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利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为了比较EST-SSR和ISSR 2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性.12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318.30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499.2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率.ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近.聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01).因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析. 相似文献
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茶树种质资源遗传多样性的ISSR分析 总被引：7，自引：0，他引：7
利用ISSR分子标记技术,对51个茶树品种进行遗传多样性分析.选用10个多态性高、分辨力强的ISSR引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,共获得53条清晰可辨的带,其中多态性带49条,多态位点百分率为92.45%,表明供试品种资源在DNA水平上存在广泛的变异.51份资源所检出的位点平均有效等位基因数、平均基因多样度、平均Shannon信息指数,分别为1.621±0.333,0.351±0.162,0.514±0.219.遗传距离介于0.097～0.692之间,平均为0.337:UPGMA法将51份资源分成4个类群.亲缘关系树状图在分子水平上显示了供试茶树品种间的亲缘关系,为今后茶树育种亲本的选配提供了理论依据. 相似文献
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应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有 相似文献
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选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条SCo T引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4~17个等位位点,平均为11个,38条SCo T引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率(PPB)为96.62%。每个SCo T位点的遗传多态性信息含量在0.56~0.99之间,平均为0.90。供试材料的遗传相似系数集中在0.59~0.71之间。研究表明,SCo T标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于SCo T标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高。 相似文献
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福建省53份茶树种质资源遗传多样性ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用ISSR分子标记技术对福建省7个地区的茶树品种进行遗传多样性和遗传结构的分析。筛选出的12条引物共扩增出97条条带,其中多态性条带有92条,多态性谱带百分率为94.84%;53份供试材料可划分为5大类(GS=0.71),遗传距离介于0.66~0.99之间;Nei基因多样性指数为0.224,Shannon's信息指数为0.368,不同地区茶树的遗传多样性参数差异较大,其中宁德福安地区最高,福州鼓山地区最低;总变异系数为0.332,地区内个体间遗传多样性为0.154,而地区间为0.231,福州地区与其他地区之间的相似性较弱;研究认为,福建省茶树遗传多样性丰富,不同地区茶树存在高频率遗传变异,而缺乏遗传信息交流是造成福州地区遗传多样性较低的可能因素。 相似文献
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应用ISSR标记,对96份海南龙血树种质的遗传多样性进行研究。从100个ISSR引物中筛选出10个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出134条谱带,平均每个引物能扩增出13.4条带,多态性条带比率达99.25%。材料间遗传相似系数为0.589 6～0.985 1,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.370 2,平均Nei’s基因多样性(H)为0.232 1,每位点平均有效等位基因(NE)为1.369 2。用UPGMA法将96份海南龙血树种质分为4大类。 相似文献
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银耳芽孢遗传多样性分析 总被引：2，自引：1，他引：1
利用ISSR和RAPD分子标记分析了不同来源的14株银耳芽孢多样性.4个ISSR引物和2个RAPD引物总扩增条带数为40条带,其中多态性位点数为39,多态性位点百分比97.50%.平均等位基因位点数为1.9750,平均有效等位基因位点数为1.393 1,物种水平上Nei's基因多样度指数为0.2270,Shannon遗传多样性指数为0.3559.UPGMA聚类方法对14个银耳菌株进行聚类分析,聚类结果表明,福建省内栽培的不同银耳菌种芽孢没有差异,福建省内银耳菌种比较单一,遗传背景相当狭隘;但这些菌株的芽孢与野生采集分离的银耳菌株的芽孢存在一定的差异. 相似文献
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利用ISSR分子标记技术,对来自全国13个省(市、区)的60份假俭草种质进行了遗传多样性分析。从60个ISSR引物中选用13个多态性高、分辨率强的引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,获得104条清晰可辨的条带,共有多态性带96条,多态位点百分率为92.31%。表明,供试品种在DNA水平上存在着广泛的变异。利用NTSYSpc2.10e软件进行检测表明,60份资源所检出的位点平均有效等位基因数、平均多样度和平均Shannon信息指数,分别为(1.468±0.129)、(0.277±0.064)和(0.425±0.085)。遗传相似系数介于0.569 1～0.910 6之间,平均为0.739 6;UPGMA法将60份种质分成2个类群。 相似文献
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广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。 相似文献
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云南古茶树(园)遗传多样性的ISSR分析 总被引：12，自引：1，他引：11
云南省保存有20多万亩古茶园,这些古茶树（阿萨姆变种Camellia sinensis var. assamica）种质资源可能含有各种优良基因,对未来茶树良种选育有重要意义。本研究采用ISSR分子标记技术对云南省十个有代表性的古茶园遗传多样性进行分析,十个居群的多态位点百分率（P）为56.5%~90.9%;Nei’氏遗传距离（He）居群平均是0.281,阿萨姆变种水平内是0.461;Shannon多样性指数(Ho)居群平均是0.418,阿萨姆变种水平内是0.653。而居群间遗传分化系数Gst=0.391,和Shannon多样性指数分析（36.0%）和AMOVA分析结果（39.7%）相一致,说明阿萨姆变种60.9%的遗传变异来自居群內的个体间,39.1%的遗传变异来自居群间。研究结果揭示阿萨姆变种居群遗传多样性高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化,这可能是由于茶树种内高度异交的特性和生境片段化所致。基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略。 相似文献
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ISSR分子标记在茶树遗传关系分析中的初步应用 总被引：10，自引：1，他引：9
ISSR标记是一种基于微卫星序列发展起来的十分有效的分子标记。本文主要利用ISSR分子标记对我国39份茶树种质资源进行遗传关系研究,从40条引物中筛选出15条引物,共扩增出143个位点,其中多态性位点为131个,占91.6%。通过UPGMA聚类分析,39个茶树种质资源GS变化范围0.21~0.95,其中慢奇兰与竹叶奇兰GS值最大、遗传相似程度最高,遗传距离最近;崇庆枇杷茶与英红1号GS值最小、遗传相似程度最低、遗传学差异最大。聚类分析将39个种质资源划分为3个大类(GS=0.20),崇庆枇杷与英红1号,属于原始类型资源,归为一类;九龙珠与黄龙,属于较原始类型,也归为一类;其余的种质资源归为一类。据此认为,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树遗传多样性和亲缘关系分析是非常有效。 相似文献
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基于ISSR对46份芦笋种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:21条引物共扩增出多态性条带227条,平均多态位点比率为82.01%,基因多样性指数(H)为0.243,Shannon信息指数(I)为0.377。遗传相似性系数介于0.60~0.97之间,种质间遗传多样性较为丰富。基于ISSR的聚类分析,将46份芦笋种质分为Pacific Challenger 2、A和B共3大类;而A类又分为purple passion、pacific purple和A1等3个亚类,A1种质是由主要来源于Walker Seed、Limseed、新西兰、加拿大和江西而形成一个紧凑的亚类。同样地,B类也分为Jingpurple No.2、NJ1189、Pacific2000和B1共4个亚类,B1种质主要来源于江西、山东、北京、荷兰、美国和意大利。此结果将促进芦笋种质的优化运用,为芦笋遗传改良提供理论基础。 相似文献
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利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构 总被引：11，自引：1，他引：10
利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。 相似文献
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稻属AA染色体组8个种间SSR多样性与亲缘关系 总被引：1，自引：1，他引：0
选用平均分布于水稻基因组的30对SSR 引物,对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示,本试验选取的30个SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率为100%。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为224, 每个位点可扩增出3～10个等位基因,平均7.47个;等位基因有效数(Ae)变幅为1.25～891,平均5.45。多样性指数中,Shannon多样性指数(I)为0.454～2.386,平均1.826;而Nei基因多样性指数变幅为0.199～0.888,平均0.774。系统聚类和带型分析结果表明,亚洲栽培稻(Oryza sativa) 与普通野生稻(O. rufipogon) 的亲缘关系最近,非洲栽培稻(O. glaberrima) 则与巴蒂野生稻(O. barthii) 关系最为密切,杂草稻(O. spontanea) 与普通野生稻 (O. rufipogon)、亚洲栽培稻(O. sativa) 之间有较近的亲缘关系,而展颖野生稻(O. glumaepatula)、长雄蕊野生稻(O. longistaminata)与AA组其他稻种之间的亲缘关系较远。 相似文献
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川渝地区重要野生大茶树遗传多样性的ISSR分析 总被引：4，自引：2，他引：2
利用ISSR技术对四川、重庆等地12份重要的野生大茶树资源的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出7个多态性引物,共扩增出146条DNA带,其中139条为多态性带,占95.2%,平均每个引物扩增的DNA带数为21条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,供试品种的基因(H)和shannon信息系数分别为0.20和0.34。对12株野生大茶树进行UPGMA聚类分析,品种间的相似系数介于0.37～0.71,平均为0.51。并在此基础上建立了聚类分析树状图,将其12个品种划分为3大聚类组。 相似文献