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利用RAD-seq简化基因组测序鉴定狼山鸡保种群个体基因组SNP标记,计算个体(间)分子近交系数和分子亲缘系数,结合系谱信息组建高、低近交两个试验组。分析后代繁殖性状近交衰退系数,评价近交对繁殖性状的影响。结果显示:利用FROH、FGRM、FHOM和FUNI四种分子近交系数结合亲缘系数kin估算的后代分子近交系数较为一致。低近交组后代的平均分子近交系数小于0.04,高近交组(6个家系)后代的平均分子近交系数介于0.14~0.25。近交对各繁殖性状的效应表现并不一致。高近交组后代母鸡开产日龄、300日龄产蛋数发生显著衰退(P<0.05,P<0.01),且与分子近交系数呈显著相关(P<0.05,P<0.01);开产体重和开产蛋重未发生显著性衰退(P>0.05)。研究结果为进一步探讨狼山鸡繁殖性状近交衰退分子机制提供了基础。 相似文献
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[目的]利用德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与澳大利亚西门塔尔母牛品系间、及德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与本地肉用母牛选种选配后,培育优秀种群。[方法]通过个体牛只信息和编号、父母代和祖父母代信息和编号,采用近交系数和亲缘系数的计算公式,利用R语言编制程序计算47头德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)的后代母牛个体间亲缘系数和近交系数。[结果]所有个体间均无近交,近交系数为0,群体亲缘系数值在0～0.500 0之间。本试验的牛群主要来自于自繁自育母牛场,做选配时,较好地控制了近交系数,但是,从亲缘系数来看,在群使用的种公牛较少,为防止近交,有必要提高使用种公牛家系的数量,每年都要计算近交系数和亲缘系数。 相似文献
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为了解峨边花牛保种场内个体间的近交程度,以便进行科学的繁殖管理,采用亲缘协方差法分析了峨边花牛保种场内81个个体间的近交系数。结果表明:峨边花牛保种场内11个个体存在近交;结合保种场分区轮牧的生产实际,以后代的平均近交程度最小为目标,科学筛选了4头种公牛,并优化了交配方案,建立了推荐交配组合。该研究对于有效防止峨边花牛核心群近交衰退具有重要意义。 相似文献
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恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。 相似文献
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马鹿小群体近交程度分析与优化交配方案制订 总被引：1，自引：0，他引：1
采用亲缘协方差法分析了哈尔滨市动物园马鹿种群的近交程度。从当前群体中区分出可繁公母鹿,估计每对公母鹿将生后代的近交系数,据此以后代的平均近交程度最小为目标，利用整数线性规划制订了马鹿种群交配方案，从而保证了未来鹿群具有较大的遗传变异。该方法亦可应用于其它动物小群体的保护工作。 相似文献
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本文对亲缘协方差的来源及相关公式了进行了系统推导,并概括了应用亲缘协方差公式 计算动物亲缘系数及近交系数的规则。文章提示亲缘方差法的基础仍在于莱特的通径亲缘系数法。本法的优势在于能对种群的个体进行化的操作运算、简捷、快速、准确,并特别适合于利用计算机求解。但莱特的通径系数法则适于针对种群中的辊个体进行计算。故三种方法各有其适用的场合,应分别情况灵活加以把握和应用。 相似文献
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为提高云南黄山羊新品种培育的育种效率和遗传进展，准确度量育种素材波尔山羊黄色群体的近交程度及亲缘关系是一个有效途径。本研究采用简化基因组测序（GBS）技术对来自云南省种羊推广中心的37只黄色波尔山羊公羊进行测序，通过质控获取高质量高密度SNP变异信息，并使用Gmatrix v2、Plink v1.90、MegaX v10.0等软件进行主成分分析（PCA）、状态同源距离计算（identity by state，IBS）、基因型亲缘关系G矩阵构建、亲缘系数计算、NJ聚类分析和基因组近交系数计算。结果显示，在37只黄色公羊中检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点88 393个，共检测出长纯合片段（ROH）1 537条，大小在1 000.582~18 400.12 kb之间，平均每条ROH长2 576.34 kb，平均含有93.15个SNPs；37只黄色公羊被分为11个家系，其中3个家系仅各有1只黄色公羊，家系A与K亲缘关系最远；基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.043，其中3只黄色公羊的基因组近交系数>0.125，存在较多的近交积累。本研究结果为波尔山羊黄色群体在云南黄山羊新品种培育中的合理利用提供了科学依据，也为评估山羊个体近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供了有力的技术手段。 相似文献
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在畜禽育种工作中,尤其是在采用家系选择法进行育种时。每一个世代都要计算每个个体的近交系数。为下一个世代选种选配提供依据。在不使用微机的条件下,通常计算个体的近交系数先要画出个体的结构式系谱,然后根据通径计算近交系数。这样较 相似文献
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不同来源大白猪总产仔数近交衰退评估 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数（total number of piglets born，TNB）近交衰退的程度。本研究对1 937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型，其中1 039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪，且两品系均有表型记录和系谱记录，系谱共由3 086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计，并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段，又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应，检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体，FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013，其中FROH和FPED相关最高，相关系数为0.358；对于法系群体，FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007，其中FROH和FGRM相关最高，相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时，加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退，而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时，总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头；但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退，FROH每增加10%时，总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段，首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现，加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退，而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后，又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测，其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关，AREG和EREG基因与卵母细胞成熟有关。本研究利用3种近交系数计算方法对两个不同来源的大白猪总产仔数进行近交衰退评估，在加系大白猪中3种估计方法都能检测到近交衰退的现象，而法系群体中只有FROH才能检测到。而且通过ROH方法进一步确定了能引起加系大白猪总产仔数衰退的4条染色体和6个特定的染色体区段，还注释到了与繁殖相关的候选基因。这为揭示近交衰退的遗传机制提供了新的研究手段，也为基因组选种选配提供了参考依据。 相似文献
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1近交系的命名 近交系是由全同胞兄妹或亲子连续20世代交配而育成的，其近交系数应达到或大于98．6％，且所有个体可以追溯到一对共同祖先。亲子配或全同胞配是近交的2种极端形式，也称“急骤近交”。 相似文献
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品系与高度亲缘是分不开的,同时,高度近交也是品系衰亡的主要因素。因此,在不失品系特性的基础上,有效控制近交系数是品系维持的根本内容。本文就这个问题从理论上做一初步论述。首先是控制种公畜数量问题。在一个闭锁的随机交配群体中,每代的近交率即近交系数增量(△F)的估计公式如下: 相似文献
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利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。通过计算多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体内近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）、总群体近交系数（Fit）和基因流（Nm）等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为0.6803;平均杂合度为0.7192,其中中国美利奴羊平均杂合度最高为0.7530,山区和田羊最低为0.6754;13个绵羊群体总近交系数为0.1066,群体内近交系数为0.0565,群体间基因分化系数为0.0531,说明5.65%的遗传变异来自群体间,94.35%的遗传变异来自群体内个体间的差异;基因流Nm平均值为4.4621（3.0808~7.4589）,说明各种群间存在或者在过去某个时期发生基因交流;各种群间平均遗传距离较低,为0.1702,平均遗传一致度数值较高,为0.8448,也再次证明了新疆13个绵羊群体间分化程度不高。基于Nei′s标准遗传距离运用UPGMA聚类法获得的新疆13个绵羊群体的聚类图与其品种育成史和地理分布基本相一致。 相似文献