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1.
唐婕 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2014,40(3)
根据GenBank已公布的化脓隐秘杆菌溶血素((Pyolysin,PLO)基因设计6条引物,建立一种灵敏的环介导等温扩增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)用于化脓隐秘杆菌(Arcanobacterium pyogenes)的快速检测,并对检测方法的特异性和灵敏度进行验证。对化脓隐秘杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、非O1霍乱弧菌、单增李斯特氏菌、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、嗜水气单孢菌、副溶血性弧菌、蜡样芽孢杆菌等9株实验菌株进行的特异性试验表明,建立的LAMP方法仅对化脓隐秘杆菌的检测结果为阳性;该方法的检测灵敏度在DNA水平上可达112 fg。采用本研究建立的方法检测20份林麝临床病例样品,共鉴定出10株化脓隐秘杆菌,与API Coryne生化鉴定方法的符合率为100%。 相似文献
2.
通过制备兔抗化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)高免血清,筛选固定方法、封闭液、洗涤液、抗体稀释度、抗体孵育时间等应用条件,建立一种检测化脓隐秘杆菌的间接免疫荧光方法。结果表明:用冷丙酮作固定剂,10%山羊血清作封闭液,0.05%Tween–20的0.01 mol/L pH 7.4 PBS(磷酸缓冲盐溶液)作洗涤液,兔抗化脓隐秘杆菌高免血清(一抗)1∶50稀释,37℃作用2 h,羊抗兔FITC(二抗)1∶100稀释,37℃作用2 h,草酸铵结晶紫衬染菌体3 min,对纯培养物化脓隐秘杆菌检测,可见清晰的特异性荧光,能区分溶血隐秘杆菌、伪结核棒状杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、沙门氏菌、猪链球菌;在人工感染化脓隐秘杆菌死亡小鼠的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及发病山羊临床病料中均能检出化脓隐秘杆菌。 相似文献
3.
《西南大学学报(自然科学版)》2021,(5)
检测了重庆市璧山区一起屠宰猪肉中出现化脓性病变样本的病原菌,并研究其药物敏感性、毒力基因分布及其对巨噬细胞分泌IL-6和TNF-α的影响.从样本中分离获得一株具有极强溶血性的菌株(BS-1株),其16S rRNA序列与GenBank中的猪化脓隐秘杆菌序列(LC500012.1)相似度最高,为97.26%.系统发育分析显示BS-1株与其他化脓隐秘杆菌处于同一分支.药敏试验显示BS-1株除对克拉霉素和罗红霉素中度敏感外,对青霉素G、庆大霉素、万古霉素、诺氟沙星、氯霉素、米诺环素(甲)和阿莫西林等耐药.毒力基因检测发现BS-1株含有Plo,NanH,NanP,FimA基因,无CbpA和FimC基因.细胞因子检测证实BS-1株能诱发巨噬细胞IL-6和TNF-α分泌水平显著增加.试验结果表明:该猪肉中出现化脓性病变的病原菌为化脓隐秘杆菌,该菌携带了多种毒力基因,对常见抗菌药物耐药性严重. 相似文献
4.
副猪嗜血杆菌实时荧光PCR快速检测方法的建立和应用 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]建立一种快速准确定量检测副猪嗜血杆菌（HPS）的检测方法。[方法]根据GenBank公布的副猪嗜血杆菌16 S rRNA基因序列,选择其保守区域设计1对特异性引物。通过优化引物浓度和退火温度,建立快速定量检测副猪嗜血杆菌的实时荧光PCR方法,并评价了其特异性和稳定性。[结果]建立的实时荧光PCR方法最低检测限是50拷贝/μl,重复性好,变异系数均小于2%。该方法特异性强,只能检测副猪嗜血杆菌,不能检测到猪链球菌2型、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌DH5α和猪伤寒沙门氏菌。采用该方法对10份临床疑似HPS感染样本进行检测,其结果与细菌分离培养和常规PCR的结果一致。[结论]建立的实时荧光PCR方法快速、灵敏、特异、重复性高,可用于HPS感染的临床快速检测。 相似文献
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6.
空肠弯曲杆菌PCR-ELISA检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
针对空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)旋转酶基因(gyrA gene)设计特异性引物和探针,将生物素和地高辛分别标记上游引物5＇端和核酸探针3 ＇端,并对反应条件进行优化,建立空肠弯曲杆菌PCR-ELISA检测方法.结果表明:该方法能特异的检测空肠弯曲杆菌基因组DNA,检测阈值为2fg,敏感性是常规PCR的10倍.对模拟泄殖腔样本进行检测,检测限为50 cfu/mL.对100份临床样品进行检测,PCR和PCR-ELISA方法阳性检出率分别为60％和69％. 相似文献
7.
测定5种大环内酯类药物对化脓隐秘杆菌的防突变浓度(MPC),为临床合理用药奠定理论基础.采用肉汤法富集化脓隐秘杆菌使菌液浓度为1010CFU· mL-1,采用琼脂二倍稀释法测定红霉素、阿奇霉素、泰乐菌素、乙酰螺旋霉素和替米考星对化脓隐秘杆菌的MPC,计算选择指数(SI).结果表明:各药的MPC和SI值分别为:红霉素1.02μg· mL-1、25.5;阿奇霉素0.64μg· mL-1、16;泰乐菌素0.2μg· mL-1、10;乙酰螺旋霉素0.8μg· mL-1、16;替米考星1.02μg· mL-1、20.4.泰乐菌素的MPC及SI值最低,不易产生耐药突变株,建议临床选择泰乐菌素治疗化脓隐秘杆菌引起的感染. 相似文献
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9.
链球菌通用PCR检测方法的建立及应用 总被引：4，自引：0，他引：4
为建立链球菌快速检测方法,根据链球菌延伸因子EF-Tu基因设计合成1对通用引物,对链球菌属及其他属细菌进行PCR检测.结果表明,所设计的通用引物对猪链球菌2型和无乳链球菌均能扩增出1条大小为197 bp的特异性DNA条带,而对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、大肠埃希氏菌、枯草芽孢杆菌、绿脓杆菌、都柏林沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌均呈阴性反应;经对PCR产物进行测序分析表明,扩增片段与GenBank上链球菌相应序列的同源性达90%～98%;对链球菌DNA样本不同稀释度的检测显示,该PCR的最低检出量可达0.1 ng/mL;利用PCR检测方法对11株链球菌分离物进行检测,结果均能扩增出与预期大小相一致的目的条带,与传统生化鉴定结果符合率达到100%.这些结果表明,已成功建立了链球菌PCR检测方法,并可应用于临床链球菌的鉴定. 相似文献
10.
根据Gen Bank中多杀性巴氏杆菌ATP合成酶基因(atp B)的保守序列设计特异性引物,建立巴氏杆菌PCR检测方法,并与已建立的支气管败血波氏杆菌PCR检测方法进行合并,经反应条件的优化,成功建立多杀性巴氏杆菌、支气管败血波氏杆菌复合PCR诊断方法。该方法检出的最小多杀性巴氏杆菌和支气管败血波氏杆菌菌数分别为40 CFU和4 CFU;对兔源产气荚膜梭菌、大肠杆菌、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪鼻支原体、链球菌的检测结果均为阴性,说明该方法具有良好的特异性。用该方法对中国4个省份采集的临床鼻拭子样本共712份进行检测,结果显示,多杀性巴氏杆菌阳性率为25.56%,支气管败血波氏杆菌阳性率为34.55%,双阳性率为13.20%。该复合PCR方法能快速、敏感地从家兔鼻拭子样品中检出多杀性巴氏杆菌和支气管败血波氏杆菌,为临床疾病检测和流行病学调查提供了技术保障。 相似文献
11.
利用分布于小麦7个部分同源群的1 246对引物对15个可能的小麦-长穗偃麦草二体异附加系的4个亲本的基因组DNA进行扩增。结果表明,186对SSR、209对EST-SSR和22对STS引物能够在长穗偃麦草中扩增出不同于其他3个小麦亲本的特异条带,其中18对引物可以在14个附加系中的1~7个附加系扩增出长穗偃麦草的特异带,说明它们可能添加长穗偃麦草的遗传物质。5个附加系(1-3、1-8、1-27、2-6和2-22)可能含有长穗偃麦草第7同源群染色体,4个附加系(5-10、5-20、6-23和6-18)可能含有长穗偃麦草第6同源群染色体。附加系1-13可能附加2条不同同源群的长穗偃麦草染色体。同时发现,小麦与长穗偃麦草杂交及其后代衍生过程中长穗偃麦草染色体间可能发生遗传重组。 相似文献
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药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为挖掘苦参优异种质资源,利用大宗药材苦参现有的EST资源开发EST-SSR标记,分析不同地理种源苦参的遗传多样性,构建其特有的DNA指纹图谱。通过生物信息学手段对NCBI数据库中苦参EST序列进行SSR查找,利用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,筛选多态性引物检测苦参样本DNA差异,采用UPGMA聚类分析样本的遗传多样性,并构建DNA指纹图谱。经分析得到92条Unigene,从中发掘出126个EST-SSR位点分布于61条Unigene上。SSR检出率为66.30%,平均分布距离为0.512kb;共搜索到61种EST-SSR的重复基元,五核苷酸和六核苷酸重复是主要的重复类型,二者出现频率分别为68.25%和25.40%,没有三核苷酸出现,AAAAT/ATTTT与AAGTGG/CCACTT是五、六核苷酸的优势重复类型;设计出65对苦参的EST-SSR引物,随机合成26对,筛选出18对多态性引物可用于苦参样本遗传多样性分析,共检测出77个等位变异,平均每对引物检测出4.3个基因位点,引物多态性比率为69.2%;聚类分析结果表明:苦参材料首先按照居群聚类,在相似系数为0.73处,供试材料按亲缘关系远近分为5大类,相同或相近产地来源的苦参样本聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律;筛选到2对核心引物DYH011与DYH018,构建了苦参样本的DNA指纹图谱,作为对不同产地来源苦参鉴定和溯源的依据。 相似文献
13.
Yan Zhang Wenxiang Yang Yaning Li Daqun Liu Ting Zhang 《Frontiers of Agriculture in China》2009,3(2):140-145
A multiplex PCR assay system was developed for the detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), which combined two tests in one reaction mixture. Cmm-specific primers PSA-4/PSA-R and Solanum lycopersicum-specific primers NS-7-F/NS- 8-R (internal PCR control primer) were combined in one PCR reaction mixture with Cmm and plant
DNA as template. The primer sets could amplify the target product successfully. Different combinations and concentrations
of primers and annealing temperatures were tested, respectively. The detection level of the optimized multiplex PCR assay
was up to 5×102 cfu·mL−1. To verify the applicability of this system, it was employed to detect Cmm in tomato seeds and plantlet samples. Seeds mixed
with Cmm and diseased plantlets were detected successfully. The multiplex PCR system will avoid false-negative results and
provide a reliable method for the detection of Cmm. 相似文献
14.
菠菜为雌雄异株植物,用CTAB法提取其雌、雄株成株幼嫩叶片DNA,分别构建雌、雄株DNA池,以之为模板,用已优化的ISSR体系扩增,在74条ISSR引物中,I62扩增出一条约1 200bp雌性连锁标记,回收纯化该特异扩增片段,将其连接于pUCm-T载体,转化进大肠杆菌JM109菌株,并检测及测序。回收克隆和测序后发现该片段全长1 176bp,富含AT,AT占57.0%。根据测序结果设计1对25bp的特异引物将这个雌性连锁的ISSR标记转化为稳定性和特异性更好的SCAR标记。该特异引物对随机选取的雌雄菠菜单株进行PCR扩增,在雌株中均有1 176bp的特异条带,而雄株中均无。此特异条带的获得为菠菜性别相关基因的克隆奠定基础。 相似文献
15.
为了筛选适用于家畜布鲁氏菌病检测的荧光定量PCR方法,合成目前报道最多的布鲁氏菌IS711插入序列、per基因和bcsp31基因的引物和探针,并分别对这3种荧光定量PCR方法的敏感性、特异性、重复性以及63份临床样品检测效果进行比较。结果显示：3种荧光定量PCR方法均具有较好的敏感性且均不与其他常见细菌发生交叉反应;3种方法的批内变异系数和批间变异系数均小于5%。在检测临床样品时,3种方法的敏感性均高于套式PCR方法,其中IS711荧光定量PCR方法与套式PCR方法符合率为95.24%,其他2种方法与套式PCR方法的符合率为98.41%。比较而言,IS711荧光定量PCR敏感性最高,更适合于布鲁氏菌核酸含量低的样品的检测。 相似文献
16.
【目的】茄二十八星瓢虫Henosepilachna vigintioctopunctata和马铃薯瓢虫Henosepilachna vigintioctomaculata都是茄科作物上的重要害虫,对茄科作物造成极大的经济损失。这2种瓢虫由于外形非常相似,无法通过体表特征区分,因此很有必要开发一种准确且快速的区分方法。【方法】基于这2种瓢虫线粒体细胞色素氧化酶I(Mitochondrial cytochrome oxidase I, mtCOI)的物种特异性,利用种特异性(Species-specific,SS)PCR引物建立了一种分子鉴定技术,即以茄二十八星瓢虫和马铃薯瓢虫之间的mtCOI基因序列变异为基础,设计了2对SS-mtCOI引物Hvp和Hvm。【结果】用这2对引物进行PCR扩增,均出现物种特异性扩增现象。在不同的DNA质量浓度下对该SS-mt COI引物进行敏感性检测,结果表明,Hvp引物在茄二十八星瓢虫DNA质量浓度为3.13 mg/L时仍可检测到扩增条带,Hvm引物在马铃薯瓢虫DNA浓度为2.43 mg/L时仍能检测到扩增条带。此外,Hvp和Hvm引物也能准确鉴定马铃薯瓢... 相似文献
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8种猪呼吸道和繁殖障碍病病原体GeXP检测方法的建立 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】建立了一种同时鉴别H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎、猪圆环病毒病、猪细小病毒病和猪伪狂犬病8种病毒性呼吸道和繁殖障碍病病原体的GeXP 高通量检测方法。【方法】根据这8种病原体的基因保守序列,设计并合成了9对特异性引物, 在每对特异性引物的5′端均加上一段通用引物,形成特异性嵌合引物。运用GeXP单重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA为模板验证引物的可行性;建立GeXP多重PCR方法,以单一病毒cDNA/DNA模板、阳性cDNA/DNA混合模板验证GeXP多重检测体系的特异性和准确性;将含猪圆环病毒、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒靶基因的克隆质粒及体外转录的RNA（H1、H3亚型猪流感、猪繁殖与呼吸障碍综合征、猪瘟、猪日本乙型脑炎）分别梯度稀释为103,102,101拷贝/µL,运用GeXP多重PCR方法进行单一病原体灵敏度分析;根据单一病原体的灵敏度分析结果,优化各对特异性嵌合引物的工作浓度,将含有体外转录好的6种RNA模板和3种克隆质粒等量混合,将混合物梯度稀释为104,103,102,101拷贝/µL,运用GeXP多重PCR方法分析同时检测8种病原体的灵敏度。运用建立好的GeXP多重检测体系对23份临床样品进行检测,并与常规单重PCR进行比较,对该GeXP多重检测体系的临床应用进行评价。【结果】基于GeXP系统的单重PCR检测体系和GeXP多重PCR检测体系均能扩增出特异性片段,验证了引物的可行性、GeXP多重检测体系的特异性和准确性;GeXP多重检测体系的单一病原模板灵敏度分析结果显示,多重检测体系对单一病原体检测的下限均为101拷贝/µL;GeXP多重检测体系在8种病原体同时检测的灵敏度分析结果显示,多重检测体系可在103拷贝/µL水平可同时检测到8种病原体;比较GeXP多重PCR检测方法和常规PCR方法对临床样品的检测结果,两种检测方法的检测结果相符。【结论】成功建立了基于GeXP系统的多重PCR检测体系,可以同时检测8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体;本研究建立的同时鉴别8种猪呼吸道和繁殖障碍性疾病病原体的GeXP检测方法具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为猪病毒性呼吸道和繁殖障碍性疾病的分子诊断提供了新型的检测方法。 相似文献
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通过生物学技术来研究C4H基因在山葡萄着色过程中的作用,进而揭示山葡萄果皮着色的分子机理;利用RT-PCR技术克隆了山葡萄C4H基因的全长cDNA序列,并对该蛋白进行生物信息学分析,预测其功能;利用实时荧光定量PCR检测C4H基因在山葡萄8个不同转色时期的表达量,将克隆获得的山葡萄C4H基因完整的ORF连接到原核表达载体pET28a上,转化到大肠杆菌E.coli BL21(DE3),并通过不同浓度的IPTG诱导表达, SDS-PAGE检测表达产物.为了验证山葡萄C4H基因的功能,构建了表达载体pC C4H并转化农杆菌GV3101.用菌液浸泡花序法对拟南芥进行遗传转化,在含50 mg/L Kan的培养基上对T_0代种子进行筛选.克隆获得的山葡萄C4H cDNA全长1 735 bp,开放阅读框1 518 bp,编码505个氨基酸,该基因表达产物分子质量为57.70 KDa,等电点值9.06.C4H基因在山葡萄果皮转色各个时期均存在表达;该基因原核表达产物与预期大小一致,表明原核表达成功,拟南芥遗传转化先后得到3个阳性幼苗.对移栽成活的2株抗性植株进行PCR检测为阳性, 2株叶片颜色均变成紫红色;经花色素苷质量浓度的测定表明其质量浓度比对照组植株高出3倍.在拟南芥中花色素苷质量浓度虽然较低,但还是能少量合成,说明其花色素苷生物合成途径是开通的,只是积累的量较少. 相似文献
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XIAO Guo-sheng CAO San-jie DUAN Li-li WEN Xin-tian MA Xiao-ping CHEN Hua-mei 《中国农业科学(英文版)》2006,5(2):146-154
PCRs based on different genes of Actinobacillus pleuropneumoniae have been developed for detecting and identifying A. pleuropneumoniae. Some of them could amplify positive fragments from the phylogenetically closely related species bacteria. To improve veracity and specificity of PCR, a species-specific multiplex PCR assay was developed to identify and detect A. pleuropneumoniae, based on the 3＇-terminus of the species-specific apxlVA gene and the already existing species-specific primers in the omlA gene. Both 346-bp and 950-bp fragments could be simultaneously amplified from all A. pleuropneumoniae reference strains and isolates, and the species specificity of the assay was evaluated with a collection of ten strains representing eight different species bacteria including species normally found in the respiratory tracts of swine. All of these strains turned out negative in the multiplex PCR. All sequences of products of multiplex PCR randomly sampled were also correct. The sensitivity of the multiplex PCR was determined to be 10 pg of A. pleuropneumoniae DNA. The multiplex PCR and bacterial isolation were compared to determine their sensitivities by using experimentally infected pigs and clinical disease pigs. The multiplex PCR was more sensitive than bacterial isolation. The multiplex PCR was also evaluated on mixed bacterial cultures from clinical healthy pigs. 26/100 （26%） of the subclinically infected pigs were detected from clinical healthy pigs. The results indicate that the multiplex PCR assay is a sensitive, highly specific, and effective diagnostic tool for identification and detection of A. pleuropneumoniae. 相似文献