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1.
《蚕业科学》2015,(4)
刺蛾科昆虫是柞园栎树林中的重要害虫类群。克隆了栎树林中主要刺蛾科昆虫的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtDNA COⅠ,Gen Bank登录号:KP727647~KP727664),以此作为供试刺蛾科昆虫的DNA条形编码基因分析其碱基组成特点和遗传进化规律,探讨将其应用于栎树林中刺蛾科害虫的分类鉴定和系统进化关系研究的可行性。刺蛾科昆虫各物种间的mtDNA COⅠ基因碱基组成差异不明显,碱基T、C、A、G的平均含量分别为38.0%、16.2%、30.7%和15.1%,AT含量为68.7%,显著高于GC含量(31.3%),表现出明显的AT使用趋向性;碱基明显倾向于使用T(AT偏倚度为-0.106 26),具有较弱的C偏好性(GC偏倚度为-0.035 14),不同物种间该基因碱基T使用偏好程度差异较大。刺蛾科昆虫mtDNA COⅠ基因碱基变异率为26.64%,碱基颠换明显高于转换(R值为0.75)。刺蛾科昆虫各物种mtDNA COⅠ基因的平均进化率为11.5%,进化率最大的发生在锯纹岐刺蛾Austrapoda seres与中国扁刺蛾Thosea sinensis间,进化率最小的发生在黄刺蛾Monema flavescens与梨娜刺蛾Narosoideus flavidorsalis之间。在刺蛾科昆虫mtDNA COⅠ基因的系统进化树中,中国绿刺蛾Parasa sinica和中国扁刺蛾Thosea sinensis聚在一起形成一个单系,其他物种聚在一起形成另外一个单系。以上结果表明,mtDNA COⅠ基因可作为DNA条形编码用于栎树林刺蛾科害虫的分类鉴定和系统进化研究。 相似文献
2.
橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。 相似文献
3.
近期在辽宁柞蚕区发现了一种新的柞树潜叶性害虫。将昆虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtD NA COⅠ)序列作为DNA条形码,结合形态特征对害虫进行分类鉴定。以单头试虫的基因组DNA为模板,用mtD NA COⅠ通用引物PCR扩增得到了试虫的mtD NA COⅠ基因片段(GenB ank登录号:KX657707~KX657709)。将获得的基因片段序列在NCBI数据库进行BLAST同源性搜索,在GenB ank中未搜索到该试虫的相关序列信息,但与鞘翅目Coleoptera象甲科Curculionidae象甲亚科Curculioninae的Orchestes jota mtD NA COⅠ同源片段序列(GenB ank登录号:KJ963227.1)的相似度最高,为86%。室内观察其成虫、幼虫和蛹的形态特征:成虫体长3.7~4.0 mm,喙长0.8~1.0 mm,鞘翅,后足发达,腿节粗壮;老熟幼虫5~7 mm,体节12节,无足,具步泡突;蛹为裸蛹。基于试虫的mtD NA COⅠ分子鉴定标记,结合试虫与原有记录形态特征的比较结果,初步鉴定新发现的柞树潜叶性害虫为跳象亚科Rhynchaeninae跳象属Rhynchaenus的多斑柞跳象Rhynchaenus(Orchestes)maculosus。 相似文献
4.
云南省是我国大蚕蛾科(Saturniidae)绢丝昆虫资源最为丰富的地区之一。利用DNA条形码技术对采自云南省楚雄地区的一种野生绢丝昆虫进行分子鉴定,并调查其茧质性状。提取该野生绢丝昆虫的蛹基因组DNA,以昆虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)片段通用引物PCR扩增,获得一段长度为574 bp的mt DNA COⅠ基因片段(Gen Bank登录号:KR812471)。基于mt DNA COⅠ基因序列比对,该野生绢丝昆虫与柞蚕属(Antheraea)的明目大蚕蛾(A.frithi)同源序列的相似度为99.47%。应用Kimura-2-Parameter模型计算该野生绢丝昆虫与2种明目大蚕蛾及其他19种柞蚕属绢丝昆虫的遗传距离,结果显示其与明目大蚕蛾的遗传距离仅为0.005;构建的进化树中,该野生绢丝昆虫也是最先与明目大蚕蛾聚在一起。此外,该野生绢丝昆虫的成虫形态特征与已有文献描述明目大蚕蛾的特征相符。综合分子鉴定结果与成虫的形态特征,确认该野生绢丝昆虫为明目大蚕蛾(Antheraea frithi)。供试明目大蚕蛾所生产的茧为黄褐色,有茧柄,无茧孔,平均茧大小为20 mm×38 mm,平均单粒茧质量6.55 g,平均茧层率10.8%,初步认为具有潜在的开发利用价值。 相似文献
5.
鸡下丘脑组织表达序列标签初步分析 总被引：5，自引：1，他引：4
为了鉴定所构建的鸡下丘脑组织 c DNA文库能否用于下丘脑表达谱的建立 ,从 c DNA文库中随机挑取 12个克隆 ,对其表达序列标签 (expressed sequence tags,ESTs)进行了测定和初步分析。经 BL ASTn和 FASTA3.1分析后发现 ,1个 ESTs在 Gen Bank中可以找到鸡的同源序列 ,4个在其他物种中也可以找到同源序列 ,1个在 ESTs database中有同源 ESTs序列 ,还有 6个为未知功能基因。 12个 ESTs序列均已录入 Gen Bank。 相似文献
6.
樗蚕(Philosamia cynthia cynthia)与蓖麻蚕(Philosamia cynthia ricini)均是鳞翅目大蚕蛾科吐丝营茧的昆虫,二者的血缘关系很近,成虫的外形也极其相似。为了获得用于樗蚕与蓖麻蚕分子鉴定的DNA条形编码,测定了二者的线粒体细胞色素酶C亚基I基因(COI)574 bp的DNA片段序列(GenBank登录号:FJ788507,FJ772004),对序列特征及与同科其它绢丝昆虫同源序列的系统进化关系进行了分析。在大蚕蛾科绢丝昆虫中,樗蚕与蓖麻蚕COI序列表现出最强的碱基T偏好性(ATskew=-0.194),二者的COI序列之间具有明显差异,共鉴定出25个变异位点,表明所测定COI序列可以作为各自的DNA条形编码。樗蚕与蓖麻蚕之间基于Kimura-2-Parameter的遗传距离为0.041,而与同科其它绢丝昆虫之间的遗传距离则在0.076~0.159之间,二者与惜古比天蚕(Hyalophora ce-cropia)之间的亲缘关系较近。 相似文献
7.
《中国预防兽医学报》2015,(12)
为分离鉴定广东某养鸭场疑似"肝坏死"病例的病原,本研究将采集的病料样品感染番鸭胚及番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病原分离,提取出现细胞病变培养物的核酸,采用宏基因组学方法,以随机引物反转录并合成双链DNA进行PCR扩增,扩增产物进行分子克隆和测序分析。结果显示:F6代分离的病毒滴度为log10~(5.0)TCID_(50)/m L,能够导致9日龄~11日龄番鸭胚死亡及MDEF产生明显细胞病变。50个随机克隆经Gen Bank检索有28个为鸭2型腺病毒(DAd V-2)同源序列,核苷酸同源性为92%~99%。28个同源序列形成8个毗连序列群,共计15 107 bp,覆盖DAd V-2基因组全长的34.54%,分离株与Gen Bank中唯一的DAd V-2 GR分离株亲缘关系最近,其部分hexon基因编码的氨基酸同源性为83.3%。参照测定序列设计的引物能够特异性扩增病毒基因。本研究首次应用宏基因组学分离获得国内首株DAd V-2,也是迄今除了法国以外国内首次报道的DAd V-2分离株。 相似文献
8.
《蚕业科学》2015,(4)
在云南蚕区受害桑树的叶片背部采集到一种新的粉虱类害虫,在实验室观察其成虫和卵的形态特征,并结合线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtDNA COⅠ)分子标记技术进行分类鉴定。观察采集粉虱样本的成虫及卵粒四周有粉状物和蜡丝包覆,雄成虫阳茎具有一个双钩结构;提取粉虱样本的基因组DNA,以mtDNA COⅠ基因的通用引物扩增、测序,将拼接序列提交NCBI数据库比对,与数据库中双钩巢粉虱同源序列(GenBank登录号:HM150635.1)的相似度为99%,截取657 bp片段序列比对,二者仅存在1个碱基差异。经过对该粉虱样本的形态识别与mtDNA COⅠ基因分子标记鉴别,初步鉴定其为入侵桑树的双钩巢粉虱(Paraleyrodes pseudonaranjae)。 相似文献
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吉林省圈养梅花鹿种群遗传资源多样性分析 《畜牧与饲料科学》2015,36(5):73-73
为了探讨吉林省圈养梅花鹿的遗传分化情况,利用DNA直接测序技术测定其线粒体细胞色素mt DNA Cytb基因全序列,结合Gen Bank收录的其他梅花鹿亚种同源序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,15头样本mt DNA Cytb基因序列中,共检测到核苷酸多态位点38个,吉林省圈养梅花鹿种群的遗传多样性水平较低,与俄罗斯、韩国、朝鲜亚种亲缘关系较近,与四川亚种亲缘关系较远。 相似文献
10.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(13)
为了扩增海兰褐鸡胚胎Brachyury基因,试验采用RT-PCR的方法,根据Gen Bank中报道的原鸡Brachyury序列设计1对特异性引物,以海兰褐鸡胚胎尾芽组织提取的总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增出海兰褐鸡胚胎Brachyury的c DNA,并克隆到p MD-19T载体中,通过菌落PCR和DNA序列测定进行最终鉴定。结果表明:所克隆的c DNA为海兰褐鸡胚胎Brachyury基因的部分序列,用NCBI网站上的BLAST功能将测序结果与已发表的鸡胚胎Brachyury基因序列进行对比,1 292个碱基中仅有6个碱基有差异,同时该段c DNA包含由1 167个碱基组成的开放读码框(ORF),该ORF编码387个氨基酸残基,符合Brachyury基因特征。 相似文献
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12.
采集滁州地区5县市范围内11例疑似流感病鸡的气管和肺脏组织,参照Gen Bank已经发表的禽流感病毒H9N2的HA基因序列,采用RT-PCR技术成功的扩增出2例流感病毒HA基因的完整读码框,分别命名为AH1、AH2,并进行序列测定及分析。序列分析显示:AH1、AH2 HA基因全长都为1 683 nt,二者基因的同源性为98.9%,只有18个核苷酸存在差异。AH1、AH2 HA基因与Gen Bank登陆的鸡源禽流感病毒H9N2HA基因的同源性在90%~97%之间。AH1和AH2两株裂解位点均为RSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征,未发生太多突变。 相似文献
13.
《蚕业科学》2015,(3)
在之前的试验中给家蚕多化性品种马富(MF)的蛹体注射滞育激素仍无法诱导其产下滞育卵,为探究其原因,从该品种5龄第3天幼虫头部组织克隆了滞育激素基因(Bm DH)的全长c DNA,BLAST比对显示该基因编码氨基酸序列与NCBI数据库中来自家蚕二化性品种大造的Bm DH氨基酸序列(Gen Bank登录号:BAA059713)的相似度为90.1%,但存在差异的序列不包含滞育激素作用的功能区域。运用半定量RT-PCR与实时荧光定量PCR技术检测Bm DH基因在3个不同化性家蚕品种蛹期头部和卵巢的转录水平存在差异,转录水平从高到低依次为二化性家蚕品种C108,多化性品种MF、尼斯塔里;Bm DH在多化性家蚕品种MF的5龄期雌性和雄性幼虫的头部、血液、生殖腺3个组织中有转录,在中肠、丝腺、马氏管、表皮、脂肪体5个组织中没有检测到转录。研究结果初步提示:家蚕无滞育现象可能与体内滞育激素不足有关;但多化性品种MF不能被蛹期体外注射滞育激素诱导产生滞育卵与Bm DH基因的转录表达水平并无直接的关系。 相似文献
14.
樗蚕(Philosamia cynthia cynthia)是重要的野蚕资源。为从分子水平研究樗蚕的孵化机制,以催青第9天的樗蚕卵为材料提取总RNA并反转录合成c DNA,根据鳞翅目昆虫孵化酶基因的保守序列设计简并引物,通过RACE-PCR获得樗蚕孵化酶基因全长c DNA,命名为Pcc HE(Gen Bank登录号:MH119084)。Pcc HE基因c DNA全长为964 bp,由5'-UTR、3'-UTR和885bp的ORF组成,编码294个氨基酸;Pcc HE蛋白序列含有孵化酶特征序列锌指结合基序和Met-转角基序;基于Pcc HE氨基酸序列与16种动物孵化酶同源氨基酸序列构建的系统进化分析树显示,樗蚕与蓖麻蚕之间的亲缘关系最近。半定量RT-PCR检测Pcc HE在樗蚕胚胎发育早期的表达维持在较低水平,催青第3天小幅度增加,第9天时表达水平开始大幅上升,至孵化前达到最高水平;Pcc HE在5龄3 d幼虫中肠中高水平表达,并且在马氏管中也有表达,这是首次在昆虫马氏管中发现孵化酶基因的表达。上述结果表明,Pcc HE与樗蚕的胚胎发育和孵化密切相关,还可能参与幼虫期的食物消化、蛋白质代谢等生物学过程。 相似文献
15.
本实验利用干扰素诱导剂Poly(I:C)诱导鸽成纤维细胞,提取细胞总RNA,根据Gen Bank中公布的鸽基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增白卡奴鸽MX基因全长编码区序列。结果表明:白卡奴鸽MX基因编码区长2 106 bp,编码701个氨基酸残基,推测蛋白分子量大小为79.7 ku,等电点为6.37;通过与Gen Bank中已登录的脊椎动物MX基因序列对比,核苷酸序列的同源性为54.0%~78.0%,氨基酸序列的同源性为41.3%~69.3%。本实验成功克隆了白卡奴鸽MX基因,证实其编码的蛋白具有脊椎动物MX基因共有的结构特征,为进一步研究白卡奴鸽MX基因的抗病活性及其作用机制奠定了基础。 相似文献
16.
《畜牧与兽医》2017,(1):39-44
神经介素U(NMU)是从猪脊髓分离得到的一种神经肽,主要为NMU-25和NMU-8。NMU通过与其2个G蛋白偶联受体(NMU-R1和NMU-R2)结合而发挥作用。本文用RT-PCR方法克隆了兔NMU及其受体基因片段,分析了其结构特点,研究其在兔体内的表达分布。克隆了兔NMU、NMU-R1和NMU-R2基因片段,其大小分别为443,366和203 bp,并将基因序列提交到Gen Bank数据库(Gen Bank ID:kp276160.1,km-236787.1和km-236788.1),表明克隆的兔NMU基因片段核苷酸序列与其他物种如大鼠、猪、牛和人相比有较高的同源性(78%~83%),NMU-R1基因核苷酸序列同源性为80%~87%,NMU-R2基因核苷酸序列同源性为82%~89%。兔NMU-R1和NMU-R2具有G蛋白偶联受体的跨膜结构。NMU、NMU-R1和NMU-R2基因分别定位于第2号、3号和1号染色体上。此外,NMU、NMU-R1和NMU-R2 mRNA在兔体内广泛表达。试验结果为深入研究NMU及其受体的生理功能奠定了基础。 相似文献
17.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(23)
为了解猪轮状病毒(PoRV)贵州株NSP4基因的序列特征,试验根据Gen Bank上公布的猪轮状病毒NSP4基因序列设计1对特异性引物,扩增一株猪轮状病毒贵州流行株NSP4基因序列并进行序列测定及分析。结果表明:得到的碱基序列(562 bp)与预期结果相符,包含NSP4基因528 bp的开放阅读框,编码175 aa;与已知的14个国内外参考毒株NSP4核苷酸和推导氨基酸序列比较,同源性分别为89.1%~94.1%和95.4%~98.3%;氨基酸系统进化树结果显示,贵州流行株与国内流行株LL36755亲缘关系较近。说明试验成功克隆了PoRV贵州株NSP4基因,获得了其序列,并分析了其序列特征。 相似文献
18.
腺苷酸转移酶(adenine nucleotide translocase,ANT)是线粒体内膜上的转运蛋白家族成员。从柞蚕(An-theraea pernyi)蛹全长cDNA文库中获得了柞蚕腺苷酸转移酶基因(ApANT)的cDNA序列(GenBank登录号FJ788509)。对该基因进行生物信息学分析表明:ApANTcDNA全长1 282 bp,含有1个903 bp的开放阅读框(ORF)序列,编码300个氨基酸;ApANT与烟草天蛾(Manduca sexta)等鳞翅目昆虫的ANT基因在核苷酸和氨基酸序列水平分别具有80%和90%以上的同源性,说明ANT蛋白在这些昆虫中是高度保守的;与其它已知鳞翅目昆虫的ANT蛋白一样,ApANT蛋白含有3个线粒体穿膜结构域,并且这3个保守结构域之间也显示出较高的相似性。 相似文献
19.
《中国草地学报》2019,(4)
利用DNA条形码技术对收集到的8种草地螟寄生性天敌昆虫线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)的部分序列进行测定,通过比对分析,以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建天敌昆虫系统发育树,以Kimura双参数模型计算天敌昆虫种内及种间的遗传距离。结果发现:与Genbank中寄生蝇及寄生蜂序列进行对比、剪切,共得到584bp的寄生蝇条形码基因序列49条、625bp的寄生蜂条形码基因序列45条。其中,49条寄生蝇的平均碱基含量中AT含量为71.1%,大于GC含量;45条寄生蜂的平均碱基含量中AT含量为74.0%,大于GC含量;均表现出AT偏向性。4种寄生蝇种内平均遗传距离为0.0015,种间平均遗传距离为0.1137;4种寄生蜂种内平均遗传距离为0.0015,种间平均遗传距离为0.3010,两类天敌昆虫的种间遗传距离均远大于种内遗传距离;聚类分析显示每一种天敌对应一个分支。说明基于COⅠ基因的条形码技术可以用于草地螟寄生性天敌昆虫的鉴别。 相似文献
20.
《中国草食动物科学》2015,(6)
为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)F1L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-F1L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株F1L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示:F1L基因PCR扩增产物大小为999 bp,编码333个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,与福建FJ-GO株同源性高达98%,亲缘关系最近,属于同一分支。 相似文献