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1.
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。 相似文献
2.
橙色莫桑比克罗非鱼微卫星遗传多样性分析及其与尼罗罗非鱼差异位点的筛选 总被引：4，自引：0，他引：4
用33对在尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）中能有效扩增的微卫星引物，对橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）进行PCR扩增，结果有32对引物能获得稳定的特异性条带，占总数的97．0％，其中15个微卫星位点具多态性，表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点，对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析，结果共检测到44个等位基因，大小在113～232bp之间，平均多态信息含量（PIC）为0．4308，平均观测杂合度（鼠）为0．5489，平均期望杂合度（垃）为0．5248，个体间平均遗传距离为0.3132，表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富，种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析，发现有7个位点（UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773）可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼，可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学，2008，15（3）：400-406] 相似文献
3.
三角帆蚌微卫星富集文库的构建、鉴定及多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4～9。观测杂合度在0.2543～0.9827,期望杂合度在0.3629～0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发现连锁不平衡现象。这说明利用磁珠富集法构建的三角帆蚌微卫星文库质量较好,13对多态性微卫星引物可为三角帆蚌微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供帮助。 相似文献
4.
仿刺参的微卫星标记 总被引：12，自引：5，他引：12
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要，本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列，从中选取8个设计引物，发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3～9个不等，6个位点共获得了31个等位基因，每个位点平均获得5．2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度（Ho）为0．3611，平均期望杂合度（He）为0．6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低，为0．4862；其他5个位点均在0．5以上。另外，还尝试了红海参（Parastichopus californicus）微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明，在较高的退火温度下，5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因，每个位点平均获得4．4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度（Ho）为0．1733，平均期望杂合度（He）为0．4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高，为0．8500。 相似文献
5.
用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1～5之间,其平均等位基因数为2．67个,平均有效等位基因数为1．47个,平均观察杂合度为0．2289,平均期望杂合度为0．2730,平均多态信息含量（PIC）为0．2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。 相似文献
6.
黑龙江和乌苏里江唇的微卫星引物筛选及群体遗传结构 总被引：1，自引：1，他引：0
利用鲤（Cyprinus carpio L．）（20对引物）和Hemibarbus mylodon（21对引物）共41对微卫星引物对黑龙江（逊克，XK）和乌苏里江（虎头，HT；海青，HQ）的3个野生唇[鱼骨]（Hemibarbus labeo）群体进行引物适合性研究，并将获得的多态性微卫星位点用于唇[鱼骨]群体遗传结构分析。引物筛选结果表明，5对鲤引物可对唇[鱼骨]扩增出条带，但产物均无多态性；11对H.mylodon引物能在唇鱼骨中成功扩增，10对引物（10个位点）的扩增产物具有多态性，其中7个位点为高度多态（PIC〉0．5）。对3个唇[鱼骨]群体进行遗传多样性分析，结果显示10个位点的平均杂合度为0．4834，共检测到96个等位基因（40个有效等位基因），以HT群体的遗传变异水平最高。卡方检验结果表明，8个位点在3个群体中不同程度地偏离遗传平衡（P〈0．05），且偏离平衡的位点均表现为杂合体缺失（Fis〉0）。3个群体两两间具有较多的基因交流（Nm〉11），以XK和HQ间最高（17．27），二者的遗传距离也最近（0．0497），群体间的遗传分化微弱（Fst=0．0236）。以上结果表明，H．mylodon的微卫星引物适合于唇[鱼骨]的群体遗传变异研究。黑龙江和乌苏里江的野生唇[鱼骨]资源受人为及环境因素的影响较大；3个群体间的遗传分化不明显，乌苏里江的HT群体更适合在人工繁殖计划中利用。[中国水产科学，2008，15（2）：230-236] 相似文献
7.
用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。 相似文献
8.
青石斑鱼微卫星DNA 标记的筛选及群体遗传多样性分析 总被引：5，自引：0，他引：5
以中国南海海域青石斑鱼（Epinephelus awoara）为材料，构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物（CA）15,用PCR法对文库进行筛选，共获得96个微卫星序列，分别分布于28个阳性重组克隆中，其中perfect（完美型）共39个（占40．6％），imperfect（非完美型）30个（占31．3％），compound perfect（混合完美型）7个（占7．3％），compound imperfect（混合非完美型）20个（占20．8％）。同时发现（CA／GT）。序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA，有26对引物能扩增出目的片段，选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示，13个位点共检测到48个等位基因，平均观测杂合度（Ho）为0．5982，平均期望杂合度（He）为0．5080，平均多态信息含量（PIC）为0．4722，平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）为0．1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富，但在某种程度上受到了人为的干扰。 相似文献
9.
中国五大湖三角帆蚌群体遗传多样性及亲缘关系的SSR分析 总被引：17，自引：0，他引：17
采用微卫星技术，将9对微卫星引物用于我国五大淡水湖三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）群体，即鄱阳湖（PY）、洞庭湖（DT）、太湖（TH）、巢湖（CH）、洪泽湖（HZ ）群体的遗传多样性及亲缘关系的研究。数据经TFPGA软件估算，分别完成不同群体位点的杂合度值、群体间遗传距离和相似指数计算及聚类分析，确立了5个群体间的亲缘关系。研究结果表明：（1）三角帆蚌5个群体的平均表观杂合度0.4964～0.5621，期望杂合度0.5540～0.6270，多态信息含量0.4061～0.4665，其中鄱阳湖群体遗传多样性最高，而洪泽湖群体最低。（2）五个群体遗传相似度在0.8947以上，遗传距离在0.0267～0.1113。聚类分析结果显示，鄱阳湖、巢湖与太湖聚在一起，亲缘关系较近，而洞庭湖群体与洪泽湖群体亲缘关系较近。（3）鄱阳湖三角帆蚌种质最好，并具有很好的育种潜力。 相似文献
10.
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选，共发现微卫星序列229个，占整个ESTs数据库的2．19％，其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个，分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63．76％，和25．33％，大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测，在有扩增产物的16对引物中，首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记，并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明，在8个微卫星位点上，等位基因的数目从5到15不等，等位基因长度从：165～305bp，期望杂合度和多态性信息含量分别为0．59到0．89和0．56到0．88，表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。 相似文献
11.
为了监测长牡蛎(Crassostrea gigas)在选育过程中的遗传变异、分析选育对其遗传结构的影响,本研究以选育目标为壳宽快速生长的长牡蛎为实验材料,利用微卫星(Simple Sequence Repeats)标记技术,对长牡蛎基础群体(P0)和连续两代选育群体(F1和F2)进行遗传多样性评估。结果发现,所有微卫星位点在3个群体中都表现出了较高的多态性,P0、F1和F2代群体的平均等位基因数分别为16.5、12.2和12.8;P0、F1和F2代群体多态性信息含量(Pic)的平均数值分别为0.9068、0.8982和0.8836。所有群体10个位点的观测杂合度值(Ho)均小于期望杂合度值(He),观测杂合度平均值的大小范围为0.5775–0.6484,期望杂合度范围为0.8594–0.9279。哈迪-温伯格平衡(HWE)结果显示,3个群体在10个位点上有24个群体的位点组合显著偏离HWE(P<0.05),说明人工选育对选育群体的遗传结构有一定的影响。3个群体在10个位点上的Fis值均为正值,平均范围为0.1541–0.2341,表明群体内各位点上的杂合子比例有所下降;各群体间Fst值范围为0.0093–0.0245,遗传分化程度较弱。此研究表明,以壳宽快速生长为选育目的,长牡蛎连续选育群体仍具有很高遗传多样性,人工选育过程中保持一定选择压力,仍然会使长牡蛎的优良生长性状得到不断提高。 相似文献
12.
基于微卫星标记整合长牡蛎遗传图谱 总被引：2，自引：0，他引：2
为了提高长牡蛎遗传图谱上的微卫星标记密度,实验采用6个家系图谱间的共有微卫星标记作为锚定标记,构建了长牡蛎的整合图谱.该整合图谱共有161个微卫星标记,覆盖10个连锁群,图谱长度和平均间距分别为615.4和3.8 cM.各连锁群的标记数介于10 ～ 24个之间,连锁群长度为47.3～73.3 cM,是目前密度最高的长牡蛎微卫星图谱.不同作图家系连锁群上的标记分组保持一致,但标记顺序出现差异,可能与长牡蛎自然群体中存在大量的染色体重排现象有关.结果表明,该图谱可以为今后长牡蛎的遗传育种研究提供新的遗传工具. 相似文献
13.
云斑尖塘鳢微卫星标记在两种虾虎鱼亚目鱼类群体间的适用性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
利用微卫星DNA-聚合酶链式反应(STR-PCR)技术对已开发的14对云斑尖塘鳢(Oxyeleotrismarmorata)微卫星标记在线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolatus)和河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)群体间进行通用性分析。结果显示,14对云斑尖塘鳢微卫星标记在线纹尖塘鳢群体均能扩增出特异性条带,在河川沙塘鳢群体中也有10对引物可稳定扩增,其中9对在线纹尖塘鳢群体中具有高度多态性,6对在河川沙塘鳢群体中具有高度多态性。通过这10对通用微卫星标记检测3个种群的平均观测杂合度(Ho)为0.344 9,平均期望杂合度(He)为0.704 3,平均多态信息(PIC)含量为0.536 9。同时获得3个有着较高的通用性微卫星位点(H27、H142和H97),平均PIC值均大于0.5,具有高度多态性,在3种虾虎鱼亚目鱼类中具有较高的通用性,这3个位点在3种虾虎鱼亚目鱼类之间共检测得到6～22个不等的等位基因,并获得1个可以用于鉴别沙塘鳢科与塘鳢科特异基因型的等位基因位点(H97)。因此,通过已开发的云斑尖塘鳢微卫星标记来获得适用相近物种的微卫星标记是可行的。 相似文献
14.
Triangle sail mussel (Hyriopsis cumingii) is the most important mussel species commercially exploited for freshwater pearl culture in China. Its genetic diversity
was studied among populations from the five largest freshwater lakes of China, Poyang Lake (PY), Dongting Lake (DT), Taihu
Lake (TH), Hongze Lake (HZ), and Chaohu Lake (CH), by the polymorphism of the inter-simple sequence repeats (ISSRs). Polymerase
chain reaction (PCR) detections showed that a total of 62 loci were amplified from eight primers; of those, 31.88%, 31.15%,
31.03%, 27.27% and 26.92%, respectively, were polymorphic in each of the five populations across all genotypes tested. The
average heterozygosities were 0.4747, 0.3274, 0.2366, 0.2099 and 0.2018 in each of these populations from PY, TH, DT, CH and
HZ, respectively. Phylogenic analyses showed that PY and TH populations clustered with CH and HZ and formed a group, while
the DT population on its own formed a separated branch. The smallest distance (0.0404) was scored between PY and TH populations,
indicative of their closest relationship; the biggest distance (0.2438) was found between PY and DT populations, suggesting
their greatest divergence. The present study provided genetic basis for managing mussel stocks from these lakes separately
to best preserve the genetic diversity of H. cumingii. On the other hand, since the population in PY displayed the highest genetic diversity, it may be used preferably in future
selective breeding to improve pearl yield and quality. 相似文献
15.
Because of their high variability and rapid evolution, microsatellites became increasingly important in genetic research, e.g. population structure and differentiation studies, gene mapping and parentage analysis. However, such loci have not been isolated in tench so far. Applying a PCR based method of generating microsatellite enriched DNA fragment libraries we were able to identify nine loci (MTT-1 to MTT-9). The variability of these microsatellite loci was determined in 50 tench individuals originating from a wild population of Lake Döllnsee, Germany. Three loci were found to be monomorphic. The remaining six loci segregated for two to nine alleles. The observed heterozygosities at polymorphic loci were high (0.500–0.959) with only one exception: locus MTT-8 (0.167). These polymorphic microsatellite loci showed a much higher level of genetic variability than the allozyme loci previously studied in the same individuals. Thus, they seem to be more suitable for genetic studies of tench. On the other hand, it remains to be checked in other populations if the three loci that did not show any variation in this population are generally monomorphic in this species. 相似文献
16.
七里海中华绒螯蟹遗传多样性的RAPD和ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术,分析了七里海中华绒螯蟹第6代繁育群体的遗传多样性。用10个多态性高的RAPD引物对24个七里海中华绒螯蟹样本个体进行扩增,共检测出107个不同的扩增位点,扩增片段大小为300~2300bp。其中多态位点总数为66个,平均多态位点比例为61.32%,群体内香农-维纳多样性值为0.1714。用8个多态性高的ISSR引物对24个个体共检测到106个位点,扩增片段为200~1500bp。其中多态性位点79个,平均多态位点百分率为74.53%,群体内香农-维纳多样性值为0.1778。结果显示,该群体的多态位点比例和香农-维纳多样性值均较大,说明其有较丰富的遗传多样性,同时也说明RAPD和ISSR技术用于七里海中华绒螯蟹核基因组的遗传多样性分析,具有较高的检出率和灵敏度。 相似文献
17.
根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微卫星位点的期望杂合度的范围为0.659～0.889,PIC值均高于0.5,表明它们都有很高的杂合度,均可用于三疣梭子蟹种群遗传结构分析,为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。 相似文献
18.
A herpes-like virus infecting Crassostrea gigas and Ruditapes philippinarum larvae in France 总被引：2，自引：0，他引：2
Concomitant sporadic high mortalities were reported in June 1997 among batches of larval Pacific oyster, Crassostrea gigas, and Manila clam, Ruditapes philippinarum , in a French commercial hatchery. Histological observation showed the presence of cellular abnormalities in affected animals. Electron transmission microscopy revealed the presence of herpes-like virus particles in infected larvae of both bivalve species. Viruses observed in C. gigas and R. philippinarum are closely related with respect to ultrastructure and morphogenesis. They were detected simultaneously in both bivalve species larvae indicating possible interspecific transmission. Moreover, PCR analysis using oyster herpes-like virus specific primers allowed amplification of fragments of expected sizes for both bivalve species and demonstrated the presence of viral DNA. The PCR products obtained for both bivalve species and digested by restriction enzymes displayed the same patterns. These data suggest that the same herpes-like virus may infect larval oysters and clams. 相似文献
19.
Interspecific hybrids between Haliotis discus hannai Ino and Haliotis gigantea Gmelin were produced in this study. The hybridity of the interspecific hybrids was confirmed by using the methods of amplified fragment‐length polymorphism (AFLP) and microsatellite [simple sequence repeats (SSR)] markers. Five AFLP primer combinations were used to develop the AFLP profiles of H. discus hannai, H. gigantea and their reciprocal hybrids. AFLP analysis revealed that genetic variations of H. discus hannai and H. gigantea were relatively diverse and each species holds species‐specific bands. The AFLP profiles of reciprocal hybrids showed that all of the hybrids inherited bands specific to H. discus hannai and H. gigantea. Of a total of 20 microsatellite loci, which were selected from H. discus hannai microsatellite markers evaluated, eight loci were polymorphic in H. gigantea samples, with an average of 3.375 alleles per locus. Preliminary screening showed that, two of these eight microsatellite loci (Awb002 and Awb022) could be used as species‐specific markers to distinguish the hybrids and their parental species. Simple sequence repeats analysis showed that the reciprocal hybrids inherited one allele from each parent for both of the two SSR loci investigated. These data strongly suggest that the induced interspecific hybrid is a true hybrid between H. discus hannai and H. gigantea. 相似文献