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1.
吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 相似文献
2.
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 相似文献
3.
为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。 相似文献
4.
为了解河北省猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)基因型感染及遗传变异情况,对采自河北省6个不同地区的32份疑似PCV2感染的组织通过PCR进行初步鉴定,并将鉴定为阳性的组织通过接种PK-15细胞分离病毒,通过PCR、间接免疫荧光、透射电镜对分离的病毒进行鉴定,利用特异性引物对PCV2进行PCR全基因序列扩增,测序后进行全基因及ORF2基因核苷酸序列分析。结果显示,32份疑似样品中有13份PCV2阳性组织,阳性率为40.65%。对其中1份仅感染PCV2的样品进行病毒的细胞分离及后续鉴定,得到1株可稳定感染和增殖的PCV2毒株。将初步筛选的阳性组织进行PCV2全基因扩增并测序,得到8株PCV2全基因序列,基因组全长均为1 768 bp; 8株PCV2全基因同源性比对结果为95%～99.8%,ORF2同源性比对结果为94%～100%;遗传进化分析显示,8个分离株归属于3个基因亚型(PCV2a、PCV2b和PCV2d),同源性氨基酸序列分析显示主要变异区在47～63 aa抗原表位区。本试验结果为进一步研究该地区PCV2分子流行病学及相关疾病的免疫防控奠... 相似文献
5.
为了解湖南省猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以25份PCV3阳性样品DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV3全基因序列并进行拼接。结果获得7株PCV3分离株全基因组,3株PCV3 ORF2序列。7株PCV3全基因组的核苷酸序列同源性为98.8%～99.7%,10株ORF2的核苷酸序列同源性为97.8%～99.8%。根据系统发育树,PCV3可分为3个分支,所有分离株的遗传关系均较近。ORF2氨基酸序列突变少,发现2个在其他参考毒株中未出现的突变位点。研究获得的PCV3毒株序列与国内外PCV3毒株序列其遗传关系较近,无特殊突变,较为稳定。 相似文献
6.
为了解猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)在广西北部湾地区的流行情况和其ORF2基因的遗传变异规律,本研究采用PCR方法对2016年采自广西北部湾地区规模猪场和农村散养户的306份疑似PCV2感染猪的血液和组织样品进行了PCV2的病原学检测,同时对分离的4株PCV2 ORF2基因进行PCR扩增、克隆和测序,并与Gen Bank中登录的34株国内外PCV2参考株ORF2序列进行比对和遗传进化分析。结果表明:PCV2检测阳性样品为129份,阳性率为42.16%。随机选取的4份阳性病料PCV2 ORF2基因测序结果显示,4个毒株遗传关系上均属于Group 1(PCV2b),其中BBW-1和BBW-2分离株属于1A分支且分别与Fd3株(AY321984)和NL_PMWS_3株(AY484415)同源性较高,BBW-3和BBW-4分离株属于1B分支且BBW-4分离株与Hu Zhou0301株(AY536756)和NL_Control_1株(AY484407)同源性较高,其ORF2基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%~99.5%和93.9%~95.4%,说明该地区PCV2的优势基因型是PCV2b。研究结果不仅有利于掌握广西北部湾地区PCV2流行毒株同源性情况,而且将为该地区(porcine circovirus associated disease,PCVAD)的防治和新型疫苗的研制提供依据。 相似文献
7.
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在云南省的流行及遗传进化情况,2020年10—12月收集云南省部分猪场疑似病料共24份,采用PCR方法进行PCV3病原检测;选取PCV3阳性扩增产物进行克隆测序,并将测序结果与16株国内外参考毒株进行ORF2核苷酸序列同源性分析。结果显示:24份病料样品中检出阳性5份,阳性检出率为20.8%;克隆出的阳性扩增产物(YNJS-2020)ORF2核苷酸序列和国内外参考毒株的同源性较高,为97.4%～98.9%,其中与西班牙毒株MF80572000同源性最高,与安徽14-201611毒株同源性最低。结果表明,云南省存在PCV3流行,且流行毒株与国内外其他毒株遗传关系较近,但也有一定差异。结果提示,云南省应加强对PCV3的监测及其流行的控制,避免PCV3大面积流行。本研究为云南省PCV3基因型分析和疫苗研究提供了一定的数据基础。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2020,(3)
根据GenBank上已发表的PCV3毒株序列设计1对检测引物和2对扩增全长引物。应用检测引物对广西地区的犬血清样品进行PCR检测,应用扩增全长引物对检测阳性样品进行PCR扩增、克隆和测序,并对其全基因序列进行分析,绘制遗传进化树。结果显示,广西地区147份犬血清样品中,阳性样品为36份,感染率为24.3%。本试验成功扩增1株2 000 bp的PCV3毒株的全基因核苷酸序列,并命名为PCV3/Guangxi-5。将PCV3/Guangxi-5序列与NCBI公布的PCV3的参考序列进行同源性比对,结果显示PCV3/Guangxi-5与参考序列的全基因序列同源性为98.9%～100.0%,其中与DE27.16同源性最低,与PCV3/CN/Chongqing-148/2016同源性最高。应用MEGA7.0对PCV3进行ORF2基因的氨基酸序列进行比对发现,第24位至第27位氨基酸存在6种形式,分别为VRRK、ARRR、ARKR、LRRK、VRRR和ARRK。利用MEGA7.0软件中Maximum Likelihood (ML)法p-distance模式构建基于ORF2基因和PCV3全基因的系统发育分析表明,PCV3可分为PCV3a和PCV3b等2种基因型,本试验获得的PCV3/Guangxi-5为PCV3a亚型,其ORF2基因与PCV3/CN/Liaoning-23/2016亲缘关系最近,与NWHEB21、毒株亲缘关系相距最远;其全基因组与CN/Jiangxi-62/2016毒株亲缘关系最近,与CNFJ-1毒株亲缘性最远。结果表明,广西地区犬群普遍存在感染PCV3的情况,理论上丰富了广西地区PCV3的流行病学资料,为PCV3的防治措施的制定和流行病学研究提供一定的参考依据。 相似文献
9.
《中国兽医杂志》2018,(11)
采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。 相似文献
10.
2020-2021年在河南省18个地区共收集499份发生腹泻的仔猪临床样品,采用RT-PCR进行猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)筛查。结果显示,共检测出162份阳性样品,阳性率为35.2%。对其中21株PEDV流行毒株S基因进行了测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示21株PEDV流行毒株之间核苷酸同源性为96.9%～100%,氨基酸同源性为95.2%～100%。与52株2011-2019年国内流行毒株之间的核苷酸同源性为95.1%～99.5%,氨基酸同源性为91%～99.8%。遗传进化结果显示,21株PEDV毒株均属于GⅡb群。氨基酸序列比对显示,流行毒株S蛋白存在7处新的且规律的氨基酸突变。本试验对现阶段我国所流行的PEDV S基因进行测序分析,为了解PEDV流行毒株遗传变异趋势和研发新的有效疫苗提供参考。 相似文献
11.
《中国预防兽医学报》2021,(9)
为了解山西省各地市养猪场中猪圆环3型病毒(PCV3)的感染及其Cap基因的遗传变异情况,本研究通过PCR方法对2019年6月～7月采集的山西省11地市共521份猪肺脏组织样品进行PCV3检测,结果显示,山西省PCV3的总体感染率高达85.22%(444/521),大同市、长治市、吕梁市、临汾市的阳性检测率高达90%以上,朔州市、太原市的阳性检出率较低为65.38%、64.00%,说明山西省PCV3的感染率总体较高。随机抽取山西省各地市11份PCV3阳性肺脏样品进行Cap基因的PCR扩增并测序,利用DNAStar软件将其与30株PCV3参考株、3株PCV2疫苗株进行同源性及遗传进化分析。Cap基因同源性分析结果显示,11株PCV3间Cap基因的同源性为97.8%～99.5%,与PCV3参考株Cap基因的同源性为97.7%～99.7%;11株PCV3 Cap基因编码氨基酸比对分析结果显示,其与PCV2 Cap蛋白氨基酸序列的同源性为27.1%～29.0%,与PCV3参考株Cap基因编码的氨基酸同源性为97.7%～100%;11株PCV3 Cap基因进化树结果显示,4株PCV3属于PCV3b型,7株PCV3属于PCV3a型;选取的11株病毒与PCV3参考株仅于aa24、aa27、aa77、aa150有散在变异位点,且与3株PCV2疫苗株抗原表位有明显差异,据此分析可知山西省各地市流行的PCV3株同源性及整体保守性均较高。对所有病料样品进行PCV2、PRV等病毒的检测,结果发现PCV3与PCV2的混合感染率为44.53%(232/521),与其他病毒的混合感染率较低。本研究首次对山西省11地市PCV3的感染情况进行了调查,结果表明PCV3感染率较高,该地区流行的PCV3株相对保守,且与PCV2混合感染率较高,上述结果为山西省PCV感染的防控提供了参考依据。 相似文献
12.
《中国预防兽医学报》2021,(5)
为了解猪圆环病毒2型(PCV2)在河北地区流行特点及遗传演化规律,本研究参照GenBank登录的部分PCV2全基因序列,经序列比对后选取保守区域设计一对PCV2检测引物,利用PCR方法对2015年～2019年间在河北秦皇岛及周边地区收集的379份来源于不同病猪的肝、脾、肺、肾、肠、脑、淋巴结及血清等样品开展PCV2的分子流行病学调查,结果显示共检出203份PCV2阳性样品,阳性率为53.6%。根据阳性病料的采集时间、地点等特征选择47份阳性病料样品扩增其ORF2基因并测序,分析该基因及其氨基酸序列与GenBank登录的参考株和已知的疫苗株相应基因与氨基酸序列的同源性,并构建ORF2基因的遗传进化树。结果显示,2015年～2019年间河北秦皇岛及周边地区PCV2优势流行株为PCV 2b和PCV 2d亚型,但也有少量PCV 2e的流行,分离株ORF2基因与疫苗株的同源性较低,为87.3%～96.2%,可能影响疫苗保护效力,提示应密切监测PCV2的流行情况,并及时筛选更换疫苗株。本研究了解了不同基因型PCV2在河北秦皇岛及周边地区的流行及遗传演化情况,并发现少量PCV2e毒株在秦皇岛地区的流行可能具有时间和地域特异性,以上结果充实了河北地区PCV2的流行病学调查数据的同时也为PCV2的防控提供了参考依据。 相似文献
13.
为进一步弄清我国犬是否感染猪圆环病毒3型(porcine circovirus 3,PCV3),本试验对山东省青岛市某宠物医院采集发病犬的48份样品进行PCV3荧光PCR检测,发现7份病料呈现明显阳性,对这7株阳性样品继续用普通PCR扩增,有3份可以扩增出228 bp的特异性条带。这些条带测序后与圆环病毒的其他参考序列进行同源性分析,结果显示这3份样品的病毒序列与其他PCV3参考序列处于同一个进化分支,与PCV3的同源性为93.3%～99.5%,表明我国犬确实存在PCV3感染。 相似文献
14.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
15.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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2017~2018年华中地区猪圆环病毒2型分子流行病学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解华中地区近年来猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行情况,本中心对来自华中地区湖北、湖南、河南的1592份疑似PCV2感染病料进行了PCR鉴定,对部分阳性样品进行ORF2基因的克隆与测序,并进行同源性分析和遗传进化分析。结果表明:1592份样品中,有1091份样品检测为PCV2阳性,阳性率为68.53%,3个省份的PCV2感染率相近;其中38株PCV2 ORF2基因序列同源性为89.5%~100%,与参考序列的同源性为81.1%~99.9%;遗传进化分析显示,33株序列为PCV2d基因型,4株序列为PCV2b基因型,1株序列为PCV2a基因型。本研究结果表明,2017~2018年间华中地区PCV2流行的基因型以PCV2d为主,该结果对临床上PCV2的防控具有一定的指导意义,同时也为PCV2新型疫苗的研制积累了有效材料。 相似文献
18.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为了解我国两广地区猪非典型瘟病毒(APPV)的流行及变异情况,本研究于2017年～2018年从该地区的两个规模化养殖场采集了10份患先天性震颤仔猪的各组织病料样品,利用RT-PCR进行APPV检测,挑选3份阳性样品进行该病毒的开放阅读框(ORF)基因序列的RT-PCR扩增、测序,并对ORF基因、该基因包含的E2和P7基因进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析及该3种基因的遗传进化分析。结果显示,10份病料样品均为APPV阳性,采用RT-PCR分段扩增获得3株APPV的ORF基因全长序列。ORF基因序列分析显示,3株APPV之间的核苷酸同源性为81.6%～99.8%,与41株中国株的同源性为80.8%～99.3%,与19株国外参考株的同源性为81.3%～91.1%;E2和P7基因的同源性分析结果与ORF基因同源性分析结果一致。ORF、E2和P7基因的遗传进化树显示,广西猪场分离的GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型,而广东猪场分离的GD-CT4株属于基因3型。上述结果表明3株APPV与中国株的亲缘关系更近,两广地区的APPV基因型呈现地域差异性,本研究有助于了解APPV在中国的流行情况。 相似文献
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为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
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福建省新发猪圆环病毒3型流行病学调查及遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
猪圆环病毒3型(PCV3)是新发现的一种猪圆环病毒,该病毒可以引起猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、母猪繁殖障碍和全身多器官的炎症反应。为了解福建省PCV3流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究采集福建地区规模化猪场120份临床表现繁殖障碍和呼吸道疾病的组织样品,采用PCR方法对其进行PCV3检测。结果显示福建省猪场PCV3的感染率为12.5%。对福建省5株PCV3全基因组进行序列分析,结果显示,5株PCV3间核苷酸同源性为98.2%~99.6%,与国内PCV3分离株的核苷酸同源性为97.6%~100%,与美国分离株(PCV3-US/MO2015、PCV3-US/MN2016、PCV3-US/SD2016、PCV3 2164和PCV3 29160)的核苷酸同源性为97.8%~99.3%,而与PCV2的核苷酸同源性为43.8%~44.1%,与我国蝙蝠圆环病毒的核苷酸同源性为49.2%~51.1%。PCV3系统进化树结果显示,福建省5株PCV3处于3大亚群,1株属于3a亚群,1株属于3b亚群,3株属于3c亚群。其氨基酸序列分析显示PCV3 Cap蛋白比较保守,仅存在个别位点的氨基酸突变。本研究为福建省PCV3的分子流行病学、疫苗研究和有效防控提供实验依据。 相似文献