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鲤脑组织cDNA文库的构建及脑室管膜素基因鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
用Gubler-Hoffman法构建了低温下鲤(Cyprinus carpio Linnaeus)脑组织cDNA文库,经测定库容量为5.7×105 CFU/mL,文库的重组率接近95%,平均插入片段长度约为1.5 kb,符合文库保存和筛选实验的要求.同时,根据鲤与低温相关消减cDNA文库中低温下特异表达基因片段序列,设计PCR引物在此cDNA文库中进行PCR检测和序列测定,使用BLAST软件将测序的10个cDNA序列同GenBank等数据库进行比对,结果显示8个阳性克隆有相关同源性,2个克隆为功能未知的基因,全长率近75%;以上结果说明本实验所构建的cDNA文库质量较高,可作为筛选与鲤低温性状相关的功能基因的重要资源.同时对其中一个与低温相关的基因脑室管膜素基因构建了表达载体,为进一步验证该基因在鱼类低温适应中所发挥的作用及其作用机理奠定了基础. 相似文献
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鳜肌肉组织cDNA文库构建及其ESTs分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列与NCBI数据库中的其它物种已知序列存在显著的相似性,剩余的634条非冗余序列(占所有非冗余序列的39%)为在鳜中新发现的未找到同源序列的序列。740个基因为能够注释到Gene ontology(Go)中的序列数目。 相似文献
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为深入研究鲤疱疹病毒Ⅱ型CyHV-2与宿主细胞相互作用机制,以鲫脑组织细胞系(Gibel carp brain,GiCB)总RNA为模板,反转录合成cDNA,扩增获得双链cDNA,与载体pGADT7-Rec共转化酵母菌Y187,构建了GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库。以CyHV-2 ORF25编码蛋白为诱饵,与GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库杂交,筛选与其互作的GiCB细胞受体。结果显示:GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库转化效率为1.03×10~6 CFU/μg,滴度为1.24×10~6 CFU/mL,PCR扩增结果表明文库中插入片段的大小在1.5 kb左右。将表达CyHV-2 ORF25编码蛋白的诱饵菌与GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库杂交后,筛选得到与ORF25编码蛋白相互作用蛋白的阳性克隆,为进一步研究CyHV-2的感染机制奠定了前期基础。 相似文献
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利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库.检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%,插入片段平均长度均大于1 kb.证明所建cDNA文库的质量符合要求.对随机选取的6240个克隆进行5'端测序,得到5913条有效序列(体壁,2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100 bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589 bp.经过软件拼接.共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列.通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类.为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选莫定了基础. 相似文献
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三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库的构建与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用抑制性消减杂交技术构建了三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库。经检验,差异表达基因均被富集了 210倍左右,证明构建的 cDNA 消减文库具有很强的消减效率。PCR 鉴定发现,在随机挑取的阳性克隆中,95% 的克隆均含有 0.2～1.0 kb 的插入片段,这些片段可能是三角帆蚌瘟病病毒感染后差异表达基因的cDNA片段。测序共获得 214 个有效 cDNA 序列,分别属于8 大类,共 98 个基因。其中细胞分裂基因 2个、细胞结构与运动基因 9 个、代谢基因 10 个、信号传导基因 7 个、细胞防疫基因 10 个、基因与蛋白表达基因 20 个、未知功能蛋白基因 26 个,GenBank中找不到任何同源序列的基因 14 个。结果说明,构建的差异表达cDNA文库,可较好地反映三角帆蚌瘟病病毒对三角帆蚌影响的基因信息。 相似文献
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真鲷鳃组织cDNA文库的构建与hepcidin抗菌肽基因序列的扩增 总被引：4，自引：0，他引：4
以细菌攻毒的真鲷鳃组织为材料，分离出mRNA，合成双链后，回收500～4 000 bp cDNA片段，构建了λZAP表达型cDNA文库。初级文库的容量为1.75 ×105个重组子，扩增文库的滴度达到1×109 pfu·mL-1，随机挑选噬菌斑的插入片断在500～2000 bp之间。以hepcidin特异性引物做PCR扩增文库，获得了hepcidin抗菌肽基因cDNA序列，证明所建立的文库可用于免疫相关基因的筛选。本文库可作为筛选真鲷免疫相关基因的重要资源。 相似文献
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文蛤肠、外套膜和肝胰脏组织 cDNA 文库构建及其 ESTs 序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为2.10×106、1.70×106和1.60×106,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1kb的占87.5%,文库质量符合标准要求。随机选取文库的3168个克隆进行5′端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1005,外套膜:1019,肝胰脏:1005),测序成功率95.58%。经质量控制和拼接得到1796个单基因簇(Unigene),其中306个叠联群(Contigs),1490个单一序列(Singletons)。通过Blastx搜索比对、查询和注释分析,共得到已知基因696个(肠:216,外套膜:235个;肝胰脏:245个),占总数38.75%。在1796个单基因簇(Unigene)发现微卫星序列55条,这些存在微卫星位点的序列占整个ESTs数据库的3.1%。 相似文献
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为了发掘黄尾鲴（Xenocypris davidi）功能基因特别是免疫相关基因，为其种质资源评价、群体遗传学多样性分析、基因连锁图谱构建、免疫相关功能基因地位以及分子标记辅助育种提供基础信息，采用Illumina HiSeq 2500 高通量技术平台对黄尾鲴肝脏进行转录组测序。通过去除低质量的raw reads，共获得了50 702 046条clean reads，组装得到53 527 条Unigenes。采用BLAST 相似性比对方法，把这些序列比对NR、String、Swissprot、KEGG和Pfam数据库，共有26 613条Unigenes得到了注释。有15 532条Unigenes获得了GO注释并分类到64个功能类别中，有7 737条Unigenes被归纳到COG的26个功能分类，共有14 642条获得了KEGG注释，共参与33条代谢通路中。根据免疫系统分类，共有1 299条Unigenes参与了16条代谢通路。从 53 527 个 Unigenes 中共找到 98 826个单核苷酸多态性位点（SNP）（转换 64 396 个，颠换 34 430个）和18 119 个 SSR 位点。研究结果为黄尾鲴免疫学、基因组学、基因克隆以及分子标记辅助育种提供了重要依据。 相似文献
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大珠母贝（Pinctada maxima）金属硫蛋白cDNA克隆与序列特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
金属硫蛋白（Metallothionein,MT）是一类普遍存在于生物体内、分子量低、半胱氨酸含量丰富、能够与二价重金属离子结合的蛋白质。MT在清除自由基、解除重金属毒性、参与体内微量元素代谢、防止细胞癌变等方面具有重要作用。本研究通过构建大珠母贝外套膜全长cDNA文库,首次克隆得到大珠母贝金属硫蛋白（PmMT）全长cDNA序列。该序列全长599bp,5’UTR（Untranslated Region）为75bp,3’UTR为296bp,开放阅读框（Open Reading Frame,ORF）为228bp,编码75个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达到29．3％;赖氨酸和甘氨酸含量也较高,均为9．3％;不含苯丙氨酸、组氨酸、色氨酸、酪氨酸等芳香族氨基酸;含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。 相似文献
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九孔鲍双列杂交家系子代的杂种优势与配合力分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为解决中国南方九孔鲍（Haliotis diversicolor supertexta）种质资源近交衰退的难题,笔者以汕尾养殖群体（BD）与深圳野生群体（YS）的九孔鲍作为亲本,采用完全双列杂交建立了4个交配组合,在120日龄、150日龄、210日龄和270日龄时分别对这些交配组合的生长性状（壳长、壳宽和体质量）进行了杂种优势分析和配合力估算。结果显示,杂交子代壳长、壳宽和体质量性状的中亲优势与超亲优势范围分别为5.3-17.0、6.3-15.3、7.8-9.0和-1.0-11.2、-1.2-6.6和-10.9-4.1,反交组相对正交组有较高的中亲优势;BD群体各阶段生长性状的一般配合力效应值均为负值,范围分别为-0.19--0.09,-0.11--0.07和-0.40--0.24,YS群体各生长阶段生长性状的一般配合力效应值均为正值,范围分别为0.09-0.19,0.07-0.11和0.24-0.40。YS群体与BD群体各生长阶段生长性状的特殊配合力效应值分别为0.01-0.14、0-0.07和0.02-0.07。BD群体的一般配合力、特殊配合力和母本效应效应值均小于YS群体,表明增加野生群体在交配亲本中的数量可有效提高九孔鲍生长性能。 相似文献
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建立了超高效液相色谱-电喷雾串联质谱法同时测定鱼类加工品中12种杂环胺类化合物（HAAs）的分析方法。经过条件优化,肉样选用乙酸乙酯、氨水和三乙胺提取,提取液经MCX固相萃取小柱净化,按V（甲醇）∶V（氨水）=9∶1洗脱,采用Thermo Hypersil Gold C18色谱柱,以甲醇和5 mmol.L-1乙酸铵溶液为流动相进行梯度洗脱分离,电喷雾离子源（ESI）,正离子模式,采用选择反应监测（SRM）扫描模式,内标法进行定量分析。结果表明,12种HAAs在1.0～100.0μg.L-1范围内线性关系良好,相关系数R〉0.99,在12 min内实现分离,3个加标水平的平均回收率为42.98%～125.00%（n=6）,相对标准偏差（RSD）为1.49%～9.88%,检测限（LOD）为0.3～1.0μg.kg-1。该方法简便快捷,准确度高,易推广应用,可作为快速测定鱼类加工品中多种HAAs的有效方法。 相似文献
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应用限制性显示PCR(RD-PCR)技术构建溶藻弧菌poly(A)化mRNA的cDNA文库,筛选,收集巧妙地解决了由于细菌mRNA poly(A)化位点的高度多态性、用常规方法构建原核cDNA文库所遇到的文库大量重复冗余的难题。并进行筛选、收集cDNA片段进行测序,根据测序结果进行生物信息学分析和结果验证。实验结果表明,我们成功地构建了溶藻弧菌poly (A)化mRNA的cDNA文库,获得一百多个基因片段并对其中53个基因片段进行测序分析,获得了如细菌Ⅲ型分泌系统易位蛋白、趋药性传感器、类丝氨酸蛋白酶等毒力相关因子的基因片断。并且在一定程度上证实了poly(A)化在细菌中不是个别和偶然的现象。实验结果说明了我们所构建的溶藻弧菌poly(A)化mRNA的cDNA文库质量高,文库基因片段的重复性低,筛选基因片段效率高、目的性强。本文并探讨了限制性显示PCR技术在细菌poly(A)化mRNA的cDNA1文库构建中的应用价值。 相似文献
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大黄鱼冰鲜杂鱼饲料中细菌多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为研究大黄鱼（Larimichthys crocea）冰鲜杂鱼饲料中细菌的多样性,用细菌通用引物构建了细菌16S rRNA基因克隆文库。从文库中随机挑选125个克隆子进行限制性片段长度多态性（ RFLP）分析,得到82个不同的RFLP 带型。对部分代表性克隆子进行测序,得到23条有效序列。序列同源性分析和系统进化分析结果表明,大黄鱼冰鲜杂鱼饲料中细菌主要分为3大类群,其中γ-变形菌纲（γ-Proteobacteria）细菌占据明显地优势地位,约占所分析克隆子数的84.4％;其次是黄杆菌纲（Flavobacteria）细菌,约占10.9％;还有少量的梭杆菌纲（Fusobac-teria）细菌,约占4.7％。γ-变形菌纲细菌中以嗜冷杆菌（Psychrobacter sp.）最多,其次是发光杆菌（Photobacteri-um）。 相似文献