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1.
为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFVF1L基因大小为1 029bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122—137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。 相似文献
2.
为分析羊口疮病毒(ORFV/QD/2015株)B2L基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,对其B2L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对扩增所得的基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、细胞抗原表位、三级结构、跨膜结构域和信号肽等进行预测和分析。结果显示:ORFV/QD/2015株B2L基因序列长1 137 bp,编码379个氨基酸;该毒株与其他12株羊口疮病毒参考株的B2L基因核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,氨基酸序列同源性为96.8%~99.2%。系统进化分析显示,ORFV/QD/2015株与2015年分离到的ORFV/Shaan Xi/2015/China株亲缘关系最近;B2L基因编码蛋白二级结构以α-螺旋区域和β-折叠区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。 相似文献
3.
羊口疮病毒贵州株F1L基因克隆及生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为分析羊口疮病毒贵州株(ORFV-GZ株)F1L基因的分子特点,预测编码蛋白的生物学功能,本试验对ORFV-GZ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件及方法,对ORFV-GZ株F1L基因进行列分析并对其编码蛋白进行了二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,F1L基因PCR扩增产物大小为1 029bp,编码342个氨基酸;与OV-SA00株、NZ2株、OV-IA82株和D1701株相应序列核苷酸同源性分别为98.4%、97.9%、97.8%和96.8%,氨基酸的同源性分别为98.3%、97.6%、97.3%和95.3%;系统进化树显示,ORFV-GZ株F1L基因与FJ-GT株亲缘关系最近;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个B细胞优势抗原表位,两个跨膜区域,无信号肽区域。本试验结果将为贵州省ORFV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
4.
参照GenBank中羊传染性脓疱病毒（Orf virus,ORFV）的毒力因子趋化因子结合蛋白（chemokine-binding protein,CBP）基因的核苷酸序列设计合成1对特异性引物,以羊传染性脓疱病毒湖北分离毒株的DNA为模板,提取总DNA。采用PCR方法特异扩增该基因片段,得到CBP基因序列。通过网络平台的SOPMA服务器和DNAStar软件预测ORFV CBP蛋白的二级结构;综合利用DNAStar软件、二级结构预测及ABCpred方案预测羊ORFV CBP蛋白的B细胞表位;分别采用人工神经网络法（ANNA）和在线程序预测ORFV CBP蛋白的细胞毒性T细胞和辅助T细胞的抗原表位。结果显示,ORFV CBP蛋白的二级结构主要包括α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和β-片层4种类型,分别为α-螺旋占24.64%、β-片层占22.14%、β-转角占3.39%、无规则卷曲占49.29%;有7个优势B细胞表位,7个细胞毒性T细胞表位和3个辅助T细胞表位。本研究为ORFV诊断方法的建立、单克隆抗体的制备及表位疫苗的研制提供了理论依据。 相似文献
5.
《中国畜牧兽医》2020,(3)
为得到羊口疮病毒(ORFV)B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白,本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析,并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测,同时参考多模板进行三级结构预测,综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计,构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示,得到了几个可能的优质抗原表位,分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸;纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在;Western blotting结果显示,其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点,构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白,为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
6.
为得到羊口疮病毒（ORFV）B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白，本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析，并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测，同时参考多模板进行三级结构预测，综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计，构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示，得到了几个可能的优质抗原表位，分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸；纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在；Western blotting结果显示，其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点，构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白，为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
7.
羊口疮(Orf)是由羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)引起的人兽共患传染病,ORFV F1L基因编码肝素结合蛋白。为比较分析ORFV疫苗株和野毒株编码的F1L基因的特征,本试验对疫苗株和野毒株的F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学相关软件及方法,对两者的F1L基因在核酸水平和氨基酸水平的变异情况及其二、三级蛋白结构变化情况进行了比较分析。结果显示,此次测定的ORFV疫苗株与野毒株F1L基因核苷酸序列相似性为95.9%,氨基酸序列相似性为94.5%。本研究结果为揭示ORFV异源宿主致弱的机制积累了资料。 相似文献
8.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(13)
为了了解血清4型Ⅰ群禽腺病毒(serotype 4 of groupⅠFowl adenovirus)分离株RZ140718(RZ株)的hexon、penton、fiber-1和fiber-2四个主要结构蛋白的遗传进化、二级结构及抗原表位等生物学信息,试验在对四个蛋白基因扩增测序基础上,应用Megalign、MEGA 5.1软件进行氨基酸序列分析并构建系统发育进化树,应用ProtParam、SignalP和SOPMA软件分析理化性质和二级结构,应用BepiPred、ABCpred、IEDB和DNAStar软件综合预测B细胞抗原表位,应用NetMHCpan4.0和NetMHCⅡpan3.2软件预测T细胞抗原表位。结果表明:从RZ株中PCR扩增出hexon、penton、fiber-1和fiber-2这四个蛋白的基因;RZ株的hexon和penton蛋白与GenBank中12个血清型参考株的同源性较高,fiber-1和fiber-2蛋白与4型和10型参考株的同源性较高;RZ株的四个蛋白与GenBank中其他4型中国分离株均位于同一分支上;四个蛋白均为酸性亲水蛋白,无信号肽,均以无规卷曲为主;从四个蛋白中分别得到22,11,11,10个潜在的线性B细胞抗原表位,4,2,4,2个潜在的CTL细胞抗原表位,2,1,1,0个潜在的Th细胞抗原表位。说明hexon蛋白具有较多的潜在优势抗原表位,可用于后续表位疫苗的开发研究。 相似文献
9.
旨在克隆猪丹毒杆菌表面保护性抗原A(surface protein A,SpaA)的编码基因,并预测该蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨猪丹毒杆菌SpaA蛋白在免疫保护中所起的作用.首先对猪丹毒杆菌SpaA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较.应用生物信息学方法,对猪丹毒杆菌SpaA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测.结果显示,猪丹毒杆菌SpaA基因全长1 881 bp,编码626个氨基酸,发育进化树结果表明分离的2株猪丹毒杆菌菌株与GenBank中其他菌株在进化树中关系较远,自成一个分支.二级结构的预测结果显示该蛋白主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角；推测该蛋白有14个B细胞优势抗原表位区域、8个N-肉豆蔻酰化位点.该研究为进一步分析猪丹毒杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础. 相似文献
10.
为确定1株山羊口疮病毒（ORFV）四川分离株007基因（dUTPase）的分子特征及其编码蛋白的结构和功能,本研究提取山羊口疮病毒四川分离株（SC-LZ1）的DNA,采用PCR方法对该分离株的007基因进行扩增,然后将007基因连接至pET-32a（+）表达载体上,构建pET-32a(+)-007重组质粒并测序。结果表明,山羊口疮病毒四川分离株007基因大小为483 bp,编码161个氨基酸,该基因及其所编码蛋白较其他ORFV毒株有一定变异;二级结构预测显示007蛋白含有大量的无规卷曲、伸展链及小部分α螺旋,三级结构预测显示其与模板3ehw.1.A氨基酸序列的相似性为70.21%,属于dUTP焦磷酸酶。 相似文献
11.
YANG Yu FENG Jie LIU Ai ZHANG Su-hui XU Guo-yang FENG Jiang LIU Zong-sheng XIAN Si-mei 《中国畜牧兽医》2015,42(6):1396-1401
The assay was aimed to isolate,culture and identify Orf virus (ORFV) in Chongqing area,and investigate the expression of the F1L gene sequence in E.coli,the virus in the scab samples collected from suspected ORFV infected lamb was isolated in MDBK cell.Moreover,the F1L gene was amplified by PCR and ligated into pET-32a for expression in E.coli.The recombinant plasmid pET-32a-F1L was constructed with the introduction of restriction enzymes NotⅠand EcoRⅠ.The isolated virus was ORFV.SDS-PAGE analysis and Western blotting showed that the target protein was highly expressed with 57.4 ku in lenght at 5 h in E.coli as inclusion bodies and had good reactivity. 相似文献
12.
本试验旨在对重庆地区羊口疮病毒(ORFV)进行分离培养及鉴定,并研究其F1L基因序列在大肠杆菌中的表达情况.利用MDBK细胞对疑似ORFV感染的羔羊痂皮中的病毒进行分离培养;对F1L基因序列进行PCR扩增,引入限制性内切酶NotⅠ和EcoRⅠ,构建重组质粒pET-32a-F1L,转化至大肠杆菌BL21菌株后,对阳性菌株进行诱导表达,表达产物进行SDS-PAGE检测和Western blotting鉴定.结果表明,所获得的毒株为ORFV,其F1L基因在大肠杆菌中的表达产物大小约为57.4 ku,主要以包涵体形式存在,5 h为最佳诱导表达时间,并具有良好的反应原性. 相似文献
13.
【目的】 对羊口疮病毒（Orf virus,ORFV） ORFV114蛋白进行生物信息学分析、转录动力学、真核表达及亚细胞定位研究。【方法】 使用DNAStar软件对ORFV-JS株ORFV114基因进行序列比对分析;分别使用在线网站ExPASy、TMHMM-2.0、SignalP-5.0、SOPMA、SWISS-MODEL对ORFV114蛋白进行理化性质分析,以及跨膜区、信号肽、结构预测;在阿糖胞苷（cytarabine,Arac）存在或不存在的情况下,于ORFV感染HeLa细胞后多个时间点收获细胞,RT-PCR扩增ORFV114基因,确定ORFV114蛋白的动态转录水平;PCR扩增ORFV114基因,将其亚克隆到真核表达载体pEGFP-N1中,构建pEGFP-ORFV114重组质粒,经酶切、测序鉴定正确后,经脂质体Lipofectamine 3000瞬时转染HEK293细胞,通过Western blotting鉴定ORFV114-EGFP融合蛋白的表达;将pEGFP-N1质粒和pEGFP-ORFV114重组质粒瞬时转染HeLa细胞,24 h后使用Hoechst 33342对细胞核染色,倒置荧光显微镜下观察ORFV114蛋白的亚细胞定位。【结果】 ORFV-JS株ORFV114基因大小为1 041 bp,在ORFV毒株中高度保守;ORFV114蛋白包含346个氨基酸,预测分子质量大小为38 ku;ORFV114为弱亲水性不稳定蛋白,无跨膜区域,无信号肽;其二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成,分别占45.09%、25.14%、21.68%和8.09%;在Arac存在或不存在的情况下,ORFV114的转录在ORFV感染后2 h即可被检测到,且随感染时间的延长转录水平不断提高,即Arac并未抑制ORFV114转录,ORFV114为ORFV早期基因;成功构建了pEGFP-ORFV114重组质粒,ORFV114-EGFP融合蛋白在HEK293细胞中成功表达,融合蛋白大小约65 ku;ORFV114蛋白主要定位在HeLa细胞的细胞质中且呈点状分布。【结论】 本研究成功地对ORFV114蛋白进行了转录动力学分析、真核表达及亚细胞定位,为进一步探索ORFV114蛋白功能及筛选互作蛋白奠定基础。 相似文献
14.
试验旨在比较分析羊口疮病毒（orf virus,ORFV）VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征。参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构。结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4%,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132~134 bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5%,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域。系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远。研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关。 相似文献
15.
利用MDBK细胞从青海省刚察县某藏羊养殖小区发病羊唇部痂皮中分离获得一株病毒,通过临床症状、PCR检测以及组织病理学观察等方法对该株病毒进行了鉴定,证实分离株为羊传染性脓疱病毒(Orf Virus,ORFV),命名为ORFV-QHGC01。参照Gen Bank中ORFV F1L基因的核苷酸序列,设计合成一对特异性引物,对ORFV-QHGC01株F1L基因进行了克隆、测序,并推导出其氨基酸序列。序列分析表明,分离株F1L基因片段长987bp,编码328个氨基酸,与Genbank中AF097215、AY040081、AY040082、AY040083、AY040084、AY040085、FJ808075、HQ221964、JQ271535株的核苷酸序列同源性分别为:96.7%,95.6%,96.1%,96.2%,97.5%,97.2%,96.5%,95.3%,98.3%。系统发育进化树结果表明,ORFV-QHMH01分离株与参考毒株JQ271535的亲缘关系较近,这表明不同地区分离株的F1L基因具有较好的保守性。 相似文献
16.
为了获得大通牦牛DQA2基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本研究采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,通过DNAstar软件和在线服务器预测大通牦牛DQA2基因CDS区编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、信号肽、跨膜结构、二级结构以及三级结构。结果表明,大通牦牛DQA2基因CDS区长度为765bp,编码253个氨基酸。蛋白结构预测结果表明,该蛋白是一种混合型的可溶性蛋白质,具有4个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn31、Asn96、Asn260、Asn369;在第1~23位氨基酸之间存在信号肽;存在1个典型的跨膜螺旋区,氨基酸序号为216-239;蛋白质功能显示该蛋白存在信号受体活性、催化活性、运载体、调节代谢过程、细胞定位及免疫系统过程的功能。本研究结果为进一步研究大通牦牛的遗传育种提供理论基础。 相似文献
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为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。 相似文献
18.
斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
试验旨在克隆斯氏副柔线虫糖蛋白（glycoprotein，GP）抗原基因，并对其进行生物信息学分析。提取斯氏副柔线虫组织RNA，反转录合成cDNA，设计特异性引物以扩增GP基因CDS区，同时将其插入到克隆载体pMD19-T后测序，并对该基因编码蛋白的抗原表位、理化性质、信号肽、跨膜结构域等进行生物信息学预测。结果表明，GP基因开放阅读框（ORF）全长1 149 bp，编码382个氨基酸，其分子式为C1760H2878N458O590S1760，理论分子质量约为40.15 ku，等电点为4.37，无信号肽，总平均亲水性为0.032，不稳定系数为42.43，是疏水、不稳定蛋白；其磷酸化位点分布位于丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基上；二级结构分析显示，斯氏副柔线虫GP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主，与三级结构预测结果一致；抗原表位预测表明，GP蛋白可能有6个B细胞抗原表位和8个T细胞抗原表位，有望用作免疫诊断抗原和疫苗候选抗原。本研究成功克隆了斯氏副柔线虫GP基因，同时进行了系统的生物信息学分析和抗原表位预测，为斯氏副柔线虫病iELISA诊断方法的建立和DNA疫苗的研究提供理论依据。 相似文献