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近年来转录组测序技术即RNA-seq技术在鱼类研究中备受关注,为探究当前鱼类转录组领域研究热点,本文检索、处理分析了2010—2018年Web of Science核心合集数据库收录相关文献。结果发现:从2010—2018年共检索到有关鱼类转录组学研究论文687篇,论文发表数量快速上升;论文发表数量排名前三位的国家是中国、美国和德国,但中国发表的论文中心性偏低;鱼类转录组研究的主要内容是转录组注释、新转录本鉴定、转录后修饰(RNA剪接)、单核苷酸多态性鉴定和转录水平量化。这些文献分析结果可为今后鱼类转录组研究提供有益的参考。 相似文献
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转录组学技术在水产动物研究中的运用 总被引：5，自引：3，他引：2
近年来,转录组学技术及其在水产动物中的研究备受研究者的广泛关注.转录组学技术主要有基于杂交技术和测序技术为基础的两大类技术;两类技术在水产动物的转录组学研究中均得到了广泛运用.尤其是二代测序技术的出现使得水产动物的转录组学研究达到了前所未有的热度.本实验综述了近年来水产动物在免疫应答、生长发育、生物进化和毒理学方面的转录组学研究进展.在综述已有成果的基础上,分析了转录组学技术自身存在的局限性和现阶段转录组学在水产动物研究中面临的问题与挑战,并对未来水产动物转录组学研究趋势进行了展望. 相似文献
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鳃是水生动物主要的呼吸器官。虽然部分水生动物的鳃结构不同（如鱼和虾蟹）,但其主要功能均为气体交换和渗透压调节等。本文旨在对近年来鳃的功能组学的主要研究结果进行归纳和总结,特别是不同的环境因子（重金属的污染物、寄生虫细菌、盐度、亚硝酸盐等）胁迫下水生动物鳃的转录组测序分析,以及鳃在不同环境因子胁迫下的蛋白组学和代谢组学的研究,揭示环境因子改变对水生动物鳃相关的基因表达变化、生理生化状态变化、分子通路和生理功能的影响,旨在为鱼类的健康养殖提供新的思路和方向。 相似文献
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为了探究阿维菌素胁迫对鲤机体的响应机制,在水温(22±2.0)℃,将体质量(150±30)g的鲤(Cyprinus carpio)分别暴露在阿维菌素浓度0μg·L-1(对照组)、1.5μg·L-1和3.0μg·L-1下5 d,采用转录组学测序分析方法,探究阿维菌素胁迫对鲤肝胰腺转录组学的影响,解析其对鲤的分子毒理机制。通过对所得基因的功能注释发现,被注释的差异基因主要与结合、催化和代谢等功能有关。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因在药物代谢-细胞色素P450、药物代谢-其他酶、淀粉和蔗糖代谢等通路中显著富集,涉及药物代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、脂质代谢以及辅助因子和维生素的代谢等多个代谢过程。这些功能基因和预测通路为理解阿维菌素胁迫鲤体内解毒和免疫系统奠定了基础。本研究获得的转录组数据可为深入研究鱼类应对杀虫剂污染物的分子机制提供丰富的基因资源。 相似文献
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鲤科(或包括鲤亚目、泥鳅等)鱼类的染色体试验的比较早,已能制成各式各样的倍数体和雌性发生二倍体等。一般地说,鲤科、鱼类等,不象鲑科鱼类随着成熟期出现的弊病(生长、成活率、商品价值低等)显著,致使养殖界对生产三倍体不育鱼的兴趣不大。反而积极发展雌核生殖的全雌(种苗)生产和确立早期纯系的研究。这里,概要介绍东京水产大学水产养殖学教研组和水产厅养殖研究所育种研究室共同进行的“关于通过染色体操作的鲤科鱼类全雌性生产的研究的技术。 相似文献
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基于个体生态模型在渔业生态中应用研究进展 总被引：2，自引：0，他引：2
近年来, 基于个体的生态模型(individual-based model, IBM)被广泛应用到海洋生态环境中, 被认为可能是研究鱼类生态过程的唯一合理手段。基于个体生态模型以众多的生物个体为模拟对象, 考虑个体之间的差异、环境条件的时空变化对个体发育的影响,这一研究为基于生态系统的渔业管理, 以及资源补充量预测分析提供了科学的研究方法和手段。本文主要介绍了IBM的基本概念, 以及在渔业上的研究方法和技术, 总结了IBM在鱼类输运、生长死亡和捕食相关的应用研究现状以及IBM在渔业上未来发展趋势, 并对IBM在渔业上应用的问题和不足进行了分析和讨论。本论文的总结与分析将为国内开展我国近海鱼类早期生活史的研究, 以及基于生态系统的渔业资源评估管理提供参考。 相似文献
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近年来,水产养殖和渔业资源保护的智能化发展迅速,对鱼类跟踪技术的需求也随之增加。传统的鱼类跟踪方法主要依赖于目视观察和标签追踪,存在效率低、应用范围有限、准确率不高等问题,限制了其推广应用。随着深度学习技术在计算机视觉领域的快速发展,基于深度学习的鱼类跟踪技术能够提供准确、客观、可扩展和自动化的跟踪方法。首先,介绍了鱼类跟踪技术的跟踪对象和4种深度学习鱼类追踪方法,分别是语义分割、实例分割、目标检测和目标分类。其次,介绍了鱼类跟踪技术如何获取鱼类轨迹与姿态、鱼类数量以及鱼类体长等鱼类目标跟踪信息。接着,介绍了基于深度学习的鱼类跟踪技术在鱼类疾病、鱼类摄食行为以及鱼类健康状态方面的应用,并从低对比度和纹理模糊、图像颜色失真以及遮挡和变形等3个方面,探讨了目前基于深度学习的鱼类跟踪技术的主要问题和一些相应的解决方法。最后,对基于深度学习的鱼类跟踪技术的发展前景进行了总结和展望。研究认为：基于深度学习的鱼类跟踪技术具有更高的准确度和客观性,为不同场景下的实际应用提供了更多解决方案,该技术有望在水产养殖管理、鱼类科学研究以及海洋环境保护等领域发挥更重要的作用,为相关领域提供更多的数据和支持。 相似文献
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RAPD技术是建立在PCR基础上的一种新型的分子遗传标记技术,本文分析了我国目前鱼类种质资源现状,系统地介绍了RAPD技术的原理、优势及不足,并且归纳和总结了RAPD技术在鱼类种质资源研究中的应用. 相似文献
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盐碱胁迫下青海湖裸鲤鳃基因表达差异 总被引：1，自引：0，他引：1
采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,研究了青海湖裸鲤(Gymnocyprisprzewalskii)在高盐碱胁迫下转录水平上的基因表达差异,实验获得差异表达序列91条,其中成功注释60条。以同是鲤科鱼类的斑马鱼(Danio rerio)的基因ID作为参照,用DAVID软件对这些序列进行功能分类,结果从正向文库获得28条功能基因片段,反向文库获得14条。按功能将其分为10类,其中,催化活性、细胞、部分结合相关基因表达上调,结合、免疫相关基因表达下调。分析发现,高盐碱胁迫会改变鱼类的渗透压和酸碱平衡,对免疫系统产生一定的抑制作用,对此,鱼类通过增强离子调控、提高血清尿素氮浓度、合成应激蛋白等,来维持渗透压和酸碱平衡,缓解应激反应。 相似文献
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性别异形在动物界广泛存在,长期以来一直是生物学中的热门话题。黄喉拟水龟性别分化属温度依赖型,其温度响应分子机制仍不清楚。为了进一步解析龟鳖动物性别分化的分子机制,本研究初步比较分析了黄喉拟水龟转录本中性别差异表达(different expressed, DE)的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)及其调控的靶基因。首先,运用Illumina深度测序平台,通过转录组测序(RNA-Seqs)对黄喉拟水龟的精巢和卵巢进行了比较转录组学分析并筛选鉴定出雌雄差异转录本,共筛选获得8 237个DE mRNA和9 573个DE lncRNA。通过GO功能注释及 KEGG通路富集分析发现,上述差异转录本主要参与龟鳖动物性别分化和性腺发育等相关信号通路。此外,通过顺式和反式作用分析,筛选获得了一系列与生殖发育相关的(性腺发育和性别分化)受DE lncRNAs调控的靶基因。本研究为进一步阐明黄喉拟水龟温度依赖型性别的分子机制提供了线索,特别是为进一步挖掘利用龟鳖动物性别决定因子,进行龟鳖动物性控育种技术研究奠定了基础。 相似文献
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黑斑原鮡(Glyptosternum maculatum)是我国雅鲁藏布江中上游江段特有鱼类, 为适应雅鲁藏布江急流、低温的水域环境条件, 进化出独特的组织器官——副肝。本研究采用组织学、生物化学以及转录组学的方法开展了黑斑原鮡主肝与副肝代谢差异调控机制的研究。结果表明, 黑斑原鮡主、副肝脏在结构组成、肝细胞线粒体数量及线粒体蛋白质组成上无显著差异。转录组学结果表明, 主、副肝脏共有差异表达基因 77 个。经 GO 功能注释, 筛选出羟甲基戊二酸单酰 CoA 合成酶(Hmgcl)、血栓素合成酶(Tbxas)、钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶(Cask)、甲酰甘氨酸生成酶(Sumf1)、蛋白质酪氨酸激酶(Jak1)以及甘油酸激酶(Glxk)等差异表达基因, 这些基因富集到氨基酸代谢、脂肪代谢等过程。KEGG 通路富集结果显示, 差异表达基因富集到丁酸盐代谢通路(butanoate metabolism)、 过氧化物酶体(peroxisome)、缬氨酸, 亮氨酸和异亮氨酸降解(valine, leucine and isoleucine degradation)、赖氨酸降解(lysine degradation)、色氨酸代谢(tryptophan metabolism)以及代谢途径(metabolic pathways)等信号通路。选出 4 个差异表达基因进行实时荧光定量 PCR (qRT-PCR)检测, 结果显示 qRT-PCR 与转录组测序结果基本一致。综上所述, 黑斑原鮡主、副肝脏存在氨基酸、脂肪酸及能量代谢差异, 其代谢差异可能与 Hmgcl、Ptk2b、Gba 和 Dnm1l 等基因在主、副肝脏中的差异性表达有关(P＜0.05)。本研究筛选出调节黑斑原鮡代谢差异的关键基因和信号通路, 为揭示黑斑原鮡主、副肝脏代谢差异机制奠定了理论基础。 相似文献
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《南方水产科学》2021,(4)
多种鱼类包括半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)都存在性别大小异形现象,这种生长二态性可能与性类固醇激素和生长轴相关基因的相互作用有关。笔者课题组前期已通过转录组学分析发现性类固醇激素可能参与半滑舌鳎性别大小异形调控过程。为探究性类固醇激素对半滑舌鳎不同性别生长差异的影响,该研究对16月龄雌、雄、伪雄鱼进行了雌二醇、睾酮激素注射处理,并对其生长数据进行统计,且对半滑舌鳎生长激素1(Growth hormone 1, gh1)、胰岛素样生长因子1 (Insulin-like growth factor 1, igf1)和细胞因子信号转导抑制因子(Suppressor of cytokine signaling 3, socs3) 3个基因进行了定量分析。结果表明,两种性类固醇激素对半滑舌鳎不同性别个体的生长均具有抑制作用。激素处理后,gh1、igf1在脑、肝脏中的表达量总体呈下降趋势,socs3在肌肉和肝脏中的表达量显著上升。该研究探讨了性类固醇激素对半滑舌鳎不同性别生长性能的影响,为深入研究性固醇激素调控鱼类性别大小异形现象提供了参考。 相似文献