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旨在分析不同繁殖周期绵羊卵巢组织中长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,了解lncRNA表达及其调控机理,为绵羊繁育研究提供理论依据。本研究以湖羊为研究对象,选取年龄在1.5～2.5岁的黄体期和卵泡期母羊各3只,通过高通量测序筛选出卵巢组织中的lncRNA,运用生物信息学分析对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,通过GO和KEGG富集分析找出与绵羊繁殖相关的通路。结果显示,本研究共获得1 379个差异表达的lncRNAs,其中1 158个表达上调,221个表达下调。GO和KEGG富集分析表明,差异表达的lncRNAs及其靶基因主要参与卵泡发育、排卵周期过程、钙离子信号通路、卵母细胞减数分裂、催产素信号通路、MAPK信号通路、甲状腺激素合成通路、雌激素信号通路。关键的lncRNAs可能通过调控参与这些信号通路和生物学过程的相关基因来调控生殖。其中,LNC_011239、LNC_012847、LNC_003902、LNC_003906、LNC_003907等靶向的MAPK1、ADCY1、ADCY5、PPP3CA和CDC23可能发挥关键的调控作用。qRT-PCR验证证明,随机选取的5个差异lncRNAs定量结果与测序结果基本一致。本研究利用RNA-Seq技术筛选出黄体期和卵泡期卵巢组织中的lncRNAs,并进行差异分析,为揭示绵羊繁殖能力的分子机制提供依据。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(10):1988-1992
以辽宁绒山羊不同发育时期皮肤毛囊组织为材料,用生物信息学方法预测miR-1298-5p的靶基因,采用RTPCR对miR-1298-5p与其潜在靶基因TGF-βR1进行核酸水平表达检测,利用Weston blot对潜在靶基因TGF-βR1进行蛋白水平表达检测。生物信息学预测结果表明TGF-βR1的3′UTR存在miR-1298-5p种子区结合位点;miR-1298-5p在皮肤毛囊不同发育时期呈现差异性表达;TGF-βR1在皮肤毛囊不同发育时期无论在核酸水平还是蛋白水平均呈现差异性表达;miR-1298-5p与其潜在靶基因之间呈现一种负调控趋势,说明miR-1298-5p可能通过负调控TGF-βR1,从而对毛囊周期性发育起到调节作用。结合靶基因预测结果、miR-1298-5p在核酸水平表达规律及TGFβR1在核酸水平表达规律和蛋白水平表达规律初步确定TGF-βR1为miR-1298-5p的靶基因。本实验旨在探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期miR-1298-5p与其靶基因的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为miR-1298-5p与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论研究数据。 相似文献
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为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌（Brucella）感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集进行韦恩（Venn）分析,重叠部分的靶基因有3 681个;利用GO与KEGG进行功能富集性分析,再利用PicTar软件进一步对mmu-miR-671-5p的靶基因进行预测,将预测结果与Venn分析结果进一步取交集,结果显示,mmu-miR-671-5p的预测靶基因有7个;实时荧光定量PCR分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip1基因相对表达量极显著降低（P<0.01）;在RAW264.7细胞中转染mmu-miR-671-5p inhibitors,分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip1基因的相对表达量极显著升高（P<0.01）;对mmu-miR-671-5p与Tnfrsf1b和Tnip1的3'非翻译区（3'UTR）结合靶位点分别进行预测,结果初步表明,mmu-miR-671-5p的靶基因为Tnfrsf1b与Tnip1,其预测结合靶位点均只有1个,分别位于Tnfrsf1b和Tnip1 3'UTR全长位置的91和305 bp。本研究结果为进一步揭示mmu-miR-671-5p在布鲁氏菌感染RAW264.7细胞过程中的功能提供科学依据。 相似文献
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《中国兽医杂志》2017,(4)
为了探讨miR-1298-5p及其靶基因与细毛羊毛囊生长发育的关系,以细毛羊不同发育时期皮肤毛囊组织为材料,通过生物信息学方法预测miR-1298-5p的靶基因,采用RT-PCR对miR-1298-5p与其潜在靶基因FGF_2进行核酸水平相对定量检测,利用Western Blot对潜在靶基因FGF_2进行蛋白相对定量检测。生物信息学预测结果表明,FGF_2的3'UTR存在miR-1298-5p种子区结合位点;miR-1298-5p在皮肤毛囊不同发育时期呈现差异性表达;miR-1298-5p与其潜在靶基因之间呈现一种负调控趋势,说明miR-1298-5p可能通过负调控FGF_2从而调控皮肤毛囊生长发育。表明结合靶基因预测结果、miR-1298-5p在核酸水平表达规律及FGF_2在核酸水平表达规律和蛋白表达水平表达规律初步确定FGF_2为miR-1298-5p的靶基因。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(4):91-96
旨在研究贵州从江香猪睾丸组织miRNA-34c和miRNA-221的表达变化,探讨其对睾丸发育的调节作用。用实时荧光定量PCR法检测1~4和18月龄香猪睾丸组织中miRNA-34c和miRNA-221的表达量变化,应用生物信息学软件推测miRNA-34c和miRNA-221的靶基因和信号转导通路。结果:miRNA-34c从2月龄开始表达量上升,3月龄达到峰值,之后下降。推测miRNA-34c的靶基因有594个,涉及细胞过程、代谢调节、转录调控、RNA聚合酶II启动子转录调控、细胞增殖正调控及繁殖等过程。miRNA-221的预测靶基因有429个,与细胞凋亡、转录调控、繁殖过程、发育等有关。miRNA-34c信号转导通路显著富集于pre-NOTCH转录和翻译信号通路、pre-NOTCG表达和生物学过程、NOTCH信号通路、生物发育通路,轴突传导、L1CAM作用信号等。miRNA-221靶基因的信号通路集中在细胞凋亡、Erb B和Ras信号通路等。本研究结果提示,miRNA-34c和miRNA-221参与香猪睾丸发育的调节。 相似文献
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课题组前期通过高通量测序技术发现,microRNAssc-miR-133a-5p在肥胖猪脂肪组织中表达水平显著下调,推测其可能在脂肪沉积过程中发挥了重要作用。分析ssc-miR-133a-5p序列保守性,利用TargetScan,miRDB和miRWalk在线分析工具预测其候选靶基因,进一步对候选靶基因进行蛋白质互作分析以及KEGG分析,最后将预测的靶基因与课题组前期筛选出的与猪脂肪沉积能力相关的基因取交集。结果表明ssc-miR-133a-5p候选靶基因PPARGC1A与RORA等,参与AMPK,TNF,与胰岛素分泌等信号通路。结果提示ssc-miR-133a-5p的候选靶基因可能通过多种信号通路发挥重要作用。文章的结果可为microRNA参与猪的脂肪生成调节机制提供科学依据。 相似文献
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《中国兽医学报》2019,(12)
CXCR1基因作为G蛋白偶联受体之一,可与其配体IL-8特异性结合,在炎症反应、肿瘤发生及转移等方面发挥关键调控作用。研究以正常和患临床型乳房炎绵羊(Ovis aries)(共6只,各3只)的乳腺组织作为研究对象,首先采用HE染色法比较观察其组织形态学差异,随后采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测CXCR1 mRNA的相对表达量,并通过相关生物信息学分析软件对CXCR1基因的靶向miRNAs、涉及到的通路及调控网络等进行预测。HE染色结果显示,与正常乳腺组织(对照组)相比,在患临床型乳房炎乳腺组织(试验组)中结缔组织大量增生,腺泡数量变少且发生萎缩,上皮细胞脱落、腔内有大量炎性细胞浸润。qRT-PCR结果显示,试验组中CXCR1 mRNA的表达量较对照组极显著上调(P0.01)。GO和KEGG分析结果表明,CXCR1基因主要涉及趋化因子-受体相互作用、趋化作用等过程。靶向预测调控绵羊CXCR1基因的miRNAs结果显示,其表达可能受到miR-541-3p、miR-1193-3p等的调控。结果表明,在绵羊临床型乳房炎发生发展过程中,CXCR1基因可能在相关miRNAs的作用下表达上调,进而通过与其配体IL-8结合,趋化炎性细胞向绵羊乳腺感染部位迁移以发挥相应的作用。本研究为进一步深入探究CXCR1基因在绵羊临床型乳房炎发生发展过程中的分子机制提供了参考资料。 相似文献
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旨在研究miR-128-1-5p对绵羊前体脂肪细胞增殖与分化的调节作用。本研究经理论预测和试验研究验证miR-128-1-5p的靶基因；过表达miR-128-1-5p后，用qPCR检测增殖标志基因的表达，CCK-8和EdU检测细胞增殖情况；用qPCR和Western blotting检测miR-128-1-5p和其靶基因在前体脂肪细胞分化中的表达趋势；通过过表达或抑制miR-128-1-5p研究其对绵羊前体脂肪细胞分化的调节机制；用油红O染色检测成脂能力。结果表明，KLF2是miR-128-1-5p的靶基因。前体脂肪细胞增殖过程中，过表达miR-128-1-5p后，增殖标志基因的表达量显著或极显著降低（P<0.05或P<0.01），细胞活力显著或极显著降低（P<0.05或P<0.01），新生细胞数显著减少（P<0.05）。前体脂肪细胞分化过程中，miR-128-1-5p与KLF2的表达呈负相关；过表达miR-128-1-5p极显著下调了KLF2 mRNA的表达量（P<0.01），显著下调了KLF2蛋白的表达量（P<0.05），显著或极显著上调了分化标志基因mRNA的表达（P<0.05或P<0.01），产生更多脂滴；抑制miR-128-1-5p则结果相反。综上所述，miR-128-1-5p与KLF2存在结合位点。miR-128-1-5p抑制绵羊前体脂肪细胞的增殖，在分化过程中通过靶向抑制KLF2的表达，促进前体脂肪细胞分化和脂滴沉积。 相似文献
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《家畜生态学报》2017,(7)
利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测miR-126-5p在沙子岭猪睾丸组织8个不同发育时期(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)表达量,以了解其在动物睾丸发育及精子生成中的作用。利用miRanda、TargetScan和mirWalk 3个数据库预测miR-126-5p靶基因并取交集,利用David在线软件分析miR-126-5p靶基因的生物功能。结果表明,miR-126-5p在胚胎期(E90-D1)睾丸组织中高表达,而在生长期(D1-D90)表达量下调,但在沙子岭猪性成熟(D120)后表达量又上调,其中D1表达量最高,D90表达量最低,且二者与其他7个时期均差异极显著(P0.01);D30、E90、D180相互之间差异不显著(P0.05),且分别与其余各时期差异极显著(P0.01);D120与D30差异显著(P0.05),与其余各时期差异极显著(P0.01);D150与D60之间差异不显著(P0.05),二者分别与其余各时期差异极显著(P0.01)。miR-126-5p靶基因参与细胞增殖、凋亡、分化、细胞通讯、迁移及蛋白质转运等生物学过程(P0.001);靶基因分子功能包括蛋白二聚体活性、配体依赖性核受体活性(P0.001);KEGG分析显示miR-126-5p靶基因参与TGF-β、MAPK、细胞黏附等信号通路(P0.01)。结合miR-126-5p在睾丸组织不同发育时期表达差异结果及其靶基因功能预测结果,miR-126-5p可能参与沙子岭猪生殖细胞分化及精子生成调控,本研究为miR-126-5p在动物精子生中的作用及其调控机制的研究提供依据。 相似文献
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生物信息学方法预测出miRNA-375可能的靶基因为DIAPH2和QKI,实时荧光定量法检测了靶基因在1日龄、1-7月龄军牧1号白猪睾丸组织中的表达量。结果表明,3月龄前猪睾丸组织中miRNA-375表达量极低,4-7月龄表达水平逐渐上调,差异显著。预测靶基因DIAPH2在1-7月龄呈显著下调趋势,OKI基因在1-7月龄睾丸组织中表达水平呈显著上调趋势。经SPSS13.0分析可知,不同时期睾丸组织中miRNA-375与2个预测靶基因DIAPH2和QKI的相关系数r分别是-0.396（P〈0.05）,0.411（P〈0.05）,2个预测靶基因DIAPH2和QKI之间的相关系数是0.151（P〉0.05）,靶基因DIAPH2和QKI无明显联系,初步证明DIAPH2可能是miRNA-375的靶基因,为探索猪睾丸组织发育提供了一定的研究基础。 相似文献
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为了探索卵巢microRNA （miRNA）在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析。结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个。在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature。与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化（read counts>10,∣log2（fold-change）∣>1）,上调114个,下调31个。在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs（read counts>1 000,∣log2（fold-change）∣>1）中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达。31个miRNAs共预测到7 388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2 788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控。本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据。 相似文献
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研究旨在从香猪卵巢small RNA测序数据中挖掘调控香猪繁殖的microRNA （miRNA）,解析miRNA调控香猪卵巢功能及繁殖性状的分子机制,对于猪的遗传选育具有重要意义。研究选取发情期和间情期的香猪各4头,屠宰后取其卵巢组织,提取总RNA进行small RNA测序,利用生物信息学方法检测miRNA表达谱,筛选差异表达的miRNA,预测差异表达miRNA靶基因,并对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果显示,香猪卵巢组织中miRNA在染色体上呈不均匀分布,主要分布于1号染色体和X染色体上。香猪卵巢中共有627个已知猪miRNAs表达,其中有34个差异表达miRNAs,表达量前五的分别是miR-23、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p。GO功能分析结果显示,靶基因主要参与的生物学过程是细胞过程（cellular process）,主要分布于细胞（cell）,主要分子功能是结合（binding）;KEGG显著富集通路中,促性腺激素释放激素受体通路（gonadotropin-releasing hormone receptor pathway）、胰岛素样生长因子通路（IGF pathway）和表皮生长因子受体信号通路（EGF receptor signaling pathway）与卵母细胞的发育成熟相关,因此推测miR-23b、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p可能参与了香猪繁殖调控。本研究初步筛选出5个可能调控香猪繁殖性能的miRNAs,可为从分子水平提高香猪产仔数提供理论基础。 相似文献
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A surgical uterine flush technique was evaluated for percentage of ova/corpora lutea (CL) collected and development of reproductive adhesions in 79 superovulated ewes. The median collection rate for ova/CL was 70%, and 47 of 79 ewes had greater than or equal to 67% ova/CL. At 50 to 80 days after uterine flushing, celiotomies were performed on 50 of the 79 ewes to evaluate the reproductive tract for adhesions. Adhesions of the reproductive tract were not found. Thirty ewes were given prostaglandin F2 alpha, were mated, and became pregnant. The ova collection rates were comparable with rates reported in ewes in which oviductal flush methods were used; however, adhesions did not develop and reproductive function was maintained after surgery. 相似文献
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研究旨在揭示香猪卵巢组织中circ_CSPP1的潜在功能。利用CIRI-full拼接circ_CSPP1的序列，circBase数据库在线blat分析circ_CSPP1的保守性，采用RT-PCR和Sanger测序技术从香猪卵巢分离和鉴定circ_CSPP1，采用miRanda、RNAhybrid和PITA软件预测和分析circ_CSPP1结合的miRNA分子及miRNA的靶基因，对靶基因进行GO和KEGG富集分析。结果显示，分离到的circ_CSPP1是保守的，由CSPP1基因的外显子8~12组成，可作为ssc-miR-324、ssc-miR-10a-5p、ssc-miR-9847-3p、ssc-miR-365-5p、ssc-miR-92b-5p、ssc-miR-885-3p、ssc-miR-7139-3p、ssc-miR-9851-3p和ssc-miR-33b-3p等14个miRNAs的分子海绵，靶向755个蛋白编码基因。GO富集分析表明，circ_CSPP1的靶基因显著富集到153个GO条目，其中细胞成熟、细胞分裂位点、细胞迁移的负调控、Wnt信号通路、细胞周期蛋白结合、子宫发育、MAPK活性的激活、黏着斑和卵裂沟等条目与卵巢功能相关。KEGG富集分析表明，circ_CSPP1的靶基因富集到260个信号通路，其中显著富集的有29个信号通路，主要富集于癌症通路、细胞周期、雌激素信号通路、PI3K-AKT信号通路、卵巢类固醇生成、催产素信号通路和细胞凋亡等信号通路。综上，circ_CSPP1可作为许多miRNA的分子海绵调控香猪卵巢颗粒细胞的增殖与凋亡、卵泡成熟、排卵过程、卵巢类固醇生成和卵巢早衰等生物学过程。 相似文献
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Reproductive performance of totally confined sheep bred with semen extended in a lactose-egg yolk-glycerol buffer and stored at 5 degrees C. 
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下载免费PDF全文 Two experiments were carried out in January and May 1975 to study reproductive performance (fertility, prolificacy and fecundity) of totally confined sheep synchronized for estrus. The main objective of the first experiment was to compare reproductive performance of ewes bred naturally to those bred by artificial insemination. Semen for artificial insemination was collected by either artificial vagina or electroejaculation and stored for up to 36 hours at 5 degrees C. A second objective was to evaluate the effect of pregnant mares' serum gonadotrophin on the reproductive performance of ewes synchronized for estrus. Fertility was 53% for ewes bred by natural mating, 34% for ewes receiving pregnant mares' serum gonadotrophin and bred by artificial insemination, and 9% for those not receiving pregnant mares' serum gonadotrophin and bred by artificial insemination. There was no difference in fertility between ewes bred with semen collected by artificial vagina or by electroejaculation. A similar pattern was observed for fecundity. Average prolificacy was 2.0 with no significant differences among mating methods or pregnant mares' serum gonadotrophin application being observed. In the second experiment, the reproductive performance of ewes inseminated with semen stores at 5 degrees C for 48 to 60 hours was compared to that of ewes inseminated with semen stores for 24 to 36 hours. No significant differences in the reproductive performance were detected. Although average fertility (9%) and fecundity (19%) were low, prolificacy averaged 2.0 lambs per ewe lambing. 相似文献
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The administration of melatonin via intravaginal sponges is an effective method of advancing the breeding season in ewes. In the present study the fertility of melatonin-treated ewes has been compared with that of ewes induced to ovulate by conventional treatment. On June 25, 15, 15-month-old ewes (group 1) were given intravaginal implants containing melatonin in silastic tubing. On August 8, 13 similar ewes (group 2) were given Veramix sponges which were removed 12 days later, when they were given 500 iu pregnant mare's serum gonadotrophin (PMSG). Two intact raddled rams were introduced to the combined groups on August 21. The mean date of mating was September 3 +/- 1.5 for group 1 and August 21 +/- 0.2 for group 2 ewes. All the ewes in group 1 and 10 in group 2 (77 per cent) were mated. All the ewes were slaughtered approximately 50 days after mating and their reproductive tracts removed. The mean ovulation rates were 2.1 and 2.3 in groups 1 and 2, respectively. The results indicate that conception rates of 87 per cent and 61.5 per cent of ewes put to the ram were obtained in the melatonin-treated and PMSG-treated groups, respectively. At slaughter the melatonin-treated group were found to have a mean of 1.47 live fetuses per ewe put to the ram and the PMSG-treated group a mean of 1.08. It can therefore be concluded that melatonin implantation is an effective method for the advancement of seasonal breeding in anoestrous sheep, and that the fertility achieved is at least as good as that given by conventional progestogen-PMSG treatment. 相似文献