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1.
牡丹89 个不同种源品种遗传多样性和亲缘关系分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用ISSR分子标记技术,从121条ISSR备选引物中筛选出条带清晰、多态性好的19条引物对89个牡丹品种的遗传多样性进行了分析。通过优化PCR试验条件,共获得188条带,其中177条表现出多态性,多态位点的百分率为94.1%。通过计算机软件分析,供试牡丹品种平均有效等位基因数为1.514,平均Nei’s基因多样性指数为0.3085,平均Shannon’s信息指数为0.4713;各品种间的相似系数介于0.3294 ~ 0.7744之间,平均为0.5722。利用UPGMA法作图,供试的89个品种可聚为2个类群,很好地将不同来源的品种区分开来。 相似文献
2.
广西野生濒危植物掌叶木遗传多样性的ISSR与SRAP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用ISSR和SRAP技术对中国野生濒危植物掌叶木[Handeliodendron bodinieri（Lévl.）Rehd.]的5个野生居群的95份材料进行分析,10条ISSR引物共扩增得到114个条带,其中多态性条带68个,多态性条带百分率（PPB）59.65%,掌叶木在物种水平上的Nei’s基因多样性（H）为0.1817,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.2792;观测等位基因数（Na）为1.5965,有效等位基因数（Ne）为1.2984,居群间基因间分化度（Gst）为35.17%。15组SRAP引物共扩增出292个条带,其中多态性条带269个,多态性条带百分比为92.12%,物种水平上,掌叶木的Nei’s基因多样性（H）为0.3171,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.4758;观测等位基因数（Na）为1.9212,有效等位基因数（Ne）为1.5380,居群间基因间分化度（Gst）为23.17%。结果显示两种标记均能检测到掌叶木具有较高的遗传多样性,掌叶木不同居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。 相似文献
3.
珙桐遗传多样性的AFLP 分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用7对AFLP引物对中国珍稀濒危植物珙桐（Davidia involucrata Baill.）的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行扩增,共检测到100 ~ 500 bp的位点506个,其中多态性位点488个,多态性位点百分率96.44%;各居群多态位点百分率为52.77% ~ 79.25%,平均为67.00%。在物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs = 0.3429,Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.5107。而居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.2229 ~ 0.3389,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs = 0.2748,各居群Shannon’s遗传多样性信息指数（I）介于0.3219 ~ 0.4877,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I = 0.3995。居群间基因间分化度（Gst）为21.60%,基因流Nm为1.8。说明珙桐的遗传多样性较高,这8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。在珙桐与其变种光叶珙桐之间未找到差异标记。 相似文献
4.
基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析 总被引：9，自引：0，他引：9
采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的
遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。
Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方
差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD <
0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均
表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离
Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能
原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。 相似文献
5.
蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。 相似文献
6.
菠菜种质遗传多样性和亲缘关系的AFLP 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用AFLP 标记技术对110 份来源不同的菠菜（Spinacia oleracea L.）种质进行遗传多样性
分析,结果表明,筛选出的20 对EcoRⅠ/MseⅠ引物组合共扩增出882 条带,其中208 条多态性条带,多
态性比率23.6%;种质间的遗传相似系数为0.64 ~ 0.87,不同来源组群的Nei’s 遗传多样性指数范围为
0.1887 ~ 0.2501,总体为0.2830,Shannon 信息指数范围为0.2789 ~ 0.3793,总体为0.4337。种质间基于
遗传相似系数的UPGMA 聚类分析、主坐标分析与组群间基于Nei’s 遗传距离的聚类分析结果基本相同,
与地理来源有很高的一致性。全部供试种质可分为两类,欧美、西亚、东亚及中国北方种质聚为一类,
部分日本种质和中国的南方种质聚为另一类,AFLP 标记能很好地从分子水平揭示菠菜资源的亲缘关系。
由亲缘关系推测中国的南、北方菠菜种质可能有着不同的起源。 相似文献
7.
以27份适宜北方生长的李、杏品种为试材,采用SSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,并运用UPGMA聚类分析法,分析了27份试材的亲缘关系,为寒地李、杏种质资源保存和品种选育提供分子生物学依据。结果表明:筛选的25对SSR多态性引物共扩增等位位点245个,其中多态性位点240个,多态性比率为97.96%。每对引物的等位基因数量为4~13,平均值为9.8。有效等位基因数平均值为2.740 5,Shannon′s信息指数平均值为1.052 0,多态性信息含量平均值为0.595 5,表明试材具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.612处,27份试材可以分为李和杏两大类群。 相似文献
8.
利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。 相似文献
9.
基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。 相似文献
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为探明湖南省草莓灰霉病菌群体遗传结构、分化及变异规律,采用荧光标记技术对湖南省9个地理菌群的180株草莓灰霉病菌基因组DNA进行SSR分析。结果表明:9对SSR引物共检测到56个观察等位基因(Na),平均值为6.22;有效等位基因(Ne)为1.27~4.89,平均值为3.44;不同位点的基因多样性指数(H)为0.21~0.80,平均值为0.65;不同位点Shannon’s信息指数(I)为0.37~1.83,平均值为1.34。供试180株样品9个SSR多态性位点上多态性信息量PIC变化范围为0.13~0.91,不同位点PIC差异大,这一规律与I和H基本一致。不同SSR位点总的遗传多样性(Ht)为0.21~0.77,平均值为0.65;群内遗传多样性(Hs)为0.19~0.50,平均值为0.40;遗传分化系数(Gst)为0.10~0.46,平均值为0.37;基因流(Nm)为0.58~4.47,平均值为1.16。不同地理菌群平均观察等位基因(Na)、有效等位基因数目(Ne)分别为2.93和2.07,Shannon’s信息指数(I)平均为0.67,基因多样性指数(H)平均为0.40,平均多态性位点数(NP)、多态位点百分率(P)分别为6.78和75%。依据不同地理菌群之间的遗传距离(0.2797~1.9225),将供试湖南省9个地理菌群分为4大类:第Ⅰ大类主要由长沙、邵阳、岳阳、衡阳、张家界、湘潭种群组成;第Ⅱ大类主要由郴州种群组成;第Ⅲ大类主要由株洲种群组成;第Ⅳ大类由常德种群组成。总之,湖南省各地草莓灰霉病菌群体遗传多样性丰富,但地理群体间差异小,病菌遗传变异主要来自群体内部,不同地区间存在病菌的移动。 相似文献
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利用AFLP技术,对来源于全国20个省(区)的180份银杏古树种质进行遗传多样性分析,在此基础上,利用逐步聚类的方法构建核心种质。结果表明,8对AFLP引物组合共扩增出1 646条谱带,多态条带百分率(PPB)为100%;平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样度(H)和平均Shannon’s信息指数(I)分别为2.0000、1.2575、0.1662和0.2746;各种质间的遗传相似系数在0.6904~0.9115之间,平均值为0.7919。建立的银杏古树核心种质保留了原始种质的35%的样品。t检验结果表明,所构建的核心种质遗传多样性指数与原始种质差异不显著,能够最大程度的代表原始种质资源。 相似文献
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普通杏品种SSR遗传多样性分析 总被引：8，自引：2，他引：6
利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。 相似文献
15.
利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证 总被引：2，自引：0，他引：2
以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。 相似文献
16.
基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。 相似文献
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对叶用银杏种质资源进行黄酮和萜内酯类含量及AFLP遗传关系分析。结果表明,叶用银杏种质资源在黄酮和萜内酯类含量水平和DNA分子水平上都存在较高的遗传多样性。68份叶用银杏种质叶片提取物成分中银杏苦内酯A、B、C、J和白果内酯B,银杏总内酯,黄酮的平均含量分别为0.0371%、0.0185%、0.0280%、0.0133%、0.0243%、0.1216%、1.7103%。8对AFLP引物组合共扩增出1 408条谱带,其中多态带为99.28%,Nei’s基因多样性和Shannon’s指数分别为0.1939和0.3142;种质间的遗传相似系数在0.2924 ~ 0.7413之间,平均值为0.4888。种质间基于黄酮和萜内酯类含量分析的聚类分析结果与基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析结果基本一致。利用黄酮和萜内酯类含量和AFLP分析相结合的方法,筛选出高黄酮和萜内酯类特异种质,对叶用银杏种质资源的评价与保护有一定的积极意义。 相似文献
18.
利用改良的SDS法提取了153个品种的安徽乌菜DNA,并进行2次重复,均获得了较理想的DNA产物。通过试验确定了安徽乌菜InDel-PCR的10μL最佳反应体系:1×PCR Buffer 1μL,dNTP 0.2μL,引物1μL,Taq E 0.1μL,DNA 1μL,ddH2O 6.7μL;最佳PCR扩增反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,55℃退火40 s,72℃延伸40 s,共36个循环,最后72℃延伸10 min,10℃保存。从供试的66对InDel引物中筛选出31对适合安徽乌菜、条带清晰、重复性高、多态性好的引物,为安徽乌菜品种鉴定、遗传多样性分析等奠定了基础。 相似文献