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黄瓜属Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 总被引：7，自引：0，他引：7
根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从黄瓜属野生种酸黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）和栽培黄瓜（Cucumis sativus L.）中均扩增出260 bp左右的目标条带。扩增产物经纯化后克隆于pGEM-T Easy质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定,然后进行测序及序列分析。本文获得了21条来源于酸黄瓜和栽培黄瓜的逆转录酶序列,通过核苷酸聚类分为5个家族。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为255～272 bp,同源性范围为27.0%～98.1%。翻译成氨基酸后,有4条序列出现终止密码子突变,6条序列表现出移框突变。将这些逆转录酶的氨基酸序列与已登陆的不同物种同一类型逆转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,表明它们可能有共同的起源。 相似文献
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研究了苹果基因组中Tyl—copia类逆转座子的转录活性、多样性及其甲基化水平。在培养基MS＋2，4-D2mg／L＋BA0．2mg／L＋NAA0．5mg／L上诱导了1个月的愈伤组织中用RT—PCR方法检测到了270bp的目的条带，而对照、继代组培苗和不含2，4-D的愈伤中均没有目的条带的扩增，说明一定浓度的2，4-D可以诱导苹果中Tyl—copia类逆转座子的表达活性。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析：所克隆的21条序列虽都为Tyl-copia类逆转座子逆转录酶保守序列，但存在很大的异质性，21个克隆的核甘酸序列变化范围为196—290bp；翻译成氨基酸后存在缺失、插入、移框和终止密码子突变，7个克隆在氨基酸保守序列‘SLYGLKQ’处有1—2氨基酸位点的突变，说明这些序列对应的逆转录酶多数可能已失去了其原有功能。将21条序列进行聚类分析，除ART20外，其它克隆可聚为3类，并分别与GenBank上某些物种的相应序列同源性很高，表明在不同物种间可能存在逆转座子的横向传递作用。甲基化试验表明苹果基因组内Tyl-copia类逆转座子甲基化水平高。这些都表明Tyl-copia类逆转座子对苹果基因型的多样性及基因组的进化具有重要意义。 相似文献
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组织培养条件下苹果Ty1-copia类逆转座子的转录活性(英文) 总被引：2，自引：0，他引：2
研究了苹果基因组中Ty1-copia类逆转座子的转录活性、多样性及其甲基化水平。在培养基MS+2,4-D2mg/L+BA0.2mg/L+NAA0.5mg/L上诱导了1个月的愈伤组织中用RT-PCR方法检测到了270bp的目的条带,而对照、继代组培苗和不含2,4-D的愈伤中均没有目的条带的扩增,说明一定浓度的2,4-D可以诱导苹果中Ty1-copia类逆转座子的表达活性。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析:所克隆的21条序列虽都为Ty1-copia类逆转座子逆转录酶保守序列,但存在很大的异质性,21个克隆的核甘酸序列变化范围为196-290bp;翻译成氨基酸后存在缺失、插入、移框和终止密码子突变,7个克隆在氨基酸保守序列‘SLYGLKQ’处有1-2氨基酸位点的突变,说明这些序列对应的逆转录酶多数可能已失去了其原有功能。将21条序列进行聚类分析,除ART20外,其它克隆可聚为3类,并分别与GenBank上某些物种的相应序列同源性很高,表明在不同物种间可能存在逆转座子的横向传递作用。甲基化试验表明苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子甲基化水平高。这些都表明Ty1-copia类逆转座子对苹果基因型的多样性及基因组的进化具有重要意义。 相似文献
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苹果中Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用苹果叶片为材料,通过PCR扩增、克隆研究了苹果中Ty1-copia型逆转座子的逆转录酶序列。结果表明:(1)逆转座子在1个砧木及7个品种中都能检测到,说明逆转座子在苹果砧木及不同种质中普遍存在。(2)克隆、分析了嘎拉品种中23条逆转座子的逆转录酶序列,分析表明同一基因组中克隆到的逆转录酶序列存在高度的异质性,具体表现为23条逆转录酶序列核苷酸序列长度变化范围是247-279bp,其长度相差32bp,主要表现为缺失突变;其中6条序列中存在1-4个程度不同的终止密码子突变;氨基酸序列同源性的变化范围为21%-98.9%。(3)将23条序列与已发表的不同物种同一类型逆转座子的逆转录酶序列进行聚类分析,表明苹果的Ty1-copia型逆转座子与甜菜、水稻、马铃薯、燕麦及挪威云杉等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。 相似文献
5.
以大兴安岭野生笃斯越桔为试材,采用同源克隆技术分离了Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列,研究了其同源性及系统进化关系,以期为分析笃斯越桔的遗传多样性,开发可靠的分子标记提供参考依据。结果表明:分离的19条序列(分别命名为VuGRE1~19)长度范围为376~418bp,同源性范围为23.3%~97.8%,显示出较高的异质性。氨基酸序列分析结果显示,分离的19条序列中有8条序列发生了不同程度的变异,其中终止密码子突变的频率最高;因此推测终止密码子突变可能是导致笃斯越桔逆转座子异质性的主要原因。系统进化分析结果显示,VuGRE1~19隶属于2个不同的基因家族。Family I仅包含3条序列,序列间的同源性较低,且与其它物种逆转录酶的遗传距离较远;说明Family I的起源较为古老,种的特异性较强。Family II包含16条序列,由3个Subfamily组成;各亚家族成员间的同源性较高,亲缘关系较近;说明该基因家族的活性较高。另外,Family II基因家族成员与其它物种的Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列具有较高的同源性,特别是Subfamily 3与兴安落叶松、苹果、银杏、绿豆、荸荠等植物的逆转录酶具有较近的亲缘关系;说明这些成员在物种间存在广泛的横向交流。以上结果说明,Family II是笃斯越桔中广泛存在的逆转座子基因家族,并在笃斯越桔适应性遗传进化中发挥了重要作用。 相似文献
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苹果IRAP技术体系的建立及优化 总被引：1，自引：0，他引：1
通过苹果逆转座子长末端重复序列(LTR)保守区域设计引物,对影响苹果IRAP反应的重要因素进行了研究,建立并优化了苹果IRAP分子标记技术体系。优化的苹果IRAP分子标记体系为:25μL反应体系中,模板DNA50ng、Mg2+2.5mmol·L-1、dNTPs0.2mmol·L-1、10×buffer2.5mmol·L-1、TaqDNA聚合酶1.0U、引物0.4μmol·L-1。该体系在所试苹果品种中均获得了较理想的扩增效果,并能鉴定部分芽变品种。 相似文献
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基于IRAP技术的磨盘柿变异单株鉴定 总被引：3，自引：1，他引：2
以已知亲子关系的柿品种、柿近缘种和磨盘柿标准品种为对照,对采自北京市房山区磨盘柿产区的部分变异单株进行了IRAP分析。结果表明,19条逆转座子引物中的4个(rtdk13-f5,rtdk16-r10,rtdk4-p3和rtdk2-p6)可将供试11份变异单株完全区分;供试变异单株间的相似系数在0.90～0.98(平均0.94),与磨盘柿标准品种的相似系数为0.91,大于种间和品种间相似系数,与芽变类型及其母株间的相似系数接近;聚类分析结果表明,变异单株与磨盘柿标准品种紧密相聚,分支模式与种间及品种间明显有别。因此,供试11份变异单株已发生部分遗传物质改变,且可能为磨盘柿芽变。IRAP可区分遗传背景高度相似的种质间的微小变异,可望在果树芽变鉴定中应用。 相似文献
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前期研究发现在‘元帅’苹果短枝突变体4号染色体约3 768 578 bp处存在一个2 190 bp的逆转座子Mdsolo-LTR1及其插入位点3'端约50 kb处有一乙烯合成限速酶基因ACO1。以‘元帅’及其短枝突变品种‘奥勒冈矮生’为试材，研究逆转座子Mdsolo-LTR1对其临近基因MdRDACO1表达活性的影响。荧光定量PCR结果表明，MdRDACO1的表达量在新梢发育至9节和12节时的顶芽和新梢半木质化前各阶段的茎段中均是‘元帅’显著高于‘奥勒冈矮生’。拟南芥异源转化结果显示，播种后7 d时，转MdRDACO1基因株系下胚轴长度和45 d时株高显著高于野生型和转空载株系；进一步分析发现，转MdRDACO1株系中古巴焦磷酸合成酶基因AtCPS1的表达量显著高于野生型和转空载株系。试验结果暗示‘奥勒冈矮生’等短枝突变体中，逆转座子Mdsolo-LTR1可能通过抑制其临近的乙烯合成限速酶基因MdRDACO1的表达活性，从而抑制受乙烯正调控的赤霉素合成关键基因MdCPS活性，进而导致短枝突变。 相似文献
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ISTR在部分柿属植物种质鉴定和亲缘关系分析中的应用 总被引：6，自引：1，他引：5
利用反向序列标签重复技术( inverse sequence-tagged repeat, ISTR) , 对柿属7个种, 包括柿(Diospyros kaki Thunb. ) 、君迁子(D. lotus L. ) 、浙江柿(D. glaucifolia Metc. ) 、油柿(D. oleifera Cheng. ) 、金枣柿(D. sp. ) 、老鸦柿(D. rhombifolia Hemsl. ) 和美洲柿(D. virginiana L. ) 共32个基因型进行了种质鉴定和亲缘关系研究。结果表明: ISTR可区分供试柿属植物中的30份; ISTR能够很好地适用于柿属植物亲缘关系分析; 供试的中国与日本原产柿种质分别聚类; 新发现的中国甜柿变异类型与日本甜柿的亲缘关系较远且存在较丰富的遗传变异, 可能是潜在的育种资源。ISTR标记可在柿属植物种质资源鉴定和亲缘关系分析中更广泛地应用。 相似文献
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柿树乙醇脱氢酶活性与可溶性单宁含量的关系 总被引：1，自引：0，他引：1
研究了4种不同脱涩类型柿(Diospyros kaki Thunb)果实和叶片中的可溶性单宁含量、乙醇脱氢酶（alcohol dehydrogenase, ADH）活性和ADH最适反应温度,以了解ADH在脱涩过程中的作用。结果表明：不完全甜柿和完全甜柿果实发育前期,可溶性单宁含量逐渐降低,ADH活性逐渐增高,到果实基本完成脱涩后,ADH活性又开始降低,在不完全甜柿中变化较大;涩柿和不完全涩柿在果实近熟期,可溶性单宁含量有所下降,但不能完成脱涩,且ADH活性较低。叶片发育过程中,可溶性单宁含量的变化与ADH没有相关性。乙醇脱氢酶的最适反应温度在25℃左右。ADH与柿果实脱涩有一定关系。 相似文献
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广西西北部高原地区柿种质资源调查及遗传多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
调查和研究了广西西北部云贵高原地区柿种质资源状况,并对收集到的柿种质进行表型系统聚类和SCoT遗传多样性分析。结果表明,广西西北部云贵高原地区柿种质资源较丰富,至少拥有柿、油柿和野柿3个种31个不同品种和类型,部分地方仍保存有原始的野生种。不同柿种质在形态和DNA水平上都表现出很大的变异,具有丰富的多样性。35个相对独立的表型性状被用于柿种质的Q型系统聚类分析,在欧氏距离D = 9.8处,31份种质被分为5组,与果形及种质类型在一定程度上相吻合。13条SCoT多态性引物可从31份柿种质中扩增出161个DNA位点,多态性带比例为95.65%;UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将31份柿种质完全区分开,在相似系数0.686的水平将其分为5大类,与表型分析结果基本一致。 相似文献
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采用培养皿滤纸法研究5种浓度的柿树叶和根水提液对受体植物萝卜、小麦、绿豆、白菜、番茄和黄瓜发芽及幼苗生长的影响,结果表明,柿树叶片提取液在5个浓度(10%、5%、2%、1%、0.5%)对萝卜、小麦和绿豆的种子发芽率、幼苗生长和叶绿素含量均有显著的抑制影响,只在高浓度下(10%和5%)对白菜、番茄和黄瓜的种子发芽率、幼苗生长和叶绿素含量有显著的抑制影响;而柿树根提取液在5个浓度对6种受试植物的测定参数均无显著的影响。试验初步证实了柿树叶片有化感潜力,可能对果树生产上的轮作、间作、套作及杂草的生物防治有一定的指导意义。 相似文献