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青龙本地山羊随机扩增多态DNA与体重体尺相关性研究 总被引：13，自引：1，他引：12
利用９种随机引物研究了青龙本地山羊的随机扩增多态ＤＮＡ，并利用ＳＰＳＳ程序对多态标记进行了方差分析。结果表明：青龙本地山羊基因组ＤＮＡ多态频率为４８．６５％，多态标记Ｋ０９Ｂ，Ｐ１４Ｄ和Ｑ１４Ｄ及其互作效应对体重和体尺有显著影响。 相似文献
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限制性内切酶片段长度多态性有几个绵羊品种中的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
本文利用羊的促卵泡激素（ＦＳＨ）ｃＤＮＡ，胸腺基因组ＤＮＡ及卵泡抑止素ｃＤＮＡ等３种探针与泰国长尾羊，咯麦隆羊及它们Ｆ１代杂种的基因组ＤＮＡ进行分子杂交，结果在ＥｃｏＲＩ，ＨｉｎｄⅢ和ＴａｑⅠ酶切的ＤＮＡ片段与ＦＳＨ ｃＤＮＡ杂交的图谱上，可观察到ＲＦＬＰ的存在，并可根据某些特殊区带的存在与否区别两个不同种的羊。用ＥｃｏＲⅠ酶切的ＤＮＡ片段与胸腺基因组ＤＮＡ探针杂交，也发现了ＲＦＬＰ，而其它３种酶 相似文献
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限制性内切酶片段长度多态性在几个绵羊品种中的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本文利用羊的促卵泡激素（ＦＳＨ）ｃＤＮＡ，胸腺（Ｔｈｙｍｕｓ）基因组ＤＮＡ及卵泡抑止素（Ｆｏｌｌｉｓｔａｔｉｎ）ｃＤＮＡ等３种探针与泰国长尾羊，喀麦隆羊（Ｃａｍｅｒｏｏｎ）及它们Ｆ１代杂种的基因组ＤＮＡ进行分子杂交，结果在ＥｃｏＲＩ，ＨｉｎｄⅢ和ＴａｑⅠ酶切的ＤＮＡ片段与ＦＳＨｃＤＮＡ杂交的图谱上，可观察到ＲＦＬＰ的存在，并可根据某些特殊区带的存在与否区别两个不同种的羊。用ＥｃｏＲＩ酶切的ＤＮＡ片段与胸腺基因组ＤＮＡ探针杂交，也发现了ＲＦＬＰ，而其它３种酶的酶切片段与此探针杂交，个体间的图谱是一致的。利用本实验所采用的４种限制性内切酶，在所测定品种及杂交种的卵泡抑止素位点没有发现变异。 相似文献
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随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡＳ,ＲＡＰＤ）是利用含有１０个（或９个）碱基的随机引物（单引物）通过聚合酶链式反应（ＰＣＲ）对模板ＤＮＡ进行随机扩增,根据扩增的某一ＤＮＡ片段的有无来比较不同基因组ＤＮ... 相似文献
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新城疫病毒F48E9株HN基因的克隆与酶切分析 总被引：9，自引：0，他引：9
为深入探讨新城疫病毒（ＮＤＶ）的结构与功能的关系，扩增和克隆了Ｆ４８Ｅ９株ＮＤＶ的ＨＮ基因。首先以提取的Ｆ４８Ｅ９株ＮＤＶ基因组ＲＮＡ为模板逆转录合成第一链ｃＤＮＡ，然后用ＨＮ基因特异性引物作ＰＣＲ扩增ＨＮｃＤＮＡ，结果得到１条分子量约１．８ｋｂ的ＤＮＡ带，与ＮＤＶＨＮ基因的大小一致。Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ杂交进一步证实其为ＨＮ特异性ｃＤＮＡ。随后采用平端连接法将其克隆到ｐＳＶ·Ｓｐｏｒｔｌ质粒中，应用限制性内切酶ＥｃｏＲＩ、ＳｃａⅠ、ＭｌｕⅠ、ＡｐａⅠ、ＰｓｔⅠ、和ＳｍａⅠ对ＮＤＶＦ４８Ｅ９株ＨＮｃＤＮＡ重组质粒作单酶或双酶切，结果表明，ＮＤＶＦ４８Ｅ９株ＨＮ基因较ＨｉｔｃｈｎｅｒＢ１株的ＨＮ基因缺少１个ＭｌｕⅠ位点（７０５ｂｐ左右），多１个ＰｓｔⅠ位点（８０２ｂｐ左右）。 相似文献
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减蛋综合征病毒基因组DNA的酶切分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用差速离心法化了鸭胚尿囊液中的减蛋综合征（ＥＤＳ－７６）病毒ＷＰＤＶ２０５株并提取了病毒基因组核酸。选用ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ两种限制性内切酶分别对病毒基因组ＤＮＡ刊物单酶切和双酶切处理，单酶切消化均产生４个片段、双酶切消化产生７个惩段。用琼脂糖凝胶电泳方法测定了病毒基因组ＤＮＡ和所有酶切片段的分子质量，将这些结果与ＡＶ－１２７标准株和Ｂ８－７８株基因组ＤＮＡ由相贩内切酶消化的结果进行比较，发现 相似文献
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新城疫病毒F48E8株cDNA文库的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
以新城疫病毒（ＮＤＶ）中国标准强毒株为材料，分别用基因组ＲＮＡ及ｐｏｌｙ（Ａ）＋ｍＲＮＡ为模板反转录合成ｃＤＮＡ。将ｃＤＮＡ通过同聚物加尾ｐｏｌｙ（ｄＣ）后克隆于末端加有ｐｏｌｙ（ｄＧ）的线性化质粒ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（－）上，转化大肠杆菌ＴＧ１，经ＩＰＴＧ和Ｘ－ｇａｌ筛选及电泳检查，其中有５６个克隆含有大小在０．２～２．７ｋｂ范围的外源片段。斑点杂交鉴定有５２个是ＮＤＶｃＤＮＡ克隆，平均长度为１．３１ｋｂ，从而构建了ＮＤＶｃＤＮＡ文库。文库的统计学质量检验表明，拥有５２个克隆的Ｆ４８Ｅ８株ｃＤＮＡ文库可能覆盖ＮＤＶ整个基因组 相似文献
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吉氏巴贝斯虫cDNA探针的制备及杂交试验 总被引：1，自引：0，他引：1
本实验将－６．６ｋｂ的吉氏巴贝斯虫ｃＤＮＡ片段以光照活化法标记光敏生物素，制备成光敏生物素探针。与吉氏巴贝斯虫基因组ＤＮＡ、伊氏锥虫基因组ＤＮＡ、犬白细胞ＤＮＡ的斑点杂交试验表明，该探针可与０．００１ｎｇ以上量的吉氏巴贝斯虫ＤＮＡ杂交，而不与任何浓度的伊氏锥虫ＤＮＡ和犬ＤＮＡ杂交，具有很高的敏感性和特异性。 相似文献
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我国９种披碱草属植物的系统学关系 总被引：4，自引：3，他引：1
采用单一遗传标记研究不同分类群之间的亲缘关系,由此可产生不同系统发育关系,对正确解释不同类群之间的亲缘关系带来很多困难。本试验采用形态学、等位酶和微卫星３种遗传标记对我国９种披碱草属植物的亲缘关系进行分析,结果表明,形态学标记把９ 种披碱草分为披碱草组（Ｓｅｃｔ．犜狌狉犮狕犪狀犻狀狅狏犻犪（Ｎｅｖｓｋｉ）Ｔｚｖｅｌ．）和老芒麦组（Ｓｅｃｔ．犈犾狔犿狌狊）两大类;等位酶标记虽然没有严格按照穗子的形状分为２组（披碱草组和老芒麦组）,但同一组内或相同的基因组构成具有较近的亲缘关系;微卫星标记没有把９种披碱草分成几个明显的组,且各种间表现出较远的亲缘关系。３种遗传标记之间均表现出显著的相关关系,不同标记反映的亲缘关系与种本身之间,形态学标记的遗传关系支持基于形态特征分类系统而与种本身的亲缘关系更加相符（R＝０．３２７６,P＜０．０１）,其次是等位酶标记（R＝０．３００６,P＜０．０１）,微卫星偏离相对较远（R＝０．１３５０,P＜０．０５）。因此认为形态学是最直接、最能反映披碱草属植物本身特点的标记方法,但要考虑指标之间的线性化,并非越多越好;等位酶分析是一种研究种群内部遗传结构和变异比较好的方法,也是种、种群间遗传关系有价值的预测者;尽管ＳＳＲ 在属或种间分析不是最适用的,但由于ＳＳＲ 是最多态的标记,对种内分析非常适合。 相似文献
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小麦族含有St、H、Y基因组的物种是禾本科小麦族最大的一个类群,它们不仅包含许多优良的牧草资源,还含有许多优异的抗逆基因资源,是牧草和麦类作物育种重要的基因库,具有重要的经济和生态价值。然而该类群物种的种属界限及系统关系一直存在争议,特别是六倍体物种间的亲缘关系争议较大,相关的研究还较少,其限制了该类群物种种质资源的进一步开发利用。研究小麦族St、H、Y基因组六倍体物种种间亲缘关系可为该类群物种的遗传多样性、种属关系及系统演化关系等提供重要参考。系统收集具有StHY、StStY、StStH、StHH基因组组成的六倍体物种25个,选用具有高通用性的SSR分子标记对其种间遗传变异、分化及亲缘关系进行分析。研究结果表明:1)27对SSR引物在46份供试材料中扩增出条带共229条,其中多态性条带213条,比率为93.01%;2)Dice遗传相似系数表明供试材料间的系数变异为0.479~0.981,平均值为0.670;StHY、StStY、StStH和StHH不同基因组组成物种内的相似系数变化分别为0.544~0.981、0.509~0.899、0.530~0.843和0.550~0.827,平均值分别为0.722、0.700、0.663、0.677;其揭示了供试物种之间存在丰富的遗传变异和不同程度的种间分化;3)聚类分析结果表明,不同基因组组成的物种间亲缘关系相对较远,相同基因组组成物种基本上能聚在一起且表现出不同程度的分化类型,其中StHY物种间分化最为显著,并与其形态特征表现出一定的一致性; 4)进一步明确了国产的披碱草属六倍体物种均为StHY基因组组成。研究结果揭示了供试的不同基因组组成的六倍体物种之间具有丰富的遗传多样性和明显的种间分化,其中StHY物种可明显分化成3种类型;相同或相似基因组组成的物种间表现出了较近的亲缘关系,研究结果支持基于基因组组成的分类体系对该类群物种分类地位的划分。 相似文献
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水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。 相似文献
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Genomic selection has been adopted nationally and internationally in different livestock and plant species. However, understanding whether genomic selection has been effective or not is an essential question for both industry and academia. Once genomic evaluation started being used, estimation of breeding values with pedigree best linear unbiased prediction (BLUP) became biased because this method does not consider selection using genomic information. Hence, the effective starting point of genomic selection can be detected in two possible ways including the divergence of genetic trends and Realized Mendelian sampling (RMS) trends obtained with BLUP and single-step genomic BLUP (ssGBLUP). This study aimed to find the start date of genomic selection for a set of economically important traits in three livestock species by comparing trends obtained using BLUP and ssGBLUP. Three datasets were used for this purpose: 1) a pig dataset with 117k genotypes and 1.3M animals in pedigree, 2) an Angus cattle dataset consisted of ~842k genotypes and 11.5M animals in pedigree, and 3) a purebred broiler chicken dataset included ~154k genotypes and 1.3M birds in pedigree were used. The genetic trends for pigs diverged for the genotyped animals born in 2014 for average daily gain (ADG) and backfat (BF). In beef cattle, the trends started diverging in 2009 for weaning weight (WW) and in 2016 for postweaning gain (PWG), with little divergence for birth weight (BTW). In broiler chickens, the genetic trends estimated by ssGBLUP and BLUP diverged at breeding cycle 6 for two out of the three production traits. The RMS trends for the genotyped pigs diverged for animals born in 2014, more for ADG than for BF. In beef cattle, the RMS trends started diverging in 2009 for WW and in 2016 for PWG, with a trivial trend for BTW. In broiler chickens, the RMS trends from ssGBLUP and BLUP diverged strongly for two production traits at breeding cycle 6, with a slight divergence for another trait. Divergence of the genetic trends from ssGBLUP and BLUP indicates the onset of the genomic selection. The presence of trends for RMS indicates selective genotyping, with or without the genomic selection. The onset of genomic selection and genotyping strategies agrees with industry practices across the three species. In summary, the effective start of genomic selection can be detected by the divergence between genetic and RMS trends from BLUP and ssGBLUP. 相似文献
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狗牙根辐射诱变后代变异植株的形态特征比较和ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对狗牙根Cynodon dactylon ‘Princess.77’辐射诱变后代中筛选的7个变异植株与其对照以及目前草坪工程中应用的‘Common’、 ‘Jackpot ’、‘Ulma’、‘ Nume×Sahara’、‘Tifway’、‘Tifgreen’等共14份材料进行表型性状比较和ISSR分析,结果表明：各变异植株与对照之间在节间长度方面均有显著差异;节间直径除HN016与对照差异不显著外,其他变异植株与对照之间差异均显著（P＜0.05）;变异植株HN015的绿期最长,平均270.3 d,HN010的绿期最短,平均242.3 d;从38个ISSR随机引物中筛选出10个引物,对这14个狗牙根材料的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传相似系数与聚类分析,形态变异植株与其对照之间的遗传相似系数为0.585～0.776,遗传差异性比较明显。 相似文献
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D. Rocha C. Billerey F. Samson D. Boichard M. Boussaha 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2014,131(6):483-486
Identifying the action of natural selection from patterns of standing genetic variation has long been of interest to the population genetic community. Thanks to the availability of large single‐nucleotide polymorphism (SNP) data sets for many species and of high‐throughput SNP genotyping methods, whole‐genomic surveys to detect selective sweeps are now possible. Knowing the ancestral allele increases the power to detect selection. We present here a comparative genomic approach to determine the putative ancestral allele of bovine SNPs deposited in public databases. We analysed 19 551 488 SNPs and identified the putative ancestral allele for 14 339 107 SNPs. Our predicted ancestral alleles were in agreement with ancestral alleles detected by genotyping outgroup species for 97% SNPs from the BovineSNP50 BeadChip. This comparison indicates that our comparative genomic‐based approach to identify putative ancestral alleles is reliable. 相似文献
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Cuteri V Marenzoni ML Mazzolla R Tosti N Merletti L Arcioni S Valente C 《Comparative immunology, microbiology and infectious diseases》2004,27(4):247-253
Staphylococcus aureus is a widespread pathogen causing infections in different animal species. The extensive use of antibiotics, particularly methicillin, causes the rise of antibiotic-resistant strains (MRSA). In order to verify the epidemiology and genetic relatedness among MRSA and sensible strains (MSSA), an accurate fingerprinting technique, the amplified fragment length polymorphism (AFLP), was carried out. The isolates were cultured, subdivided on MRSA and MSSA and submitted for the genomic DNA extraction that was utilized for AFLP. The data were analysed for genetic similarity using the Dice coefficient. The results of genomic analysis among MRSA and MSSA and within them revealed that the major component of variation was due to variation within strains (82.12%), while variance among strains was lower (17.88%). The low level of genomic similarity found among S. aureus strains implies high level of genetic diversity. Different similarity was found as well in all strains independently of the source. 相似文献
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采用RAPD分子标记技术,对黑龙江省境内收集的24份野生桑树种质资源进行遗传多样性分析,揭示其遗传分化关系,以利于对耐寒、抗旱类型野生桑树种质资源保存与应用价值的准确鉴定和评估。从20个RAPD随机引物中筛选出4个有效引物,对24份野生桑树种质材料的基因组DNA进行扩增,共获得275条带,其中多态性带273条,多态性比率为99.3%,单引物对每份种质材料扩增获得的条带数在2～5条之间。24份野生桑树种质材料的遗传距离在0.047～1.000之间,其中,杜蒙2号和杜蒙3号,宁安1号和宁安3号两组种质材料的相似性最大,杜蒙3号和宁安3号的相似性最小。24份野生桑树种质材料的亲缘关系与其地域分布基本吻合。 相似文献
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Kottaridi C Nomikou K Teodori L Savini G Lelli R Markoulatos P Mangana O 《Veterinary microbiology》2006,116(4):310-316
Thirteen orf virus isolates obtained during the time period between 1995 and 2004 from crusted scab lesions of nine sheep and four goats from different geographical areas of Greece and Italy with suspected contagious ecthyma infection were analyzed. DNA of all isolates was successfully amplified by PCR with the primers 045F-045R and identified them as parapox virus. Partial DNA sequence of orf virus interferon resistant (VIR) gene, phylogenetic analysis of the available isolates and amino acid comparison of the interferon resistance protein encoded by this genomic region was carried out. According to the results of the present report a precise characterisation of the genomic region studied might provide evidence for the genetic variation and movement of the circulating orf virus strains. 相似文献