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《作物育种信息》2006,(3):13-14
在雨养地区和灌溉条件差的环境中，干旱是影响水稻产量及其稳定性的主要限制因子。鉴定影响产量及产量构成对干旱的反应的基因组区域将有助于我们了解耐旱性的遗传和培育更多的耐旱品种。利用CT9993—510和1-M及IR266—42和6—2杂交的154个双单倍体鉴定了产量性状及其构成成分的数量性状位点。利用线源喷灌系统进行干旱胁迫处理，该系统能够线性地降低灌溉水平，使其与生殖敏感期相一致。试验于2000年湿季在泰国乌邦水稻研究中心进行。在不同水份胁迫条件下（W0：完全灌溉；W1-W4：中等至严重缺水），鉴定到水稻产量性状及产量构成性状的数量性状位点共77个。在这77个QTL中，各性状的QTI。数量分别是：产量（GY）有7个QTL，生物产量（BY）有8QTL个，收获指数（HI）有6个QTL，灌溉开始后的开花时间有5个QTL，小穗数（TSN）有10个QTL，结实小穗数（PSS）有7个QTL，穗数有23个QTL，株高有11个QTL。单个QTL可以解释7．5—55．79／6的表型变异。在灌溉良好的条件下，我们观察到BY、HI、DFAIG、PSS、TSN、PH、GY间具有极高的遗传相关性。然而，在干旱处理中，只有BY和HI与GY具有显著的相关性。在干旱处理中，位于染色体3、4、8上的RG104至RM231，EMP2—2至RM127，G2132至RZ594两侧的QTL与GY、HI、DFAIG、BY、PSS、PN等性状相对应。这些QTL在染色体3、4、8上的聚集作用得到更高的产量。这些QTL对改良雨养水稻非常有价值，同时有利于我们了解干旱条件下生殖敏感期的遗传控制机理。紧密的遗传连锁或基因多效性可能是本试验检测到QTL重合的原因。在灌溉条件下，观察到GY、BY、HI与PSS的QTL主效应间的双基因互作。 相似文献
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Mutator转座子介导的PPR插入位点分离与遗传分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用Mutator (Mu)诱变群体,进行Mu因子插入PPR (Pentatricopeptide Repeats,PPR)位点的分离,及其插入真实性验证。以含活性Mu转座子为父本和玉米自交系综31 (Z31)杂交,经与Z31多代回交和自交获得BC3F2为材料,利用Mu-AFLP方法分离Mu插入侧翼序列的PPR位点,且验证插入真实性。采用Mu-AFLP方法获得Mu因子插入侧翼序列14条,去除冗余序列2条和重复序列8条,其余4条为Mu因子插入的基因序列,经基因型遗传分析验证了2条侧翼序列为真实插入。经功能分析,其中1个为PPR突变位点,且Mu因子插入于该基因5’UTR区第121 bp和第122 bp碱基之间。经基因组定位和功能分析,显示Mu插入位点定位在第6染色体上,为PPR基因家族,能够编码PPR蛋白,推测可能与玉米叶色变化有关。 相似文献
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《分子植物育种》2017,(7)
RNA编辑是指在RNA水平分子发生的碱基的改变或修饰,从而引起其所携带的遗传信息发生改变的过程。作为一种重要的转录后水平调控方式,RNA编辑在高等植物的生长发育、逆境响应以及物质生物合成等方面具有重要作用。为了解乌拉尔图小麦叶绿体基因组RNA编辑的组成和特点,本研究利用生物信息学预测结合RT-PCR的方法对乌拉尔图小麦叶绿体的RNA编辑位点进行了预测与分析。生物信息学预测发现在76个蛋白质编码基因中,15个基因发生了RNA编辑现象,共计33个胞嘧啶(C)到尿嘧啶(U)的变化,其中ndhB基因发生的编辑位点最多;然后,随机选取5个基因进行了实验验证,初步验证了预测结果的准确性;进一步对这个5个基因编辑后其蛋白二级结构和跨膜结构域进行了预测,发现编辑后所有基因的二级结构均发生了改变,同时ndhB的跨膜结构域也发生了改变;最后,比较了乌拉尔图小麦与其他5个麦类作物叶绿体RNA编辑位点的异同,发现了叶绿体编辑位点在麦类作物中具有较强保守性,同时也发现了数个物种特异的编辑位点。本研究为进一步研究乌拉尔图小麦叶绿体RNA编辑的生物学功能提供帮助,为从RNA编辑视角揭示小麦的起源进化提供了重要参考。 相似文献
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目前苦荞SSR多态性标记数量较少,根据已发表的苦荞基因组测序数据,利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找和序列特征分析,批量设计引物并对引物进行了有效性和多态性检测。结果表明,苦荞基因组中共检测到1 640个SSR位点,其中三核苷酸重复型SSR最多,占比63.29%,五核苷酸重复型最少,仅占0.12%。AT/TA、AAG/CTT、ACC/GGT和ATC/GAT为出现频率较高的重复基序。苦荞基因组SSR序列长度变化范围为12~476bp,平均长度23.14bp,长度12~19bp的占比71.71%,长度≥20bp的占比28.29%。根据不同类型SSR位点设计并合成引物479对,选择200对引物对5份苦荞资源和3份甜荞资源进行多态性检测,有56对扩增出多态性条带,17对在苦荞种质中产生多态性条带,48对在甜荞种质中产生多态性条带,9对同时在两种种质中产生多态性条带。利用苦荞全基因组序列可实现SSR标记的批量开发,可鉴定出适用于苦荞和甜荞遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定等研究的SSR引物。 相似文献
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RNA编辑是高等植物叶绿体基因转录后加工修饰的现象,它会影响叶绿体发育,导致植株叶片出现黄化或白化等表型。本研究以长农35号及其2份叶色突变体(E752和E1005)为试验材料,利用紫外分光光度计测定了苗期叶绿素含量,通过透射电镜观察了叶绿体结构;利用在线工具Prep-Cp对谷子叶绿体基因RNA编辑位点进行了预测,通过PCR、RT-PCR及测序等方法对预测到的编辑位点进行了验证,并与其他单子叶作物的编辑位点进行了比较分析;进一步利用荧光实时定量方法,分析rpoB及依赖PEP转录的光合途径相关基因(ndhG、psaA、psbA和rbcL)在不同发育时期的表达水平;最后,利用生物信息学分析ropB编辑前后蛋白二级结构的变化。结果表明,与长农35号相比,2份叶色突变体叶绿素含量显著降低,叶绿体发育异常;在谷子中,有10个叶绿体基因共计20个位点发生RNA编辑,所有编辑位点均为胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)的转换,不同基因的编辑位点存在数量差异,其中ndhB编辑位点数量最多,共计6个; 20个编辑位点中,有19个位点在物种进化上具有较高保守性,只有rpoC1-2753为谷子中特有的编辑位点;在长农... 相似文献
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cqDTFA7a and cqDTFC8, two major effects of early flowering QTL, were identified in the NNDH population of spring Brassica napus, and closely linked markers SSR G1803, InDel IA7-4, and SSR S035 with cqDTFC8 developed in previous studies. In this study, a BC2F2 population for early flowering QTL locus cqDTFC8 was constructed, and a closely linked SNP marker was further developed. The early flowering genotypes of one natural resources contained 93 spring B. napus varieties were identified used four closely linked markers with two loci, and selected 3164 and 2216 resources with cqDTFA7a site, 3484 and 2857 resources with cqDTFC8 site. Two site resources were aggregated by site polymerization through reciprocal hybridization. The polymerized DH system was rapidly obtained by microspore culture and maker assisted selection. A hybrid combination was created between polymeric line with good traits and early flowers and the Polima CMS, and the utilization value of the polymeric line was further analyzed by the production test at multiple environments for two consecutive years. cqDTFC8 encryption results showed that this site was located in the SNP11 and SNP12 interval, and separated from SNP11 altogether. The identification results of early flowering genotypes of natural resources showed that there were 50 individuals containing cqDTFA7a locus, with an average initial flowering period of 58.1 days; 16 single plants containing cqDTFC8 locus, with an average flowering period of 58.3 days; and 16 single plants containing two loci, with an average flowering period of 55.2 days, indicating the more early flowering sites containing, the earlier flowering. The results of polymerization showed that the flowering time of the polymerized lines of cqDTFC8 and cqDTFA7a was 2-3 days earlier than that of the single locus parents, among which the polymerized DH18 from 3164 of cqDTFA7a and 3484 of cqDTFC8 was 3 days earlier than that of the parents, and the yield-related traits were better than those of other lines. The combination of DH18 and the Polima CMS 025A was further utilized, and the combination was named TZG18. Yield results of two years and nine environments showed that yield of TZG18 was above 17.5% higher than the Haoyou 11, a local B. rapa variety on the Qinghai-Tibet plateau. Those results indicated that the early flowering site polymeric lines had an obvious advantage over the single locus lines in flowering time, and had an effect on the increasement of rapeseed yield. This study is a preliminary exploration of MAS breeding for early flowering traits of Brassica napus, providing materials support for replacing B.rapa varieties using early maturity Brassica napus varieties in spring rapeseed region, and approaches for gene polymerization breeding technology. 相似文献
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为提高数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)定位的准确性及肉色性状基因型选择。收集和整理了71个肉色相关QTL相关信息,通过构建整合图谱和进行Meta分析,使用数学模型优化猪肉色相关QTL。以美国肉畜研究中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪遗传连锁图谱为参考图谱,利用71个猪肉色相关QTL构建新的整合图谱,进一步对新图谱中的QTL簇进行Meta分析,定位“真实”QTL,缩短置信区间、减少定位误差。结果表明：71个猪肉色相关QTL在SSC3、SSC4、SSC5、SSC6、SSC7、SSC8和SSC17等染色体聚合成18个QTL簇,通过Meta分析,得到18个“真实”QTL (MQTL)。“真实”QTL的图距比较原始QTL的平均图距,均有不同程度的缩短,缩短比例为21.12%~93.91%。位于SSC4的MQTL4,原平均图距为16.43 cM,经优化后图距缩短为1.00 cM,缩短比例达93.91%,明显提高了QTL定位的精确度。 相似文献
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大豆根结线瘤（Heterodera glycinesIchinohe，SCN）抗性育种是大豆育种者的重要目标。但是，有一个问题是，在根结线瘤压力较低的情况下，抗根结线瘤的大豆品种其产量比不抗根结线瘤的品种要低。有一个报道也支持这一观点，在引入抗性基因的抗性植株（PI）209332中，两个对产量具有抑制作用的数量性状位点（QTL）与位于同一连锁群（LG）G上的抗根结线瘤的主基因连锁。 相似文献
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甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
甘蔗是世界上最重要的糖料作物之一,由于尚未完全破译栽培种基因组,导致SSR标记匮乏,难以覆盖全基因组,限制了甘蔗遗传研究的进展。本研究以栽培种R570的4660个BAC文库片段序列(累计总长为382 Mb,预测到25,316个编码蛋白基因)组装成的一套甘蔗单倍体基因组的模板,利用MISA (Microsatellite identification tool)软件,发掘SSR位点;并综合分析其与4种禾本科植物(高粱、玉米、水稻和二岁短柄草)SSR位点的分布特征;选取50对以TG和AG重复基序的SSR引物,分别利用4个甘蔗属材料(R570、ROC1、LA purple和SES208)和24个重要甘蔗亲本,对SSR引物进行扩增效率验证和多态性分析。共发掘到27,241个SSR位点,平均每个BAC片段有6.29个SSR位点,平均密度为71.33个SSR Mb?1,远低于高粱的平均密度(350.00个SSR Mb?1)。在重复基序中,占比前2位的分别为单核苷酸基序(11,079个)和三核苷酸重复基序(6447个),合计占总SSR位点数的64.33%。与甘蔗不同的是, 4种禾本科植物中的三核苷酸基序类型数量最多、占比最大。此外,在单核苷酸重复基序中, A/T所占比例最高,为84.8%, C/G所占比例最低,为15.2%;在三核苷酸重复基序中, TGT/ACA所占比例最高,为16.04%。总之,禾本科植物基因组富含A/T的基序。在50对SSR引物(TG基序41对和AG基序9对)的多态性验证中,共有45对(90%)能够扩增出清晰的条带,其中35对(70%)在4个甘蔗材料上呈现多态性。进一步利用20对多态性较高的SSR引物对24个甘蔗重要亲本材料进行分析,共扩增到95个等位基因,平均每对引物扩增4.75个,验证了这些引物应用于甘蔗遗传多样性研究的可行性。本研究鉴定的甘蔗栽培种单倍体基因组SSR标记,有效增加了甘蔗遗传研究中可用的分子标记数量,可直接用于甘蔗群体遗传多样性分析和重要性状遗传机制的解析,为甘蔗分子育种的深入研究奠定了基础。 相似文献
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与玉米奥帕克——6位点连锁的RFLP标记 总被引：3，自引：0，他引：3
以具有奥帕克－－６基因遗传背影的、已知基因型的和不透明籽粒的四类玉米材料作试材,用玉米第８染色体ＲＦＬＰ连锁图上的部分标记作探针,通过多态性、连锁性和实用性的实验分析,筛选出与奥帕克－６位点连锁的３个ＲＦＬＰ标记,即ＢＮＬ９．４４,ＢＮＬ９．０８,ＢＮＬ７．０８。其中,以ＢＮＬ９．４的连锁性及实性较好,以它作探针与用ＨｉｎｄⅢ限制性内切酶酶切的玉米基因组ＤＮＡ片段杂交,所得２．０ｋｂ的ＤＮＡ片段与 相似文献
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棉花黄萎病菌毒素结合位点初探 总被引：6，自引：1，他引：5
以纯化的棉花黄萎病菌毒素(PLPC)免疫新西兰白兔制备了PLPC特异性抗血清。将PLPC(15μg·ml 1)用不同浓度的抗体(1～20μg·ml 1IgG)吸附后处理泗棉3号的切根苗,毒素所引起的症状都有不同程度的减轻。表明所制备的抗体在与毒素发生特异性免疫学反应的同时,可部分封闭毒素分子上与毒素受体结合的位点。利用竞争ELISA测定了泗棉3号幼苗子叶的质膜制剂与PLPC的结合活性。结果表明,质膜制剂与毒素结合后能部分阻断毒素与其抗体的免疫学反应,即质膜制剂中含有毒素的结合位点。分别用胰蛋白酶和煮沸处理质膜制剂后,质膜制剂对毒素与其抗体的反应的抑制作用消失,初步表明质膜制剂中与毒素结合的是蛋白质。 相似文献
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MYB转录因子家族是功能多样、数量众多的转录因子之一,参与调控植物发育、代谢和对逆境胁迫响应等多种生理过程。近些年研究人员一直致力于研究MYB转录因子的特点和功能分析,目前对转录因子和其靶DNA相互作用已有了解,但对于植物R2R3-MYB蛋白与它们的同源靶DNA相互作用的分子机制的理解并不完整。本文结合最新研究进展,综述了植物MYB转录因子家族的进化、生物学功能以及表达调控,并着重阐述了植物MYB蛋白与相应靶DNA间相互作用特性,为进一步分析功能未知的植物MYB转录因子提供了参考。 相似文献
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为了探明茶树菇有性生殖内在分子机制,包括交配极性转换产生的同核体出菇问题。以茶树菇YSG同核体子代为实验菌株,依据基因组注释信息,利用嵌套引物验证B交配位点,设计引物扩增同核体群体,获得的扩增谱与菌株交配型进行比对。结果表明：（1）同核体培养后出现3种类型,菌丝型、无盖型和菌柄型,后两种为畸形子实体,不进行有性生殖;（2）依据交配位点B设计的引物扩增谱显示,B交配位点完整遗传到子代菌株中,没有观察到重组事件发生;（3）交配型分析显示,该B交配位点决定菌株的交配型,没有新的交配极性出现。本研究推断供试菌株茶树菇YSG同核体只包含一个B交配位点,结果与已报道的3个亚位点不同。这些结果差异是否由于类群差异造成,还需要更多的出菇实验及交配位点鉴定予以确认。 相似文献
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《分子植物育种》2021,19(15):5038-5045
利用SLAF-seq测序技术,开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点,为枇杷遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供理论依据。本研究共收集294份枇杷属资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。以梨基因组为参考基因组进行电子酶切预测,确定使用HaeⅢ+Hpy166Ⅱ进行酶切,构建SLAF-seq文库,而后筛选314～364 bp长度的DNA片段定义为SLAF标签,预测可得到116 171个SLAF标签。共获得526.63 M reads数据,各样品所获得的读长数目在119 893～9 305 152范围内,平均读长为1 787581;测序质量值Q30的范围在88.26%～95.67%,平均为93.61%;GC含量分布在38.79%～42.92%范围内,平均值为40.35%。本实验以水稻测序获得0.16 M reads的数据量为Control,双端比对效率在91.28%,说明SLAF建库基本正常。生物信息学分析结果显示本研究共获得623 356个SLAF标签,且有123 498个多态性的标签,多态性为19.81%。在多态性SLAF标签上开发得到1 604 434个群体SNP标记。根据完整度0.8,MAF0.05过滤,共得到95 960个高一致性的群体SNP。 相似文献