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1.
为了借助分子标记手段对草菇菌株进行鉴别，利用7个RAPD、ISSR，对62个草菇菌株基因组DNA进行PCR扩增，对草菇菌株的遗传差异进行分析。结果表明，7个引物共扩增出46条清晰的DNA片段，其大小介于250-2000bp，其中多态性片段43条，平均多态性位点百分率为93.5%。DNA指纹图谱分析结果表明，所有的供试菌株间的DNA指纹均存在差异性，各菌株间的遗传相似系数在0.63~0.97之间。聚类分析结果表明，62个草菇菌株在遗传相似系数为0.80处可以分成25个群组 草菇V0062、V0079和V0004与其它菌株之间的遗传距离最远。菌株V0084和V0085相似系数为0，需要借助其它方法进行进一步的鉴定。 相似文献
2.
冬瓜枯萎病菌核糖体rDNA ITS区的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用镰刀菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR扩增冬瓜枯萎病菌核糖体基因ITS区,并对产物进行克隆和序列分析;利用Mega 4.1软件对序列及GeneBank中以葫芦科为寄主的镰刀菌不同专化型ITS序列进行聚类。冬瓜枯萎病菌ITS全长1 063 bp,其中包括18S rDNA一部分序列,5.8S rDNA,ITS1和ITS2全部序列及28S rD-NA部分序列。聚类结果将15个菌株ITS序列划分为2个类群,类群I包括4个菌株,分别为2个西瓜枯萎病菌株和2个甜瓜枯萎病菌株;类群II包括11个菌株,其中冬瓜枯萎病菌株就在该类群中,其余为甜瓜枯萎病菌株5个、西瓜枯萎病菌株3个、黄瓜枯萎病菌株、丝瓜枯萎病菌株和葫芦枯萎病菌株各1个。 相似文献
3.
《中国农学通报》2019,(1)
为充分利用和保护草菇种质资源,笔者利用SRAP-PCR技术对来源于不同地区的26个草菇菌株进行遗传多样性分析,采用改进的SDS法提取DNA。由9条正向引物和17条反向引物组成153对引物中,筛选出11对多态性引物,共扩增出148个位点,其中多态性位点142个,片段大小在0.11～2.51 kb之间,扩增位点多态性比率在75.0%～100%之间,多态性比率为95.5%。利用NTSYS-PC2.1e软件对26个草菇品种进行聚类分析,标记在相似系数0.76时,26个草菇菌株可划分为3个类群。其中,天达V971、高邮草V112、单生草菇等19个菌株聚为一类;聚为第二类的6个菌株包含绵草V23、习酒草V11、绵草931、习酒V23、高邮V11、土草V23;而银丝草菇自成一类。说明草菇存在相互引种后又重新保藏命名的现象,同时草菇在一定程度上出现了地域基因分化。探究草菇分子基因库,为山东省草菇种质资源库的建立、草菇育种和遗传改良提供了基础数据。 相似文献
4.
河南栽培大豆的RAPD品种鉴定和聚类分析 总被引：6，自引：0，他引：6
用CTAB法提取了10个大豆品种总DNA,使用RAPD技术对其进行了品种鉴定和聚类分析。从73条随机引物中筛选出12条扩增出较稳定DNA条带的引物扩增这些品种总DNA,共扩增出67条带,大小0．2-5 kb,每种引物扩增出4-9条带;多态性条带共51条,多态性比例为76．12％。利用SPSS11．0软件所做的统计分析和聚类分析结果表明,10个品种间的相似系数在0．528-0．776之间,平均相似系数为0．641 6;可聚成3类:豫豆24号、周豆11号、周豆 12号、豫豆11号、周豆13号、豫豆6号,可聚为A类;中作98-3和豫豆15号可聚为B类;豫豆26号和豫豆22号聚为 C类。同一类品种间体现了一定的相关性。 相似文献
5.
越橘种质资源的CDDP遗传多样性及聚类分析 总被引：4，自引：2，他引：2
分析保守DNA序列多态性(CDDP)标记在蓝莓中的分布及其与生物性状之间的联系,为蓝莓种质的科学评价和合理开发提供理论指导及技术支持。通过筛选多态性丰富的CDDP引物,对32份蓝莓种质资源的基因组DNA进行扩增,根据统计结果分析品种的遗传多样性及聚类关系。共筛选出17条多态性高、产物清晰易辨的CDDP引物。32份样品共检测到207条带,其中多态性条带188条,比例为90.82%,特异条带17条,比例为8.21%。可以用2条引物组合完全区分32种蓝莓。在种群水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.59、0.37和0.56。样本间的遗传相似系数范围在0.44~1.00之间,平均为0.73。在相似系数为0.69时,32个蓝莓种质分为3类,野生种笃斯越桔单独聚为一类,矮丛品种‘Blomidon’和半高丛品种‘Northblue’聚为一类,其他品种聚为一大类。CDDP标记在蓝莓中具有较高的多态性及特异性,与种质的需冷量、抗寒性及果实颜色具有一定的相关性。CDDP技术可有效用于蓝莓种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及分子标记辅助育种。 相似文献
6.
惠州引种马铃薯品种的ISSR分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
采用ISSR分子标记技术对7个惠州市引种的马铃薯品种进行遗传多样性研究.从30条ISSR引物中共筛选出3条引物,对7个马铃薯品种基因组DNA进行有效扩增,共扩增出25条带,其中多态性带20条,多态性比率为80%.用NTSYS-pc22.10 e软件计算各马铃薯品种阃的Jaccard遗传相似系数,7个马铃薯品种之间的遗传相似性系数界于0.35～0.85,平均遗传相似性系数为0.693.利用UPGMA进行的系统聚类分析表明,7个马铃薯可划分成2组,广引1号独立聚为一类,剩下6个马铃薯聚为另一大类.试验结果说明,引种的马铃薯品种间亲缘关系较近,遗传基础狭窄,有必要进一步扩大引种的数量和范围. 相似文献
7.
8.
为明确四川近年来普通小麦的遗传差异情况,本研究采用微卫星分子标记(SSR)对四川省2005～2006年参加区试的66个小麦品系进行了遗传多样性研究,用18对扩增谱带稳定的SSR引物,共检测到106个等位位点,每对引物等位位点数为2～13个,平均5.89个.SSR引物的PIC介于0.22～0.91之间,平均多态性信息0.498.聚类分析表明,品种间遗传相似系数(GS)变异范围为0.390～0.834,平均值为0.608,品种间遗传相似性变幅较大,表明这次小麦区试品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.根据品种间遗传相似系数聚类,66份材料被聚成五类. 相似文献
9.
山东省番茄灰霉病菌种类与遗传多样性研究 总被引：3，自引：3，他引：0
利用单孢分离的方法从山东省11个地区的番茄病害标本上分离获得66个灰霉病菌菌株,通过形态学观察和5.8S rDNA-ITS序列分析,该66个菌株均为灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)。通过序列比对,该66个菌株的ITS序列属于两种类型,并且两种ITS序列只有单碱基差异。利用ISSR（inter-simple sequence repeats）标记技术对66个菌株进行遗传多样性分析,结果获得24个ISSR分子标记,其中58.33%的片段具有多态性,该结果表明菌株种群间遗传多样性不丰富。UPGMA聚类分析将66个菌株划分成4个遗传聚类群,遗传聚类群的菌株组成表明遗传群组的划分与菌株的种类和地理来源存在一定的相关性。 相似文献
10.
[目的]对刺槐Genomic-SSR与EST-SSR的遗传差异性进行研究,为今后刺槐遗传多样性分析等育种相关研究中合理选用不同来源的SSR分子标记奠定基础。[方法]选取来自美国四个不同采集地的种子育出的12个刺槐个体,试剂盒提取DNA后分别利用9对Genomic-SSR引物和9对EST-SSR引物进行扩增,并采取毛细管电泳检测扩增产物。利用所得条带信息及相关软件对两种SSR分子标记进行多态性、遗传相似系数相关性以及聚类等方面的比较分析。[结果]刺槐Genomic-SSR平均检测到的条带数为6.0、Shannon多样性指数为1.3833、观测杂合度为0.5749、期望杂合度为0.6832；EST-SSR平均检测到的条带数为5.1、Shannon多样性指数为1.2711、观测杂合度为0.5648、期望杂合度为0.6526。由Genomic-SSR计算得到的个体间的遗传相似系数以及聚类结果与两种SSR标记综合计算得到的遗传相似系数和聚类结果更为相似。[结论]刺槐Genomic-SSR与EST-SSR存在一定的遗传差异性,但差异并不显著；刺槐Genomic-SSR能更加准确地揭示基因型之间的遗传关系；刺槐EST-SSR具有相对较强的保守性。 相似文献
11.
ITS序列在西红柿种质资源鉴定中的应用研究 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究根据番茄的45S rDNA序列设计引物,以西红柿基因组DNA为模板通过PCR方法扩增出ITS（internal translation spacer）序列,在克隆测序的基础上对番茄属两个野生种与三个栽培种进行分子鉴定与亲缘关系分析。结果表明:（1）五个供试材料ITS序列的变异小,GC含量高,为57.0%~65.4%。（2）用不同的聚类方法分析发现三个栽培种供试材料亲缘关系较近,而野生种醋栗番茄(Solanum pimpinellifolium)都处于不同的分支类群,表明其与其他品种亲缘关系相对较远,同时发现其生物学特性与其他品种明显不同。 相似文献
12.
以10种枸杞属植物为材料,利用nrDNA-ITS序列,探讨其遗传多样性及亲缘关系。采用改进CTAB法提取枸杞叶片基因组DNA,利用合成的ITS4和ITS5为引物对其DNA中的nrDNA-ITS区进行扩增、对目的片段测序,并对测序结果进行聚类分析。测序结果表明,10种枸杞属植物ITS的长度为582~656 bp,保守位点(C)560个,变异位点(V)95个,其中简约信息位点(Pi)70个,单核苷酸变异位点(S) 25个;5.8S序列的长度均为154 bp,保守位点(C)136个,变异位点(V)18个,其中简约信息位点(Pi)12个,单核苷酸变异位点(S)6个。10条序列聚类图明显地分为2大类5个小组,‘0901’与‘蒙杞1号’处于同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞3号’和‘宁杞7号’为同一分支,亲缘关系最近,‘宁杞5号’和青海诺木洪黑果枸杞单独为一分支,与其他几个枸杞品种的亲缘关系最远。10条枸杞属植物的ITS序列已上传至NCBI,登录号为KJ189761~KJ189770。本研究测序和分析了10种枸杞属植物的ITS序列,聚类结果表明了它们之间的亲缘关系与差异,为枸杞遗传多样性和系统发育研究奠定了基础。 相似文献
13.
甘蔗黑穗病是由黑粉菌（Ustilago scitaminea Syd.）引起的一种世界性病害,严重危害甘蔗的生产,对该病病原菌的研究有助于甘蔗抗黑穗病育种。由于rDNA序列兼具保守区域和进化水平不同所致可变区,因此,rDNA序列分析是研究真菌系统发育、分类鉴定和分子检测非常有效的手段。笔者采用单孢分离方法,从高抗品种NCo376的病株上分离单孢,培养菌丝体,提取基因组DNA,分析其rDNA序列,以期丰富该真菌的遗传多样性研究。用真菌rDNA序列分析的通用引物ITS1和ITS4,通过ITS-PCR得到目的片段,克隆在pMD18-T载体上后进行测序,结果显示该片段的长度为692 bp,与Genebank中已报道的真菌序列进行Blast和系统发育树分析,表明所获得的序列与Sporisorium属真菌具有更高的亲缘关系,而与Ustilago属真菌的亲缘关系较远,这与一直沿用的甘蔗黑穗病菌的命名似乎并不吻合,有待进行更多的研究以证实。 相似文献
14.
15.
Z. Szabó G. Gyulai M. Humphreys L. Horváth A. Bittsánszky R. Lágler L. Heszky 《Euphytica》2005,146(1-2):87-94
Summary Microsatellite profiles of 47 melon cultivars and landraces were analyzed and compared to the aDNA (ancient DNA) of seed remains
from an extinct sample recovered from the 15th century (Budapest, Hungary). An aseptic incubation followed by ITS (internal
transcribed spacer) analysis was used to exclude the exogenously and endogenously contaminated medieval seeds and to detect
SNPs (single nucleotide polymorphism) in ITS1-5.8S-ITS2 region of rDNA (ribosomal DNA). SNPs were observed at the 94–95 bp
(GC to either RC, RS or AG) of ITS1; and at 414 bp (A-to-T substitution), 470 bp (T to Y or C), 610 bp (A to R or G) and 633
bp (A-to-G transition) of ITS2. For comparative microsatellite analysis SSRs (simple sequence repeats) detected by ALF (automated
laser fluorometer) was used. Eight of the 20 SSR primer pairs amplified 40 microsatellite alleles in identical fragment ranges.
A total of 485 alleles were detected in the 47 melon cultivars. The number of alleles per marker ranged from 2 to 7 with an
average of 5.7 including CMCT44 (2 alleles), CMAG59 (5 alleles), CMGA104 (5 alleles), CMCT134 (4 alleles), CMTA134 (6 alleles),
CMCTT144 (7 alleles), CMTC168 (6 alleles) and CMCT170 (5 alleles). Sequence analysis of the microsatellite alleles showed
different fragment lengths depending on changes in the number of unit of core sequences. Dendrogram produced by SPSS11 based
on the presence versus absence of SSR alleles revealed that medieval melon had the closest genetic similarity to a registered
melon cultivar Hógolyó selected from an old Hungarian melon landrace. These results also indicated that cloned DNA sequences recovered from aDNA
of medieval melon can be of use for molecular breeding of modern melon cultivars via gene transfer. 相似文献
16.
Summary The genetic similarities of eight closely related rye cultivars were estimated using two molecular marking techniques: restriction fragment length polymorphism (RFLP) and random amplified polymorphic DNA (RAPD). Cultivars were evaluated for variation by 11 random cDNA and genomic clones used in combination with four restriction enzymes and 40 decamer primers. A total of 53 polymorphic RFLP fragments and 94 polymorphic RAPD fragments were observed. Based on the presence/absence of fragments, two genetic similarity matrices were calculated which were then used in cluster analysis. Differences between pair of cultivars were observed in RFLP and RAPD dendrograms. RFLP analysis produced estimates of genetic relationships more in accordance with the partially known pedigree of the cultivars than did RAPD analysis. The use of bulk samples of DNA in these analyses affected the sensitivity of RAPD assays more strongly. Dendrograms which took into account all fragments produced, either by RFLP or RAPD, reflected better the relationships between cultivars than did dendrograms based on only one type of marker. This reflects the importance of the number of markers used in determining the genetic relationships between genotypes. 相似文献
17.
Summary Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) have been used to detect mitochondrial DNA (mtDNA) variation among 9 commercial cultivars of Vicia faba L. The mitochondrial DNA was initially digested with 8 restriction endonucleases revealing complex banding patterns on ethidium bromide (EtBr) stained gels. However, no RFLPs were visualised from these complex profiles. Southern hybridisation using total digested mtDNA as a probe against mtDNA digested with the same restriction enzymes revealed a limited number of RFLPs which allowed the 9 cultivars to be consistently distinguished into two main cytoplasmic types. Southern hybridisation with 23 random mitochondrial clones covering 56 kb of the mitochondrial genome revealed considerable levels of polymorphisms. Of the 23 clones analysed, 12 detected at least 22 polymorphisms using 3 restriction enzymes among the cultivars analysed. These RFLPs allowed the 9 commercial cultivars analysed in this study to be distinguished into at least 6 separate groups. Most polymorphisms distinguished the cultivars into two main cytoplasmic groups. 相似文献
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RFLP analysis of cytoplasmic male-sterile lines of pigeonpea [Cajanus cajan (L.) Millsp.] developed by interspecific crosses 总被引：1，自引：0，他引：1
Total DNA from three putative cytoplasmic male sterile (CMS) progenies derived from crosses between the wild species Cajanus
sericeus and the cultivated species Cajanus cajan, five C. cajan, one accession of C. sericeus and two genetic male sterile
lines of pigeonpea were compared for their RFLP patterns using maize mitochondrial DNA (mtDNA) specific probes. Three putative
cytoplasmic male sterile (CMS) progenies from the multiple cross genome transfer of pigeonpea lines (CMS 7–1, CMS 12–3, and
CMS 33–1) showed hybridization patterns identical to that of C. sericeus when DNA was digested with EcoRI and HindIII and
probed with maize mtDNA clones. The results suggested that these putative CMS progenies have the mitochondria of the female
wild species parent. The hybridization patterns of the three male parental lines used in the development of the CMS progenies
were similar in all the restriction enzyme-probe combinations except HindIII-atp6. The genetic male sterile lines, MS Prabhat
and QMS 1 differed from each other in their hybridization pattern. The genomic DNA hybridization pattern of HindIII digested
DNA from ICPL 87 differed from the other pigeonpea lines when probed with the maize mtDNA clones. The cluster analysis of
the hybridization data suggested the occurrence of variation in the mitochondrial genome even among the cultivated species.
This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date. 相似文献