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根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛)的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909~911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.875 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种(类群)mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小(0.11%),与欧洲野牛差异最大(32.63%);系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。 相似文献
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[目的]研究皖北黄牛品种的遗传多样性、亲缘关系及起源进化。[方法]采集50个皖北黄牛和14个地方黄牛品种的血样,根据黄牛MHC基因序列设计1对引物,进行PCR扩增。对50个皖北黄牛个体和14个地方黄牛品种个体的MHC基因进行序列比对分析,检测MHC单倍型及核苷酸多态性指标,并构建分子系统发育树。[结果]共检测到7种MHC基因单倍型,核苷酸多态位点24个,占分析位点的7.86%,包括18个转换,1个颠换,5个转换/颠换。皖北黄牛品种单倍型间的序列差异在0.26%4.53%之间,单倍型多样度（H）为0.6020.617,核苷酸多样度（π）为0.0120.019。[结论]皖北黄牛的遗传多样性不丰富,与鲁西黄牛具有较近的亲缘关系,二者聚为姐妹群。 更多还原 相似文献
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为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。 相似文献
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为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体... 相似文献
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为从分子水平上揭示柴达木黄牛的父系遗传结构组成、遗传多样性水平及父系遗传背景,通过PCR方法和直接测序技术,以8头大别山牛(瘤牛)公牛为试验对照,对106头柴达木黄牛公牛Y染色体ZFY-10标记进行多态性检测分析。结果表明:1)通过ZFY-10标记上变异位点的联合定型分析,可以准确地检测普通牛Y1和Y2单倍型组及瘤牛Y3单倍型组;2)柴达木黄牛在ZFY-10标记上存在GT核苷酸插入/缺失多态性,依据该标记多态位点确定单倍型组,表明柴达木黄牛包含Y1和Y2两种普通牛单倍型组,所占频率分别为0.217和0.783。在柴达木黄牛品种内,大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰5个群体Y2单倍型组的频率依次为1.000、0.933、0.907、0.650和0.522,而Y1单倍型组频率依次为0、0.067、0.093、0.350和0.478,表明茫崖和都兰2个群体具有较高的Y1单倍型组比例;3)柴达木黄牛总的单倍型多样度为0.343 0±0.045 6。在柴达木黄牛品种内,大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰5个群体的单倍型多样度分别为0、0.133 3、0.172 8、0.478 9和0.521 7,表明都兰和茫崖2个群体相比其他3个群体具有较高的父系遗传多样性。综上所述,Y染色体ZFY-10标记变异位点的联合定型分析可以确定和推断黄牛的父系支系组成和起源;柴达木黄牛含有Y1和Y2两个普通牛父系支系,具有2个普通牛父系起源,父系遗传多样性较低,品种内茫崖和都兰2个群体遗传变异相对丰富。 相似文献
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贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。 相似文献
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乌骨鸡(Gallus gallus domesticus)是我国优良的鸡遗传资源,通常被认为具有一定药用价值。为研究我国乌骨鸡品种的遗传多样性,对丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡等5个乌骨鸡品种的197个个体线粒体DNA的Cytb基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的Cytb基因序列全长为1 143 bp,共检测到15个核苷酸多态位点,界定出9个单倍型。总体单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.715±0.018、0.001 23±0.000 54和1.404。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布,不同群体包含的单倍型存在一定的差异,形态学和地理分布不明显。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系可能来自其他品种。这一研究为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定提供了遗传背景信息。 相似文献
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本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明：PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明：二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(C... 相似文献
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采用PCR扩增与核酸测序技术相结合的方法对5个乌骨鸡品种(丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡)线粒体DNA的 ND6基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的 ND6基因序列全长为522 bp,共计检测到8个核苷酸多态位点,界定8个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.720±0.012、0.002 91±0.000 92和1.518。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布。系统发育分析发现,丝羽乌骨鸡单独聚为一支,其他品种乌骨鸡聚为一支。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系来源不同。该研究结果为中国乌骨鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供参考。 相似文献
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为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 相似文献
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以荷斯坦奶牛、西门塔尔牛和甘南牦牛为观测对象,利用Y染色体上特异性序列BRY基因进行性别预测,并对其进行PCR扩增、分子克隆及序列分析;最后以牛基因组DNA为模板,利用牛BRY基因作为雄性特异性基因,ZFX/ZFY作为内标基因进行双重PCR.结果表明:公牛可获得长度约为300 bp和445 bp两条扩增带的PCR产物,母牛则仅获得1条长度约为445 bp的PCR产物,与实际性别完全相符,说明该基因可用于牛的性别预测.对BRY-PCR产物克隆测序,得到300 bp的BRY基因部分核苷酸序列,与GenBank上登录的牛和绵羊的同源性序列进行比对发现,同源性都高于87.0%,表明哺乳动物的BRY基因具有高度保守性,种间差异很小. 相似文献
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目前,微卫星DNA标记已被广泛应用于动物遗传育种研究中,可有效地进行群体遗传多样性分析,并可估算群体间的遗传距离。为了从分子水平上揭示边鸡群体的遗传结构及系统地位,利用鸡基因组中均位于常染色体上的5个微卫星DNA标记,检测了边鸡群体的遗传多样性,并以大骨鸡做了比较分析;同时,初步探讨了边鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数最少(5个),而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数最多(9个),平均等位基因数为7.6个.边鸡群体在5个微卫星位点的平均多态信息含量、平均基因杂合度(h)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.667 1、0.745 7和4.044 3,边鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性;聚类分析结果显示,边鸡与大骨鸡亲缘关系最近,而与鲁西斗鸡亲缘关系相对较远。该系统聚类结果与这些地方鸡种的系统分化与选育历史是基本一致的。 相似文献
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刘舜才 《云南农业大学学报(自然科学版)》1991,(3)
本文用定量免疫电泳技术对4个黄牛品种间的遗传差异作了免疫遗传学研究。结果表明,所研究的4个品种间的遗传相似度分别为:文山牛—昭通牛为0.922,文山牛—黑白花牛为0.917,文山牛—莫瑞灰牛为0.742,昭通牛—黑白花牛为0.795,昭通牛—莫瑞灰牛为0.603,黑白花牛—莫瑞灰牛为0.818基于上述遗传相似度,本文还作了4个品种亲缘关系的聚类分析。 相似文献
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刘舜才 《云南农业大学学报(自然科学版)》1991,6(3):169-174
本文用定量免疫电泳技术对4个黄牛品种间的遗传差异作了免疫遗传学研究。结果表明,所研究的4个品种间的遗传相似度分别为:文山牛—昭通牛为0.922,文山牛—黑白花牛为0.917,文山牛—莫瑞灰牛为0.742,昭通牛—黑白花牛为0.795,昭通牛—莫瑞灰牛为0.603,黑白花牛—莫瑞灰牛为0.818基于上述遗传相似度,本文还作了4个品种亲缘关系的聚类分析。 相似文献
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【目的】研究大麦种质资源遗传多样性,提高大麦种质资源利用效率,为新疆大麦品种选育和品种改良提供参考依据。【方法】以157份国内外大麦品种(系)为材料,分析14个主要农艺性状进行遗传多样性。【结果】6个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.18~0.65,平均值为0.41,穗姿和株型多样性较丰富;8个数量性状的遗传多样性指数变幅为1.37~2.04,变异系数差为4.07％~24.69％,平均值为1.89,表型多样性丰富;8个质量性状之间相互影响,彼此关联;前3个特征值的主成分,累计贡献率达73.351％。【结论】157份材料分成4大类群,第Ⅰ类为高千粒重型资源,第Ⅱ类为矮杆大粒型资源,第Ⅲ类高秆多穗长穗型资源,第Ⅳ类表现为少穗多粒型资源。 相似文献
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采用系统随机整群抽样法在平利黄牛分布区选择三个系统八个群体抽取样本125头,以血液蛋白质多态性、毛色分布和外形特征作为遗传标记检测该黄牛的品种资源。结果表明,平利黄牛所持有的基因库基本反映了我国黄牛品种的特点,含有部分瘤牛血统,属于我国黄牛从北方向南方分布的一个过渡型地方黄牛品种。 相似文献
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西镇黄牛遗传检测的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
应用中心产区系统随机整群抽样方法,以2个系统、5个群体(n=154)的6个血液蛋白位点、8个毛色位点和6项外形特征,对西镇牛进行了遗传检测。结果表明,应用此种方法估测的群体基因频率和表型频率可靠性和精确度均较高。根据西镇牛的遗传检测结果和形成因素,初步推断西镇牛含有我国南方黄牛与中原黄牛的血统,属一个典型的中间类型,亦是我国山区黄牛品种资源中一个宝贵的基因库。 相似文献
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【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。 相似文献