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《福建农业学报》2021,(2)
【目的】建立沙门氏菌可视化环介导恒温扩增体系(loop-mediated isothermal amplification, LAMP),并在快速检测蔬菜栽培土壤中应用,为蔬菜栽培土壤中沙门氏菌的防控提供技术支撑。【方法】根据沙门氏菌特有侵袭蛋白A (invA)基因序列设计可视化LAMP检测引物,并优化LAMP反应体系和反应条件,通过特异性试验、灵敏度试验和人工污染试验对LAMP检测方法进行验证,最后与国标检测方法对比检测蔬菜栽培土壤中沙门氏菌来验证该方法的准确性。【结果】优化后可视化LAMP检测方法,特异性试验结果显示除沙门氏菌的LAMP反应为阳性外,其余6个非沙门氏菌菌株的LAMP反应均为阴性,表明本LAMP检测方法具有良好的特异性;灵敏度试验结果显示本LAMP检测方法最低可以检测到7 CFU/25μL的沙门氏菌DNA;人工污染试验结果显示本LAMP检测方法灵敏度达4×10~2 CFU·g~(-1),与国标检测方法对比检测蔬菜栽培土壤中沙门氏菌具有相同的准确性,但检测时间从5～7 d缩短至8 h内。【结论】本研究建立了快速、准确、灵敏的可视化恒温扩增体系,可以应用于蔬菜栽培土壤中沙门氏菌的快速检测。 相似文献
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基于荚膜多糖cpsA基因设计引物,建立海豚链球菌可视化环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,以快速检测鱼类养殖中的海豚链球菌。结果表明,LAMP最佳反应条件为65 ℃反应20 min,镁离子浓度为1.2 mmol/L、dNTPs浓度为0.64 mmol/L、内外引物比例为 16∶1。特异性检测结果表明:该方法能特异性检出海豚链球菌,对无乳链球菌和其他14种菌检测结果均呈阴性;灵敏度检测结果表明,该LAMP方法灵敏度为2.12×10-5 ng/μL,比PCR检测方法灵敏度高100倍;适用性分析结果表明,该LAMP方法在模板中存在鱼类基因组干扰下也能正确完成检测。研究中建立的LAMP检测方法为海豚链球菌的检测提供一种可视化、灵敏、成本低的快速检测技术。 相似文献
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[目的]建立一种快速、准确的检测瓜果腐霉菌(Pythium aphanidermatum)的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,为诊断和防治瓜果腐霉菌引起的植物病害提供技术支撑。[方法]通过比较基因组学方法,在瓜果腐霉菌基因组上筛选有序列特异性的基因作为检测的靶标基因,设计LAMP特异性引物,建立一种基于颜色判定的快速、准确的LAMP检测方法,随后对该检测方法的特异性、灵敏度和发病组织实际检测等进行分析评价。[结果]鉴定到1个编码Trypsin蛋白酶的基因是瓜果腐霉菌特异的基因,以该序列作为靶标建立了LAMP检测方法。在扩增前加入染料羟基萘酚蓝(HNB)作为指示剂,在等温条件(64℃)下进行核酸扩增反应60 min,即可通过肉眼直接观察结果,HNB显示天蓝色即为阳性反应;同时,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳验证为梯形条带,也可判定为阳性反应。特异性试验中,建立的LAMP检测方法能将瓜果腐霉菌和其他病原菌区分开。灵敏度试验中,LAMP检测方法的最低检测限为100 pg·μL-1,与Real-time PCR反应灵敏度一样,是普通PCR反应灵敏度的100倍。发病组织实际检测试验中,该LAMP方法能检测出人工接种发病植株中的瓜果腐霉菌。[结论]成功建立了一种适用于基层使用的针对瓜果腐霉菌的快速检测技术,为该菌所致病害的准确诊断奠定了技术基础。 相似文献
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[目的]采用植原体16S通用引物建立枣疯病植原体PCR检测体系.[方法]采用植原体16S rDNA通用引物R16mF1/R16mR1,对陕西和山西具有枣疯病的枣树植株总DNA进行PCR扩增,获得了相关的枣疯病植原体序列.采用DNAMAN软件分析其同源性,绘制系统进化树.运用pDRAW32软件对17种具有16S rDNA分组的典型的限制性内切酶进行计算机模拟RFLP,确定枣疯病植原体同源性关系.[结果]从陕西和山西的枣疯病的植株中,分别得到1 433 bp和1 432 bp的条带,与已报道的枣疯病植原体比较,同源性达到99;以上,而与其他植物的植原体16S rDNA同源性多低于93;,并且与16S rDNA V-B组的遗传距离最近.pDRAW32软件模拟RFLP结果表明它们和已报道的JWB的RFLP图谱相似.[结论]枣疯病植原体归属于16SrDNA V-B,为枣疯病植原体PCR检测体系提供了理论基础.RFLP分析进一步验证了枣疯病植原体属于16SrDNA V-B,具有随地域变异性较小的特性,这将有利于不同地区枣疯病检测技术的建立. 相似文献
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【目的】建立一种可快速检测副猪嗜血杆菌的环介导等温扩增(LAMP)方法。【方法】根据GenBank中副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)基因序列,在其保守区域设计外引物、内引物和环引物用于LAMP检测。优化副猪嗜血杆菌LAMP检测的反应体系,在反应产物中加入SYBR GreenⅠ,对检测结果进行肉眼判定,建立副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法,评价该检测方法的特异性、敏感性。用建立的副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法对临床分离的8株不同血清型副猪嗜血杆菌进行检测。从疑似患副猪嗜血杆菌病的猪体内采集10种体液,用所建立的可视化LAMP检测方法进行检测。【结果】建立了副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法,该法在55℃水浴1h即可对副猪嗜血杆菌核酸进行高效扩增,反应结束后加入SYBR GreenⅠ即可通过肉眼观察对结果进行判断。该方法具有很强的特异性,其对DNA核酸的最低检测限为40fg,是常规PCR检测最低限的100倍,显示出较高的敏感性;用建立的LAMP方法对8株不同血清型副猪嗜血杆菌进行检测,结果均为阳性。用建立的LAMP方法对10种体液进行检测,结果鼻液、气管液、胸腔渗出物、心脏血、脑膜液、腹腔液和关节囊液呈阳性,唾液、心包液和尿液呈阴性。【结论】建立了一种可对副猪嗜血杆菌进行快速检测并可凭肉眼判定结果的可视化LAMP方法,该法操作简便、反应快速、敏感性强、特异性高,适合在兽医基层进行推广应用。 相似文献
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为快速鉴定临床上的副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)感染,本研究采用环介导等温扩增(LAMP)技术结合横向流动试纸条(LFD)测定法进行核酸扩增和结果的可视化判定。选择副猪嗜血杆菌inf B基因中保守序列设计5组环介导等温扩增引物,筛选最适引物组;用生物素和6-FAM标记内引物用于LAMP扩增反应,结合LFD建立了副猪嗜血杆菌LAMP-LFD快速检测方法,并测试该方法的特异性、灵敏度、重复性和临床应用效果。结果表明：1)优化后的LAMP在66℃下运行30 min, LFD可以在5 min内特异性、直观地检测到副猪嗜血杆菌;2)特异性强,与其他5种细菌无交叉反应;3)敏感度高,其最低检测浓度为1.285×10-12 ng/μL,较普通PCR方法灵敏度显著提高;4)采用该方法对52份临床样品进行检测,副猪嗜血杆菌阳性率为19.2%(10/52),与LAMP检测结果的符合率为100%。综上,本研究建立的LAMP-LFD方法可特异、灵敏、准确地应用于副猪嗜血杆菌的可视化检测,而且操作简单、仪器设备要求及检测成本低、耗时短,适用于基层养殖场副猪... 相似文献
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植物罹病组织中象耳豆根结线虫的LAMP快速检测方法 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】建立一种基于环介导等温扩增（Loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术,从植物罹病组织中直接检测象耳豆根结线虫（Meloidogyne enterolobii）的快速检测方法,为象耳豆根结线虫的监测和防治提供技术支持。【方法】根据象耳豆根结线虫与其它根结线虫ITS序列差异设计LAMP特异性引物,通过对LAMP反应条件中的Mg2+、dNTPs、甜菜碱和反应时间进行优化,同时对检测体系的特异性和灵敏度进行验证,建立一种从罹病植物组织中检测象耳豆根结线虫的LAMP快速检测方法。【结果】象耳豆根结线虫LAMP检测体系优化结果表明在Mg2+的浓度为5.0 mmol•L-1、dNTPs的浓度为2.4 mmol•L-1、不添加甜菜碱、反应时间为45 min的条件下,扩增效率最优。本研究建立的LAMP检测方法能够从11个植物线虫种群中特异检测出象耳豆根结线虫,检测灵敏度为1/200000头线虫DNA,比普通PCR灵敏100倍,能够直接从植物根结中检测出象耳豆根结线虫,准确度为100%。【结论】本研究以rDNA-ITS序列为靶基因建立象耳豆根结线虫LAMP快速分子检测方法,具有特异性强、灵敏度高、简单、快速、经济等特征,能够从罹病植物组织中快速准确地检测出象耳豆根结线虫,具有极高的实践应用价值。 相似文献
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本研究建立1种基于TaqMan探针的实时荧光环介导等温扩增（Loop-mediated isothermal amplification,LAMP）(TaqMan—LAMP)检测方法,用于肉制品中鸭源性成分的快速鉴别。以鸭线粒体cytb基因的保守序列设计特异性引物,优化并建立基于TaqMan探针的实时荧光LAMP检测方法,对该方法进行特异性、灵敏度试验;同时与《GB/T38164—2019常见畜禽动物源成分检测方法 实时荧光PCR法》作比较,对市售肉制品进行检测,验证本方法的准确性。所建立的TaqMan-LAMP检测方法特异性强,仅鸭肉基因组DNA呈现特异性扩增曲线,30 min内完成检测,灵敏度为0.001%(w/w),重复性好,批次内变异系数CV为1.99%,对47份肉制品进行检测,检测结果与国标法相比,相对敏感性、特异性和符合率均为100%。本研究建立的鸭源性成分TaqMan-LAMP检测方法检测快速、特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于肉制品中鸭源性成分的快速检测。 相似文献
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针对李属坏死环斑病毒（PNRSV）外壳蛋白（CP）基因保守序列,设计了1套特异性识别CP基因中6个不同区段的环介导等温扩增（LAMP）引物。通过对反应条件的优化,建立了适用于PNRSV的RT-LAMP检测技术,对优化后的方法进行特异性、灵敏度评价。结果显示,此方法能够特异性的检测出PNRSV,对马铃薯X病毒（PVX）、马铃薯Y病毒（PVY）、黄瓜花叶病毒（CMV）、蚕豆萎蔫病毒（BBWV）的检测均为阴性,灵敏度高于RT-PCR 10倍。 相似文献
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利用植原体16SrDNA基因保守序列通用引物对新疆阿克苏地区和喀什地区的疑似枣疯病植株总DNA进行常规PCR和巢式PCR检测,分别扩增出1.5kb和1.2kb的特异性片段。对片段进行克隆、序列测定分析及系统发育树构建,结果表明,新疆枣疯病阿克苏分离物和喀什分离物的16SrDNA基因序列同源性极高,达到100%,与16SrⅤ组植原体的同源性达到98.4%以上,并且与16SrⅤ-B亚组中的枣疯病山东莱芜株系、山东龙口株系同源性最高,达到99.5%,因此归属于榆树黄化组16SrⅤ-B亚组。首次报道新疆枣疯病植原体16SrDNA的序列,确定新疆枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病的早期诊断和检测提供依据。 相似文献
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以番茄细菌性溃疡病病菌的特异性基因cytC为检测靶标,以番茄溃疡病病菌等8种病原细菌为供试菌株.根据检测靶标设计环介导等温扩增(LAMP)引物并进行特异性和灵敏度检测.结果显示,引物cytC-170能特异性检测出番茄溃疡病病菌,检测灵敏度高达5×105 copy/μL,环引物的加成将试验进程缩短为33.06 min,使整个反应控制在50 min内.研究建立的LAMP检测方法操作简单,结果可视,非常适用于番茄细菌性溃疡病病菌的现场快速检测. 相似文献
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为研究安徽地方枣种质枣疯病16S rDNA序列特性,以健康及表现枣疯病症状的繁昌长枣叶片DNA为模板,克隆枣疯病植原体16S rDNA序列,获得1条1 248 bp的片段,命名为JWB-FJP1。同源性分析结果表明,JWB-FJP1属于16Sr V-B组,与重庆地方枣枣疯病植原体JWB-Xch(JQ675716)同源性最高,达到99.92%;与河北枣枣疯病植原体JWB-Hebei(GU184186)同源性最低,为67.06%,说明不同地区枣疯病植原体存在一定的生物学特异性。本研究结果为安徽地方枣种质枣疯病病原分类及其快速鉴定提供了理论依据。 相似文献
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引起玉米穗腐病的禾谷镰刀菌LAMP快速检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
针对引起玉米穗腐病的禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),根据翻译延伸因子基因(EF-1alpha)的保守区域设计特异性引物,通过优化反应时间和温度,建立一种灵敏、快速的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,并对优化的F.graminearum LAMP反应体系进行特异性、灵敏度及可行性检测。结果表明,该LAMP方法能够有效检测禾谷镰刀菌的基因组DNA,64℃、45 min为最优反应条件。在最佳条件下,该方法对禾谷镰刀菌具有良好的特异性,检测灵敏度可达到100 pg/μl。该检测方法为禾谷镰刀菌引起的玉米穗腐病的田间快速诊断及病原菌监测奠定了基础。 相似文献
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棉花皱叶病毒(Cotton leaf crumple virus,CLCrV)是危害棉花的重要病毒之一,属中国进境检疫性植物病毒,本研究根据其DNA-B基因序列设计LAMP特异性引物,通过试验建立CLCrV的LAMP检测方法。该方法检测快速,15min即可检测到扩增曲线;特异性强,可有效区分同属的CLCrV、棉花曲叶病毒(CLCuV)、非洲木薯花叶病毒(ACMV)及番茄黄化曲叶病毒(TYLCV);灵敏度高,可检测到约43fg/μL的总DNA,比普通PCR灵敏度高1 000倍;并可通过肉眼观察浊度或颜色反应进行结果判断。该方法适用于现场CLCrV的快速检测。 相似文献
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可视化LAMP快速检测猪伪狂犬病毒 总被引：3，自引：1，他引：2
为快速检测猪伪狂犬病毒(PRV),利用PRV DBP基因上的一段序列设计并合成3对LAMP引物,采用一种新的荧光染料——罗丹明B衍生物作指示剂,该指示剂在反应前加到反应缓冲液里,通过优化反应条件,建立了可视化LAMP快速检测PRV的方法。结果表明,63℃下恒温反应40min可得到肉眼可视结果,颜色变成蓝色判定为阳性,仍然保持紫色判定为阴性,可视化LAMP结果与电泳结果一致。建立的可视化LAMP方法可以快速、直观、准确地检测PRV。 相似文献
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[目的]建立玉米内州萎蔫病菌的快速恒温扩增检测技术.[方法]利用GenBank公布的玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis,Cmn)16S-23S序列设计LAMP(loop-mediated isothermal amplification)引物,建立玉米内州萎蔫病菌LAMP检测体系,并对反应条件进行了优化.[结果] LAMP在内引物、环化引物和外引物比为6∶4∶1(30 pmol∶20 pmol∶5 pmol)的25山体系下64℃反应30 min为最佳反应条件,且LAMP引物能从供试的7种菌株中特异性扩增出Cmn梯度性条带.以玉米内州萎蔫病菌基因组和菌悬液梯度稀释液为模板检测LAMP体系的灵敏度,结果显示,LAMP检测体系针对基因组和菌悬液的灵敏度分别达到了50fg和3.6CFU,比普通PCR灵敏度高100倍.[结果]LAMP检测体系简单、快速、灵敏度高、特异性好,在玉米内州萎蔫病菌检测方面潜力巨大. 相似文献