花生SSR标记的开发及其应用现状和前景   总被引：1，自引：0，他引：1  

江建华  倪皖莉  肖美华  刘传福  管叔琪  于欢欢  王晓帅 《花生学报》2012,41(2):39-45

基于PCR技术产生的SSR标记由于其多态性高、重复性好、操作简单、呈共显性等优点,目前已成为花生遗传研究中发展最快,应用最广泛的分子标记。本文就花生SSR标记的开发,及其在F1代真假杂种的鉴别、突变体分析、遗传多样性研究、亲缘关系比较、物种进化、指纹图谱和遗传连锁图谱的构建、数量性状位点定位和分子标记辅助选择育种等方面的应用研究进行了综述,同时对SSR标记在花生中的应用前景进行了展望。  相似文献   

油菜SSR标记开发与应用     

刘福青  李栒 《作物研究》2007,(Z1)

简单重复序列(SSR)是以1~6个核苷酸为单位的串联重复序列,呈孟德尔遗传,作为第二代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,广泛分布于真核生物基因组。重点介绍了SSR产生的原理、特点,及近几年来油菜SSR标记的开发和SSR技术在油菜基因定位、遗传图谱的构建及品种鉴定等中的应用,并肯定了SSR在植物遗传育种领域的广阔应用前景。  相似文献   

分子标记在橡胶树研究中的进展     

李德军  邓治 《热带作物学报》2013,33(11):46-50

分子标记技术的不断发展为橡胶树研究及选育种提供了新途径。本文综述了RAPD、AFLP、SSR、EST-SSR、ILP等分子标记在橡胶树遗传多样性、种质资源鉴定、遗传图谱构建、基因和QTLs定位等方面的研究进展。  相似文献   

大豆EST-SSR标记开发及与Genomic-SSR的比较研究*   总被引：9，自引：0，他引：9  

常玮  赵雪  李侠  邱波  韩英鹏  藤伟丽  李文滨 《中国油料作物学报》2009,31(2):149-156

本研究对458220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39989条, 经拼接得到无冗余EST-SSR序列8190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种。以含有简单重复序列的无冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对。以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST-SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示：大豆EST-SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0.55 和0.44,二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST-SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充。  相似文献   

玉米全基因组批量化SSR多态性标记开发及PCR扩增验证     

史典义  邓佳  孙明伟  文轩涛  汪洋 《玉米科学》2023,31(2):39-47

简单序列重复在真核生物的基因组中含量非常丰富,且常常随机、均匀分布于整个基因组中。SSR标记广泛应用于动、植物基因定位、群体遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、指纹图谱构建、种质鉴定、分子标记辅助选择等方向。随着大量全基因组序列的公布,NCBI等数据库中可利用的序列信息量激增。但在常规分子生物学研究中,仍然延续传统的小规模SSR标记开发模式,开发标记数量非常有限、效率较低。结合MISA脚本指令、Primer3引物设计软件、e-PCR特异性扩增分析软件,对玉米全基因组水平SSR位点进行搜索、引物设计、特异性扩增分析以及扩增长度差异分析,开发高密度的SSR标记。通过引物合成、PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳,从常规分子生物学水平验证所开发标记的可靠性。  相似文献   

山东省花生研究所又争取到一项国家自然科学基金项目     

《花生学报》2003,32(4):11-11

日前从国家自然科学基金委员会获悉，山东省花生研究所申报的“花生SSR、AFLP标记开发及分子连锁框架图构建”项目获得了2003年度资助，该项目执行年限为2004～2006年。这是继2002年山东省花生研究所生物技术课题组承担国家科技部重大研究前期项目“优质花生分子标记  相似文献   

花生微卫星DNA分子标记研究进展   总被引：1，自引：1，他引：1  

陈四龙  李玉荣  徐桂真  程增书 《花生学报》2007,36(3):14-20

微卫星DNA广泛存在于真核生物基因组中,由于其多态性高,结果稳定,重复性好,操作简单等优点,而成为目前植物DNA标记研究中应用最多和发展最快的标记技术之一。本文就花生中微卫星分子标记的开发,及其在花生遗传多态性、亲缘关系鉴定、花生指纹图谱构建等方面的应用研究进展进行了综述。  相似文献   

大豆EST序列长度与SSR特性的关系   总被引：6，自引：2，他引：4  

詹少华  盛新颖  樊洪泓  蔡永萍  林毅 《大豆科学》2009,28(2)

为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20 183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400 bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400 bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%.二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12 hp,13.35%长度大于20 hp.推断NCBI大豆EST数据库中含有12 3527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础.  相似文献   

甜菜EST-SSR引物的开发与应用   总被引：3，自引：0，他引：3  

史树德  魏磊  张子义  邵金旺  田自华 《中国糖料》2011,(3)

利用NCBI公共数据库现有的甜菜(Beta vulgaris L.)表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。  相似文献   

分子标记在花生遗传图谱及QTL定位中的研究进展     

成良强  王军  黄莉  吕建伟  任小平  姜慧芳 《花生学报》2016,(4):66-70

分子标记为花生遗传图谱构建及QTL定位的基础。本文介绍了分子标记的种类和特点,从遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位等三方面综述了常用分子标记在花生遗传育种中的应用及研究进展,对分子标记技术在花生遗传图谱构建及QTL定位中的应用进行了探讨。  相似文献