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利用SRAP标记分析玉米遗传多样性 总被引：19，自引：0，他引：19
相关序列扩增多态性(SRAP)是一种基于PCR的新型分子标记技术.本研究的目的在于探讨利用该标记进行玉米种质资源遗传多样性分析和杂种优势群划分的价值及可行性.利用22对SRAP引物对16个玉米自交系进行了遗传多样性分析,共扩增出197条具多态性的条带,平均多态性信息量为0.8847,平均多态性比率为59.8%.通过聚类分析将16个自交系分为5个群,其划分结果与系谱分析基本一致.该结果表明SRAP标记是一种适合于玉米种质遗传多样性研究的分子标记. 相似文献
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豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性
片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。 相似文献
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为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。
相似文献4.
花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析 总被引：2，自引：2，他引：0
为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。 相似文献
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基于SSR和SRAP标记的苦瓜品种鉴定及亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2016,(2)
本研究应用SSR和SRAP 2种标记对11个苦瓜品种进行鉴定和亲缘关系分析。结果发现,应用筛选的8对SSR引物共扩增条带860条,多态性条带占68.0%,10对SRAP引物共扩增条带961条,多态性条带占79.4%。SSR标记检测到品种间遗传相似系数介于0.344~0.779,平均值为0.652;SRAP标记检测到品种间遗传相似系数介于0.373~0.700,平均值为0.625。聚类分结果发现,在遗传相似系数为0.54和0.52时,SSR和SRAP 2种标记都可以将11个品种分为相同的两组。每对SSR和SRAP引物能平均区分3.1和3.7个品种。最少用3对SSR引物或3对SRAP引物组合就可成功区分11个苦瓜品种。研究结果表明,SSR和SRAP标记均可高效地被用于苦瓜的品种鉴定和亲缘关系分析。 相似文献
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213份鲜食玉米自交系的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2016,(7)
本研究从103对SSR引物中筛选出40对稳定扩增的多态性SSR引物,多态性比率为39.1%,并对213份鲜食玉米自交系的亲缘关系进行分子评价。研究表明,40对SSR标记共扩增出169个等位基因,每个标记位点等位基因数变幅从2到9个,平均等位基因数为4.2。多态性信息含量(PIC)值范围从0.72到0.91,平均每对引物0.82。基于非加权组平均法(UPGMA)聚类分析将供试玉米自交系划分为3个大类群,第3类群又划分7个亚群,遗传聚类分析结果基本与自交系谱系及来源相符。 相似文献
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国内外甘蓝型油菜种质SSR标记遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
用SSR分子标记对国内外48份甘蓝型油菜品种进行遗传多样性分析,结果表明：筛选出的45对引物共扩增出326个位点,多态位点281个,多态性比率为86.2%;平均每对引物扩增的条带数和多态性条带数分别为7.2和6.2。多态性信息含量（PIC）在0.374~0.856,平均为0.699。遗传相似系数在0.48~0.79之间,参试材料差异较大;以0.51为阈值将48份参试材料划分为冬性、半冬性和春性三大类群,三大类群间相对独立又有一定程度的渗透,说明材料之间存在不同程度的亲缘关系。主成分分析与聚类分析结果一致。说明SSR标记能够较全面地反应种质材料的遗传多样性,能够为种质的保存提供帮助,同时可以用来分析育种材料的遗传多样性,对育种工作有重要的参考意义。 相似文献
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SSR结合SRAP标记分析油菜菌核病抗性资源遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了更准确、有效地揭示油菜资源遗传多样性,探索SSR和SRAP 2种分子标记在油菜菌核病抗性资源遗传多样性分析中的应用,采用40对SSR核心引物及陕西理工学院生物学院分子与遗传实验室筛选出的40对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对陕西省汉中市农科所经过连续3年牙签茎秆接种试验结合多年的田间抗性表现筛选出的43份菌核病抗性较好的油菜材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记揭示的多态性条带数、多态性信息含量(PIC)进行比较。结果表明:2种标记共检测出634个条带,SRAP标记检测的多态性条带数(335)较SSR(287)高,而SSR引物的平均多态性信息含量(PIC)值较SRAP引物高,分别是0.76和0.69。在遗传相似系数0.67处,43份油菜材料被分为Ⅲ类,白菜型油菜(丰油10号白菜型选系)可较好地与甘蓝型油菜区分。主成分分析(Principal component analysis,PCA)、群体结构分析与聚类分析结果相似,说明SSR与SRAP标记结合能准确有效的反映油菜材料的亲缘关系。供试43份油菜材料遗传相似系数分布在0.65~0.81,表明遗传相似性较高,亲缘关系较近。因此,应进一步加强抗源筛选及引进,对现有材料进行遗传改良,拓宽其遗传背景,从而为抗菌核病油菜品种选育奠定基础。 相似文献
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SSR和SRAP标记揭示甘蓝型油菜遗传多样性的差异分析 总被引：6，自引：1，他引：5
分别用SSR和SRAP标记分析了来自国内外的19个甘蓝型油菜（Brassicanapus L.）品种间的遗传距离及其与选育年代的相关关系,并构建聚类图。从726个SRAP引物组合中筛选出23对多态性较好的组合扩增得到了234个多态性标记;35对SSR引物获得了138条多态性标记。结果显示,SSR标记揭示的遗传距离大于SRAP标记。SSR揭示的国内甘蓝型油菜品种间平均遗传距离大于国外品种,而SRAP标记得到的结果与SSR标记分析所得结果相反。SSR平均遗传距离与育成年代的相关性较小,SRAP平均遗传距离与育成年代存在一定的负相关,其相关系数为-0.34。研究认为,SRAP标记更适用于通过分析遗传距离以获得杂种优势;从种质资源保存的角度出发,使用SSR标记能较全面保证种质资源遗传多样性;结合SSR标记和SRAP标记即能从全基因组又能有重点的从功能基因组分析育种材料的遗传多样性,对于中长期的育种目标有较大的意义。 相似文献
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利用SSR标记对126份玉米自交系种质类群划分的初探 总被引：3，自引：1，他引：2
利用SSR分子标记分析了126份玉米自交系的遗传多样性,初步进行了种质类群的划分.从230对SSR引物中筛选出70对扩增条带清晰稳定具有多态性的引物.结果表明,70对引物在供试材料中共检测出278个等位基因变异,每对引物检测出2～7个等位基因,平均4个.每对引物的多态性信息量(PIC)变化范围为0.444 ～0.835,平均0.682.126个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.576～0.978.利用UPGMA聚类分析方法将126份供试自交系可以划分为A、B两大类群,共6个亚群. 相似文献
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西瓜种质资源遗传差异的SRAP和EST-SSR分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。 相似文献
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高粱SSR和EST-SSR标记在割手密中的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
目前, 割手密中开发的分子标记有限, 为增加其分子标记数量, 本研究对高粱分子标记在割手密中的通用性进行分析。选用高粱的 29对基因组 SSR标记和 20对 EST-SSR标记在割手密种质 GSM39中进行筛选, 以评价其通用性。进一步利用 14份割手密材料评价标记的多态性和遗传多样性。结果显示： 70%的 EST-SSR引物在割手密中得到成功扩增, 可用的 EST-SSR引物中多态性比率占 50%。SSR引物在割手密中的通用性比率只有 34.5%, 但多态性比率为 70%。14对多态性引物在 14份割手密中共检测到33个等位基因, 平均观测等位基因数为2.4286, 平均有效等位基因数为1.7, 平均观测表观杂合度为0.544, 平均期望杂合度为 0.3858, Nei’ s基因多样性指数平均值为 0.3716。结果表明, EST-SSR引物的通用性高于 SSR引物, 但 SSR引物的多态性更高。这对割手密遗传多样性研究和比较基因组学研究具有重要意义。 相似文献
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探究苜蓿种质资源亲缘关系,为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带,多态性条带117条,多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带,多态性条带144条,多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明,材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类,与其他材料亲缘关系较远;清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类,其品种间遗传相似系数较大,亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。 相似文献
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利用SRAP与SSR标记分析不同类型甜菜的遗传多样性 总被引：19，自引：1，他引：18
为选育优质甜菜新品种, 指导种质资源引进和利用, 为进行分子标记辅助选择育种提供科学依据, 采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合, 对甜菜单胚雄性不育系及保持系等49份材料进行遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的64对引物组合及SSR的11对引物组合进行扩增, 分别筛选出有效引物组合11对和9对。SRAP的11对引物组合共产生199条扩增带, 其中有86条多态性带, 多态性带的比率平均为43.7%。SSR的9对引物共产生35条扩增带, 多态性比率为100%。全部材料的平均遗传距离为0.3860, 平均遗传相似系数为0.6795, 大约30%的材料遗传距离或遗传相似系数具显著或极显著差异。遗传相似系数平均值比较, 多胚四倍体品系0.7264＞单胚杂交组合0.7243＞国外品种0.7060＞多胚二倍体品系0.6908＞单胚品系0.6837。在遗传距离0.20处, 将49个甜菜材料划分为A、B、C、D 4个类群, D类群又分为4个亚类, 较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性。表明不同甜菜品种具有相当高的异质性, 国外与国内材料的遗传基础存在一定差异, 但生产应用的甜菜品种间存在亲缘关系较近、遗传基础较窄的倾向。 相似文献
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甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性分析 总被引：11，自引：0，他引：11
用RAPD及SSR技术对98份甘蓝型油菜人工合成种与46份甘蓝型油菜品种(系)进行遗传多样性分析。30条随机引物共扩增出332条带,其中多态性带309条,多态性比率为93.07%。33对SSR引物共扩增出134条带,其中多态性带129条,多态性比率为96.27%。经聚类分析与主成分分析,表明甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性十分丰富。因此通过人工 相似文献
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为了揭示内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记对23份胡麻地方品种进行了遗传多样性分析。结果表明：胡麻25.0μL SRAP-PCR最佳反应体系为10μmol/L正反向引物0.3μL、2×Taq Master Mix 9.0μL、DNA模板量40ng;18对SRAP引物扩增得到219个条带,平均每对引物扩增的条带为12.17,多态性条带为136,多态性比率为62.10%,观测等位基因数为2.00,平均每个位点有效等位基因数1.59,多态性信息量（PIC）平均为0.61;有效等位基因数（Ne）、香农信息指数（I）和Nei’s遗传相似系数（H）分别为1.5630、0.6715和0.4738;在遗传相似系数0.55处供试胡麻分为两大类,在遗传相似系数0.38处,第一大类群分为3个亚群。结论认为,内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性丰富,同一个地区培育的胡麻品种亲缘关系较近。 相似文献
18.
《分子植物育种》2016,(7)
为揭示苦瓜雌雄花芽基因组间的分子差异,参照BSA法原理,构建了普通苦瓜雌雄花芽的DNA池和不同性型苦瓜雌雄花芽的DNA池,从26对SSR引物和30对SRAP引物中筛选特异引物对这些基因池进行差异性扩增。分析结果发现,两种标记分别筛选得到9对SRAP特异引物和8对SSR特异引物,引物有效率为30%和30.8%。苦瓜雌花芽和雄花芽DNA序列存在差异,SSR标记在分析普通苦瓜花芽DNA池和不同性型苦瓜花芽的DNA池时,多态性比率分别是10.7%和22.5%,SRAP的多态性比率则是7.4%和24.7%。SRAP扩增的雌性花芽的特异条带数较多,SSR分析雌雄花芽却只扩增出雄花芽的特异条带。但这些条带是否与性别表达基因紧密连锁,还需利用不同苦瓜的雌雄花芽DNA进行验证。这一研究结果为揭示苦瓜性别表达的分子机理奠定了基础。 相似文献
19.
《分子植物育种》2015,(12)
采用15对SRAP引物对21个蓝莓栽培品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。21个品种共获得207条带,其中多态性条带172条,多态性比率83.1%。21个品种的平均等位基因数为1.82,有效等位基因数为1.47,Nei's基因多样性指数为0.27,Shannon's平均信息指数为0.41。UPGMA聚类分析表明,21个品种间的遗传相似系数范围为0.56~0.88,在相似系数为0.7时,可划分为4大类群,聚类结果与已知蓝莓杂交系谱相吻合。一个"莱格西"品种特异的SRAP标记被转化为SCAR标记,可用于该品种与其余20个品种的鉴别。研究结果表明,供试蓝莓栽培品种间具有一定程度的遗传多样性,SRAP技术可用于蓝莓品种鉴别及种质亲缘关系分析。 相似文献
20.
《分子植物育种》2020,(16)
为明确云南草果遗传多样性水平,本研究以草果主产地红河州4个居群48份草果为实验材料,利用SRAP分子标记分析草果遗传多样性。结果表明:12对SRAP引物共扩增181个条带,多态性条带比率(PPB)为99.45%,平均多态信息含量(PIC)为0.276。在群体水平上,PPB从72.93%到77.35%,平均为75.55%;Nei's基因多样性指数(H)从0.197到0.234,平均为0.216;Shannon信息指数(I)为0.312到0.357,平均值为0.334。草果总遗传多样性的92.49%(Hs=0.215 5)来自于居群内部,居群间遗传变异只占7.51%(Gst=0.075 1),AMOVA分析进一步证明草果的遗传变异主要存在居群内部。4个草果居群遗传一致度分析显示各居群的遗传一致度较高(0.958 2～0.983 3),其中元阳居群和绿春居群的遗传关系相对较近,金平居群和屏边居群的遗传关系相对较远,居群间遗传变异较小。本研究可为草果资源的保护及利用提供重要的理论依据。 相似文献