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利用DNA编码技术对亚洲黑熊东北亚种和指名亚种不同个体进行DNA编码,结合Genbank中亚洲黑熊台湾亚种和四川亚种以及熊科相关物种的序列构建系统发育树,并与12SrRNA基因进行比较。研究结果表明,亚洲黑熊COI基因变异显著,各亚种分化明显。系统树显示,亚洲黑熊和美洲黑熊遗传分化明显,且不是姐妹群;北极熊和棕熊关系较近,为姐妹群。COI作为DNA条码在研究亚洲黑熊的分类地位和进化关系上是有效的。在解决亚种分化及关系时,COI基因比12SrRNA基因更有效。 相似文献
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测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树（NJ树）,在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性. 相似文献
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高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要） 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
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本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼(Acrossocheilus paradoxus)和武夷光唇鱼(A. wuyiensis)的物种有效性。光唇鱼属6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明,台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%,远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此,闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种,武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。 相似文献
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南海常见7种石斑鱼的DNA条码构建与亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用特异性聚合酶链式反应（PCR）技术扩增获取了南海海域常见的7种石斑鱼———鲑点石斑鱼（Epinephelus fario）、青石斑鱼（E.awoara）、黑边石斑鱼（E.fasciatus）、赤点石斑鱼（E.akaara）、七带石斑鱼（E.septemfasciatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）———线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列。测定序列的比较分析结果显示：①该研究获取的COI基因部分序列能将7个物种分别开来,可以作为DNA条码;②线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列分别构建的系统发生树较为一致,结果都支持7种石斑鱼分为3支：青石斑鱼和斜带石斑鱼为第1支;鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、赤点石斑鱼和棕点石斑鱼为第2支;七带石斑鱼为第3支。研究表明,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在石斑鱼属内的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性。 相似文献
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[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
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中国帘蛤目16种经济贝类DNA条形码及分子系统发育的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国帘蛤目主要经济贝类的分子系统发育进行了研究,应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海帘蛤目经济贝类共计60个个体的COI基因片段,与GenBank收录的10种帘蛤目贝类50条同源序列进行比对。结果表明:帘蛤目贝类COI基因存在碱基插入和缺失现象,在16个物种中有6个物种存在103个插入和缺失位点,其中杂色蛤仔Ruditapes variegata、裂纹哥特蛤Katelysia hiantina插入和缺失位点均为30个,大竹蛏Solen grandis为27个;碱基的组成出现偏倚现象,A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%);基于K2P模型的计算,16个物种的种内平均遗传距离为0.010 6,种间平均遗传距离为0.388 4,后者是前者的21.34倍;系统发育树聚类分析表明,COI基因在科、属、种水平上的鉴定及其系统进化关系重构方面与传统的形态学分类一致性较高。研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要补充。 相似文献
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《西南农业学报》2020,(2)
【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。 相似文献
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基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上. 相似文献
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[目的]对具有抗菌开发前景的放线菌Q13菌株进行分子鉴定和抗菌谱测定,为其进一步开发和利用提供理论依据。[方法]以Q13基因组为模板,分别利用大肠杆菌和链霉菌属16S rRNA基因特异引物,扩增其16S rRNA基因序列并测序,利用Blast、MEGA等软件进行序列与系统发育树分析,鉴定其分类地位;进一步利用平板对峙试验,测定Q13菌株对玉米小斑病菌等14种植物病原真菌、胡桃肉状菌等2种食用菌病原真菌和双孢蘑菇等10种食用菌的抑菌活性。[结果]获得3条16S rRNA基因序列,GenBank登录号分别为JN593095、JN593096和JN5930957;根据序列分析的结果,确定Q13菌株为Streptomyces flavotricini;Q13菌株对小麦赤霉病菌、稻瘟菌、油菜菌核和绿色木霉具有显著抗性,而对双孢蘑菇、蛹虫草、灰树花、香菇、姬菇和平菇等食用菌菌丝生长无抑制作用。[结论]为开发植物和食用菌病害生防菌提供了理论和试验支持。 相似文献
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为研究西北干旱地区豆科植物柠条锦鸡儿(Caragana korshinskii)根瘤菌的系统发育地位及共生基因多样性,对从甘肃省分离得到的菌株进行16SrRNA PCR-RFLP和序列分析,构建系统发育树,确定其分类地位,并通过分析共生基因nodA和nifH,确定种群共生类型。结果表明:从柠条根瘤内分离到64株菌,共有7个PCR-RFLP 16SrRNA基因型,主要归属于Ensifer(占分离总数43.8%)、Mesorhizobium(31.2%)、Rhizobium(25%),其中,Ensifer为主要类群,约占34.4%。共生基因nodA和nifH与Ensifer和Mesorhizobium模式菌株同源性较高,与16SrRNA基因确定的根瘤菌分类地位相比,发现部分共生基因与16S rRNA基因确定的分类地位不同,揭示了共生基因横向转移现象的发生。 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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对海南沿岸采集到的团集刚毛藻(Cladophora glomerata)、细毛横丝藻(Acrochaete leptochaete)、石莼(Ulva reticulata)和长茎葡萄蕨藻(Caulerpa lentillifera)进行了形态学观察,采用18S rRNA通用引物,通过PCR技术,从这4种绿藻的基因组中扩增到各自的18S rRNA基因序列,并测序。与Genebank中已收录的6种绿藻18S rRNA基因序列进行比较分析,所得10种绿藻的18S rRNA基因长度为727 bp,变异位点为266个,保守位点为453个。刚毛藻目与蕨藻目的遗传距离最大,为0.376;刚毛藻属内的种间遗传距离最小,为0.010。采用NJ法构建的系统进化树的拓扑结构显示:细毛横丝藻、葡枝横丝藻、石莼、礁膜、羽状尾孢藻和皱溪菜聚为一支;团集刚毛藻与扭曲刚毛藻单独聚为一支;长茎葡萄蕨藻与总状蕨藻聚为一支。说明18S rRNA序列可以作为大型绿藻系统发育研究的分子标记。 相似文献
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中国近海13种对虾分子系统演化和近似种问题的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
对中国沿海13种对虾科动物的16SrRNA基因（约371bp）和细胞色素氧化基因I（COI）部分序列（约385bp）进行了分析,并采用“最大简约法”、“最小进化法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明：在COI基因序列中,有113个位点存在变异（约为总位点数的31．8％）,高于16SrRNA基因序列的44个变异位点（约为总位点数的11．9％）;构建的分子系统树显示,所构建的NJ、ME和MP树的拓朴结构较为相似,但斑节对虾、日本对虾和缘沟对虾在3个树中相聚位置不同。中国沿海对虾科6属13种,形成3个明显的分支,这3支分别隶属新对虾属、仿对虾属和原对虾属。对虾属、新对虾属、仿对虾属的种间关系与分子系统发育分析结果与传统分类学相一致。16SrRNA序列可能更适用于对虾属以上阶元的遗传多样性分析;COI序列更适合对虾科种间和群体遗传多样性的研究。 相似文献
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rRNA基因间隔区序列用于亲缘关系密切的根瘤菌种群鉴定及系统发育分析 总被引：5，自引：1，他引：4
通过rRNA基因内转录间隔区的碱基序列分析,对中华根瘤菌属Sinorhizobium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和中慢生根瘤菌属Mesorhizobium种间亲缘关系十分密切的菌株进行区分．结果表明,rRNA基因间隔区序列能很好地区分种间亲缘关系十分密切的菌株．用rRNA基因间隔区序列构建的系统发育树与rRNA基因序列构建的系统发育树结果十分相似． 相似文献
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【目的】世界上蜱类3科18属899种,中国有2科10属117种,新疆至少有2科10属45种,占全国蜱种类的1/3之多,分布也极其广泛。蜱直接危害和传播多种病原,且一些病原可经卵垂直传播,给畜牧业造成巨大经济损失,还严重威胁公共卫生安全。图兰扇头蜱是新疆南部荒漠及半荒漠地区常见种和优势种。确定新疆南部图兰扇头蜱及其卵是否携带立克次体,对该蜱及其传播立克次体病的防控意义重大。【方法】对新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室在新疆南部阿拉尔市某羊场收集的饱血雌性扇头蜱,置于一定湿度和一定温度的环境中产卵,随机取5个独立的卵样品及其对应的5只雌蜱为研究对象。通过对雌蜱及其卵分别处理后提取基因组DNA,进行PCR扩增蜱12S r RNA基因和立克次体16S r RNA基因,并对扩增产物测序,利用BLAST在线平台和多个分子生物学软件进行序列分析。【结果】5只雌蜱12S r RNA基因PCR扩增全部阳性,测序获得的4段蜱12S r RNA基因序列完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中图兰扇头蜱12S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列均为图兰扇头蜱,其中包括来自新疆绵羊的图兰扇头蜱;本研究蜱12S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744514,与来自于Gen Bank数据库图兰扇头蜱、血红扇头蜱、微小牛蜱、边缘革蜱、草原革蜱、长角血蜱、小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱、残缘璃眼蜱、全沟硬蜱及外围群尘螨的22个12S r RNA基因序列的进化树显示,研究所获得的蜱12S r RNA基因序列与图兰扇头蜱进化关系最近,聚在同一个小分支;确定了该扇头蜱为图兰扇头蜱。5只产卵后的雌蜱和相应蜱所产的全部卵立克次体16S r RNA基因PCR扩增,有1只蜱和其产的卵样品阳性,蜱携带率为20%;雌蜱及其卵立克次体16S r RNA基因测序结果完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中Rickettsia raoultii 16S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列为4个Rickettsia raoultii和1个Rickettsia sp.,其中包括来自新疆2011年的亚洲璃眼蜱和草原革蜱的立克次体;立克次体16S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744513,与来自于Gen Bank数据库的37个24种立克次体16S r RNA基因序列的进化树显示,研究获得的立克次体16S r RNA基因序列与Rickettsia raoultii进化关系最近,聚在同一个小分支,与其他15种立克次体同属于斑点热群立克次体;确定了本研究图兰扇头蜱及其卵均携带斑点热群立克次体R.raoultii。【结论】首次发现图兰扇头蜱及其卵携带R.raoultii。 相似文献