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1.
为了解普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2的多态性以及等位基因频率分布。本研究采用PCR-SSCP技术对普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸分析。结果显示:127匹马中共出现7种基因型,3种纯合子分别记为AA、BB、CC;4种杂合子分别记为AB、AC、BC、AD。AA基因型为哈萨克马与焉耆马的优势基因型,普氏野马以CC基因型为主。经χ2检验后,3种类型马的等位基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态。PIC值与He值分析表明,3种类型马均属于中度多态,且普氏野马的PIC值与He值比哈萨克马与焉耆马低。 相似文献
2.
为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。 相似文献
3.
本试验旨在研究绵羊和人的主要组织相容性复合体(MHC)DRB1基因外显子2(exon2)单核苷酸多态性(SNPs)和单氨基酸多态性(SAPs),并进行生物信息学分析。运用生物基因组学数据库,利用生物信息学及比较基因组学方法对人与绵羊MHC-DRB1基因exon2序列多态性进行分析,采用生物信息学软件对绵羊MHC-DRB1的蛋白质结构及生物学功能进行预测和分析。结果显示,人主要组织相容性复合体(HLA)和绵羊主要组织相容性复合体(OLA)的DRB1 exon2均存在丰富的SNPs位点和SAPs位点,单一多态位点和简约多态位点数不尽相同,二者相比仅有14个SNPs位点相同,其余位点均不同。序列分析结果表明,二者MHC-DRB1 exon2序列具有高度相似性。进一步生物信息学分析结果显示序列变异引起的单氨基酸变化引发了蛋白质二级结构和三级结构的改变,可能因此会引起基因功能的异常,从而引发抗病性和疾病易感性的变异。 相似文献
4.
通过DNA测序,分别对4个中国黄牛地方品种的MHC-Ⅱ类基因DRB3 外显子2的多态性进行分析。通过序列比对,共检测到DRB3＊exon2等位基因259种,其中新等位基因131个。等位基因的分布具有品种特异性。各等位基因之间存在大量多态位点,统计分析表明：发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中,共有17个变异位点的氨基酸组成在品种间具有显著差异,其中7个位点差异显著（P＜0.05）;10个位点差异极显著（P＜0.01）。在变异位点中,有8个位点为抗原结合位点。 相似文献
5.
本试验采用PCR-SSCP方法对148只布鲁氏菌阴性和60只布鲁氏菌阳性中国美利奴羊白细胞表面抗原DQB1(OLA-DQB1)基因exon 2单核苷酸多态性(SNPs)进行了检测,之后挑选不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因的多态性位点,并对每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析,从而分析其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性.测序结果表明,在270 bp的序列内共检测到43个SNPs,其中G196A位点的等位基因频率在病例组和对照组中的分布存在极显著差异(P< 0.01),其基因型频率存在显著差异(P< 0.05);C211T位点的等位基因频率在病例组和对照组中存在显著差异(P< 0.05).由此表明,OLA-DQB1基因exon 2多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关. 相似文献
6.
7.
本文采用两种限制性内切酶(Cfr13 I和Sat I)对我国中原黄牛生长激素受体(GHR)基因5’端部分序列进行PCR-RFLP分析。结果表明:在Cfr13 I酶切位点上,GHR基因有CC、CT、TT三个基因型,C等位基因频率为0.829,T等位基因为0.171,χ2检验表明在此位点符合Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量为0.236;在Sat I酶切位点上,GHR基因有CC、CT、TT三个基因型,C等位基因频率为0.849,T等位基因为0.151,χ2检验表明在此位点符合Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量小、为0.229。 相似文献
8.
本试验旨在研究内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因exon8多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对人和中国美利奴羊eNOS基因exon8序列进行比对,并对NCBI SNP数据库上人eNOS基因exon8多态性进行了统计分析。通过PCR-SSCP对101只中国美利奴羊阴性样本和61只中国美利奴羊阳性样本eNOS基因exon8的多态性进行检测,然后对不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因exon8多态性位点,并对SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析。在eNOS基因exon8序列142 bp处检测到一个新的SNP位点(ss974768653:A142G),该位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著差异性(P >0.05)。eNOS基因exon8 A142G多态性位点与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性可能无相关性。 相似文献
9.
BoLA-DQB基因上游调控区多态性研究 总被引：7，自引：1，他引：6
通过PCR扩增和克隆测序,对BoLA DQB 基因上游调控区的多态性进行研究。对BoLA DQB 基因ex on2的14种等位基因上游调控区序列进行同源性比较,结果表明:每个DQB·exon2 等位基因均与2 种DQB URR相连锁,在14种BoLA DQB·exon2等位基因上游共检测到15种DQB URR序列。这些序列中均存在与基因表达调控有关的W box 、X box、Y box、CCAAT box以及类TATA box调控元件,且遵循严格的空间顺序。其中W box 、X box 、Y box及类TATA box是多态的,CCAAT box是保守的,在这些调控元件之间也存在多态座位。这些多态座位的存在有可能对结构基因的表达水平产生影响。 相似文献
10.
采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变. 相似文献
11.
不同物种TYR基因外显子1序列的生物信息分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究使用生物信息学的方法比较分析了牛、水牛、藏羚羊、绵羊、山羊、骆驼、骆马、野猪、马等9个物种酪氨酸酶基因(TYR基因)外显子1序列的遗传变异,对其核苷酸序列、氨基酸序列进行了分析,结果在9个物种共计24条序列中发现了180个多态位点,其中单一突变位点80个,简约信息位点100个,总的突变位点为202个,在挑选的9个物种间无长度多态性;共发现了14种单倍型,并未发现物种间共享某一单倍型的情况;外显子1在种间存在较丰富的基因多样性;绵羊和山羊、牛和水牛以及骆驼和骆马两个物种之间的距离较其它物种,亲缘关系最近,而马与其它物种的距离最远。 相似文献
12.
甘肃马鹿MyoG基因5'UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号:FJ746497)5'UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析.结果表明:①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5'UTR-237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型,等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC<0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子.②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(-46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型,基因型频率分布为CC>CD>DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25相似文献
13.
本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell division cycle 16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分析。试验共采集246头大白猪的耳组织样提取基因组DNA,对小群体样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找两个基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对大群体进行多态性检测,将所得结果与大白猪生长性状进行关联性分析。结果表明,在MC4R基因序列中检测到1个突变位点2207AG,2个等位基因:A和G,3个基因型:AA、AG和GG;在CDC16基因第18外显子上检测到了1个突变位点837TC,2个等位基因:T和C,2种基因型:TT和CT。χ~2适合性检验结果显示,2个基因的基因型频率和等位基因频率在2个种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,MC4R基因在2个群体中均处于中度多态(0.25PIC0.5),而CDC16基因在2个群体中均处于低度多态(PIC0.25)。关联分析结果发现,MC4R基因对大白猪体重及日增重具有显著影响(P0.05),CDC16基因对大白猪体高、体长和体重等均具有显著影响(P0.05)。综上所述,MC4R与CDC16基因对大白猪的生长发育具有一定的影响,为后续大白猪肉质性状与生长性状的现代分子选育提供参考。 相似文献
14.
为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。 相似文献
15.
为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。 相似文献
16.
利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ2检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ2检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
17.
旨在明确实验用荣昌猪SLA遗传背景，深入研究SLA-1分子相关的抗原递呈和免疫应答机制，本研究对27头荣昌猪采集抗凝血，分离外周血淋巴细胞，提取总RNA,设计特异性引物对SLA-1基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序，对获得序列的分子特征进行分析。结果显示，荣昌猪中共获得11个SLA-1等位基因，其中，9个为新等位基因，全部获得GenBank登录号和ISAG SLA命名委员会官方命名，SLA-1*24:01等位基因在该群体中频率最高。SLA-1基因编码区全长1 086 bp,存在127个核苷酸多态位点，非同义单核苷酸多态性位点数高于同义单核苷酸多态性位点数。核苷酸多样度为0.044 9,单倍型多样度为1,平均核苷酸差异数为48.782,G+C含量为64.9%。SLA-1基因编码的361个氨基酸中，有75个氨基酸变异位点；第2和第3外显子编码区多态性最高，且第2外显子区域的氨基酸变异程度高于第3外显子区，组成抗原肽结合槽6个口袋的33个关键氨基酸位点中，11个在人与荣昌猪之间高度保守，与β2-微球蛋白结合的19个关键氨基酸位点中，10个保持一致，CD8分子与MHC结... 相似文献
18.
我国3个地方品种鸭线粒体DNA COⅠ基因的DNA条形码初步分析 总被引：3，自引：0，他引：3
以我国3个地方品种鸭为研究对象,测定线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,序列用Clustal X软件对准,用DNAsp软件分析SNP位点。结果表明:3个地方品种鸭线粒体COⅠ基因序列共发现12个突变位点,产生13种单倍型,其中9种单倍型为3个鸭品种所特有;品种平均多态性与核苷酸多态分别为0.68%和2.15%,3个鸭品种均有其特异位点。 相似文献
19.
采用PCR-RFLP法检测96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA2种基因型。其中C等位基因频率为0.9792,为优势等位基因。χ2检验表明,该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。结果表明:荆江麻鸭THRSPα基因内含子多态位点CA基因型个体活重极显著高于CC基因型(P0.01),C基因C型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA基因型(P0.01),其他性状差异不显著(P0.05)。 相似文献
20.
利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。 相似文献