were all 202 bp and their sequences were all identical (GenBank: KF431837). The Blast result indicated that the sequences obtained in this study were derived from the 16S-23S ISR intergenic spacer region of phytoplasma that causes SCWL and were highly homologous (99.05%-100% similarity) to the corresponding genome region registered in GenBank. Plant height, stalk diameter, millable stalk rate and single stalk weight were significantly reduced by infection of SCWL,which caused destructive damage to sugarcane. 相似文献
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12种寄主来源的茄科雷尔氏菌16S-23SrDNA间隔区序列比较 总被引：2，自引：0，他引：2
应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S 23S rDNA 间隔区序列（ITS）。序列分析结果表明,除HZ 1菌株外,其余20个茄科雷尔氏菌菌株ITS序列长均为503 bp,序列间相似性99.2%~100%,序列间差异仅1~4 bp;而HZ 1菌株的ITS序列长为498 bp,与其他菌株的ITS序列相似性为95.4%~95.6%。这些结果说明,这21株来源于12种不同寄主的茄科雷尔氏菌菌株的16S 23S rDNA ITS序列比较保守。系统进化分析显示,仅菌株HZ 1聚类于茄科雷尔氏菌区组2中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中。 相似文献
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瘿蚊科是双翅目昆虫中的重要类群?本研究对瘿蚊科3种昆虫—麦红吸浆虫?菊花瘿蚊和食蚜瘿蚊的核糖体DNA进行PCR扩增?克隆?测序及序列分析, 并对ITS-1在麦红吸浆虫4个地理种群中的遗传变异情况进行分析?结果表明, 从3种昆虫中获得的核糖体DNA序列包括:部分的18S rDNA(44 bp)?28S rDNA(37 bp), 全部的ITS-1(487~535 bp), 5.8S rDNA(121 bp)及ITS-2(336~352 bp)序列?3种昆虫ITS序列的碱基差异百分比在17.21%~29.59%之间, 共含有206个变异位点?ITS-1序列在麦红吸浆虫4个地理种群中比较保守, 只有4个变异位点, 单倍型多样性为0.311 7~0.796 5, 核苷酸多样性为0.000 6~0.002 2?本研究为今后瘿蚊科昆虫的分类鉴定?系统发育和遗传进化等相关研究提供了基础? 相似文献
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葡萄蚕豆萎蔫病毒(grapevine fabavirus,GFabV)是近年报道的葡萄新病毒,与葡萄褪绿斑驳、皱缩等症状发生相关,严重影响葡萄长势。本研究采用小RNA测序结合Sanger测序方法分别对表现褪绿斑驳的‘贝达’和无症状的‘赤霞珠’葡萄中的GFabV分离物进行基因组全长序列测定,获得了GFabV分离物LN_BETA2和LN_CXZ的基因组全长序列,其RNA1基因组全长分别为5 824 bp和5 823 bp,RNA2基因组全长分别为3 132 bp和3 135 bp。LN_BETA2与LN_CXZ的RNA1编码的多聚蛋白核苷酸序列之间的同源性为81.7%,与其他GFabV分离物多聚蛋白核苷酸同源性分别为73.4%~99.5%和73.5%~82.5%;LN_BETA2和LN_CXZ的RNA2编码的多聚蛋白核苷酸同源性为83.8%,与其他GFabV分离物多聚蛋白核苷酸同源性为75.0%~83.3%和68.2%~98.6%。系统进化树分析结果显示,在RNA1基因组中,LN_BETA2划分在组3,LN_CXZ形成单独的分支。RNA2基因组中,LN_BETA2和LN_CXZ分别划分在组3和组5中。本研究首次报道了GFabV中国分离物基因组全长序列,可为今后GFabV生物学特性及致病性研究提供工作基础。 相似文献
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利用反转录 PCR技术 ,用一对特异性寡核苷酸引物 ,分离获得棉铃虫 para同源基因 III- IV接头约30 0 bp DNA片段 ,发现在 Bao D- R和 Bao D- S品系间存在 4个核苷酸差异 ,但在推导的氨基酸组成上没有差别。对比分析表明 ,分离获得的棉铃虫 III- IV接头氨基酸组成与烟芽夜蛾 hscp片段同一区域有 98.1%的氨基酸相同 ,与德国蜚蠊 CSMA的氨基酸有 93.5%相同 ,与果蝇 para基因有 88.9%的氨基酸相同 相似文献
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以我国11个省(市、区)和6种不同寄主植物的43个青枯菌Ralstonia solanacearum代表性菌株和4个国外青枯菌菌株为试材,采用15条随机引物进行了RAPD分析,筛选到了1条青枯菌所特有的DNA片段,根据其碱基序列,设计了特异PCR引物,对不同青枯菌DNA进行扩增,并以马铃薯的其它病原细菌为对照,只有青枯菌可获得773bp的DNA扩增产物.经过对PCR反应模板制备程序的简化和优化,利用本研究设计的特异引物,直接对马铃薯病块茎的DNA粗提液进行扩增,获得了773bp片段.此技术可望用于马铃薯种薯青枯病菌的检测,大大缩短检测时间,提高检测效率. 相似文献