正交设计优化黑褐苔草ISSR-PCR反应体系     

胡延萍  王莉  包蕊  石琳  旭荣花  李毅 《草地学报》2014,22(4):911

采用正交设计对黑褐苔草（Carexa trofusca）ISSR-PCR反应的Mg²⁺、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物和DNA模板进行优化,以期建立最佳反应条件并筛选退火温度。结果表明：黑褐苔草20μLISSR-PCR最佳反应体系为：1.80μmol·L^-1 Mg²⁺、0.60 U Taq DNA聚合酶、0.125μmol·L^-1 dNTP、0.3μmol·L^-1 Primer和50ngDNA模板;引物UBC807适宜退火温度为55℃。该体系能在不同个体中扩增出清晰的、稳定性好的条带。  相似文献   

鹰嘴豆ISSR反应体系的正交优化     

靳晓丽  田新会  杜文华 《草地学报》2015,23(6):1303-1309

鹰嘴豆(Cicer arietinum)ISSR反应体系的建立可以为鹰嘴豆种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位提供理论依据和技术参考。本研究以CTAB法提取的鹰嘴豆DNA为模板,采用L₁₆(4⁵)正交设计直观分析法,对鹰嘴豆ISSR-PCR反应中的4个主要因素(Mg²⁺浓度,引物浓度,TaqDNA聚合酶浓度,dNTPs浓度)在4个水平上进行优化,并在最优ISSR-PCR反应体系的基础上对引物UBC826的最适退火温度进行筛选。结果表明:Mg²⁺和引物浓度对PCR扩增结果有显著影响,dNTPs和Taq酶的浓度变化对PCR扩增结果无显著影响。鹰嘴豆ISSR-PCR优化反应体系(25 μL)为:3 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.2 mmol·L^-1 dNTP,0.24 μmol·L^-1引物,2 U Taq DNA聚合酶。UBC826最适退火温度为56℃。  相似文献   

白三叶RAPD分析条件优化   总被引：9，自引：2，他引：7  

张贤  张英俊  吴维群 《草地学报》2006,14(3):219-222

对白三叶RAPD反应体系中的模板DNA用量、随机引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg²⁺浓度分别进行了梯度试验。结果表明,在总体积25μL体系中,模板DNA20ng、引物9.9ng、dNTP浓度0.4mmol/L、T aqDNA聚合酶3U、Mg²⁺浓度1mmol/L的反应体系可得到稳定清晰的RAPD扩增图谱,该体系可用于白三叶遗传多样性分析。  相似文献   

结缕草属植物ISSR-PCR反应体系研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

王志勇  袁学军  郭海林  刘建秀  程晓丽  周志芳 《草地学报》2009,17(1):48-51

以SDS法提取的结缕草(Zoysia spp.)叶片DNA为模板,应用正交试验设计,从Mg²、dNTP、引物和DNA聚合酶并通过比较不同浓度的模板DNA对PCR扩增的影响,确立结缕草属植物ISSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同浓度对PCR反应结果有显著影响,正交设计可以用于ISSR反应体系建立,该方法建立的结缕草属植物ISSR-PCR优化反应体系为10X Buffer7、0 ng模板DNA、Mg²+2.0 mmol·L^-1、dNTP 150μmol·L^-1、Primer 0.3μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积20μL;经对11份结缕草属植物进行检验,证明该体系稳定可靠。该体系的建立可为今后利用ISSR标记技术进行结缕草属遗传多样性研究、种质资源鉴定和亲缘关系分析等提供依据。  相似文献   

正交设计优化草地早熟禾SRAP-PCR反应体系及引物筛选     

任小巍  王瑜  袁庆华 《草业科学》2012,29(3):411-416

采用L9(34)正交试验设计方法,对草地早熟禾(Poa pratensis)基因组DNA SRAP PCR反应体系中的Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物及dNTP四因素的用量进行优化,并比较不同模板DNA用量对扩增的影响,建立草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系,同时,利用该体系对SRAP引物进行筛选。结果表明,草地早熟禾SRAP PCR最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg2+ 1.75 mmol·L-1、引物0.25 μmol·L-1、dNTP 220 μmol·L-1、40 ng模板DNA、2 μL 10×PCR buffer,总体积20 μL。运用该体系从100对SRAP引物中筛选出43对引物能够产生清晰稳定的扩增条带且多态性丰富。优化体系的建立及引物的筛选可为今后利用SRAP标记技术对草地早熟禾进行遗传多样性分析、图谱构建、种质资源鉴定奠定技术基础。  相似文献   

RAPD分子标记鉴定紫花苜蓿品种的反应体系优化   总被引：2，自引：2，他引：0  

张涛  杨青川  毛培胜 《草地学报》2006,14(4):333-337

以中苜1号紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Chongmu No.1)为研究材料,通过对RAPD-PCR反应退火温度、反应体系中的模板DNA、Taq聚合酶、Mg²⁺、dNTP、引物用量的梯度处理,分别对各项单因子进行优化。结果表明,当退火温度为37℃,总反应体积25μl时,各反应物适宜用量为模板DNA80ng,Taq聚合酶1.5U,Mg²⁺6.25×10^-5mmol,dNTP0.3×10^-5mmol,随机引物0.4×10^-5mmol,缓冲液KCl1.25×10^-3mmol,扩增结果清晰、稳定,并且在不同实验室扩增结果具有较好的一致性。  相似文献   

紫花苜蓿耐盐测序扩增区段标记条件优化   总被引：2，自引：0，他引：2  

任卫波  韩建国  郭慧琴  方程  杨青川 《草地学报》2006,14(4):379-383

以中苜一号紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Zhang mu No.1)为材料,对SCAR反应中的引物浓度、退火温度、Mg²⁺、dNTP浓度、模板DNA用量及Taq酶用量进行优化。结果表明:在3对SCAR中有2对引物出现目标扩增带,其中以SCAR1的效果最好;适宜反应体系总体积为25μL、Mg²⁺浓度2.5mM、dNTP浓度200μM、引物浓度0.5μM、Taq酶1.5U、模板DNA为50~100ng;优化后的反应体系能得到清晰稳定的SCAR扩增条带,可用于苜蓿耐盐性分子标记鉴定分析。  相似文献   

紫花苜蓿RAPD反应条件优化   总被引：8，自引：3，他引：5  

孙杰  杨青川  韩国栋 《草地学报》2002,10(1):18-23

以"中苜一号"、"大西洋"、"渭南"3个苜蓿品种为材料,对RAPD反应条件中的MgCl₂浓度、dNTP浓度、随机引物浓度、模板DNA用量、TaqDNA聚合酶用量以及扩增缓冲液浓度分别进行梯度试验.结果表明,该反应体系的体积为25μL,MgCl₂浓度为2.7mmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,随机引物浓度为0.192μmol/L,TaqDNA聚合酶用量为每一反应体系2U,扩增缓冲液浓度(以KCl浓度为指标)为50mmol/L,模板DNA用量为120ng.通过试验建立了一套稳定的RAPD反应体系.该反应体系扩增效果好.  相似文献   

马蔺ISSR-PCR反应体系的建立与优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

王育青  王晓晶  王建光 《中国草地学报》2010,32(2)

以内蒙古呼和浩特市近郊野生马蔺DNA为模板,采用均匀设计,通过5因素5水平和5因素3水平两轮均匀优化试验,对影响ISSR-PCR扩增结果的一些因素(Mg2+、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶和模板DNA浓度等)进行优化筛选,建立了适合马蔺的最佳ISSR-PCR反映体系:在25μl反应体系中,包括2.5μl 10×PCR Buffer、2.0mmol/L Mg2+、2.5μmol/L dNTP、1μmol/L引物1、.5U TaqDNA聚合酶、50ng模板DNA。在此基础上对扩增程序中的循环次数、退火温度进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性3min;然后进行40个循环(94℃变性45s,52.3～60.5℃退火30s,72℃延伸1.5 min);循环结束后,72℃延伸5min。  相似文献   

狗牙根SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选   总被引：17，自引：7，他引：10  

王志勇  袁学军  刘建秀  郭海林 《草业学报》2008,17(3):79-85

利用正交设计,从Mg2 、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4种因素3个水平以及不同的模板DNA浓度来优化狗牙根SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了全面筛选。狗牙根SRAP-PCR优化反应体系结果为:2μL 10×buffer4、0 ng模板DNA、Mg2 1.25 mmol/Ld、NTP 260μmol/L、引物0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积20μL。运用该结果从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物34对。优化体系的建立及其引物的筛选为今后利用SRAP标记技术进行狗牙根遗传分析、图谱构建、基因定位与种质资源鉴定奠定了技术基础。  相似文献   

豌豆ISSR-PCR反应体系的建立和优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

曾亮  李敏权  杨晓明  赵丽娟  杨发荣 《草地学报》2012,20(3):536-539

以豌豆(Pisum sativum L.)DNA为材料,对影响其ISSR-PCR反应体系中的5种主要因素(模板DNA量、引物浓度、dNTPs浓度、Taq酶量、退火温度)进行优化,最终确定了豌豆ISSR-PCR反应的最佳体系(20 μL)为:15 ng模板DNA, 0.15 mmol·L^-1dNTP, 0.5 μmol·L^-1ISSR引物, 1 U Taq DNA聚合酶,引物842号的最适退火温度为50℃。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行豌豆属种质资源的遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。  相似文献   

本氏针茅SRAP PCR反应体系的建立及引物筛选     

井赵斌  俞靓  魏琳  程积民 《草业科学》2012,29(2):219-228

以本氏针茅（Stipa bungeana）幼嫩叶片为材料,建立适合本氏针茅基因组DNA提取的改良CTAB法,在此基础上采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对本氏针茅SRAP PCR反应体系中的5个主要因素（DNA、Taq酶、dNTPs、Mg2+和引物）进行优化,旨在建立适合本氏针茅SRAP分析的反应体系。结果表明,在20 μL总的反应体系中各组分的加入量分别为：DNA（20 ng·μL-1）3 μL、Taq DNA酶(5 U·μL-1)0.2 μL、dNTPs（2.5 mmol·L-1)1.4 μL、引物（10 μmol·L-1）1.0 μL、Mg2+ (25 mmol·L-1)2.0 μL、10×Buffer 2.5 μL、ddH2O 8.9 μL。体系验证和引物筛选试验表明,该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立可为本氏针茅种质资源遗传多样性研究和黄土高原植被恢复及生态建设提供理论基础。  相似文献   

百脉根ISSR-PCR反应体系的建立与优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

富新年  师尚礼  王赞  李俊  闫洪唯 《草原与草坪》2012,32(3):49-52,57

运用L16(45)正交设计对百脉根ISSR反应的5个因素,即DNA模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度在4个水平上进行优化实验,通过不同反应体系扩增效果比较,最终确定在20uL体系中各反应物的最适含量为:40ng模板DNA、2μL 10×PCR Buffer、0.15mmol/LdNTPs、0.75μmol/L ISSR引物、1.5mmol/L MgCl2、1UTaqDNA聚合酶。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行百脉根属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。  相似文献   

槲树DNA SSR-PCR反应体系的正交优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

叶青雷  王玲玲  藏楠  陈丹  王学英 《蚕业科学》2008,34(2):307-311

利用正交设计L16(45)对槲树(Quercus dentata Thunb.)基因组DNASSR-PCR反应体系的5个因素(Tap酶,Mg2+,,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了槲树模板DNASSR-PCR反应的最佳体系(20μL):60ng模板DNA,2mmol/LMg2+,0.075U/μLTaq酶,0.4mmol/L dNTP,引物浓度0.1μmol/L。对槲树DNASSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为51.3℃。  相似文献   

鸭茅SRAP反应体系的建立与优化     

王冉  曹鑫涛  王国泽  宁巧  李王大  曾兵 《黑龙江畜牧兽医》2012,(11):92-94

为了为鸭茅分子标记辅助育种提供理论依据,研究采用L16(45)正交试验设计,对相关序列扩增多态性(SRAP)-PCR反应体系中的4种主要参数(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTP、引物)进行了分析。结果表明:建立的鸭茅SRAP-PCR最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1.0 U、Mg2+1.5 mmol/L、dNTP 250μmol/L、引物0.4μmol/L,总体积为25μL。最佳PCR循环条件为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;94℃变性1 min,52℃复性1 min,72℃延伸1 min,共35个循环;最后72℃延伸10 min;4℃保存。  相似文献   

小叶锦鸡儿SSR-PCR体系优化及应用   总被引：2，自引：0，他引：2  

韩永增  王赞  高洪文 《草业科学》2011,28(3):399-403

为建立适宜小叶锦鸡儿（Caragana microphylla）SSR PCR的反应体系,利用正交试验设计L16(45),对模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶的浓度进行五因素四水平优化筛选,确立最佳反应体系和扩增程序。即在25 μL反应体系中包括：40 ng模板DNA,3 mmol/L Mg2+,300 μmol/L dNTP,0.6 μmol/L引物,1 U Taq DNA聚合酶,1×Buffer。扩增反应程序为：94℃10 min;94℃ 45 s,65℃ 1 min,72℃ 1 min,10个循环,每循环的复性温度递减1℃;94℃ 45 s,55℃ 1 min,72℃ 1 min,30个循环;72℃ 10 min,4℃保存。应用该优化体系对小叶锦鸡儿种质资源及不同引物进行了检验及筛选。本研究表明,该体系的建立为今后利用SSR标记对小叶锦鸡儿属遗传多样性研究、遗传图谱构建及种质资源鉴定等研究工作提供依据。  相似文献   

红三叶ISSR-PCR反应体系的建立与优化     

孟丽娟  赵桂琴 《草原与草坪》2015,(2):21-26

采用正交试验设计,对影响红三叶ISSR-PCR反应较大的4个因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTP及引物)在4个水平上进行筛选,建立并优化了适合红三叶ISSR分析的最佳反应体系。在25μL反应体系中各反应物的最适含量为40ng模板DNA,10×PCR-buffer 2.5μL,2.5 mmol/L Mg2+,2.5UTaq DNA聚合酶,引物1μmol/L,0.2mmol/L dNTP。反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性30s,引物退火30s,72℃延伸1min,循环35次;72℃延伸7min,4℃保存。优化体系的建立为采用ISSR分子标记技术进行红三叶种质资源遗传多样性分析提供了技术参考。  相似文献   

桑天牛遗传多样性研究中AFLP反应体系的建立   总被引：1，自引：1，他引：0  

马向超  张爽  黄大庄  张静洁  王圣杰  夏明瑞 《蚕业科学》2010,36(6):1022-1027

建立适合的AFLP反应体系研究桑树主要害虫桑天牛(Apriona germari)的遗传多样性,有助于从分子水平分析桑天牛不同地理种群的遗传多样性以及开辟害虫防治新途径。对提取的桑天牛成虫基因组DNA预扩增中的Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶的用量以及选择性扩增中的预扩增产物稀释倍数、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度和Taq酶的用量等进行单因素试验,优化反应体系。确定预扩增反应体系中的Mg2+终浓度为1.50mmol/L,dNTP终浓度为0.15mmol/L,引物浓度为10.0×10-7mol/L,Taq酶用量为1.00U;确定选择性扩增反应体系中的预扩增产物稀释倍数为40倍,dNTP终浓度为0.15mmol/L,引物浓度为5.00×10-7mol/L,Mg2+终浓度为1.50mmol/L,Taq酶用量为1.00U。用优化后的反应体系扩增得到了条带清晰的桑天牛AFLP图谱。  相似文献   

杂花苜蓿SRAP-PCR反应体系的正交优化   总被引：3，自引：1，他引：2  

周良彬  卢欣石  赖黎丽 《草地学报》2010,18(3):345-351

利用正交设计L₁₆(4⁵)对杂花苜蓿(Medicago varia Martin.)SRAP-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg₂⁺、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验,旨在建立一套适用于苜蓿属(Medicago L.)种质资源的SRAP标记技术体系。结果表明:各因素对PCR反应结果都有显著影响,由F值可知,dNTP的量对反应结果影响最大,其次是Taq酶的量,模版DNA浓度的影响最小,各因素水平的变化对PCR反应的影响依次为:dNTP>Taq酶>Mg₂⁺>引物>模板DNA;筛选出各反应因素的最佳水平,建立杂花苜蓿SRAP-PCR反应的最佳体系(25μL)为:dNTP 2μL(0.20 mmol·L^-1),TaqDNA聚合酶0.3μL(1.50 U),Mg₂⁺3μL(1.50mmol·L^-1),上、下游引物各1μL(0.40μmol·L^-1),50ng模板DNA1μL,10×PCR buffer 2.5μL(不含Mg₂⁺)。这一优化体系的建立,为今后利用SRAP标记技术进行苜蓿属植物遗传图谱构建、遗传多样性分析及种质资源鉴定等研究奠定了技术基础。  相似文献