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[目的]应用SSR分子标记对8个油棕品种进行遗传结构及多样性分析,以期通过分析具有高杂合度油棕品种的遗传结构来辅助育种.[方法]利用SSR分子标记及PCR银染显色技术筛选多态性引物,分析8个油棕品种的等位基因频率(P)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He),计算每个转座子的平均等位基因(Na)、每个多态转座子的平均等位基因数(Na/pl)及有效等位基因数(Ne),计算固定指数(Fis)和F-统计量值(Fit和Fst),并基于遗传距离对8个油棕品种进行聚类分析.[结果]开发出27对多态性SSR引物,从中选取15对结果较好的多态性引物对油棕大样本进行检测,挖掘出57个等位基因(Na),平均每个转座子的Na为3.8个,表明8个油棕品种的遗传变异较明显.平均有效等位基因数(Na)和期望杂合度(He)分别为0.6248和0.5902.此外,发现一个高水平的种群分化,F-统计量值(Fst)变化范围为0.1029~0.6010,平均为0.3664.利用多态性SSR分析8个油棕品种的遗传距离,结果发现品种1和品种3的遗传距离最远(1.674),品种3和品种5的遗传距离最近(0.065).[结论]8个油棕品种的多态性相对丰富,物种间杂交程度较小,物种亲缘关系较远,遗传多样性良好. 相似文献
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糯玉米自交系遗传多样性及其产量、农艺性状与SSR分子标记的关联研究 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]研究糯玉米自交系的遗传多样性,确定其亲缘关系远近,为糯玉米的新品种选育提供依据。[方法]以84个糯玉米自交系为试验材料,利用分布在玉米全基因组上的71个SSR标记对供试材料的遗传多样性进行分析,并对其产量及农艺性状与SSR标记进行了关联分析。[结果]150对SSR引物中有71对在糯玉米自交系中能扩增出多态性条带,共检测到342个等位基因,每对引物可检测到2～11个数目不等的等位基因,多态性信息量为0.249～0.876;糯玉米自交系间的遗传距离为0.02～0.32,均值为0.178,4个自交系可划分为8个组别;玉米10个连锁群上71个SSR位点的2 485个组合,都存在一定程度的连锁不平衡;共检测出21个SSR座位与10个产量、农艺性状显著相关。[结论]该试验阐明了所选糯玉米自交系的遗传多样性及相互间的亲缘关系,为有目的的组配糯玉米杂交种及其新品种选育提供了参考。 相似文献
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利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。 相似文献
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探究以贵州为主的西南地区朝天椒种质遗传多样性,为朝天椒种质的保续、利用与分子标记辅助选择提供准确参考依据。利用20个SSR(简单串联重复序列)分子标记,对112份西南地区朝天椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,20对SSR引物共检测出65个等位变异,每对引物的等位变异为2～4个,平均每对引物3.25个等位变异,平均有效等位基因数为1.829 4,平均多态性信息量(PIC)为0.544 0,平均Shannon’s信息指数(I)为0.723 4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s期望杂合度的平均值分别为0.492 0、0.433 7、0.431 8,所筛选出的20对SSR引物多态性较高,能较好地反映朝天椒不同地方种间的遗传多样性信息。聚类结果表明,供试材料居群间遗传相似系数(GS)值为0.569 2～0.953 8,平均值为0.773 3,朝天椒种质间的遗传相似性相对较高,材料间的亲缘关系比较接近。在GS值0.767 0处将供试材料分为4类,显示出112份朝天椒材料总体情况与地理分布有一定关联,但也存在区域间和省内外间的互相渗透,每个类别均聚集了不同地理来源的种质。 相似文献
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[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄. 相似文献
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SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。研究应用2007年Bindler等[14]公布的的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。通过对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选,发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离(GD),13个品种之间遗传距离介于0.0090～0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。 相似文献
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[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄. 相似文献
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从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段 相似文献
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[目的]对宁夏常用的82份玉米（Zea may L.）自交系进行遗传分析,划分自交系类群,以提高玉米育种效率。[方法]利用SSR标记中可用于遗传多样性分析的20对SSR引物对材料进行分析。[结果]82份自交系中共检测出335个等位基因,其中具有多态性的为108个,每对引物检测出3～10个多态性位点,平均为5.4个。SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.523 3～0.858 9,平均为0.7123。[结论]82份自交系划分为5个类群,分类结果基本与系谱来源一致。 相似文献
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利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性 总被引：5，自引：0，他引：5
[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。 相似文献
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结球甘蓝遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。 相似文献
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通过构建111份甜菜登记品种的分子身份证,促进甜菜品种DUS测试标准体系的建立,实现甜菜品种的快速检索与比对,为甜菜品种指纹鉴定和溯源管理提供理论依据。利用22对简单重复序列(SSR)核心引物,基于最适的取样策略对来自国内外不同地区的111份甜菜登记品种进行遗传多样性分析以及分子身份证构建。结果显示,22对引物共检测到101个等位基因,每对引物检测出3～7个等位基因,平均为4.59个;Shannon多样性指数(I)为0.60～1.73,平均为0.95;Nei’s期望杂合度(He)为0.41～0.79,平均为0.56;PIC值范围为0.91～0.99,平均值为0.96,22对引物可用于区分甜菜品种。利用UPGMA聚类分析,22对引物将111份材料划为3个类群(G1～G3),聚类结果大致与其地理来源一致;通过获得的等位基因计算遗传距离,111份甜菜品种的遗传距离范围为0.059～0.564,平均值为0.325,甜菜品种间具有一定的遗传多样性。基于最少引物区分最多品种的原则,通过UPGMA聚类分析,仅用6个SSR引物组合可将全部材料区分。结果表明,基于6对SSR引物扩增... 相似文献
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[目的]分析宽体金线蛭基因组SSR序列特征,并开发多态性SSR分子标记,为宽体金线蛭种质遗传多样性分析及良种选育等提供有效的分子标记.[方法]利用基因组de novo测序技术对宽体金线蛭基因组进行扫描,通过序列拼接得到基因组序列,利用Tandem Repeats Finder v4.09查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIM-ER3 Input(version 2.3.7)设计引物,随机选择三碱基、四碱基和五碱基SSR分子标记引物50对对8份宽体金线蛭DNA样品进行PCR验证,并以多态性SSR分子标记分析宽体金线蛭江苏高邮群体遗传多样性.[结果]测序拼接共得到148803个scaffolds序列,scaffold序列长度181~564229 bp,平均1544 bp,总长度230 Mb,N50为5948 bp,GC含量36.94%.宽体金线蛭基因组中三碱基重复SSR位点最多,有136890个,占总SSR位点的68.43%;其次为四碱基重复,有33769个,占总SSR位点的16.88%;六碱基、五碱基、二碱基和单碱基重复分别有11813、7110、6546和3907个,占总SSR位点的5.91%、3.55%、3.27%和1.95%.基序为AAT/ATA/TAA/ATT/TTA/TAT的SSR位点数量最多,其次为ATG/TGA/GAT/TAC/ACT/CTA、AGT/GTA/TAG/TCA/CAT/ATC和AAC/ACA/CAA/TTG/TGT/GTT,其他基序位点数量较少.有11871个SSR位点设计出引物,占总SSR位点的5.93%;选择的50对引物中有18对引物在8份宽体金线蛭DNA样品中具有多态性;群体遗传多样性检测发现宽体金线蛭江苏高邮群体18个SSR位点的平均等位基因(Na)3.81个,观测杂合度(HO)为0.0000~0.6429,平均为0.3631,期望杂合度(He)0.0701~0.7792,平均为0.4869,群体遗传多样性水平低.[结论]采用高通量测序技术开发SSR分子标记效率高,且新开发的18个宽体金线蛭SSR分子标记多态性丰富,可用于宽体金线蛭资源保护和利用. 相似文献
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基于蓝莓(Vaccinium spp.)基因组DNA开发简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分子标记25对，并采用17份蓝莓试材评价其多态性，结果表明，上述SSR位点的等位基因数量介于3～9个，平均等位基因数约为4.96个，信息指数平均值为1.055 2。此外，遗传多样性分析结果表明，17份蓝莓试材被分为4个组；其中，A组包含12份蓝莓试材，为最大分支；而C组和D组分别仅包含1份蓝莓试材，其遗传亲缘关系与其他试材相距较远。本研究开发的SSR引物能为蓝莓遗传多样性研究、新品种鉴定提供借鉴。 相似文献
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对37个新引进的薄壳山核桃品种生物学性状进行分析,采用已开发的薄壳山核桃引物和山核桃引物,通过SSR(simple sequence repeat)技术对这37个品种进行遗传多样性分析。结果表明,引进的37个品种遗传多样性不明显,筛选获得的14对SSR引物共扩增出112个等位基因位点,平均每对引物获得8个等位基因位点,最多是20个,最少是3个,多态性最高为100%;通过Ntsys2.10软件对37个薄壳山核桃品种进行聚类分析,得出遗传相似系数为0.607～0.955,平均0.781,Eliott和Schley关系最近,Van Daman与Disirable,Van Daman和Eliott,Barton与Owens,Owens与Stuat,Disirable与Dependable间的遗传关系最远。这表明美国薄壳山核桃品种间遗传多样性较低。 相似文献