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1.
【目的】从亲权排除率、鉴别准确率、鉴别成功率等方面评价微卫星标记鉴别草鱼亲权关系的可行性,为草鱼系谱信息的确定奠定基础。【方法】利用8个微卫星标记检测5个草鱼家系亲本（F0）及其子代（F1）的基因型,以Cervus3．0软件进行亲权鉴定,并统计微卫星位点的等位基因数（Na）、多态信息含量（PIC）、观测杂合度（H0）和期望杂合度（He）等;最后通过模拟分析和试验验证,评估8个微卫星位点最多可鉴定的亲本数及其与鉴定率、置信度之间的关系。【结果】8个微卫星位点中,当两个亲本基因型未知时,单个亲本排除率（E-1P）介于0．342-0．668,平均值为0．520;当一个亲本基因型已知时,另一个亲本的排除率（E-2P）介于0．521-0．802,平均值为0．681;一对亲本组合的亲权排除率（E-PP）介于0．711-0．937,平均值为0．847。以95％置信水平和100％鉴定率为标准,模拟分析及试验验证结果表明,所选择的8个微卫星位点最多可以鉴定598个已知性别的亲本或431个未知性别的亲本。【结论】所选的H118、H137、H165、H148、4703、C2489、H57、H81等8对微卫星标记可在生产及科研试验中用于获取草鱼系谱信息。 相似文献
2.
【目的】探讨微卫星DNA标记在大口黑鲈(Micropterus salmoides)亲权鉴定中的可行性,为大口黑鲈家系选育的系谱精确鉴定和选育效果评价提供依据。【方法】选择12个多态信息含量较高的微卫星DNA位点,以人工选育建立的大口黑鲈5个全同胞家系为试验材料,采用Cervus 3.0进行亲权分析,并根据家系内个体间的遗传距离进行UPGMA聚类分析。【结果】所选的12个微卫星DNA多态位点在102个子代中的平均等位基因数(A)为3,平均观测杂合度(Ho)为0.594 8,平均期望杂合度(He)为0.545 7,平均多态信息含量(PIC)为0.475 9。Cervus3.0亲权分析表明,在置信度为95%时,使用12个和10个位点,模拟和实际分析的判别成功率分别为96%和98%,87%和91%;而置信度为99%时,分别为78%和92%,64%和86%;在置信度为99%和95%时,判别准确率皆在90%以上。从12个位点中挑选10个多态信息含量高的微卫星DNA位点,即可将102个子代完全准确地聚为5个群体。亲权分析结果与聚类分析结果一致。【结论】所选用的12个微卫星位点可用于大口黑鲈亲权鉴定研究,其判定成功率和准确率较高,结果可靠。 相似文献
3.
缢蛏微卫星多态性分析及其在亲子鉴定中的应用 总被引：1，自引：1，他引：0
利用磁珠富集法,构建了缢蛏(Sinonovacula constricta)微卫星富集文库。开发并筛选出18对微卫星引物,其中8对微卫星引物亲缘排除率较高,选取这8对引物对家系进行了亲子鉴定。结果表明,18对微卫星引物在12个个体中等位基因为2~6,平均等位基因为3.00;观测杂合度在0~1.000之间,平均值为0.581 3;期望杂合度0.290~0.779,平均值为0.528 4;多态信息含量为0.239~0.703,平均值为0.432 2。当两个亲本基因型未知时,8对微卫星引物在整个家系中单个亲本排除率(E-1P)为0.583~0.916,平均值为0.790 0;当一个亲本基因型已知时,另一个亲本的排除率(E-2P)为0.406~0.830,平均值为0.653 9。同时可知在子代个体数量不断增加的情况下,排除率仍在较高范围,因此可以作为亲子鉴定的分子标记。这对于缢蛏规范化养殖、家系选育的开展具有重要意义。 相似文献
4.
崂山奶山羊分子系谱的构建及家系遗传特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】通过微卫星DNA标记技术对已知系谱记录的试验群体构建分子系谱,验证崂山奶山羊与原有系谱记录的一致性,探讨影响亲权鉴定的因素,摸清家系的遗传特征,为群体的保种和遗传管理提供科学依据。【方法】从25个微卫星DNA标记中筛选出12个高多态性的遗传标记,对已知系谱记录的212只崂山奶山羊,利用Cervus vs 2.0软件进行亲权分析,利用Pedigraph vs 2.2软件构建试验群体的分子系谱,利用Molkin vs 3.0、MEGA4和GeneClass2软件对所构建家系的遗传特征及系统发育关系进行分析。用SPSS vs 16软件对每个位点的排除概率（EP）与多态信息含量（PIC）、期望杂合度（He）、观察杂合度（Ho）、等位基因数（K）等多态性参数的相关性进行分析,分析不同位点数及信息来源对亲权鉴定准确性的影响。【结果】12个微卫星DNA遗传标记的多态信息含量均为高度多态（PIC≥0.5）,平均为0.687,平均等位基因数为5.75个,期望杂合度平均为0.730;在父本已知的基础上进行母子亲权鉴定,置信度在95%以上的累积排除概率为0.9998,最终从80个候选母亲、祖母中找出了115个后裔的母亲、祖母,发现3个个体与原有系谱记录不相符,符合度达到98.58%,构建了2个以父系为基础的家系及群体分子系谱图。排除概率与PIC相关系数最大（0.99以上）,与K相关系数最小（0.67）。使用8个位点可使CEP2达到99.73%以上。【结论】所选12个微卫星标记可用于崂山奶山羊试验群体的亲权鉴定及分子系谱构建;所构建家系具有较好的遗传基础,家系间及家系内具有较高的遗传变异。 相似文献
5.
[目的]研究青格里绒山羊群体的遗传多态性,检测并分析多态标记与生产性状的关联性,找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究9个微卫星标记在青格里绒山羊群体中的遗传多态性,利用Popgene(Version1.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),并用SAS软件的一般线性模型(GLM)分析多态位点与部分生产性状的相关性关系.[结果]9个微卫星标记中,微卫星标记BM6438没有多态性,其它8个微卫星标记均存在多态性.在青格里绒山羊群体中,8个有多态性的微卫星标记的平均有效等位基因数(Ne)、杂合度(H)、纯合度(P)和多态信息含量(PIC)分别为4.821 9、0.784 9、0.215 1、0.754 0.关联分析表明:绒细度性状上,标记OarHH35的BF基因型个体的绒细度显著低于其它基因型个体(P＜0.05),标记BM3033的DF基因型个体极显著低于CE基因型个体(P＜0.01),标记BM1824的BE基因型个体极显著低于AB基因型个体(P＜0.01);产绒量性状上,标记BMS1788的CG基因型个体显著高于BC和EG基因型个体(P＜0.05);标记BM1824的AD和BE基因型个体显著高于CF基因型个体(P＜0.05).[结论]与生产性状相关联的4个微卫星标记OarHH35、BM3033、BM1824、BMS1788可望作为青格里绒山羊绒细度或产绒量的分子遗传标记.其中,标记BM 1824的BE基因型可望作为同时影响青格里绒山羊绒细度和产绒量的分子标记,这对于绒山羊分子育种研究工作的开展具有重要意义. 相似文献
6.
[目的]选取3个马匹品种(柯尔克孜马、俄罗斯速步马、纯血马),对其5个微卫星DNA座位AHT4、ASB2、HMS3、HMS7、LEX3进行多态性分析,利用SPASS分析软件,对3个马品种进行初步鉴别.[方法]以柯尔克孜马、俄罗斯速步马、纯血马为实验对象,分别采集血样10 mL,枸橼酸钠抗凝,实验室中对所选取的5个微卫星DNA座位进行非变性丙烯酰胺电泳(PAGE)检测,用Popgene32分析数据.比较品种间有效等位基因数(Ne)、等位基因频数分布间的差异,辅以各品种特有的基因型条带对三个马品种进行初步鉴别.[结果]对5个微卫星标记的有效等位基因数(Ne)数值进行分析,发现纯血马与俄罗斯速步马、柯尔克孜马与俄罗斯速步马呈显著差异关系(P＜0.05),成为初步鉴别三个马品种的重要依据;对5个微卫星标记进行非变性丙烯酰胺电泳(PAGE)检测,发现ASB2微卫星标记的基因型中,柯尔克孜马有区别于其他两个品种马的基因型:CC、CD、EG、EH基因型,纯血马所特有的基因型为BI、JJ、KK基因型;AHT4微卫星标记的等位基因型中,柯尔克孜马所特有的基因型为DF、EF、GG基因型,纯血马所特有的基因型为BC基因型;HMS3微卫星标记的等位基因型中,纯血马所特有的基因型为CC基因型;HMS7微卫星标记的等位基因型中,纯血马所特有的基因型为AA基因型.[结论]3个马品种的鉴别可以通过筛选出的微卫星位点的有效等位基因数(Ne),以及所选微卫星标记的等位基因,辅以各品种特异的基因型电泳条带,从而达到初步鉴别三个马匹品种的目的. 相似文献
7.
延边黄牛的微卫星遗传变异及DNA指纹分析 总被引：1，自引：0，他引：1
检测了8个群体184个个体,共检测到等位基因330个,各微卫星标记位点的多态信息含量(PIC)为0.536 7~0.886 1,同一标记位点在各群体间存在差异.各位点观察杂合度的变动范围为0.2~0.954 5,期望杂合度的变动范围为0.283 1~0.918.在HEL9和HEL51两个微卫星标记中,延边黄牛特有基因型的频率都达到了40%以上,因此,本实验所获得的微卫星DNA指纹数据对延边黄牛的品种鉴别有重要的参考价值. 相似文献
8.
[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究. 相似文献
9.
中国美利奴羊(新疆型)及其杂交后代群体遗传多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究4个微卫星标记在3个绵羊群体中的遗传多态性,以期找到与生长性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究4个微卫星标记在3个绵羊群体(中国美利奴羊、中国美利奴羊与德国美利奴羊的杂交后代、中国美利奴羊与萨福克羊的杂交后代)中的遗传多态性,利用Popgene( Versionl.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC - CALC软件计算多态信息含量(PIC).[结果]4个微卫星标记在3个绵羊群体中共检测到26个等位基因,平均每个标记检测到6.5个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)分别为4.384 8、5.4520、5.006 8,平均杂合度(H)分别为0.771 3、0.812 2、0.799 6,平均多态信息含量(PIC)分别为0.742 2、0.785 3、0.770 6.[结论]4个微卫星标记在3个绵羊群体中均表现为高度多态,可以用作绵羊遗传多样性的评估,可望作为生长性状选择的遗传标记. 相似文献
10.
[目的]研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性与经济性状的关联性,以期找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究微卫星标记BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中的遗传多态性,利用POPGENE(Versionl.32)软件计算等位基因频率(E)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、基因纯和度(P);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),运用最小二乘线性模型,对所检测到的多态标记与生产性状进行关联分析.[结果]2个微卫星标记在新疆山羊群体中的有效等位基因数(Ne)分别为4.162 5、5.732 5,基因杂合度(He)分别为0.759 8、0.825 6,多态信息含量分别(PIC)为0.720 8、0.801 6.关联分析结果表明-在绒细度性状上:标记BMS1788的CF和EG基因型个体显著高于AE基因型个体(P＜0.05);在绒长度性状上:标记BM6506的AB基因型个体显著高于BB、BD和AA基因型个体(P＜0.05),标记BMS1788的CF基因型个体显著高于AD和DE基因型个体(P＜0.05);在含绒率性状上:标记BM6506的AC基因型个体显著高于BB和AA基因型个体(P＜0.05).[结论]微卫星标记在BM6506和BMS1788在新疆山羊群体中均表现为高度多态(PIC＞0.5),表明新疆山羊群体的遗传变异程度大,遗传多样性丰富,可以用作新疆山羊遗传多样性的评估和经济性状选择的遗传标记. 相似文献